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Identification of Polymorphic Markers by High-Resolution Melting(HRM)Assay for High-Throughput SNP Genotyping in Maize

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Phyton-International Journal of Experimental Botany 2021年第6期90卷 1711-1725页

作者： Zhigang Shang Yongzhe Zhu Xinmei Guo Meiai Zhao College of Agronomy Qingdao Agricultural UniversityQingdaoChina Key Laboratory of Qingdao Major Crop Germplasm Resource Innovation and Application QingdaoChina College of Chemistry and Pharmacy Qingdao Agricultural UniversityQingdaoChina Key Laboratory of Plant Biotechnology in Universities of Shandong Province College of Life SciencesQingdao Agricultural UniversityQingdaoChina

The development of next generation sequencing(NGS)and high throughput genotyping are important techniques for the QTL mapping and genetic analysis of different crops.High-resolution melting(HRM)is an emerging technology used for detecting single-nucleotide polymorphisms(SNPs)in various species.However,its use is still limited in maize.The HRM analysis was integrated with SNPs to identify three types of populations(NIL population,RIL population and natural population),and the useful tags were screened.The patterns of temperatureshifted melting curves were investigated from the HRM analysis,and compared these with the kit.Among all 48 pairs of primers,10 pairs of them were selected:six pairs of primers for the NIL population,three pairs of primers for the RIL population,and one pair of primer for the natural population.The marker for the natural population was developed with a matching rate of 80%for the plant height trait,based on the data of the phenotypic characteristics measured in the field.This study provides an effective method for maize genotyping in the classification of maize germplasm resources,which can be applied to other plants for high-throughput SNP genotyping or further mapping.

关键词： Maize high-throughput genotyping HRM SNP

Development of InDel Markers for Brassica rapa Based on a High-resolution Melting Curve

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Horticultural Plant Journal 2021年第1期7卷 31-37页

作者： Rong Chen Lichun Chang Xu Cai JianWu Jianli Liang Runmao Lin Yong Song Xiaowu Wang College of Horticulture Hunan Agricultural UniversityChangsha 410128China Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081China

Brassica rapa is one of the most important leafy vegetable crops with large cultivated area in China.To increase the availability of DNA markers in B.rapa,we developed insertion-deletion(InDel)markers utilizing high-resolution melting(HRM)curve analysis.We designed primers for 252 InDels(≥3 bp)evenly distributed in the genome and tested gene polymorphisms with eight accessions.In total,208 markers were specifically amplified,and 148 InDels with polymorphism were genotyped successfully using HRM.We further analyzed the correlation with InDel size,GC number,and predicted the difference in Tm values(Tm)using 208 markers with specific amplification.We found that the success rate of InDel markers was correlated with the GC number of InDel and the predicted-Tm,but not clearly correlated with the length of InDel.When the GC number within InDel was≥8,the successful rate exceeded 90.0%.When the predicted-Tm reached 0.5°C,the success rate was greater than 90.0%,and when it was≥0.6°C,the rate climbed to 100.0%,indicating their role as the optimal parameter for successful development of an applicable InDel marker.The polymorphic InDel markers can be easily genotyped using HRM.They are of great value in genetic analysis,construction of linkage map,and molecular marker-assisted selection in B.rapa.

关键词： Brassica rapa InDel marker HRM genotyping

三种脊髓性肌萎缩症携带者筛查方法的性能评估

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南京医科大学学报:自然科学版 2023年第10期43卷 1402-1406页

作者：孙瑞红蒋祝邵彬彬谭建新南京医科大学第一临床医学院医学检验学系江苏南京210029 南京医科大学附属妇产医院(南京市妇幼保健院)遗传医学中心江苏南京210004

目的:比较3种分子遗传技术在脊髓性肌萎缩症基因携带者筛查检测中的检测性能。方法:采用微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)与多重竞争性PCR联合毛细管电泳(PCR-based capillary e... 详细信息

目的:比较3种分子遗传技术在脊髓性肌萎缩症基因携带者筛查检测中的检测性能。方法:采用微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)与多重竞争性PCR联合毛细管电泳(PCR-based capillary electrophoresis,PCR/CE)技术检测516例样本中SMN基因拷贝数,并通过多重连接依赖探针扩增(multiple ligationdependent probe amplification,MLPA)方法作为金标准技术验证结果。结果:ddPCR、HRM和PCR/CE检测SMN1第7号外显子的拷贝数与MLPA分析结果一致,灵敏度和特异度均为100.0%。HRM检测SMN1基因第8号外显子单拷贝的灵敏度和特异度为100.0%和99.5%,双拷贝的灵敏度和特异度为99.4%和100.0%,而大于双拷贝的灵敏度和特异度为100.0%和100.0%。PCR/CE可以同时检测SMN1和SMN2基因的第7、8号外显子,检测结果与MLPA结果完全一致,灵敏度和特异度均为100.0%。结论:本研究比较了3种分子遗传技术在SMA携带者筛查检测中的效能,为建立大规模人群的脊肌萎缩症携带者筛查技术选择提供依据。

