基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

作     者：高柳莺 戎浩 祝苗 董长征 GAO Liuying;RONG Hao;ZHU Miao;DONG Changzheng

作者机构：宁波大学医学院预防医学系宁波315211 浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211 

出 版 物：《病毒学报》 (Chinese Journal of Virology)

年 卷 期：2018年第34卷第5期

页      面：519-527页

核心收录：

学科分类：0401[教育学-教育学] 04[教育学] 

基　　金：浙江省基础公益研究计划项目(项目号:LGF18C060001),题目:人肠道病毒构象表位研究及在手足口疫情监测预警中的应用 浙江省教育厅基金(项目号:Y201533182),题目:人肠道病毒71型生物信息网络研究 宁波大学研究生科研创新基金,题目:人肠道病毒构象表位的生物信息学研究 宁波大学“大学生科研创新计划”(项目号:2018SRIP1913),题目:小RNA病毒构象表位的生物信息学研究~~ 

主　　题：人肠道病毒 衣壳表面结构 三维结构 RIVEM RCSB PDB数据库 二十面体病毒 

摘      要：RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB PDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。