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中国植物学会第十六次全国会员代表大会暨85周年学术年会

作者：王晓梅张建行廖帅张振李宏庆华东师范大学生命科学学院

榕属植物存在多个复合群,复合群内物种常常同域分布、传份榕小蜂存在非专一等原因从而可能发生杂交、基因渐渗等基因交流,导致复合群内物种间形态相似,种间界限不明显,系统发育关系复杂,演化历史模糊。用于进行物种区分的DNA片段往往由... 详细信息

榕属植物存在多个复合群,复合群内物种常常同域分布、传份榕小蜂存在非专一等原因从而可能发生杂交、基因渐渗等基因交流,导致复合群内物种间形态相似,种间界限不明显,系统发育关系复杂,演化历史模糊。用于进行物种区分的DNA片段往往由于变异位点少或者信息位点不足等原因,不能很好的解决亲缘关系较近的物种之间的系统发育关系。随着测序技术的发展以及测序成本的降低,二代测序技术能够获得大量信息位点,被越来越多的用于系统发育研究。本研究以天仙果复合群为例,取Ficuserecta天仙果、***琴叶榕、***台湾榕、***石榕树、***竹叶榕、***滨榕、***舶梨榕、 ***越橘叶蔓榕、 ***翅托榕、 *** ***菱叶冠毛榕、*** ***绿叶冠毛榕以及*** ***长叶冠毛榕进行简化基因组(radseq)测序和系统发育分析,以期明确该复合群内系统发育关系。基于EcoRI单酶切进行RAD建库,每个样品获得1G数据量。利用目前获得的24个样品的radseq数据(更多样品和数据正在处理中),在ipyrad上将minamplesocus(位点最小样本输出数量)分别设置为5,10,15,20经过数据过滤、聚类、组装等步骤最终得到四组输出数据。基于四组数据得到的SNPs通过RAxml构建系统发育树,以滨榕作为外类群,得到的四个系统发育树结构一致,其中minamplesocus为5时,SNPs最多,支持率也最高。该树中***舶梨榕、***石榕树在系统发育树上分别聚为支持率很高的一支,并且形态上也较为稳定,因此是很好的种。冠毛榕类群中采自同一地区(贵州荔波)的长叶冠毛榕和菱叶冠毛榕二者聚为一支;采自同一地区(云南西畴)的长叶冠毛榕和绿叶冠毛榕聚为一支;采自广西防城港的琴叶榕和采自荔波的长叶冠毛榕、菱叶冠毛榕聚为一支且支持率很高;采自荔波的天仙果不与其他天仙果样品聚类。目前研究结果与基于一代测序以及形态解剖学研究发现的冠毛榕三个变种中同一变种不能聚在一起,遗传背景复杂的结果一致。以上结果是由于同域分布出现了杂交导致基因渐渗,还是由于样品量不足造成的?增加不同分布地的样品以及进行基因渐渗和杂交相关的检测或可解释其系统发育关系。与此同时,我们正在整理叶绿体全基因组数据以探讨天仙果复合群的母系遗传演化关系。

关键词： Ficus erecta 复合群 radseq 叶绿体基因组系统发育

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“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究

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遗传 2024年第8期46卷 640-648页

作者：王梦燏周成浩薛倩殷建玫蒋一秀张会永李国辉韩威中国农业科学院家禽研究所扬州225125 江苏省家禽科学研究所扬州225125 江苏省家禽科学研究所科技创新有限公司扬州225125

我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构... 详细信息

我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力,本文利用radseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异,并研发23K芯片“酉芯一号”。基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量,开展相关性、拟合及系统发育分析,以评估芯片的应用效力。结果表明,基于两组SNP数据集计算的观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)、近交系数(F_(ROH))和遗传分化系数(F_(st)),在21个地方鸡种中趋势基本一致。琅琊鸡(LA)、瓢鸡(PJ)、文昌鸡(WC)的遗传多样性较为丰富;边鸡(BJ)、狼山鸡(LS)、固始鸡(GS)、东乡绿壳蛋鸡(DX)和北京油鸡(BY)的遗传多样性相对匮乏,两组Ho、PIC、F_(ROH)和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984,均达到极显著水平(P<0.01),且拟合度较高(P<0.001),R^(2)分别为0.644、0.827、0.916和0.927。针对两组SNP数据集,采用邻接法(NJ)和极大似然法(ML)构建的进化树较为合理,将21个地方鸡种总体上分为6大类,与品种的形成历史和地理分布相吻合;23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类,没有出现个体偏离。利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异,需要进行数据和分析方法的标准化,23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力。

关键词： radseq SNP芯片遗传多样性遗传结构

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An overlooked route to the east via South China: the phylogeny and biogeography of the East Asian genus Atractylodes(Asteraceae) revealed by RAD-seq

An overlooked route to the east via South China: the phyloge...

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中国植物学会第十六次全国会员代表大会暨85周年学术年会

作者： Pan Li Minqi Cai Li Zheng Chengxin Fu Laboratory of Systematic & Evolutionary Botany and Biodiversity College of Life SciencesZhejiang University

Atractylodes DC.(tribe Cardueae,Asteraceae) is a small genus endemic to temperate East *** studies showed a complex and unresolved phylogeny in this *** revisit the molecular phylogeny and historical biogeography of Atractylodes with RAD-seq,we sampled all the extant species,including 78 samples from 37 localities across their entire geographical *** fully resolved the phylogeny of Atractylodes,with a topology of(*** +(*** +(*** +(*** +(*** + ***).Atractylodes originated in South China during the Late *** region acted as the source area for dispersals to other areas of East Asia,and thus we argue that South China is an underappreciated route from Middle Asia to Northeast *** introgressions were detected between *** and ***,as well as between *** and *** introgression among them may account for the difficulty in resolving the phylogeny within the socalled ‘*** complex’.However,the large number of SNPs from RAD-seq overwhelms the discordant phylogenetic signals in the data and allowed us to generate a fully resolved phylogeny for the *** brief,this study depicts the origin and dispersal routes of Atractylodes,and the role of South China as an overlooked dispersal route from Middle Asia to Northeast Asia.

关键词： Atractylodes biogeography D-statistic introgression phylogeny radseq

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