检索结果-南通市图书馆

化学教育 2014年第18期35卷 45-47页

作者：张磊王强青岛大学药学院山东青岛266071 中南民族大学药学院湖北武汉430074

通过2个例子说明了pdb数据库在药物化学教学中的应用.这些应用极大地丰富了课堂教学内容,提高了教学质量.

关键词： pdb数据库药物化学

利用pdb数据库和PyMOL构建DNA双螺旋三维模型

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实验教学与仪器 2019年第4期36卷 41-42页

作者：秦孟泽苏凯江苏省盱眙中学江苏淮安211700

模型构建是高中生物学教学中的常用手段之一。从教学效果上看,模型能让学生更加直观、深刻地认识教学内容。pdb数据库是专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的数据库,PyMOL是一款使用广泛的生物大分子三维结构软件。利用pdb数据库... 详细信息

模型构建是高中生物学教学中的常用手段之一。从教学效果上看,模型能让学生更加直观、深刻地认识教学内容。pdb数据库是专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的数据库,PyMOL是一款使用广泛的生物大分子三维结构软件。利用pdb数据库和PyMOL软件,可以构建DNA双螺旋三维模型,其操作可分为获取DNA双螺旋结构文件、构建模型和保存与使用3个步骤。

关键词： pdb数据库 PyMOL DNA双螺旋三维模型构建

基于pdb数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

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生物信息学 2015年第1期13卷 35-39页

作者：刘伟黄伊子李都悦向妍周玮湖南农业大学植物保护学院植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室长沙410128 湖南农业大学湖南省生物农药与制剂加工工程技术研究中心长沙410128 湖南省烟草公司郴州市公司湖南郴州423000

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于pdb数... 详细信息

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于pdb数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。

关键词： RNA二级结构 pdb数据库二级结构预测准确性

系统收集pdb数据库中的亲合性数据:pdbbind数据库的最新进展

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系统收集PDB数据库中的亲合性数据:PDBbind数据库的最新进展

中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：刘志海李嫣韩莉刘杰赵志雄聂伟刘宇晨王任小 Jie Li 中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室

生物大分子与有机小分子配体之间的相互识别在各种生命活动过程中扮演很重要的角色。生物大分子复合物的三维结构和亲合性信息是描述这些生命过程的底层机理所不可或缺的信息。pdbbind数据库的创建目的是完整收录Protein Data Bank(pdb... 详细信息

生物大分子与有机小分子配体之间的相互识别在各种生命活动过程中扮演很重要的角色。生物大分子复合物的三维结构和亲合性信息是描述这些生命过程的底层机理所不可或缺的信息。pdbbind数据库的创建目的是完整收录Protein Data Bank(pdb)数据库中通过实验测定的亲合性数据。由此为生物大分子复合物的结构信息和能量信息提供相互联系,而这些信息在计算模拟研究中非常重要。自2004年首次公开发布以来,pdbbind数据库保持每年更新一次。即将发布的最新2016版中将大约包含16000个复合物的亲合性和三维结构信息。我们的研究表明,pdbbind中的数据信息与其他的同类大型数据库,比如ChEMBL具有很大的互补性,具有独特的研究价值。pdbbind中所有的数据都可以通过如下网站免费获取和使用:http://*** http://***

关键词： pdbbind 亲合性 pdb数据库复合物

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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生物化学教学中实用素材的推荐

中国生物化学与分子生物学报 2022年第1期38卷 120-125页

作者：陈桂芳李艳利上海大学生命科学学院上海200444

本文旨在与从事生物化学教学的教师分享几个实用素材,正在学习生物化学的学生亦可直接使用。素材包括多媒体类例如绪论导入歌曲“Biochemistry”,ATP合酶工作原理的视频,RCSB pdb蛋白质结构数据库,RasMol分子图像观察软件等;实物类例如... 详细信息

本文旨在与从事生物化学教学的教师分享几个实用素材,正在学习生物化学的学生亦可直接使用。素材包括多媒体类例如绪论导入歌曲“Biochemistry”,ATP合酶工作原理的视频,RCSB pdb蛋白质结构数据库,RasMol分子图像观察软件等;实物类例如DNA双螺旋结构的纸质模型,tRNA一二三级结构的纸质模型等。侧重素材的实用性,对素材的应用场景及预期效果也做了简要描述,并以星号形式标注了推荐指数。

