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The DrugPattern tool for drug set enrichment analysis and its prediction for beneficial effects of oxldl on type 2 diabetes

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Journal of Genetics and Genomics 2018年第7期45卷 389-397页

作者： Chuanbo Huang Weili Yang Junpei wang Yuan Zhou Bin Geng Georgios Kararigas Jichun Yang Qinghua Cui Department of Biomedical Informatics Department of Physiology and Pathophysiology MOE Key Lab of Cardiovascular Sciences School of Basic Medical Sciences Center for Non-Coding RNA Medicine Peking UniversityBeijing 100191China School of Mathematics Sciences Huaqiao University Quanzhou 362021 China Hypertension Center Fuwai Hospital Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeState Key Laboratory of Cardiovascular Disease National Center for Cardiovascular Diseases Beijing 100037 China Charit-Universitatsmedizin Berlin. Corporate Member of Freie Universitat Berlin Humboldt-Universitat zu Berlin Berlin Institute of Health Institute of Gender in Medicine and Center for Cardiovascular Research. DZHK (German Centre for Cardiovascular Research) 10115 Berlin Germany Center of Bioinformatics Key Laboratory for Neuro-lnformation of Ministry of Education School of Life Science and Technology University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054 China

Enrichment analysis methods, e.g., gene set enrichment analysis, represent one class of important bio- informatical resources for mining patterns in biomedical datasets. However, tools for inferring patterns and rules of a list of drugs are limited. In this study, we developed a web-based tool, DrugPattern, for drug set enrichment analysis. We first collected and curated 7019 drug sets, including indications, adverse reactions, targets, pathways, etc. from public databases. For a list of interested drugs, DrugPat- tern then evaluates the significance of the enrichment of these drugs in each of the 7019 drug sets. To validate DrugPattern, we employed it for the prediction of the effects of oxidized low-density lipoprotein （oxldl）, a factor expected to be deleterious. We predicted that oxldl has beneficial effects on some diseases, most of which were supported by evidence in the literature. Because DrugPattern predicted the potential beneficial effects of oxldl in type 2 diabetes （T2D）, animal experiments were then performed to further verify this prediction. As a result, the experimental evidences validated the DrugPattern prediction that oxldl indeed has beneficial effects on T2D in the case of energy restriction. These data confirmed the prediction accuracy of our approach and revealed unexpected protective roles for oxldl in various diseases. This study provides a tool to infer patterns and rules in biomedical datasets based on drug set enrichment analysis.

关键词： Enrichment analysis Drug Data mining oxldl Type 2 diabetes

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Effects of IGF-1 and oxldl on expression of phosphatase PHLPP1 in vascular smooth muscular cells

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Journal of Geriatric Cardiology 2009年第4期6卷 237-240页

作者： Xing-Li Wu Ding-You Yang Zhong-Su Yang De-Yin Li Hui-Bin Xu Shi-Wen Wang Institute of Geriatric Cardiology Chinese PLA General Hospital Beijing 100853 China

在 .Methods 兔子大动脉的 VSMC 是的脉管的光滑的肌肉细胞( VSMC )在磷酸酶 PHLPP1 的表示上调查像胰岛素的生长 factor-1 ( IGF-1 )和氧化低密度脂蛋白( oxldl )的效果的目的 cultured.VSMCs 增长能力被测量细胞数字和 mitochondrial... 详细信息

在 .Methods 兔子大动脉的 VSMC 是的脉管的光滑的肌肉细胞( VSMC )在磷酸酶 PHLPP1 的表示上调查像胰岛素的生长 factor-1 ( IGF-1 )和氧化低密度脂蛋白( oxldl )的效果的目的 cultured.VSMCs 增长能力被测量细胞数字和 mitochondrial 脱氢酶( MD )决定有 MTT 的活动 assay.Western 污点被用来检测增加的磷酸酶 PHLPP 1 .Results IGF-1 ( 100g/L )的蛋白质表示细胞数字和 MD

关键词：氧化低密度脂蛋白血管平滑肌细胞 IGF 胰岛素样生长因子-1 胰岛素样生长因子1 动脉平滑肌细胞磷酸 oxldl

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人oxldl自身免疫复合物的体外致动脉粥样硬化作用

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中南大学学报（医学版） 2005年第2期30卷 202-206页

作者：梁中书杨侃曹宇欧阳茂张志辉李静乐唐晓鸿张梦玺中南大学湘雅三医院心内科长沙410013

目的:观察oxldl自身免疫复合物对U937巨噬样细胞泡沫化和活化的影响,以探讨oxldl免疫学反应致动脉粥样硬化的机制。方法:采用密度离心法从健康人血浆中提取低密度脂蛋白(LDL),用铜离子氧化成oxldl;用亲和层析法从136例住院患者血清中提... 详细信息

