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基于PCR检测探究人乳头状瘤病毒在NIP发病中的作用及其与预后关系

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病毒学报 2022年第2期38卷 271-277页

作者：洪海填刘海楼许连福张军能厦门市第五医院厦门361100

基于PCR检测法探究人乳头状瘤病毒在鼻腔鼻窦内翻性乳头状瘤(NIP)发病中的作用及其与预后关系。选取2010年9月至2016年9月期间本院病理科存档的110例石蜡包埋块NIP病理标本作为NIP标本组,临床分期分为T1期4例,T2期12例,T3期38例,T4期56... 详细信息

基于PCR检测法探究人乳头状瘤病毒在鼻腔鼻窦内翻性乳头状瘤(NIP)发病中的作用及其与预后关系。选取2010年9月至2016年9月期间本院病理科存档的110例石蜡包埋块NIP病理标本作为NIP标本组,临床分期分为T1期4例,T2期12例,T3期38例,T4期56例,病理分化分为低分化20例,中分化56例,高分化34例。选取30例健康志愿者粘膜组织作为对照组,观察NIP和对照组标本的HPV感染率、HPV分型、不同临床分期和病理分化下NIP中的HPV感染率、影响NIP复发的影响因素以及NIP复发情况与HPV阳性、临床分期及病理分化程度的相关性。NIP标本中总检出阳性率为70.91%,对照组标本检测阳性率为0.00%(PPCR检测NIP石蜡标本中是否存在HPV和HPV亚型分型以及进行NIP临床分期和病理分化,并密切对患者进行随访,观察有无侵犯颅底或眶内容物,有助于预测肿瘤的复发情况,帮助患者尽早采取积极手术治疗,是患者早期治疗以及改善预后的重要依据,值得在临床推广使用。

关键词： PCR检测人乳头状瘤病毒 NIP 复发率相关性

芒果炭疽病病原亚洲炭疽菌(Colletotrichum asianum)特异性PCR检测

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植物病理学报 2023年

作者：鲁萌萌唐利华黄穗萍陈小林郭堂勋马立安陆建勋李其利长江大学生命科学学院广西壮族自治区农业科学院植物保护研究所/农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室/广西作物病虫害生物学重点实验室广西壮族自治区农业科学院花卉研究所

亚洲炭疽菌(Colletotrichum asianum)是一种能引发芒果炭疽病的优势病原菌。为建立一种能快速诊断该病原菌所引起的芒果炭疽病的PCR检测方法，本研究通过比较不同种类炭疽菌的全基因组DNA序列，获得了1条C. asianum特异性序列，设计并... 详细信息

亚洲炭疽菌(Colletotrichum asianum)是一种能引发芒果炭疽病的优势病原菌。为建立一种能快速诊断该病原菌所引起的芒果炭疽病的PCR检测方法，本研究通过比较不同种类炭疽菌的全基因组DNA序列，获得了1条C. asianum特异性序列，设计并筛选得到1对特异性引物：caf1(5’-CCGTCAGACGGAATTATCAGC-3’)和car1(5’-CCGATCCTGTCT TTGAAATGG-3’)。结果表明，引物caf1/car1可以从C. asianum中扩增出长度为419 bp的特异性目标条带，灵敏度可达到1 pg·μL-1。利用该引物能够从人工接种C. asianum YN55-1的芒果叶片以及田间发生炭疽病的芒果叶片样品中快速稳定地检测出长度为419 bp的目标条带。本研究建立的特异性PCR检测方法为C. asianum导致的芒果炭疽病的田间监测和快速诊断提供了技术支持。

关键词：芒果炭疽病 PCR检测亚洲炭疽菌

生姜腐皮镰刀菌的分离鉴定及pcr快速检测方法构建

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植物病理学报 2022年第4期52卷 681-690页

作者：周洁张玲玲袁继荣秦曼丽刘续立何杨吴林贾切刘奕清长江大学园艺园林学院/香辛作物研究院荆州434025 重庆市幅沅农业生物技术研究院有限公司永川402160

由腐皮镰刀菌(Fusarium solani)引起的生姜枯萎病是一种毁灭性真菌土传病害,其病原菌的快速高效检测,有助于枯萎病的早期诊断及预警。通过回接试验、形态学观测以及系统进化树分析,对湖北生姜产区分离的菌株进行鉴定,获得生姜腐皮镰刀菌... 详细信息

