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燕麦scot分子标记体系的优化及引物筛选

西南农业学报 2021年第5期34卷 940-944页

作者：李进陈仕勇西南民族大学青藏高原研究院四川成都610041 西南民族大学畜牧兽医学院四川成都610041 四川省抗逆牧草种质创新及生态修复工程实验室四川成都610041

【目的】本研究对影响燕麦目标起始密码子多态性聚合酶链式反应(scot-PCR)的4个因素(模板DNA、引物、Mix混合液用量及退火温度)进行了优化,并通过最优体系进行了多态性引物的筛选。【方法】以4份燕麦品种DNA为模板,采用L_(9)(3^(3))正... 详细信息

【目的】本研究对影响燕麦目标起始密码子多态性聚合酶链式反应(scot-PCR)的4个因素(模板DNA、引物、Mix混合液用量及退火温度)进行了优化,并通过最优体系进行了多态性引物的筛选。【方法】以4份燕麦品种DNA为模板,采用L_(9)(3^(3))正交试验确定模板DNA、引物、Mix混合液用量的最优反应体系,在48~54℃温度范围设置8个梯度进行退火温度筛选,并通过最优体系对80条引物进行了多态性筛选和验证。【结果】优化后的反应体系总体积为20μl,包含2μl模板DNA(10 ng·μl^(-1))、2μl引物(10μmol·L^(-1))、9μl Mix和7μl ddH_(2)O。筛选出了扩增效果和多态性较好的36条引物及各自的最佳退火温度。【结论】成功优化建立燕麦scot-PCR扩增体系,该体系的建立将为燕麦品种遗传多样性分析、品种指纹图谱构建以及分子标记辅助育种等提供重要的参考依据。

关键词：燕麦 scot 体系优化引物筛选

人工栽培铁皮石斛种质资源遗传多样性的scot分析

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中华中医药杂志 2013年第7期28卷 2123-2125页

作者：徐旭栋蒋瑞彬蓝小明颜美秋丁志山金波吕圭源浙江中医药大学杭州310053

目的:将目标起始密码子多态性分子标记(scot)技术应用于铁皮石斛的遗传多样性研究。方法:采用scot分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对20份不同来源的人工栽培铁皮石斛样品进行遗传多样性分析。结果:从备选的56个引物中筛选出20个S... 详细信息

目的:将目标起始密码子多态性分子标记(scot)技术应用于铁皮石斛的遗传多样性研究。方法:采用scot分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对20份不同来源的人工栽培铁皮石斛样品进行遗传多样性分析。结果:从备选的56个引物中筛选出20个scot引物,对共扩增共获得226个条带,平均每个引物产生11.3个条带,其中多态性条带204条,多态性比率达到90.3%。结论:本实验发现不同来源的铁皮石斛人工栽培种存在较大的遗传差异,目前药材市场中的人工栽培铁皮石斛遗传多样性丰富,scot技术可有效应用于铁皮石斛的遗传多样性研究。

关键词：铁皮石斛遗传多样性 scot

地黄种质资源的scot分子标记遗传多样性分析

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中药材 2018年第7期41卷 1577-1580页

作者：石海霞肖承鸿周涛余意张小波贵阳中医学院贵州贵阳550002 无限极(中国)有限公司广东广州510663 中国中医科学院中药资源中心北京100700

目的:对地黄种质资源的遗传多样性进行研究。方法:采集河南、山西及安徽3省22个种质共102份样本,采用scot分子标记技术评价地黄的遗传多样性。结果:10条引物共检测到98个位点,其中82个多态性位点,多态性位点百分率(PPL)为83.67%;地黄物... 详细信息

目的:对地黄种质资源的遗传多样性进行研究。方法:采集河南、山西及安徽3省22个种质共102份样本,采用scot分子标记技术评价地黄的遗传多样性。结果:10条引物共检测到98个位点,其中82个多态性位点,多态性位点百分率(PPL)为83.67%;地黄物种的Nei′s指数为0.3727,Shanhon′s多态性指数(I_m)为0.5449,各种质的平均H为0.1901,I为0.2767;种质间基因分化系数(G_(st))为0.5014,基因流(N_m)为0.4970。结论:地黄物种水平上的遗传多样性指数较高,而种质内遗传多样性指数较低,这与品种选育和区域化种植有关,其中20号(太和县-栽培2)、12号(温县-金状元)具有较高的遗传多样性,可进一步挖掘和选育培养以更新地黄的现有品种。

