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基于parms技术的绿豆抗叶斑病基因 VrTAF5 分子标记的开发

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江苏农业学报 2021年第6期37卷 1386-1392页

作者：李灵慧吴然然陈景斌崔晓艳袁星星朱月林陈新南京农业大学园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院经济作物研究所江苏南京210014

叶斑病是绿豆生产上主要的真菌性病害,利用抗性品种是防治该病害最经济、安全、有效的途径。为筛选抗病资源,根据抗性基因VrTAF5的突变位点,利用五引物扩增受阻突变体系(Penta-primer amplification refractory mutation system,parms)... 详细信息

叶斑病是绿豆生产上主要的真菌性病害,利用抗性品种是防治该病害最经济、安全、有效的途径。为筛选抗病资源,根据抗性基因VrTAF5的突变位点,利用五引物扩增受阻突变体系(Penta-primer amplification refractory mutation system,parms)开发分子标记。并利用抗病性具有差异的164份绿豆资源对所开发的分子标记的可靠性进行检验和评价。结果表明,VrTAF5-1517分子标记在7个分子标记中的检出率最高,基因分型为AA、AC、CC,可以有效区分基因碱基序列的SNP差异。根据叶斑病抗性评价结果,该标记对抗病材料的选择效率为75.00%、感病材料的选择效率为93.42%。VrTAF5-1517分子标记对抗病资源中检出抗病基因型的比例、对高感和感病资源中检出感病基因型比例均为100%,说明本研究开发的分子标记可用于绿豆抗叶斑病分子标记辅助育种。

关键词：绿豆叶斑病 VrTAF5基因 SNP分子标记 parms技术

基于parms技术的稻瘟病抗性基因分子标记研究及其在江苏太湖稻区的应用

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江西农业学报 2023年第8期35卷 23-28,35页

作者：宋云生曹鹏辉于雅洁乔中英朱勇良谢裕林袁彩勇董明辉江苏太湖地区农业科学研究所江苏苏州215000

以江苏太湖稻区的206份水稻育种高代稳定材料为研究对象,基于parms技术开发并应用了针对抗稻瘟病基因(Pi2、Pib、Pita、Pik)的分子标记,通过对水稻材料的基因型进行鉴定,分析了稻瘟病抗性基因在太湖稻区的分布情况,并进一步探讨了抗性... 详细信息

以江苏太湖稻区的206份水稻育种高代稳定材料为研究对象,基于parms技术开发并应用了针对抗稻瘟病基因(Pi2、Pib、Pita、Pik)的分子标记,通过对水稻材料的基因型进行鉴定,分析了稻瘟病抗性基因在太湖稻区的分布情况,并进一步探讨了抗性基因与田间诱发穗颈瘟抗病性表现的关系。结果表明,抗性基因Pib、Pita和Pik在供试材料中分布广泛,检出率分别为98.06%、85.44%和40.29%,而Pi2基因的检出率则较低,仅为26.70%。在抗性基因组合中,以“Pib+Pita”组合材料最多,占比84.47%;3个基因组合中以“Pib+Pita+Pik”的材料最多,占比34.47%。由田间抗病性鉴定结果可知,多基因聚合对稻瘟病的抵抗力明显增强,同时存在2个基因“Pib+Pita”的中抗级别以上材料48份,存在3个基因“Pi2+Pita+Pik”的中抗级别以上材料47份。相关性分析表明,Pib和Pik基因与穗颈瘟的抗性呈(极)显著正相关,而Pi2和Pita基因的相关性不显著。本研究结果对于制定江苏太湖地区更有效的稻瘟病防治策略,以及进一步研究抗病品种选育具有重要的理论意义和较大的应用价值。

关键词： parms技术稻瘟病抗性基因分子标记太湖稻区

江苏太湖地区粳稻稻瘟病抗性基因(Pi2、Pita、Pib)的分布及抗病效应

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江苏农业学报 2024年第5期40卷 769-776页

作者：于雅洁曹鹏辉宋云生陈飞乔中英董明辉朱勇良谢裕林袁彩勇江苏太湖地区农业科学研究所江苏苏州215104

为分析稻瘟病抗性基因Pi2、Pita、Pib在江苏太湖地区粳稻稻瘟病抗性育种中的作用,利用五引物扩增受阻突变体系(parms)检测技术,检测水稻稻瘟病抗性基因Pi2、Pita、Pib在江苏太湖地区农业科学研究所筛选培育的799份高世代稳定试验材料中... 详细信息

为分析稻瘟病抗性基因Pi2、Pita、Pib在江苏太湖地区粳稻稻瘟病抗性育种中的作用,利用五引物扩增受阻突变体系(parms)检测技术,检测水稻稻瘟病抗性基因Pi2、Pita、Pib在江苏太湖地区农业科学研究所筛选培育的799份高世代稳定试验材料中的分布情况,并结合穗颈瘟人工接种鉴定结果分析基因型与抗性的关系。结果表明,在799份供试水稻品种中,以抗性基因Pib的分布频率最高,抗性基因Pita的分布频率也相对较高,抗性基因Pi2分布频率较低,多数材料携带2个抗性基因;在抗性基因组合中,Pita+Pib组合检出率较高,为44.81%(358/799)。田间抗病性鉴定结果表明,当供试材料中只存在单一抗病基因时,中抗级别以上材料占比为33.60%(86/256),当供试材料中存在复合基因型时,中抗级别以上材料占比为61.02%(299/490),表明抗性基因共存可以有效增强植株对稻瘟病的抗性。本研究结果为江苏太湖地区粳稻稻瘟病抗性基因聚合育种的选择提供了理论支持。