由腐皮镰刀菌(Fusarium solani)引起的生姜枯萎病是一种毁灭性真菌土传病害,其病原菌的快速高效检测,有助于枯萎病的早期诊断及预警。通过回接试验、形态学观测以及系统进化树分析,对湖北生姜产区分离的菌株进行鉴定,获得生姜腐皮镰刀菌(F.solani)。基于镰刀菌属通用引物TEF-1αF/TEF-1αR基因序列,以腐皮镰刀菌基因组DNA为模板进行扩增测序,根据序列信息设计筛选出一对腐皮镰刀菌特异性引物,构建了基于普通pcr的快速高效分子检测方法,并对接种过病菌的生姜植株和土壤进行检测验证。通过病原菌的菌落形态、孢子显微结构观察、真菌通用引物ITS1/ITS4鉴定和致病性测定,确定引起生姜枯萎病的病原菌为腐皮镰刀菌(F.solani)。用设计的特异性引物F8/R8进行pcr,特异扩增获得约381 bp的目标条带,检测灵敏度为454 pg·μL^(-1),利用该引物对带菌生姜幼苗和土壤进行检测验证,证实可从发病生姜幼苗和带菌土壤中特异性检测到腐皮镰刀菌(F.solani)。本研究明确了引起湖北生姜枯萎病的病原菌为腐皮镰刀菌(F.solani),并建立了pcr快速检测方法。该检测方法简便、灵敏、高效,可用于生姜枯萎病的早期诊断与预防。

关键词：生姜枯萎病腐皮镰刀菌 PCR检测

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大熊猫轮状病毒PCR检测方法的建立及应用

兽类学报 2021年第3期41卷 254-260页

作者：苏小艳李林燕霞张东升侯蓉刘颂蕊成都大熊猫繁育研究基地成都610081 四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610081 四川省大熊猫科学研究院成都610081

轮状病毒是威胁大熊猫健康的主要病原微生物之一。为了对大熊猫轮状病毒进行快速、方便且准确地检测,研发适合于基层饲养单位和保护区的检测方法是非常有必要的。本研究通过合成大熊猫轮状病毒Vp7基因序列,构建了PUC-VP7的重组质粒,并... 详细信息

轮状病毒是威胁大熊猫健康的主要病原微生物之一。为了对大熊猫轮状病毒进行快速、方便且准确地检测,研发适合于基层饲养单位和保护区的检测方法是非常有必要的。本研究通过合成大熊猫轮状病毒Vp7基因序列,构建了PUC-VP7的重组质粒,并将其作为阳性对照对大熊猫轮状病毒样本进行PCR检测和分析。结果表明,在进行pcr扩增分析时,该质粒和病毒cDNA二者均在340 bp处出现了特异性条带。此外,对收集到的45份大熊猫粪便样本进行轮状病毒抗原检测时,其中2份样品在340 bp处出现条带,该基因片段与大熊猫轮状病毒CH-1株的相似性为99.89%。本研究构建的PUC-VP7质粒不但可以作为大熊猫轮状病毒PCR检测中的阳性质控品,而且还能有效地促进该pcr病毒检测技术在基层饲养单位和保护区的推广和应用。

关键词：大熊猫轮状病毒 PCR检测 Vp7基因质粒构建

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应用二次PCR检测草莓炭疽病菌

江苏农业科学 2023年第9期51卷 125-131页

作者：唐冬兰蒋立奔唐泉宋芹芹曹荣祥江苏丘陵地区南京农业科学研究所江苏南京210046

开发了一种基于pcr的草莓炭疽病致病菌暹罗炭疽菌(Colletotrichum sisamense)检测方法。通过分析暹罗炭疽菌及24种真菌的ITS区序列,设计了1条反向特异引物CsiaR,结合引物CgInt可仅从暹罗炭疽菌中扩出约400 bp片段。对不同浓度暹罗炭疽菌... 详细信息