关键词：脊髓性肌萎缩症携带者筛查 ddPCR HRM PCR/CE

利用2b-RAD测序结合HRM分析技术开发与梨矮生性状相关的DNA分子标记

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中国农业科学 2017年第15期50卷 3006-3012页

作者：肖玉雄王彩虹田义轲杨绍兰李鼎立张海月青岛农业大学园艺学院/青岛市园艺植物遗传改良与育种重点实验室

【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的... 详细信息

【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的DNA分子标记,为鉴定该基因提供依据。【方法】根据分离群体分组分析的原理,以‘矮生梨’×‘茌梨’和‘2-3’×‘绿宝石’2个F1杂交分离群体为试材,应用IIB型限制性内切酶的RAD技术(Restriction association site DNA,2b-RAD)对2对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析,在对比基因池间筛选出单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,从中筛查出位于Pc Dw定位染色体上的SNPs,用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting analysis,HRM)在群体上进一步检测验证,以确定其与Pc Dw位点的连锁关系。【结果】对4个样本(即4个对比基因池)的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67 186 260条reads,平均每个样本测序reads数为16 796 565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明,每个样本获得平均unique标签数目为86 810,平均测序深度为77×,该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明,4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上,表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析,初步筛选出SNP位点1 317个,其中有8个位于PcDw的定位染色体scaffold00074上。用HRM技术对这8个SNP标记在群体上的进一步检测结果表明,在‘矮生梨’×‘茌梨’群体上有2个SNP标记、在‘2-3’×‘绿宝石’群体上有4个SNP标记表现出与Pc Dw位点共分离的特性,根据其扩增子的熔解曲线形状差异,可有效区分矮生型和普通型表型。在来自‘矮生梨’×‘茌梨’群体的215个杂种后代和来自‘2-3’×‘绿宝石’群体的168个杂种后代中,未发现有标记与性状的重组类型。【结论】2b-RAD测序技术与HRM分析技术相结合,进行果树重要农艺性状分子标记的开发,是一种行之有效的方法。基于这一策略,本研究鉴定获得了4个与西洋梨矮生性状单显性基因Pc Dw连锁的SNP标记。

关键词：梨矮生性状 PcDw SNP标记 2b-RAD HRM

炎症相关因子基因多态性与弥漫大B细胞淋巴瘤的易感性研究

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中国实验血液学杂志 2017年第2期25卷 444-448页

作者：田彩平廖世奇袁红霞姚伯程王芳甘肃省医学科学研究院医学分子生物学研究中心甘肃兰州730050

目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs425196... 详细信息

目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs4251961位点CC纯合子基因型携带者与患DLBCL风险有关(以TT为参照,CC基因型的OR为0.83,95%CI=0.697-0.997,P<0.05),但与T等位基因相比,C等位基因与DLBCL风险升高显著相关(OR=8.83,95%CI=1.909-40.813,P<0.01)。结论:IL-1RA的rs4251961位点的次等位基因C与DLBCL的易患性显著相关。

关键词： DLBCL HRM 基因多态性炎症因子

利用HRM技术对皮南牛MSTN基因C313Y位点快速分型

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西北农业学报 2019年第12期28卷 1927-1933页

作者：滑留帅白跃宇王璟陈付英张子敬王风勤徐照学王二耀河南省农业科学院畜牧兽医研究所河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室郑州450002 河南省种牛遗传性能测定中心郑州450046 科尔沁牛业南阳有限公司河南南阳473555

旨在利用高分辨率熔解(HRM)技术建立一种皮南牛MSTN基因C313Y突变的快速分型方法,进而统计MSTN基因C313Y突变在皮南牛群体中的突变频率,以及突变对生产性能的影响。测量并统计99头皮南牛(母牛)的体尺和体质量指标,然后分别利用Sanger测... 详细信息