目的:观察oxldl自身免疫复合物对U937巨噬样细胞泡沫化和活化的影响,以探讨oxldl免疫学反应致动脉粥样硬化的机制。方法:采用密度离心法从健康人血浆中提取低密度脂蛋白(LDL),用铜离子氧化成oxldl;用亲和层析法从136例住院患者血清中提取oxldl自身抗体。在体外制成2种形式不同的免疫复合物:聚乙二醇沉淀的不溶性免疫复合物(PEG IC)和RBC吸附的可溶性免疫复合物(RBC IC),把这2种免疫复合物加至U937巨噬样细胞的培养基中,以oxldl作阳性对照,并用热聚合人γ球蛋白(HAGG)封闭Fcγ受体作阻断对照,检测干预后的各组U937巨噬样细胞内胆固醇和胆固醇酯及培养基中基质金属蛋白酶1 (MMP 1 )的水平。结果:RBC IC干预组与RBC吸附oxldl(RBC oxldl)干预组比较,U937巨噬样细胞培养基中MMP 1蛋白表达[ (0. 769±0. 030)ng/mlvs(0. 513±0. 034)ng/ml,Poxldl自身免疫复合物能够促进巨噬细胞泡沫化和活化,

关键词：免疫复合物 oxldl 动脉粥样硬化作用体外 Fcγ受体致动脉粥样硬化基质金属蛋白酶 MMP-1 U937 低密度脂蛋白 RBC-IC 胆固醇酯免疫学反应健康人血浆亲和层析法细胞培养基剂量依赖性泡沫化自身抗体住院患者阳性对照

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阿昔莫司对oxldl诱导泡沫细胞自噬及AMPK/mTOR通路的影响

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河北医药 2022年第10期44卷 1500-1503页

作者：杨少君周乃珍王晓霞厦门大学附属中山医院心内科福建省厦门市361004 厦门大学附属中山医院保健病房福建省厦门市361004

目的基于AMPK/mTOR通路探讨阿昔莫司对氧化低密度脂蛋白(oxldl)诱导泡沫细胞自噬的影响。方法体外培养THP-1细胞株(人单核细胞株),使用佛波醇酯促进其分化形成巨噬细胞,将巨噬细胞分为空白组、对照组、阿昔莫司组、氯喹组、阿昔莫司+氯... 详细信息

目的基于AMPK/mTOR通路探讨阿昔莫司对氧化低密度脂蛋白(oxldl)诱导泡沫细胞自噬的影响。方法体外培养THP-1细胞株(人单核细胞株),使用佛波醇酯促进其分化形成巨噬细胞,将巨噬细胞分为空白组、对照组、阿昔莫司组、氯喹组、阿昔莫司+氯喹组、Compound C(AMPK抑制剂)组、阿昔莫司+Compound C组。各组均添加对应药物作用于细胞0.5 h,除空白组外,其余组再添加oxldl培养48 h。使用油红O染色检测细胞内脂滴含量;使用透射电子显微镜观察细胞中自噬体变化;采用免疫印迹法(Western Blot)检测细胞中自噬相关蛋白(LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、P62)及AMPK/mTOR通路相关蛋白(p-AMPK/AMPK、p-mTOR/mTOR)水平。结果与空白组比较,对照组细胞红色脂滴含量升高(Poxldl诱导泡沫细胞自噬过程,且此过程可能与调控AMPK/mTOR通路有关。

关键词：阿昔莫司 oxldl 泡沫细胞自噬 AMPK/mTOR通路

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oxldl促进U937细胞与内皮细胞黏附的作用及其机制

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第二军医大学学报 2003年第5期24卷 569-570页

作者：李玫吴宗贵张国元刘莉第二军医大学长征医院心血管内科上海200003 长海医院检验科

目的:探讨膜受体CD36、黏附分子VCAM-1在oxldl诱导的细胞黏附中的作用。

关键词： oxldl U937细胞内皮细胞黏附作用机制流式细胞仪

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oxldl对正常人外周血单个核细胞LOX-1及uPAR表达的影响

oxLDL对正常人外周血单个核细胞LOX-1及uPAR表达的影响

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作者：焦珍珍北京协和医学院

学位级别：硕士

动脉粥样硬化过程是大血管及中血管的一种慢性炎症,大量研究表明,在心血管病患者血清中氧化型低密度脂蛋白（oxidized low-density lipoprotein, oxldl）水平会升高,而且升高的程度与疾病的严重程度相关。许多研究证实oxldl不仅仅是动... 详细信息