开发了一种基于pcr的草莓炭疽病致病菌暹罗炭疽菌(Colletotrichum sisamense)检测方法。通过分析暹罗炭疽菌及24种真菌的ITS区序列,设计了1条反向特异引物CsiaR,结合引物CgInt可仅从暹罗炭疽菌中扩出约400 bp片段。对不同浓度暹罗炭疽菌DNA溶液进行检测,第1轮和第2轮pcr的最低检出限分别为50 pg/μL和5 fg/μL;对接种不同浓度暹罗炭疽菌分生孢子悬浮液的草莓样本(接种48 h,症状未出现)进行检测,低于1.0×10^(4)个孢子/mL的处理无法检出;对田间随机采集的草莓样本检测时,PCR检测阳性的样本(含有症状和无症状)中均可分离到暹罗炭疽菌。总体来说,本方法可用于草莓中暹罗炭疽菌的早期、快速及准确检测,从而为草莓炭疽病的及时有效防控提供依据。

关键词：草莓炭疽病暹罗炭疽菌 ITS序列 PCR检测

黏菌素耐药细菌mcr-1基因TaqManpcr快速检测方法的建立

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中华微生物学和免疫学杂志 2018年第9期38卷 710-715页

作者：尚伟代稳陈北方王玫邹大阳仓宝成中国人民解放军第一五三中心医院郑州450042 郑州轻工业学院 450002 中国人民解放军疾病预防控制所北京100071

目的建立一种快速灵敏准确的分子检测方法用来检测临床分离菌株中的mcr-1基因.方法根据mcr-1基因的序列设计一对特异性引物和一条TaqMan探针,同时构建含有mcr-1基因片段的重组质粒作为阳性标准品,采用TaqMan探针荧光定量pcr方法检测... 详细信息

目的建立一种快速灵敏准确的分子检测方法用来检测临床分离菌株中的mcr-1基因.方法根据mcr-1基因的序列设计一对特异性引物和一条TaqMan探针,同时构建含有mcr-1基因片段的重组质粒作为阳性标准品,采用TaqMan探针荧光定量pcr方法检测耐药基因mcr-1,并对方法的敏感性、重复性和特异性进行评价.结果 TaqMan探针荧光定量pcr结果显示起始模板量与Ct值之间存在良好的线性关系（R2〉0.999）,检出下限为10拷贝/μl,比常规pcr敏感性高100倍;特异性检测显示只有含mcr-1基因的菌株结果为阳性,其余菌株为阴性;组内及组间重复性试验的变异系数均小于1％.利用所建立的方法对150株临床分离的耐药菌株进行检测,检测到2株菌株携带mcr-1耐药基因,2株菌株鉴定均为大肠杆菌.结论建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测耐药基因mcr-1的方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的优点,可用于临床检验上特异性检测携带mcr-1基因的临床耐药菌株,为临床药物治疗提供更好的依据.

关键词：黏菌素耐药 mcr-1基因 PCR检测 TaqMan探针

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西瓜枯萎病菌pcr分子检测方法研究

果树学报 2019年第12期36卷 1771-1779页

作者：钟鑫赵静吴晓蕾李敬蕊吕桂云河北农业大学园艺学院

【目的】西瓜枯萎病是一种严重危害西瓜生产的世界性土传真菌病害,快速及时地检测出西瓜枯萎病菌,对西瓜枯萎病的早期监控预测及后期防治具有重要意义。【方法】利用镰孢属尖孢镰刀菌基因组的数据库,设计筛选西瓜枯萎病菌的特异引物,基... 详细信息