关键词：地黄 scot 遗传多样性

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36份菠萝种质的遗传多样性scot分析

西南农业学报 2012年第2期25卷 625-629页

作者：陈香玲苏伟强刘业强任惠陆玉英广西农业科学院园艺研究所广西南宁530007 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室广西南宁530007

利用scot标记研究了36份菠萝种质资源的遗传多样性。从86条引物中筛选出18条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出209条带,其中135条具有多态性,多态性带比率为64.99%。经NTSYS软件分析,36份菠萝种质间遗传相似系数在0.63～0.9... 详细信息

利用scot标记研究了36份菠萝种质资源的遗传多样性。从86条引物中筛选出18条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出209条带,其中135条具有多态性,多态性带比率为64.99%。经NTSYS软件分析,36份菠萝种质间遗传相似系数在0.63～0.93之间,说明scot标记能够揭示菠萝种质间较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,scot标记能将36份菠萝种质完全区分开,并分成五类。

关键词：菠萝 scot 遗传多样性

基于scot加权广义互相关算法的船舶管系泄漏定位研究

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机床与液压 2013年第7期41卷 26-28页

作者：韩雪峰刘跃冲彭中波重庆交通大学航海学院重庆400074 重庆交通大学交通运输学院重庆400074

船舶管系泄漏可以根据测得的两个声学信号时间延迟的精确估算值进行定位。针对在复杂的船舶噪声环境下管系泄漏定位困难,提出scot加权广义互相关算法。对传感器接收到的声波信号先进行自适应滤波,提高信号相似度,再对滤波器权值进行平... 详细信息

船舶管系泄漏可以根据测得的两个声学信号时间延迟的精确估算值进行定位。针对在复杂的船舶噪声环境下管系泄漏定位困难,提出scot加权广义互相关算法。对传感器接收到的声波信号先进行自适应滤波,提高信号相似度,再对滤波器权值进行平滑相干加权得到广义互相关函数来估计时延。该方法具有较强的鲁棒性,又不依赖于统计先验知识。实验证明,scot加权广义互相关算法适用于复杂的船舶噪声环境,提高了泄漏定位精度。

关键词：船舶管系泄漏定位 scot 广义互相关

黄淮海和南方大豆育成品种的目标起始密码子(scot)遗传多样性分析

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大豆科学 2016年第5期35卷 717-722页

作者：高晓玲吴慧陈琪龚贵如熊冬金南昌大学生命科学学院江西南昌330031

利用目标起始密码子（scot）标记对159份1923—2005年育成的中国黄淮海和南方大豆育成品种进行遗传多样性分析。从80条目标起始密码子（scot）标记引物中筛选出27条引物，27条引物共扩增出130条DNA条带，其中多态性条带110条，多态性比... 详细信息

利用目标起始密码子（scot）标记对159份1923—2005年育成的中国黄淮海和南方大豆育成品种进行遗传多样性分析。从80条目标起始密码子（scot）标记引物中筛选出27条引物，27条引物共扩增出130条DNA条带，其中多态性条带110条，多态性比率为84．62％。Nei’s基因多样性变化范围为0．24～0．49，平均为0．37；平均多态信息含量（PIC）为0．27。黄淮海大豆育成品种的Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值和变幅范围略高于南方品种，黄淮海大豆育成品种平均值多态信息含量（PIC）也略高于南方品种，但变幅范围略低于南方品种。基于scot标记遗传距离的聚类分析表明：I类群中99个主要是黄淮海大豆育成品种，Ⅱ类群中60个主要是南方大豆育成品种。随着时间的推移，大豆育成品种的遗传多样性呈递增趋势，至1971—1990年达到最高并保持不变，表明自70年代以来大豆育成品种遗传基础有所拓宽。结果表明scot可用于大豆育成品种遗传多样性研究，为拓宽大豆育成品种遗传基础提供重要参考。

