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沙棘pip基因生物信息学分析

青海科技 2022年第2期29卷 42-46页

作者：王晨兆张丹董佳伟费凡冶贵生马玉花青海大学农牧学院西宁810016

质膜内在蛋白(plasmamembrane intrinsic proteins,pips)是水通道蛋白(AQPs)最重要的亚种之一,在植物响应干旱胁迫过程中起着重要作用,对提高植物抗旱性具有很高的价值和潜力。本研究对沙棘的pip基因进行扩增和测序,在此基础上对蛋白结... 详细信息

质膜内在蛋白(plasmamembrane intrinsic proteins,pips)是水通道蛋白(AQPs)最重要的亚种之一,在植物响应干旱胁迫过程中起着重要作用,对提高植物抗旱性具有很高的价值和潜力。本研究对沙棘的pip基因进行扩增和测序,在此基础上对蛋白结构进行预测,结果表明沙棘pip与桃的pips基因的同源性最高,其二级结构以β折叠和α螺旋为主,含有多个修饰位点,该蛋白定位于细胞膜上,不含信号肽,有6个跨膜区。本研究结果为下一步沙棘pip基因的抗旱功能研究提供了依据。

关键词：沙棘 pip基因序列分析蛋白结构

嗜肺军团菌pip基因原核质粒的构建及其表达

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宁夏医科大学学报 2012年第1期34卷 10-13,21页

作者：刘胜泉曹秀琴杨志伟宁夏医科大学基础医学院病原生物学与免疫学系银川750004 宁夏医科大学生育力保持省部共建教育部重点实验室银川750004

目的扩增嗜肺军团菌基因pip,构建重组质粒pET-pip并在原核系统中表达。方法采用PCR,从嗜肺军团菌基因组DNA中扩增出pip基因,将其定向克隆至原核表达载体pET-32a(+),构建重组质粒pET-pip,经限制性内切酶、PCR鉴定及测序分析后,转化BL21,I... 详细信息

目的扩增嗜肺军团菌基因pip,构建重组质粒pET-pip并在原核系统中表达。方法采用PCR,从嗜肺军团菌基因组DNA中扩增出pip基因,将其定向克隆至原核表达载体pET-32a(+),构建重组质粒pET-pip,经限制性内切酶、PCR鉴定及测序分析后,转化BL21,IPTG诱导表达,并用SDS-PAGE进行鉴定。使用His-tag纯化重组蛋白pip。结果扩增出了嗜肺军团菌726bp的pip基因,构建的原核表达重组质粒pET-pip表达并纯化出了约46kD Trx-pip的融合蛋白。结论成功构建了嗜肺军团菌pip基因的原核重组质粒,并在大肠杆菌中得到了高效表达。

关键词：嗜肺军团菌 pip基因表达纯化

催乳素诱导蛋白基因表达与不同乳腺癌分子分型患者预后的关系

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微循环学杂志 2024年第3期34卷 16-22页

作者：刘蓓王琴闵晓红刘涵翰吴欢徐慧童永清胡俊波湖北省妇幼保健院病理科武汉430070 武汉大学人民医院临床分子诊断中心武汉430060

目的:探讨催乳素诱导蛋白(pip)基因表达与不同乳腺癌分子分型预后的关系。方法:检索基因表达综合数据库(GEO)中乳腺癌转录组水平基因表达数据集临床信息,根据基因表达水平进行乳腺癌分子分型,采用Cox比例风险回归分析生存率,Kaplan-Meie... 详细信息

目的:探讨催乳素诱导蛋白(pip)基因表达与不同乳腺癌分子分型预后的关系。方法:检索基因表达综合数据库(GEO)中乳腺癌转录组水平基因表达数据集临床信息,根据基因表达水平进行乳腺癌分子分型,采用Cox比例风险回归分析生存率,Kaplan-Meier分析pip基因表达与患者预后的关系。结果:从GEO获取有效的乳腺癌数据集48个,共纳入7926例乳腺癌患者。其中Basal-like型、Lunimal A型、Luminal B型和HER2+型分别占19.44%,46.74%,26.63%和7.18%。在不区分治疗方式和只分为未经系统性治疗组及系统性治疗组中,无论是无远处转移生存期(DMFS)、无复发生存期(RFS)、进展后生存期(PPS)和总生存期(OS),pip基因高表达组较低表组患者生存期显著性延长(Ppip基因低表达组患者比较,pip基因高表达组患者RFS和DMFS生存时间显著性延长(P0.05)。在乳腺癌分子分型中,pip基因高表达组与pip基因低表达组比,仅Luminal A型组中RFS和DMFS生存时间显著性延长(Ppip基因高表达与Lunimal A型乳腺癌患者预后密切相关,pip基因表达联合乳腺癌分子分型能更好地评价乳腺癌患者预后。

关键词：乳腺癌分子分型 pip基因预后评估

嗜肺军团菌重组蛋白pip-Linker-MOMP的制备及其在血清学诊断中的研究

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嗜肺军团菌重组蛋白PIP-Linker-MOMP的制备及其在血清学诊断中的...

