烟草抗感南方根结线虫品种根部差异表达mRNA的PPI网络分析

作     者：陈小翔 张文军 翟争光 徐志强 刘化冰 钟永健 江智敏 CHEN Xiaoxiang;ZHANG Wenjun;ZHAI Zhengguang;XU Zhiqiang;LIU Huabing;ZHONG Yongjian;JIANG Zhimin

作者机构：浙江中烟工业有限责任公司技术开发分公司浙江杭州310008 湖南省烟草公司长沙市公司湖南长沙410000 

出 版 物：《浙江农业科学》 (Journal of Zhejiang Agricultural Sciences)

年 卷 期：2024年第65卷第2期

页      面：395-400页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：中国烟草总公司河南省公司重点项目(2021410000240021) 河南省烟草公司许昌市公司重点项目(2020411000240069) 贵州省烟草公司贵阳市公司重点项目(2020-07) 湖南省烟草公司长沙市公司重点项目(21-23A04) 广西壮族自治区烟草公司百色市公司(202145100020165) 福建省烟草公司南平市公司(NYK2021-09-03) 

主　　题：烟草 南方根结线虫 PPI网络分析 GO分类 关键基因 

摘      要：基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Biological Process分析与KEGG通路分析)对差异表达基因进行生物学功能注释,并找出PPI网络中的重要基因以及作用通路一致的基因,并对这些基因加以解析,以明确抗南方根结线虫烟草品种抗性机制,为研究烟草抗南方根结线虫的分子机制提供理论依据。结果表明,差异表达基因主要在细胞代谢、胞内体转运、RNA介导的基因沉默等9条与抗感染相关的通路中显著富集,并且筛选出Fab1b、Fab1c、Fab1d、Glu1、Dcl1、Dcl2、Dcl4共7个同时构成PPI网络的关键基因。