关键词：生物化学教学 pdb数据库 RasMol软件

基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

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病毒学报 2018年第5期34卷 519-527页

作者：高柳莺戎浩祝苗董长征宁波大学医学院预防医学系宁波315211 浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB pdb数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB pdb坐标体系转换到RIVEM pdb坐标体系的算法... 详细信息

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB pdb数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB pdb坐标体系转换到RIVEM pdb坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB pdb数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。

关键词：人肠道病毒衣壳表面结构三维结构 RIVEM RCSB pdb数据库二十面体病毒

基于三维结构数据的蛋白质亚细胞位置识别研究

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基于三维结构数据的蛋白质亚细胞位置识别研究

作者：王戈南方医科大学

学位级别：硕士

蛋白质亚细胞位置描述的是蛋白质在细胞中的具体出现位置,与蛋白功能密切相关,很多蛋白质的定位异常也被证实与癌症等疾病有关,所以,确定细胞内的蛋白质亚细胞位置至关重要。近些年来,关于蛋白质亚细胞定位的研究工作进展迅速,为了节省... 详细信息

蛋白质亚细胞位置描述的是蛋白质在细胞中的具体出现位置,与蛋白功能密切相关,很多蛋白质的定位异常也被证实与癌症等疾病有关,所以,确定细胞内的蛋白质亚细胞位置至关重要。近些年来,关于蛋白质亚细胞定位的研究工作进展迅速,为了节省时间与实验成本,智能算法越来越多地被用于亚细胞定位工作中,涌现出如DeepLoc、Hum-mPLoc 3.0、SCLpred等自动定位模型,这些算法通常提取位置相关特征并建立分类模型,实现高性能的亚细胞位置自动分类。但是,当前的研究工作大多是从蛋白质序列和图像中提取定位特征,只有少数研究涉及到蛋白质的三维结构数据。蛋白质结构从位置和空间角度展示了蛋白特性,结构信息中的形状、相对位置、拓扑特征、分子表面构型等均对蛋白功能等起着决定性作用。所以,对三维结构角度分析蛋白质亚细胞定位,将是提升相关模型性能的重要途径,也将为多尺度蛋白质研究提供新思路。本文分别从特征工程和深度学习方法的角度对蛋白质分子的三维结构进行特征分析,验证了结构信息对于蛋白质亚细胞位置分类的有效性。首先,从物理和化学特性、拓扑特性等方面设计了多种算子用以描述蛋白质结构,并采用深度学习方法自动抽取结构特征,用于亚细胞位置的分类,并与序列特征相结合进行了实验验证。结果表明,其中一部分结构特征对蛋白质的位置分类能取得较为理想的结果,且对序列分类的性能有一定的提升效果。其次,本文针对基于图卷积的蛋白质位置分类模型进行了深入研究,在训练数据、图的构建、网络结构等多个方面进行了优化和测试,并利用自注意力机制提取了结构中对定位结果影响较大的子结构片段,从生物机制方面探索三维结构与定位的相关性。本文的研究为蛋白质空间分布的分析提供了新的视角,在研究蛋白质结构与其功能的关系以及相关疾病的发病机制方面有潜在应用价值。

关键词：亚细胞定位蛋白质结构深度学习图卷积 pdb数据库

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嵌入式环境下跨平台地图显示技术

嵌入式环境下跨平台地图显示技术

作者：陈建斌解放军信息工程大学

学位级别：硕士

现有的嵌入式GIS产品大都基于Windows CE平台用EVC开发的,移植性较差。嵌入式环境下,可供选择的实时操作系统有Windows CE、Palm OS、Embedded Linux等几十种。在多操作系统共存的情况下,仅仅开发单一平台的产品无法满足应用的需要,可... 详细信息