关键词：大豆育成品种 scot 遗传多样性

基于scot标记的山西五角枫遗传多样性分析

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北方园艺 2018年第12期 95-100页

作者：张若晨陈东莉王良民山西运城农业职业技术学院农林与工程系山西运城044000 中国农业科学院植物保护研究所北京100193 山西农业大学林学院山西太谷030801

以同一生境的40份自然分布的五角枫为试材,采用scot分子标记技术,对霍山兴唐寺的五角枫群体进行遗传多样性分析,为五角枫种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:筛选的15条scot共扩增出113条条带,其中多态性条带41条,多态... 详细信息

以同一生境的40份自然分布的五角枫为试材,采用scot分子标记技术,对霍山兴唐寺的五角枫群体进行遗传多样性分析,为五角枫种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:筛选的15条scot共扩增出113条条带,其中多态性条带41条,多态性比例为36.28%;等位基因数平均为1.362,有效等位基因数平均为1.23,Nei′s基因多样性平均为0.134 1,香农信息指数平均为0.199 4;平均相似系数为0.945。试验结果说明供试材料种群的遗传多样性不高,遗传基础较为狭窄。五角枫的遗传多样性评价应该结合形态学表型与更多的分子标记技术。

关键词： scot 分子标记五角枫遗传多样性

基于scot、IRAP和SSR分子标记的柿属植物亲缘关系分析

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基于SCoT、IRAP和SSR分子标记的柿属植物亲缘关系分析

作者：胡超琼西北农林科技大学

学位级别：硕士

柿(Diospyros kaki Thunb.)属于柿科(Ebenaceae L.)柿属(Diospyros L.),柿属植物在我国栽培历史悠久,有着较为丰富的柿属种质资源,在我国现已经有一千多份柿属植物品种资源(杨勇等2005)。基于如此丰富的种质资源,前人对柿属植物种质资... 详细信息

柿(Diospyros kaki Thunb.)属于柿科(Ebenaceae L.)柿属(Diospyros L.),柿属植物在我国栽培历史悠久,有着较为丰富的柿属种质资源,在我国现已经有一千多份柿属植物品种资源(杨勇等2005)。基于如此丰富的种质资源,前人对柿属植物种质资源亲缘关系进行了部分研究,但是所进行的研究所采用的材料大多有限,仅仅是对部分或者一类柿属种质资源进行了研究与分析。本实验在国家柿种质资源圃丰富的品种资源的背景下,在前人研究基础上,选取了柿种质资源圃268份柿属植物材料,利用三种分子标记,分别是scot、IRAP以及SSR对它们进行遗传多样性分析以及群体结构分析,并比较三者之间的差异,以期对柿属资源进行全面且系统的研究,为今后柿属植物遗传育种工作,优质资源推广提供实验与理论依据。通过本次试验,主要获得以下结果:1.通过计算scot、IRAP和SSR三种分子标记多态性条带比率发现三种分子标记方法多态性水平都比较高,利用NTsys-pc 2.01软件对三种分子标记数据进行分析分别得到268份柿属材料的遗传矩阵以及它们的遗传系数,并利用UPGMA方法对其进行聚类分析,聚类分析结果显示三种分子标记在均可将其分为三大类。2.将来源地不同的268份柿属材料划分为五个地域(华北地区、华东地区、中南地区、西北地区以及西南地区),对其群体间遗传分化程度进行分析,得出scot、IRAP、SSR分子标记的遗传分化程度都比较低,基因交流水平较高,显示出它们之间具有较为频繁的基因交流。分别使用scot、IRAP、SSR分子标记对五个地域进行遗传相似性分析,发现华北、华东、中南以及西北地区之间遗传距离较近,遗传一致度较高;而西南地区与其他四个地区之间遗传距离较远,遗传一致度较低。3.经过形态特征比较分析发现‘彬县尖顶柿’、‘乾县火柿’以及‘户县大柿’三者的叶片特征、花瓣形态特征、子房形状、苞叶形状与果实形状等形态特征都比较一致,判断为同物异名品种。这三个品种在scot、IRAP以及SSR三种分子标记聚类分析中均聚在一起或相距很近,从而说明形态特征的相似或相同在分子标记中得到了验证。因此,可以预测用一种或几种分子标记聚类方法来鉴别未知的同物异名品种。4.通过比较三种分子标记,发现三种分子标记都具有较高的多态性,且都可以将柿种与柿近缘种区别开来,三种分子标记的多态性检测效率(多态性条带总数/多态性引物数)大小分别为SSR(13.3)>IRAP(8.6)>scot(7.7),其中SSR分子标记结果最符合实际,多态性最高,效果最好;其次是IRAP分子标记,最后是scot分子标记。5.结合三种分子标记及种间单拷贝同源基因分析,与柿亲缘关系由远及近的种分别是:野柿(*** ***)、油柿(*** Cheng.)、德阳柿(***)、金枣柿(***)、君迁子(*** L.)、浙江柿(*** Metc.)、美洲柿(*** L.)、乌柿(*** Steward.)。