【目的】西瓜枯萎病是一种严重危害西瓜生产的世界性土传真菌病害,快速及时地检测出西瓜枯萎病菌,对西瓜枯萎病的早期监控预测及后期防治具有重要意义。【方法】利用镰孢属尖孢镰刀菌基因组的数据库,设计筛选西瓜枯萎病菌的特异引物,基于普通pcr技术建立快速简便的分子检测体系,对接种过的西瓜植株和土壤进行检测验证。【结果】该引物可获得556 bp的特异性扩增片段,体系的灵敏度为365 pg·μL^-1。利用PCR检测体系对感病西瓜植株和土壤进行检测,结果显示在抗感品种接种1~5 d后都能检测到西瓜枯萎病菌,而此时植株没有病症,后期检测到的病菌量与其病情指数有一定的相关性;检测接种过的土壤的灵敏度为5×10^2 cfu·g^-1,而在此密度的病菌土壤中,西瓜植株的发病株率较低。【结论】建立了一套基于普通pcr技术分子检测体系,可用于感病植株和土壤的西瓜枯萎病菌快速及时检测,为指导西瓜枯萎病的早期预测以及制定综合防治措施提供重要的参考依据。

关键词：西瓜枯萎病菌 PCR检测土壤

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刺盘孢属真菌PCR检测方法的建立

新疆农业科学 2019年第5期56卷 919-926页

作者：李凤张祥林王翀罗明新疆农业大学农学院乌鲁木齐830052 乌鲁木齐海关技术中心乌鲁木齐830063

【目的】刺盘孢属(Colletotrichum)真菌是重要的植物病原菌,引起植物炭疽病。建立刺盘孢属真菌PCR检测方法。【方法】比对分析刺盘孢属及其近似属的ITS序列,设计刺盘孢属特异性引物,建立pcr扩增体系,验证引物的特异性和灵敏度。【结果... 详细信息

【目的】刺盘孢属(Colletotrichum)真菌是重要的植物病原菌,引起植物炭疽病。建立刺盘孢属真菌PCR检测方法。【方法】比对分析刺盘孢属及其近似属的ITS序列,设计刺盘孢属特异性引物,建立pcr扩增体系,验证引物的特异性和灵敏度。【结果】设计出刺盘孢属特异性引物ITS-c3/c4,建立了刺盘孢属常规PCR检测体系。建立的pcr体系能从刺盘孢属菌株中扩增出449bp的特异性条带,刺盘孢属的近似属菌株未能扩增到条带。灵敏度试验可检测到DNA的浓度为2.2pg/0x0E?SymbolmA@0x0FL。【结论】用建立的pcr体系对炭疽病梨果实样品进行检测,可从发病组织中检测到刺盘孢属真菌。建立的pcr方法可靠、灵敏度高,能够快速、准确检测出刺盘孢属真菌。

关键词：刺盘孢属 PCR检测特异性

柑橘黄龙病症状与“Candidatus Liberibacter asiaticus”PCR检测结果的相关性分析

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植物病理学报 2016年第3期46卷 367-373页

作者：许美容陈燕玲邓晓玲华南农业大学农学院柑橘黄龙病研究室广州510642

柑橘黄龙病症状较为复杂,且因寄主品种、生长期、病程等因素而异。利用PCR检测其病原菌"Candidatus Liberibacter spp."是目前柑橘黄龙病诊断的可靠方法之一。分析柑橘黄龙病症状与PCR检测结果的相关性有助于提高黄龙病的田间诊断准确... 详细信息

柑橘黄龙病症状较为复杂,且因寄主品种、生长期、病程等因素而异。利用PCR检测其病原菌"Candidatus Liberibacter spp."是目前柑橘黄龙病诊断的可靠方法之一。分析柑橘黄龙病症状与PCR检测结果的相关性有助于提高黄龙病的田间诊断准确率。本研究结果表明,与PCR检测相比,根据症状诊断柑橘黄龙病具有较高的假阳性率(8.20%)和假阴性率(50%);通过分析1 839个样品的症状与病原PCR检测结果发现,表现为斑驳型黄化、均匀黄化和"绿岛"这3种叶部症状以及"红鼻子果"和畸形果这2种果实症状的pcr病原检出率高;具有斑驳和黄化、黄化和"绿岛"、"绿岛"和花叶等复合症状样品的PCR检测"Ca.L.asiaticus"的阳性率最高;直径小于1 cm的幼果中的"Ca.L.asiaticus"检测稳定性低。这些结果为更准确地通过症状诊断柑橘黄龙病提供了科学依据。

关键词：柑橘黄龙病症状 “Candidatus Liberibacter asiaticus” PCR检测