“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究

作     者：王梦燏 周成浩 薛倩 殷建玫 蒋一秀 张会永 李国辉 韩威 Mengyu Wang;Chenghao Zhou;Qian Xue;Jianmei Yin;Yixiu Jiang;Huiyong Zhang;Guohui Li;Wei Han

作者机构：中国农业科学院家禽研究所扬州225125 江苏省家禽科学研究所扬州225125 江苏省家禽科学研究所科技创新有限公司扬州225125 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2024年第46卷第8期

页      面：640-648页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(编号:2021YFD1200302) 江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(编号:JBGS029) 江苏省自然科学基金面上项目(编号:BK20221285)资助 

主　　题：RADseq SNP芯片 遗传多样性 遗传结构 

摘      要：我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力,本文利用RADseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异,并研发23K芯片“酉芯一号。基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量,开展相关性、拟合及系统发育分析,以评估芯片的应用效力。结果表明,基于两组SNP数据集计算的观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)、近交系数(F_(ROH))和遗传分化系数(F_(st)),在21个地方鸡种中趋势基本一致。琅琊鸡(LA)、瓢鸡(PJ)、文昌鸡(WC)的遗传多样性较为丰富;边鸡(BJ)、狼山鸡(LS)、固始鸡(GS)、东乡绿壳蛋鸡(DX)和北京油鸡(BY)的遗传多样性相对匮乏,两组Ho、PIC、F_(ROH)和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984,均达到极显著水平(P0.01),且拟合度较高(P0.001),R^(2)分别为0.644、0.827、0.916和0.927。针对两组SNP数据集,采用邻接法(NJ)和极大似然法(ML)构建的进化树较为合理,将21个地方鸡种总体上分为6大类,与品种的形成历史和地理分布相吻合;23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类,没有出现个体偏离。利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异,需要进行数据和分析方法的标准化,23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力。