旨在利用高分辨率熔解(HRM)技术建立一种皮南牛MSTN基因C313Y突变的快速分型方法,进而统计MSTN基因C313Y突变在皮南牛群体中的突变频率,以及突变对生产性能的影响。测量并统计99头皮南牛(母牛)的体尺和体质量指标,然后分别利用Sanger测序法和HRM技术对皮南牛MSTN基因C313Y位点进行分型,并利用一般线性模型分析突变对体尺和体质量指标的影响。结果表明,皮南牛在3岁之后体尺和体质量指标均趋于稳定,平均体高、体斜长、胸围、尻宽、尻长和体质量分别是(127.88±3.65) cm、(154.10±6.89) cm、(181.48±8.54)cm、(46.19±2.94) cm、(50.52±2.65) cm和(471.34±53.78)kg。Sanger测序法和HRM技术对MSTN基因C313Y位点的分型结果完全一致,其中野生型(GG)、杂合型突变(GA)和纯合型突变(AA)的个体分别占8.08%、70.7%和21.21%。关联分析表明,杂合型突变(GA)和纯合型突变(AA)均能够显著提高皮南牛的体尺和体质量指标,其中纯合突变型个体和杂合突变型个体的体质量比野生型个体分别显著提高38.55%和10.32%。成功建立基于HRM的皮南牛MSTN基因C313Y位点快速分型方法,该方法对于快速组建皮南牛MSTN C313Y纯合突变群体,进而有效提高群体的体尺和体质量指标具有重要的应用价值。

关键词： MSTN C313Y 分型 HRM 皮南牛

SNP分子标记在作物品种鉴定中的应用和展望

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植物遗传资源学报 2020年第5期21卷 1308-1320页

作者：王富强樊秀彩张颖刘崇怀姜建福中国农业科学院郑州果树研究所郑州450009

单核苷酸多态性(SNP)作为最新一代遗传分子标记,已广泛应用于生物各研究领域。本文围绕SNP分子标记的开发和检测以及在作物品种鉴定中的应用展开阐述。目前SNP的开发主要有基于公共数据库和测序两种途径,检测方法从以凝胶电泳为基础的... 详细信息

单核苷酸多态性(SNP)作为最新一代遗传分子标记,已广泛应用于生物各研究领域。本文围绕SNP分子标记的开发和检测以及在作物品种鉴定中的应用展开阐述。目前SNP的开发主要有基于公共数据库和测序两种途径,检测方法从以凝胶电泳为基础的传统检测向高通量自动化的新检测技术发展。在品种鉴定中,对于大样本群体和多SNP检测位点的作物,建议使用基因芯片或基因测序分型(GBS)技术;对于小样本群体和少SNP检测位点的作物,则通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和高分辨率熔解曲线(HRM)分型技术实现更加灵活高效低成本的检测。

关键词： SNP标记作物品种鉴定 GBS 基因芯片 HRM KASP

大口径音箱的表现应该怎样?也许它就是答案聆听Ocean Way大洋路HRM-X参考级监听音箱系统

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视听前线 2024年第1期 44-46页

作者：小路(图/文) 不详

去年,美国监听音箱品牌Ocean Way(大洋路)发布全新的HRM-X音箱系统,并且在3月份的“2023广州国际音响唱片展”上进行全球首展。在展会之后,以这对大音箱为首组建的音响系统被一些发烧友评为“全场表现最好的系统之一”,不少音响媒体也... 详细信息

去年,美国监听音箱品牌Ocean Way(大洋路)发布全新的HRM-X音箱系统,并且在3月份的“2023广州国际音响唱片展”上进行全球首展。在展会之后,以这对大音箱为首组建的音响系统被一些发烧友评为“全场表现最好的系统之一”,不少音响媒体也给予好评。不过,如此好评的音箱,那次笔者居然错过了,虽无法亲身聆听,但我相信,发烧友和媒体的耳朵都是可信的,HRM-X至少不差,至于它有多好,我不可能说得上来,还得听了再说。

关键词：监听音箱音响系统音箱系统 HRM 聆听

基于产教融合视角的HRM岗位人才培养模式探析

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企业改革与管理 2023年第14期 91-93页

作者：郝丽辛燕山西工程科技职业大学山西太原030619

推进产教融合是高校为企业培养人才的重要途径。当前,高校的人力资源管理(HRM)专业育人模式还存在培养目标不清、与行业需求脱节、师资队伍薄弱、教学评价主观等问题。基于此,本文通过实证调研HRM岗位胜任力要素,以此设计人才培养方案,... 详细信息

推进产教融合是高校为企业培养人才的重要途径。当前,高校的人力资源管理(HRM)专业育人模式还存在培养目标不清、与行业需求脱节、师资队伍薄弱、教学评价主观等问题。基于此,本文通过实证调研HRM岗位胜任力要素,以此设计人才培养方案,并构建人才培养实施途径,从而深化人才培养模式完善,推动专业建设,以期提高HRM岗位人才培养质量,满足企业的需要。

关键词：产教融合 HRM 岗位人才培养模式