检索结果-南通市图书馆

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

二十面体病毒衣壳结构的几何拓扑模型

二十面体病毒衣壳结构的几何拓扑模型

作者：许康进兰州大学

学位级别：硕士

病毒是介于生命与非生命之间的一类无细胞结构的微小生物,大多数病毒衣壳的结构蛋白根据物理学及几何学原理可以装配成规律性的几何堆积——对称的二十面体衣壳,。病毒的三角形剖分数T表明了各种不同的二十面体病毒的壳粒总数与蛋白亚... 详细信息

病毒是介于生命与非生命之间的一类无细胞结构的微小生物,大多数病毒衣壳的结构蛋白根据物理学及几何学原理可以装配成规律性的几何堆积——对称的二十面体衣壳,。病毒的三角形剖分数T表明了各种不同的二十面体病毒的壳粒总数与蛋白亚基总数之间的关系,并可以用来描述和分类各种球形病毒的衣壳结构。二十面体病毒有着非常规整的结构,可以用“准等价”原理对其结构进行几何模拟。本文讲述如何构造合理的理论模型去描述病毒蛋白衣壳结构,并计算出模型要素之间的相互联系。首先根据病毒衣壳的实际情况按照一定规则画出网格图,五聚体壳粒用五边形刻画,六聚体壳粒用六边形刻画,壳粒间空隙用四边形或三角形填充,得到的网格图恰好是扩展的Goldberg多面体,再把多面体构造成多面体链环,对多面体链环进行Seifert构造,计算得出新欧拉公式：s+μ==c+2。

关键词：二十面体病毒扩展的Goldberg多面体新欧拉公式

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

模拟构筑二十面体病毒衣壳结构的研究进展

化学通报 2009年第12期72卷 1086-1090页

作者：钟煜谢成根何晓梅皖西学院化学与生命科学系安徽六安237012

许多病毒具有二十面体对称结构,二十面体病毒衣壳结构的模拟构筑已成为物质结构的研究目标之一。介绍了二十面体病毒衣壳结构的几种模型,对各种模型的特点及应用范围进行了归纳,并对衣壳结构模拟构筑的意义进行了简要介绍。

关键词：二十面体病毒衣壳模拟构筑模型结构

蛋白亚基局部相互作用模拟构筑二十面体病毒衣壳

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

皖西学院学报 2009年第2期25卷 58-61页

作者：钟煜常文贵刘传芳皖西学院化学与生命科学系安徽六安237012

二十面体病毒衣壳结构蛋白具有不同的构象。装配过程中,正在附着的蛋白亚基构象与位置在先前蛋白亚基构象的指令下,发生相应的调整后装配到衣壳骨架上。局部相互作用指导下的装配反复进行,最终形成规整的二十面体病毒衣壳的立体结构。对... 详细信息

二十面体病毒衣壳结构蛋白具有不同的构象。装配过程中,正在附着的蛋白亚基构象与位置在先前蛋白亚基构象的指令下,发生相应的调整后装配到衣壳骨架上。局部相互作用指导下的装配反复进行,最终形成规整的二十面体病毒衣壳的立体结构。对T=1、3、4、7的病毒衣壳,分别建立了蛋白亚基构象局部相互作用的连接方式与增长方式,并构筑了T=4、7的立体模型。

关键词：二十面体病毒衣壳蛋白亚基局部相互作用构象

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

两种二十面体动物病毒的冷冻电镜结构分析

两种二十面体动物病毒的冷冻电镜结构分析

作者：苗苗浙江大学

学位级别：硕士

研究背景及目的随着冷冻电镜硬件上的突破,尤其是直接电子相机的问世,以及软件方面如图像的处理和算法的改进,单颗粒冷冻电镜技术已经发展成为结构生物学中研究生物大分子(包括病毒)三维结构最常用的手段。二十面体病毒自身具有极好的... 详细信息