关键词：稻瘟病 parms技术抗性基因抗病育种

水稻油脂组分含量主效基因qPAL6分子标记的开发

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分子植物育种 2023年第7期21卷 2262-2268页

作者：夏明元杜雪树李进波万丙良戚华雄湖北省农业科学院粮食作物研究所粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室武汉430064

水稻油脂组分含量是影响水稻食味品质的重要因素之一。开发水稻油脂组分含量主效基因qPAL6的分型检测方法并开展分子标记辅助选择,是改良水稻油脂组分含量及培育优良食味品质品种的有效途径。本研究利用qPAL6位点的序列差异,开发了qPAL... 详细信息

水稻油脂组分含量是影响水稻食味品质的重要因素之一。开发水稻油脂组分含量主效基因qPAL6的分型检测方法并开展分子标记辅助选择,是改良水稻油脂组分含量及培育优良食味品质品种的有效途径。本研究利用qPAL6位点的序列差异,开发了qPAL6基因的功能性InDel(Insertion/Deletion)标记PAL6M2;同时基于parms技术(Penta-primer amplification refractory mutation system,五引物扩增受阻突变体),开发了qPAL6基因内的荧光分子标记PM-PAL6。利用分子标记PAL6M2和PM-PAL6对96份水稻材料进行分析,结果表明,2个分子标记均可用于水稻qPAL6位点基因型检测。该研究为水稻油脂组分含量分子标记辅助育种提供了实用可靠的基因分型技术。

关键词：水稻油脂组分含量 InDel标记 parms技术荧光分子标记

新型冠状病毒及其突变位点荧光分子检测方法的建立

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新型冠状病毒及其突变位点荧光分子检测方法的建立

作者：高蕾河南科技大学

学位级别：硕士

新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19),由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-Co V-2)引起,它的迅速传播造成了全球健康危机,同时,变异株的出现给检测诊断及疫情防控带来了新挑战。为降低新型冠状病毒检测结果假阴... 详细信息

新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19),由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-Co V-2)引起,它的迅速传播造成了全球健康危机,同时,变异株的出现给检测诊断及疫情防控带来了新挑战。为降低新型冠状病毒检测结果假阴性风险,减轻因靶区选择和引物设计造成的结果不准确现象,保证检测的特异性、灵敏度,本文进行新型冠状病毒双靶标荧光定量PCR检测,建立双靶标PCR体系并进行优化实验,对最终实验方案进行评价,评价内容包括灵敏度和线性范围,最低检测下限,拟合曲线性能优劣等。针对新型冠状病毒变异株的出现,本文建立了一种基于parms(penta-primer amplification refractory mutation system)技术的竞争性等位基因特异性PCR方法检测新型冠状病毒“关切变异株”(variant of concern,VOC)关键突变位点并实现快速分型。针对新型冠状病毒VOC中关键基因突变位点N501Y、E484K、L452R,K417N、K417T、P681H分别设计竞争性等位基因特异性引物和通用引物,利用等位基因特异性聚合酶链式反应和荧光能量共振转移原理,对新型冠状病毒DNA片段进行鉴别区分。结果显示所建立的双靶标荧光定量PCR检测方法中的N基因和ORF1ab基因扩增线性范围均可达到:1.3×10到13 copies/μL,N基因和ORF1ab基因R值分别为0.999和0.997,扩增效率分别为104.17%和106.54%,经概率回归分析,双靶标荧光q PCR检测体系的最低检测下限是5.793 copies/μL(95%置信区间:2.261-7.325 copies/μL),所建立的检测方法灵敏度高,特异性强,检测性能良好。452、484、501位点的的最低检测下限分别是6.792 copies/μL(95%置信区间:4.93-8.605 copies/μL),8.099 copies/μL(95%置信区间:6.074-10.321copies/μL),7.434 copies/μL(95%置信区间:5.569-9.520 copies/μL)。417(AAG/AAT)、417(AAG/ACG)、681(CCC/CAC)位点的的最低检测下限分别是8.384 copies/μL(95%置信区间:6.747-10.674 copies/μL),8.704 copies/μL(95%置信区间:6.966-11.117 copies/μL),8.055 copies/μL(95%置信区间:6.504-10.125 copies/μL)。本研究所建立的双靶标荧光定量PCR方法和parms技术具有快捷、高效、低成本的特点,用于流行的新型冠状病毒VOCs检测鉴别,有助于新冠疫情的快速精准防控。

关键词：新型冠状病毒双靶标实时荧光定量PCR parms技术关切变异株快速分型