关键词：柿属植物 scot IRAP SSR 遗传多样性

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不同产区白芍的生境及scot分子标记研究

不同产区白芍的生境及SCoT分子标记研究

作者：张绍奇四川农业大学

学位级别：硕士

芍药(Paeonia lactiflora Pall.)为芍药科(Paeoniaceae)芍药属(Paeonia L.)多年生宿根草本植物,其根除去细根及头尾,洗净后去皮水煮或水煮去皮,晒干,即为中药白芍,为我国大宗常用药材,具有显著的抗抑郁、消炎、镇痛、抗肿瘤、免疫调节... 详细信息

芍药(Paeonia lactiflora Pall.)为芍药科(Paeoniaceae)芍药属(Paeonia L.)多年生宿根草本植物,其根除去细根及头尾,洗净后去皮水煮或水煮去皮,晒干,即为中药白芍,为我国大宗常用药材,具有显著的抗抑郁、消炎、镇痛、抗肿瘤、免疫调节、保肝、抗氧化等药理作用。近年来随着市场需求不断增长,白芍市场仍呈现一种供不应求的态势,白芍栽培面积不断扩大,但栽培地区环境因子、种质资源对所产白芍品质影的响亟待明确,为白芍产业的提质增效有着重要意义。因此,本研究分析不同产区白芍的有效成分、生态环境及遗传关系,探究影响白芍品质的影响因子。本文主要研究结果如下:1.各产区白芍中芍药苷含量在2.04-4.81%之间,均符合且远高于《中华人民共和国药典》(2020年版,一部)的要求,四川中江和平昌产白芍没食子酸、儿茶素、芍药苷和苯甲酰芍药苷含量显著高于安徽亳州、浙江磐安、山东菏泽。2.不同产区白芍中芍药苷、苯甲酰芍药苷与气候因子温度、降水量、湿度呈显著的正相关(p<0.05),与气候因子风速、日照呈显著的负相关(p<0.05);没食子酸、儿茶素与气象因子温度、降水量、湿度呈显著的正相关(p<0.05),与气压、风速、日照显著的负相关(p<0.05)。3.不同产区白芍中单萜苷类化合物芍药苷、苯甲酰芍药苷与土壤阳离子交换量、水溶性盐总量呈极显著的正相关(p<0.01),与土壤全钾、速效钾、全磷、有效磷、碳酸氢根、钙、镁、锰含量呈显著的负相关(p<0.05);没食子酸与儿茶素含量与土壤阳离子交换量、水溶性盐总量呈极显著的正相关(p<0.01),与土壤全钾、速效钾、镁、锰含量呈极显著的负相关(p<0.01)。4.四川德阳中江、四川巴中平昌白芍与其它产区居群间遗传变异较大;山东菏泽和安徽亳州白芍亲缘关系较近,两居群间遗传变异小。

关键词：白芍产区有效成分土壤气候 scot