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BAZ2A在子宫颈癌和肝癌中促癌的共同机制研究

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中国卫生标准管理 2024年第15期15卷 144-148页

作者：王俊丽郭纪敏董凤琳王淑青刘岩华北理工大学生命科学学院河北唐山063210 华北理工大学医院内科河北唐山063210 河北省分子肿瘤学重点实验室河北唐山063001

目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选... 详细信息

目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的ppi网络分析图。使用Cytoscape软件对ppi网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。

关键词：毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 ppi网络分析致癌机制

意大利蜜蜂乙醇胺激酶1蛋白的结构域、空间结构和互作蛋白分析

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蜜蜂杂志 2023年第5期43卷 6-11页

作者：董云龙张呈豪张新怡夏文丽袁博李桂林云南师范大学生命科学学院曲阜师范大学生命科学学院

蜜蜂是优秀的传粉者，它能够为多种农作物和野生植物授粉，在生态系统服务中扮演关键角色。然而，蜜蜂在觅食、繁殖过程中常遭受到热、农药、病虫害等胁迫因子的影响，其种群数量已呈现出锐减趋势。为了缓解这一问题，我们对意大利蜜蜂... 详细信息

蜜蜂是优秀的传粉者，它能够为多种农作物和野生植物授粉，在生态系统服务中扮演关键角色。然而，蜜蜂在觅食、繁殖过程中常遭受到热、农药、病虫害等胁迫因子的影响，其种群数量已呈现出锐减趋势。为了缓解这一问题，我们对意大利蜜蜂体内的抗逆因子进行了筛选，发现乙醇胺激酶1(Ethanolamine kinase 1,ETNK1)受到阿维菌素的诱导表达。旨在利用生物信息学工具，对意大利蜜蜂ETNK1的结构域、空间结构和互作蛋白网络进行构建和分析。结果显示，ETNK1具有保守的ETNK-euk结构域，属于PK-like超家族。其二级结构包含15个α螺旋、9个β折叠和多个无规则卷曲。根据蛋白质互作分析结果，ETNK1与乙醇胺磷酸胞苷酰转移酶和磷酸胆碱胞苷酰转移酶A可能有互作关系。有望为培养恶劣环境下高抗逆性蜂种提供思路。

关键词：乙醇胺激酶1 意大利蜜蜂结构域空间结构 ppi网络分析

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胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化

安徽医科大学学报 2019年第3期54卷 402-407页

作者：丁西平毛玉娣汪朝靓周欢程前中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院)老年消化科合肥230001

目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路... 详细信息

目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。

关键词：炎症恶化胃癌萎缩性胃炎基因表达谱 GO分析 KEGG信号通路 ppi网络分析

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利用聚类算法研究自噬与凋亡双功能蛋白

利用聚类算法研究自噬与凋亡双功能蛋白

作者：王沛然大连理工大学

学位级别：硕士

自噬性死亡和凋亡作为细胞程序性死亡的两种主要形式,启动了截然不同的细胞进程并且往往引发完全相反的细胞命运。近年来,生物学研究者们逐渐发现二者之间可以通过一些蛋白质产生复杂的相互影响。这些同时参与自噬和凋亡两个过程的蛋白... 详细信息

自噬性死亡和凋亡作为细胞程序性死亡的两种主要形式,启动了截然不同的细胞进程并且往往引发完全相反的细胞命运。近年来,生物学研究者们逐渐发现二者之间可以通过一些蛋白质产生复杂的相互影响。这些同时参与自噬和凋亡两个过程的蛋白质作为双功能蛋白,它们不仅分别影响自噬和凋亡,而且调控了二者之间的联系,是决定细胞的命运的关键蛋白。然而,由于自噬与凋亡分别涉及的蛋白数目和种类太多,目前的传统生物学实验手段难以开展全面分析,现有的数据库对蛋白自噬和凋亡生物功能交叉的标注又明显局限于目前的文献报道和实验结果,提供的信息并不全面。因此自噬与凋亡的这种相互联系到底由哪些双功能蛋白来承担,这些双功能蛋白有多大规模,目前仍未可知。这令自噬与凋亡之间的相互作用的机制和影响无法得到详尽的解释和全面的理解,甚至出现了一些矛盾和争议。最近五年来,生物信息学领域开始兴起利用拓扑学聚类算法从蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,ppi)网络中寻找多功能蛋白的方法。这种方法的优势在于不完全依赖于对现有文献或实验中提示的蛋白功能信息,而是在信息采集的基础上考虑了蛋白与蛋白之间复杂的网络关系,利用蛋白关系对蛋白的功能进行合理推测来寻找多功能蛋白,因此非常适用于解决寻找自噬与凋亡双功能蛋白的问题。其中,OCG聚类算法将纽曼模块化函数的扩展迭代地融合到层次结构中获得重叠聚类,是目前处理ppi网络图像的重叠聚类算法中比较常用和发展最快的一类。通过该方法已经成功获得了一系列特殊多功能蛋白并证明了它们处于不同拓扑学聚类的交集处,并具有在网络中处于更中心的位置,功能域数量更多等特点。因此本论文选用OCG聚类算法寻找自噬与凋亡双功能蛋白。本研究构建了一个包含2616个蛋白,35800个ppi数据的大型人类自噬与凋亡相关蛋白ppi网络,并基于OCG拓扑学聚类的方法构建了一个网络分析流程,从而突破了现有文献或数据库中有限的蛋白功能信息,在信息采集的基础上利用蛋白的相互作用关系对蛋白的功能进行合理推断。通过这种方法,本研究首次在人类全蛋白质组数据水平上对自噬与凋亡之间的关系进行探索,并首次获得了一个包含151个自噬与凋亡双功能蛋白的预测蛋白集,以一个全新的全局性的视角展示了人类自噬与凋亡双功能蛋白群的全貌。本研究发现自噬与凋亡双功能蛋白相比于网络中的其他蛋白具有更多的相互作用蛋白,含有更多的功能域,从属于更多的OCG拓扑学聚类,在具有比热点蛋白更少的ppi数量的条件下在蛋白-蛋白相互作用网络中处于更中心的位置而且与周围蛋白的连通性更高,这都与目前多功能蛋白的研究结论一致。总之,我们计算得到的自噬与凋亡双功能蛋白组在蛋白网络中表现出了一定的特殊性。它们在细胞死亡相关的整体蛋白信号转导网络中具有比较高的研究价值而不是局限于自噬或凋亡中的某一个领域。在本研究的预测集中,除了56个已经有大量文献报道的同时参与自噬和凋亡双功能蛋白,还有94个未见相关报道的新双功能蛋白。在这些新双功能蛋白之中,本研究分析了8个目前自噬与凋亡研究领域中未被广泛关注的蛋白PAK2,HRAS,RL40,ELOC,RBX1,CTNB1,PLCG1,RAD5以及支持它们的新功能的实验线索和研究前景。这些发现给蛋白组学和系统生物学研究提供了新的方向,它们的新的蛋白-蛋白相互作用将可能被发现,更多的蛋白质的结构信息和生物功能将被研究。