现有的嵌入式GIS产品大都基于Windows CE平台用EVC开发的,移植性较差。嵌入式环境下,可供选择的实时操作系统有Windows CE、Palm OS、Embedded Linux等几十种。在多操作系统共存的情况下,仅仅开发单一平台的产品无法满足应用的需要,可跨平台的嵌入式GIS提供了这一问题的解决方案。本文针对嵌入式GIS的研发、应用现状,研究了在小型终端上实现跨操作系统平台的地图显示技术。主要进行了以下一些工作: 1、总结了桌面环境中进行跨平台软件设计通常采用的解决方案,在此基础上,介绍了嵌入式环境下的一款类Java虚拟机SuperWaba,分析了基于SuperWaba实现跨平台地图显示的基本流程。 2、详细分析了嵌入式环境下实现跨平台地图显示的两大技术难点:数据共享、复杂图形绘制,重点探讨了具体的解决方法: 通过对地图矢量数据进行字节序无关处理、对属性数据进行字符串格式处理,解决了平台间数据存储格式的差异问题,实现了可在Windows CE和Palm OS之间共享的空间数据模型。通过分层抽象,在应用层与操作系统层之间增加了绘图抽象层,解除了应用层代码对于操作系统的依赖,降低了应用层和操作系统层之间的强耦合;设计了绘图抽象接口,并利用SuperWaba-JNI技术在Windows CE和Palm OS上用本地方法对绘图接口作了具体实现,解决了复杂图形的跨平台绘制。 3、在分析pdb数据库文件结构的基础上,探讨了基于pdb的空间数据哈希索引技术,并成功建立了矢量数据的哈希索引文件。探讨了系统设计及代码编写过程中需要注意的一些相关细节问题以及性能优化技术。 4、结合MVC模式,设计了跨平台地图显示系统的分层架构模型;基于SuperWaba实现了跨平台地图显示原型系统。实验表明:基于SuperWaba的地图显示系统能够在Windows CE和Palm OS上运行;应用了SuperWaba-JNI技术的地图绘制方案,很好地结合了本地方法的高效率和SuperWaba方法的可移植性,对设计跨平台嵌入式GIS有一定的参考价值。

关键词： PDA 跨平台 SuperWaba pdb数据库空间数据索引 JNI 地图显示

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蛋白质结构与功能研究中的分子模拟技术

上海生物医学工程 2006年第1期27卷 20-25页

作者：刘伟丁祖泉王海芸同济大学生命科学与技术学院上海200092

分子模拟技术为蛋白质的研究提供了一种崭新的手段,在理论上解决了结构预测和功能分析以及蛋白质工程实施方面所面临的难题。它在蛋白质的结构预测和模建工作中占有举足轻重的地位,实现了生物技术与计算机技术的完美结合。本文简要阐述... 详细信息

分子模拟技术为蛋白质的研究提供了一种崭新的手段,在理论上解决了结构预测和功能分析以及蛋白质工程实施方面所面临的难题。它在蛋白质的结构预测和模建工作中占有举足轻重的地位,实现了生物技术与计算机技术的完美结合。本文简要阐述了该技术的基本步骤和工作原理,并以目前应用最广的生物大分子领域的商品化分子模拟软件Accelrys公司基于Linux系统开发的InsightII为例,介绍了相关程序模块的功能和作用,同时结合该技术在蛋白质的结构预测和模建、结构与功能关系分析、分子设计等过程中的开发与应用,加以具体说明和展望。

关键词： pdb数据库分子模拟技术同源模建分子药物设计

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药物信息数据库在药物化学教学中的应用

药学教育 2020年第6期36卷 47-50页

作者：贺依依欧阳勤肖卿倪平陆军军医大学药学与检验医学系重庆400038

随着计算机科学和信息技术的高速发展,药物信息数据库的提出及其相关研究的开展,给现代药物化学的教学改革带来了新的机遇和挑战。将药物信息数据库融入药物化学基础知识教学,创新课堂教学模式,加深学生对基础知识的理解,培养学生学习能... 详细信息

随着计算机科学和信息技术的高速发展,药物信息数据库的提出及其相关研究的开展,给现代药物化学的教学改革带来了新的机遇和挑战。将药物信息数据库融入药物化学基础知识教学,创新课堂教学模式,加深学生对基础知识的理解,培养学生学习能力,提升学习效果。围绕pdb、DrugBank等药物信息数据库的综合运用,在药物化学教学中形成融合模式,体现药物信息数据库在药物化学教学中的整体功能。

关键词：药物信息数据库 pdb数据库 DrugBank数据库药物化学教学