作者：王涛宁夏医科大学

学位级别：硕士

目的以嗜肺军团菌的pip基因和momp基因构建原核重组质粒pET-plm，诱导表达的pip-Linker-MOMP(PLM)蛋白作为包被抗原，建立间接ELISA方法进行血清学检测，评价其在诊断嗜肺军团菌感染中的可行性及应用价值。方法以重组质粒pET-pip和pET-m... 详细信息

目的以嗜肺军团菌的pip基因和momp基因构建原核重组质粒pET-plm，诱导表达的pip-Linker-MOMP(PLM)蛋白作为包被抗原，建立间接ELISA方法进行血清学检测，评价其在诊断嗜肺军团菌感染中的可行性及应用价值。方法以重组质粒pET-pip和pET-momp为模板，PCR扩增得到pip基因和momp基因，定向克隆至载体质粒pET-32a(+)中，构建重组质粒pET-plm，并经限制性内切酶、PCR及核酸测序分析鉴定。将构建的原核重组质粒pET-plm转化至大肠杆菌BL21内，经过IPTG的诱导表达，产物通过SDS-PAGE电泳进行鉴定分析。将纯化的重组蛋白PLM作为包被抗原，通过十字交叉连续稀释分析法筛选出最佳包被抗原的浓度，建立间接ELISA方法，检测32例健康人血清、58例军团病疑似患者中抗嗜肺军团菌抗体IgG、IgM、IgA水平，然后分别与德国DRG公司的Legionella ELISA试剂盒和美国R&D公司Human LP IgG-AbELISA Kit/Human LP IgM-Ab ELISA Kit/Human LP IgA-Ab ELISA Kit检测结果进行配对设计资料的ROC曲线分析，以此来评价嗜肺军团菌重组蛋白PLM在军团病诊断中的可行性。结果扩增出了嗜肺军团菌723bp的pip基因和830bp的momp基因，构建的重组质粒pET-plm将其基因测序结果提交GeneBank经Blast比对,结果表明表达载体中插入的核酸序列与所选取嗜肺军团菌LP1型菌株的相应核酸序列具有98%的同源性,11个碱基位点发生改变，1个氨基酸位点发生改变，由于两种氨基酸同为疏水性氨基酸以及结构较相似，对蛋白质的空间结构和功能影响不大，对抗原表位基本没有影响。表达并纯化出了67KD左右的融合蛋白PLM，纯化的蛋白浓度达到728μg/mL。用以纯化蛋白PLM作为包被抗原建立的间接ELISA检测方法分别检测血清中Lp特异性IgG、IgM、IgA抗体。与DRG IgG/M/A试剂盒比较：灵敏度92.6%，特异度92.1%，一致性Kappa值0.821（P <0.05），ROC曲线下面积0.923。与ELISA试剂盒（R&D）进行比较：IgG抗体灵敏度91.7%，特异度90.9%，一致性Kappa值0.784（P<0.05），ROC曲线下的面积0.913;IgM抗体灵敏度90.6%，特异度93.1%，一致性Kappa值0.831（P<0.05），ROC曲线下的面积为0.919;IgA抗体灵敏度88.9%，特异度92.1%，一致性Kappa值0.793（P<0.05），ROC曲线下的面积0.905。结论成功构建了嗜肺军团菌重组质粒pET-plm，诱导表达并纯化出融合蛋白PLM，纯化蛋白PLM作为诊断抗原对军团病疑似患者血清和健康人血清进行诊断，显示出较好的特异度、灵敏度和一致性，为目前军团病的血清学诊断方法的改进提供了较好的参考价值，为军团病的血清学诊断试剂盒的研制奠定了基础。

关键词：嗜肺军团菌 pip基因 momp基因重组蛋白 ELISA

嗜肺军团菌重组蛋白momp-Linker-pip的重组质粒构建及鉴定

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中国卫生检验杂志 2022年第5期32卷 513-516,520页

作者：李亚蒙王涛张彩霞宿振国滨州医学院附属医院检验科山东滨州256600 滨州医学院烟台附属医院检验科山东烟台264100

目的利用自带Linker的引物,重组嗜肺军团菌pip和momp基因,构建其重组质粒pET-MLP,以获得其原核细胞表达产物并进行鉴定。方法首先制备足量的pET-pip、pET-momp以及空质粒pET-32a(+);通过PCR扩增pip、momp基因,将其定向克隆至pET-32a(+)... 详细信息

目的利用自带Linker的引物,重组嗜肺军团菌pip和momp基因,构建其重组质粒pET-MLP,以获得其原核细胞表达产物并进行鉴定。方法首先制备足量的pET-pip、pET-momp以及空质粒pET-32a(+);通过PCR扩增pip、momp基因,将其定向克隆至pET-32a(+)并进行纯化筛选和鉴定;最后利用含有Linker的引物,将重组质粒pET-pip和pET-momp基因进行连接,完成pET-MLP的构建、筛选和鉴定。结果利用PCR、限制性核酸酶切电泳进行结果鉴定,于NCBI中将重组质粒的核酸序列与LP1型军团菌的相应序列对比,结果表明其同源性达到98%。结论实验成功构建、表达了重组质粒pET-MLP,为下一步以重组蛋白MLP作为诊断抗原进行嗜肺军团菌血清学检测奠定了基础。

关键词：嗜肺军团菌 momp基因 pip基因重组蛋白