动脉粥样硬化过程是大血管及中血管的一种慢性炎症,大量研究表明,在心血管病患者血清中氧化型低密度脂蛋白（oxidized low-density lipoprotein, oxldl）水平会升高,而且升高的程度与疾病的严重程度相关。许多研究证实oxldl不仅仅是动脉粥样硬化的危险因子和发生冠状动脉事件的预测因子,而且在动脉粥样硬化的发生和发展中起着比低密度脂蛋白（Low density lipoprotein, LDL）更重要的作用。但是其在促进动脉粥样硬化的发展进程中机制尚未完全清楚。泡沫细胞的形成是在动脉粥样硬化发生过程中早期的关键环节,其初始环节为血管内皮损伤。本研究旨在探讨oxldl刺激下泡沫细胞形成过程中uPAR（urokinase-type plasminogen activator receptor）及LOX-1 （Lectin like oxidized low density lipoprotein receptor-1）表达的影响。研究目的探讨不同时间点不同浓度oxldl对正常人外周血单个核细胞uPAR、LOX-1蛋白的表达情况的影响。方法 1.选取THP-1细胞系,用含20%胎牛血清的RPMI1640完全培养基培养,经PMA （phorbol 12-myristate 13-acetate）处理之后,细胞巨噬化,CD68免疫组化染色鉴定巨噬细胞。 2.选取正常人外周血经Ficoll密度梯度离心法分离人外周血单个核细胞（PBMC）,用含20%自体血清的RPMI1640完全培养基培养。 3. Western Blot方法检测不同浓度oxldl对正常人单个核巨噬细胞干预24h,72h的uPAR、LOX-1的蛋白表达。 4.统计分析：western blot以TotalLab Quant软件进行积分光密度值分析。采用SPSS13.0软件进行统计分析,计量资料以Mean±SE表示,组间比较以one-way ANOVA进行分析,两组比较采用t检验,P＜0.05则有统计学意义。结果 1.1) Western检测发现,经oxldl干预24小时,随着oxldl浓度的增加,uPAR及LOX-1的蛋白表达呈上升趋势;当oxldl为10μg/ml、20μg/ml、50μg/ml刺激PBMC后uPAR及LOX-1蛋白表达水平较空白对照组显著升高（P＜0.05）,且3个浓度组间的表达有显著差异;50μg/ml的oxldl对uPAR及LOX-1表达刺激最为明显,相对于其他浓度组亦有明显的促进作用（P＜0.05）;2) oxldl浓度为100μg/ml时,对uPAR和LOX-1蛋白表达呈抑制趋势,有显著统计学差异（P ＜0.05）;3)polyi组对LOX-1蛋白表达有着较明显的抑制作用（P＜0.05）,对uPAR的表达则未见抑制作用。 2.经oxldl干预72小时,当oxldl为20μg/ml、50μg/ml、100ug/ml刺激PBMC后uPAR蛋白表达水平较空白对照组显著升高（P＜0.05）,且3个浓度组间的表达有显著差异;100μg/ml的oxldl对uPAR表达刺激最为明显,相对于其他浓度组亦有明显的促进作用（P＜0.05）;2)oxldl浓度为10μg/ml、20ug/ml时,对LOX-1蛋白表达呈上升趋势,有显著统计学差异（P＜0.05）;3) polyi组对uPAR和LOX-1蛋白表达均有着较明显的抑制作用（P＜0.05）。结论 1. oxldl干预正常人单个核细胞24小时后,随着其浓度的增加uPAR及LOX-1蛋白表达上调,在50ug/ml时达峰,而高浓度组（100ug/ml）对两者的蛋白表达起着抑制作用。Polyi抑制LOX-1的表达,对uPAR则没有抑制作用。 2. oxldl刺激正常人单个核细胞72小时后,低浓度（10、20ug/ml）不能有效地增加uPAR的表达,较高浓度（50、100ug/ml）能够较有效地增加uPAR的表达。 3. oxldl刺激正常人单个核细胞72小时后,LOX-1的表达随着浓度的增加而上调,但浓度≥50ug/ml时,其表达有所下降。 4.本研究中oxldl不同作用时间对机体影响不同,72小时较24小时更能显现出损伤的作用。

关键词： oxldl uPAR LOX-1

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SR-BI在oxldl诱导人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用

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西安交通大学学报（医学版） 2003年第6期24卷 584-587,607页

作者：雷新军马爱群耿涛白玲张葳西安交通大学第一医院心血管内科陕西西安710061

目的　探讨SR BI在oxldl刺激人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用。方法　用原位杂交方法研究oxldl、SR A的特异性抑制性配体 Fucoidin、17β Estrogen对人血单核细胞SR BImRNA表达的影响及其与MCP 1、PDGF、bFGF、IL 10mRNA表... 详细信息