研究背景及目的随着冷冻电镜硬件上的突破,尤其是直接电子相机的问世,以及软件方面如图像的处理和算法的改进,单颗粒冷冻电镜技术已经发展成为结构生物学中研究生物大分子(包括病毒)三维结构最常用的手段。二十面体病毒自身具有极好的对称性及合适的分子量范围,一直是冷冻电镜解析结构的热点。传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)是一种二十面体dsRNA病毒,该病毒引起的鸡传染性法氏囊病给全球养殖业带来了巨大的经济损失。目前关于该病毒的结构研究多关注在其衣壳表面,病毒衣壳内基因组及其核酸转录酶的相关信息还不清楚。本实验主要研究IBDV生理条件下三维结构并通过该结构获得IBDV衣壳内部基因组及核酸转录酶的包装信息。猪圆环病毒 2 型(Porcine circovirus type 2,PCV2)是猪圆环病(Porcine circovirus disease)和猪圆环病综合征(porcine circovirus-associated diseases,PCVD)的病原体。PCV2病毒粒子直径～15 nm,基因组为单股环状负链DNA。虽然目前已经成功获得了 PCV2VLP的晶体结构,但该空衣壳结构不含病毒核酸,并不能完全代表生理状态的包含基因组的PCV2结构,也不能用于研究病毒衣壳蛋白与核酸间的相互作用。本课题利用冷冻电镜开展对PCV2完整病毒的结构学研究,分析核酸与病毒蛋白衣壳的相互作用,为了解PCV2致病机制提供了结构信息。方法(1)通过IBDV感染DF-1细胞分离纯化得到IBDV颗粒。(2)应用IFA检测纯化的IBDV颗粒的完整性。(3)利用冷冻电镜技术结合三维重构方法解析IBDV三维结构,并与其他dsRNA病毒结构进行比较。(4)利用冷冻电镜技术解析PCV2三维结构。结果(1)获得了高纯度、均一性良好的IBDV颗粒。(2)IFA结果显示感染纯化的IBDV的DF-1细胞与抗VP5单抗作用,在细胞上产生绿色荧光。(3)解析了 IBDV完整病毒粒子约6.6 A分辨率的三维结构。(4)解析了 PCV2完整病毒粒子2.97 A分辨率的三维结构。结论(1)IBDV T=13单层病毒衣壳由260个VP2三聚体蛋白组成,VP2三聚体在衣壳表面采取五种不同构象分布。同时IBDV衣壳内部观察不到dsRNA病毒特征性的基因组密度和病毒核酸转录酶电子密度,统计分析表明IBDV内部核酸包装密度明显低于其他dsRNA病毒,结果暗示IBDV的基因组采用了不同于其他dsRNA病毒基因组的组装方式。(2)PCV2为无囊膜二十面体病毒,T=1单层衣壳由Cap(Capsid Protein)蛋白组成。PCV2完整病毒三维结构表明PCV2衣壳蛋白与核酸的相互作用影响了衣壳蛋白的局部构象。衣壳五次轴处带正电氨基酸残基与5次轴孔道内的核酸作用,暗示病毒核酸的释放与五次轴处的孔道相关。

关键词：冷冻电镜二十面体病毒传染性法氏囊病病毒猪圆环病毒2型三维重构

基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

病毒学报 2018年第5期34卷 519-527页

作者：高柳莺戎浩祝苗董长征宁波大学医学院预防医学系宁波315211 浙江省病理生理学技术研究重点实验室宁波315211

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法... 详细信息

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB PDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。

关键词：人肠道病毒衣壳表面结构三维结构 RIVEM RCSB PDB数据库二十面体病毒

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于冷冻电镜局部重构的腺病毒结构研究

基于冷冻电镜局部重构的腺病毒结构研究

作者：宋双林湖南师范大学

学位级别：硕士

物质的结构决定了其功能,生物大分子也是如此,病毒作为一种特殊的生物大分子,广泛地分布在自然界中,它们必须在活细胞内寄存,虽然病毒会给人类带来一些有益的地方,但更多的时候带来的是极度危险的疾病。结构解析是病毒功能研究的基础,... 详细信息

物质的结构决定了其功能,生物大分子也是如此,病毒作为一种特殊的生物大分子,广泛地分布在自然界中,它们必须在活细胞内寄存,虽然病毒会给人类带来一些有益的地方,但更多的时候带来的是极度危险的疾病。结构解析是病毒功能研究的基础,对病毒引起的疾病防控及相关的药物设计意义重大。生物大分子结构解析的主要手段有核磁共振波谱学(NMR),X-ray晶体学,以及冷冻电子显微学(Cryo-EM),而其中冷冻电镜技术在解析生物大分子结构上具有独特的优势,制样时不需要对样品结晶,从而使样品更加接近其活性状态,且适用于较大分子量的生物大分子。冷冻电镜技术经过多年的发展,其三维重构分辨率得到了突破性的进展,目前冷冻电镜技术已经成为解析生物大分子三维结构的主流工具之一。病毒颗粒通常分子量巨大、难以结晶。冷冻电镜因为不需要对样品进行结晶的特点成为了解析病毒结构的最有力工具。病毒颗粒一般具有高度的对称性(如二十面体对称性),在重构过程中利用这一特性来抑制图像噪声、提升最终重构的分辨率。利用冷冻电镜单颗粒技术,已经有大量的病毒结构得到解析。但是依然存在诸多问题,如病毒衣壳上各区域分辨率达不到一致,一些柔性蛋白质的分辨率往往达不到衣壳分辨率。为了解决这一系列难题,本文发展了基于冷冻电镜二十面体三维重构的局部重构新方法,对柔性蛋白区域进行局部精修与重构,从而获得高分辨柔性蛋白的结构。本文主要工作如下:1)通过使用二十面体三维重构技术获得了人类腺病毒(human adenovirus)衣壳3.4?的高分辨结构,并基于三维密度图搭建了原子模型;2)发展了局部精修与重构的方法,并编写了大规模计算程序包;3)对人类腺病毒衣壳上几个柔性的小蛋白质(IX、VII、IIIa)进行了局部重构,获得了其高分辨结构,并修正了其对应的原子模型。

关键词：冷冻电镜二十面体病毒局部重构腺病毒

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

哈兽研所学委会举办专家学术报告会

畜牧兽医科技信息 1997年第18期 11-11页

作者：初秀

中国农业科学院哈尔滨兽医研究所学术委员会积极开展学术活动,于1997年8月6日和13日,分别邀请该所的两位专家作了专题报告。王继科副研究员报告的题目是“

关键词：专家学术报告二十面体病毒开展学术活动中国农业科学院副研究员兽医研究所防制对策研究现状学术委员会专题报告