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Statistical properties of nucleotide clusters in DNA sequences

Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology) 2005年第5期6卷 408-412页

作者：成军章林溪 Department of Physics Jinhua University Jinhua 321017 China Department of Physics Zhejiang University Hangzhou 310027 China

Using the complete genome of Plasmodium falciparum 3D7 which has 14 chromosomes as an example, we have examined the distribution functions for the amount of C or G and A or T consecutively and non-overlapping blocks of m bases in this system. The function P(S) about the number of the consecutive C-G or A-T content cluster conforms to the relation P(S)∝e? ; αs values of the scaling exponent αCG are much larger than αAT; and αAT of 14 chromosomes are hardly changed, whereas αCG of 14 chromosomes have a number of fluctuations. We found maximum value of A-T cluster size is much larger than C-G, which implies the existence of large A-T cluster. Our study of the width function ξ(m) of cluster C-G content showed that follows good power law ξ(m)∝m?γ. The average γ for 14 chromosomes is 0.931. These investigations provide some insight into the nucleotide clusters of DNA sequences, and help us understand other properties of DNA sequences.

关键词： DNA sequence Plasmodium falciparum 3D7 nucleotide clusters Power law

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