目的　探讨SR BI在oxldl刺激人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用。方法　用原位杂交方法研究oxldl、SR A的特异性抑制性配体 Fucoidin、17β Estrogen对人血单核细胞SR BImRNA表达的影响及其与MCP 1、PDGF、bFGF、IL 10mRNA表达的关系。结果　oxldl(10～ 30mg·L-1)能剂量依赖性刺激SR BImRNA表达 (均P oxldl的诱导效应 (均P oxldl(10～ 30mg·L-1)能对抗Fucoidin(2 5mg·L-1)而刺激上述致炎细胞因子mRNA表达 (均P <0 .0 0 1)。结论　SR

关键词： SR-BI oxldl 人血单核细胞炎细胞因子 mRNA 单核细胞脂蛋白雌激素

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Nogo-B诱导oxldl降解与肝癌基因激活

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原子与分子物理学报 2021年第1期38卷 16-21页

作者：马军仁李九智赵新军伊犁师范大学新疆凝聚态相变与微结构实验室伊宁835000 伊犁师范大学微纳电传感器技术与仿生器械实验室伊宁835000 新疆维吾尔自治区人民医院泌尿外科乌鲁木齐830000

本文基于Hill动力学与Michaelis-Menten方程,建立理论模型研究内质网定位的蛋白Nogo-B诱导调节氧化修饰低密度脂蛋白(oxidized low density lipoprotein(oxldl))降解与肝癌基因激活.理论模型考虑oxldl*(降解的oxldl)-Nogo-B-Yes-associated protein (YAP)通路,研究发现,oxldl的降解,促进了大量的Lysopho-sphatidic acid (LPA)产生,之后便会提高Hippo信号通路YAP活性,激活了癌基因的表达;经过约5小时Nogo-B表达上调,Nogo-B决定着Nogo-B与Autophagy-related 5 gene(ATG5)的复合体NA,NA调控oxldl的降解,未降解的oxldl会诱导Nogo-B表达上调,激活了oxldl*-Nogo-B-YAP通路,理论结果符合实验结果,并揭示非酒精性脂肪肝病诱发的肝癌的致病机理,可以为设计阻断肝炎向肝癌转变的通路治疗方案提供理论依据.

关键词： Nogo-B oxldl 降解肝癌基因激活

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缺血性脑血管病患者颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy相关性分析

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中国神经精神疾病杂志 2008年第11期34卷 663-665页

作者：王峥高枫郝洪军孙伟平北京大学第一医院神经内科北京100034 南京医科大学第一附属医院老年医学科

目的探讨缺血性脑血管病的颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的相关性,以更好的对该病进行预防、治疗。方法35例急性缺血性卒中患者和20名正常对照组行颈动脉血管彩色多普勒超声检测颈动脉斑块,采用ELISA双抗体夹心法测定血浆TXB2、O... 详细信息

目的探讨缺血性脑血管病的颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的相关性,以更好的对该病进行预防、治疗。方法35例急性缺血性卒中患者和20名正常对照组行颈动脉血管彩色多普勒超声检测颈动脉斑块,采用ELISA双抗体夹心法测定血浆TXB2、oxldl、Lp(a),采用荧光偏振免疫分析法测定Hcy的含量,两组相比,并作相关性分析。结果斑块最大厚度、血浆TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的含量均高于正常对照组(Poxldl、Lp(a)呈正相关。结论颈动脉斑块,血浆TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy可能与缺血性脑血管病相关;TXB2、oxldl、Lp(a)可能参与促进颈动脉粥样硬化斑块的形成。

关键词：颈动脉斑块 TXB2 oxldl Lp(a) Hcy

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动脉粥样硬化早期病变过程CD36的表达与oxldl的摄取作用

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生命的化学 2005年第1期25卷 7-10页

作者：谭玉林莫中成易光辉南华大学心血管病研究所衡阳421001

清道夫受体CD36最初被认为是一种血小板膜糖蛋白和一种血栓反应蛋白受体(TSP1)。近来,CD36也被认为是单核细胞产生的活性氮物质修饰的低密度脂蛋白(LDL)的主要受体,参与包括动脉粥样硬化(AS)在内的许多病理生理过程。该文介绍CD36的生... 详细信息

清道夫受体CD36最初被认为是一种血小板膜糖蛋白和一种血栓反应蛋白受体(TSP1)。近来,CD36也被认为是单核细胞产生的活性氮物质修饰的低密度脂蛋白(LDL)的主要受体,参与包括动脉粥样硬化(AS)在内的许多病理生理过程。该文介绍CD36的生物学特性及其在巨噬细胞源性泡沫细胞形成和AS形成中的作用,以及CD36表达的调控机制。

关键词： CD36 oxldl 动脉粥样硬化 PPARγ 巨噬细胞

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