关键词：凋亡自噬双功能蛋白 ppi网络分析聚类算法 OCG

阿尔茨海默病相关基因受高脂饮食调控的肝脏转录组学分析

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遵义医科大学学报 2020年第2期43卷 165-173页

作者：杨滔王阳鲁艳柳谭道鹏张倩茹杜艺玫秦琳何芋岐遵义医科大学药学院基础药理教育部重点实验室暨特色民族药教育部国际合作联合实验室贵州遵义563099

目的研究阿尔兹海默症相关基因在肝脏中受高脂饮食的调控。方法通过提取肝脏总RNA进行测序,深入分析MS小鼠肝脏AD通路基因的表达变化,并通过ppi网络分析挖掘AD通路关键节点基因,利用荟萃分析检验关键节点基因在MS人群中的表达情况,结合m... 详细信息

目的研究阿尔兹海默症相关基因在肝脏中受高脂饮食的调控。方法通过提取肝脏总RNA进行测序,深入分析MS小鼠肝脏AD通路基因的表达变化,并通过ppi网络分析挖掘AD通路关键节点基因,利用荟萃分析检验关键节点基因在MS人群中的表达情况,结合mRNA水平与生化指标的相关性阐明MS诱导AD发病的机制。结果与正常小鼠比较,MS小鼠肝脏AD通路基因的表达模式明显不同。利用ppi网络分析发现高节点度基因Uqcrh、Cyc1和Uqcrq。荟萃分析结果表明三个关键节点基因在MS人群体内的表达会发生显著改变。结论高脂饮食对AD通路基因的影响可能是包括肝脏等外周器官在内全身性的而并非仅仅局限于大脑,Uqcrh、Cyc1、Uqcrq等高节点度基因可能成为研究MS诱发AD的重要靶点。

关键词：阿尔茨海默病代谢综合征 RNA测序 ppi网络分析荟萃分析

苁蓉通便口服液治疗便秘的网络药理学分子机制研究

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苁蓉通便口服液治疗便秘的网络药理学分子机制研究

苁蓉通便口服液治疗便秘的网络药理学分子机制研究

2019年浙江省医学会老年精神障碍学术大会

作者：张守亚谢海燕祝云龙衢州市第三医院

目的:采用网络药理学的分析方法,探讨苁蓉通便口服液治疗便秘的活性成分及分子作用机制。方法 :用TCMSP、TCMID、知网、万方数据库收集苁蓉通便口服液中药味的主要活性成分和作用靶点信息;从GeneCards数据库中获取治疗便秘的基因靶点,采... 详细信息

目的:采用网络药理学的分析方法,探讨苁蓉通便口服液治疗便秘的活性成分及分子作用机制。方法 :用TCMSP、TCMID、知网、万方数据库收集苁蓉通便口服液中药味的主要活性成分和作用靶点信息;从GeneCards数据库中获取治疗便秘的基因靶点,采用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络,用STRING系统进行ppi网络分析,用R软件寻找到核心的网络蛋白,并进行基因功能(GO)和通路注释(KEGG)富集分析。结果:共获得苁蓉通便口服液的活性成分178个,经筛选得到的主要化学成分共47个,其中肉苁蓉6个,何首乌11个,枳实22个,蜂蜜8个;收集苁蓉通便口服液治疗便秘的靶点基因180个;通过STING系统制得ppi网络分析图,并用R软件寻找到30个核心蛋白基因;基因功能(GO)和通路注释(KEGG)富集分析结果显示,苁蓉通便口服液治疗便秘的靶点主要富集在受体配体活性、辅因子结合、细胞因子活性、神经递质受体活性、铵离子结合、G蛋白偶联受体活性、核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体等173个生物过程;其靶点通路主要富集在巨细胞病毒感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、糖尿病并发症的年龄-年龄信号通路、乙/丙型肝炎、IL-17信号转导通路、TNF信号通路、前列腺癌、流体剪切应力与动脉粥样硬化、内分泌抵抗等157条通路。结论 :本研究基于网络药理学方法,揭示了苁蓉通便口服液从多成分、多靶点、多通路产生抗抑郁的作用,为临床治疗提供了更多的依据。

关键词：网络药理学苁蓉通便口服液 ppi网络分析基因富集分析

来源： cnki会议评论

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苁蓉通便口服液治疗便秘的网络药理学分子机制研究