检索结果-南通市图书馆

3号染色体短臂末端两个大片段基因组区域的基因分布与gc含量分析

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Acta Genetica Sinica 2004年第1期31卷 13-18页

作者：牛宇欣胡松年杨焕明中国科学院遗传与发育生物学研究所人类基因组中心北京100101 北京华大基因研究中心北京101300

运用鸟枪法测序技术 ,得到了位于 3p2 5 1和 3p2 6 1区域、大小分别为 32 8kb和 75 3kb的 2个基因组片段 ,分析各片段的gc含量及重复顺序的分布特征 ,并研究不同区域内的基因分布密度。结果表明 :位于 3p2 5 1区域的32 8kb片段具有... 详细信息

运用鸟枪法测序技术 ,得到了位于 3p2 5 1和 3p2 6 1区域、大小分别为 32 8kb和 75 3kb的 2个基因组片段 ,分析各片段的gc含量及重复顺序的分布特征 ,并研究不同区域内的基因分布密度。结果表明 :位于 3p2 5 1区域的32 8kb片段具有较高的gc含量 ,在此区域内蛋白编码基因分布密度较高 ,而位于 3p2 6 1区域的 75 3kb片段平均gc含量较低 ,并且是基因贫乏区域。同时发现 :gc rich的SINE类重复顺序在gc含量较高的区域有较高的覆盖率 ,相反AT rich的LINE类重复顺序在gc较低的区域分布较多。

关键词：鸟枪法测序基因密度 gc含量重复顺序

不同生活习性下原核生物基因组大小与gc含量的关系研究

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中山大学学报（自然科学版） 2011年第3期50卷 90-93页

作者：林瀚黄亚志张尚宏中山大学基因工程教育部重点实验室∥生物工程研究中心广东广州510275

对原核生物基因组的研究显示,基因组gc含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与gc含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物(包括古细菌与真细菌),分别从最适生长... 详细信息

对原核生物基因组的研究显示,基因组gc含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与gc含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物(包括古细菌与真细菌),分别从最适生长温度、氧气偏好性、运动特性、水生特性和寄生特性等因素进行分析,发现基因组大小与gc含量的相关性确实受这些因素的影响,而寄生原核生物中显示出最好的相关性。

关键词：原核生物基因组大小 gc含量生活习性相关/回归分析

基于18S rDNA遗传距离与gc含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究（英文）

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水生生物学报 2016年第2期40卷 358-369页

作者：唐发辉赵元重庆师范大学动物生物学重点实验室重庆401331

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18... 详细信息

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属(Trichodinella)的有效性。此外,研究结合18S rDNA的gc含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据:18S rDNA的gc含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关;18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000—4).005,属种间阈值范围为0.005—0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。

关键词：系统发生 18SrDNA 车轮虫属小车轮虫属 gc含量遗传距离

以多肽组分特异性和gc含量分类细菌的有效性分析

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中国科学：物理学、力学、天文学 2015年第5期45卷 10-17页

作者：李静珂金涛赵鸿陕西师范大学物理学与信息技术学院西安710119 厦门大学物理系厦门361005

本文研究了细菌的蛋白质多肽组分统计特征与基因组gc(Guanine+Cytosine)含量的相关性,发现当多肽长度较小时多肽组分特异性与gc含量存在着很强的关联;随着多肽长度增加,上述关联发生突变,关联迅速丧失.这一结果表明,基于组分特异性确定... 详细信息

本文研究了细菌的蛋白质多肽组分统计特征与基因组gc(Guanine+Cytosine)含量的相关性,发现当多肽长度较小时多肽组分特异性与gc含量存在着很强的关联;随着多肽长度增加,上述关联发生突变,关联迅速丧失.这一结果表明,基于组分特异性确定细菌亲缘关系的方法的确给出了不同于gc含量的信息,从而能实现有效分类.

关键词：种系基因组学非序列比对多肽组分矢量 gc含量

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高gc含量的鳜鱼rRNA基因家族的克隆

中国生物工程杂志 2005年第8期25卷 60-64页

作者：唐冬生严霞张勇张细权李芳蒋泓李月琴周天鸿佛山大学生命科学学院佛山528000 华南农业大学动物科学学院广州510642 暨南大学生命科学与技术学院广州510632

动物rRNA基因是一种gc含量较高、结构复杂的重复序列。该研究结合亲缘生物法生物信息学技术,经反复摸索后选用LA PCR法即LA PCR Taq酶结合gc缓冲液来扩增鳜鱼复杂的rRNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了鳜鱼的3个rRNA基因及其2个间隔... 详细信息

动物rRNA基因是一种gc含量较高、结构复杂的重复序列。该研究结合亲缘生物法生物信息学技术,经反复摸索后选用LA PCR法即LA PCR Taq酶结合gc缓冲液来扩增鳜鱼复杂的rRNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了鳜鱼的3个rRNA基因及其2个间隔序列。分析了鳜鱼与相关动物的rRNA基因序列的同源性和进化关系。探索了克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等措施。

关键词： rRNA基因基因克隆高gc含量重复序列鳜鱼 rRNA基因序列 gc含量克隆基因家族 DNA聚合酶

中华猕猴桃品种‘Red5’4种DNA序列的gc含量和SSR特征分析

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分子植物育种 2023年

作者：周希希王瑀吴栋贺乔乔张羽陕西理工大学生物科学与工程学院陕西理工大学陕西省资源生物重点实验室秦巴生物资源与生态环境省部共建国家重点实验室(培育) 陕西理工大学陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心

猕猴桃(Actinidia)是多年生雌雄异株藤本植物，该属植物普遍存在自发的种间杂交和种内多倍化现象，导致后代高度分离，倍性变异大，多样性丰富。在染色体组装水平的猕猴桃参考基因组中，中华猕猴桃品种‘Red5’是目前为止唯一有基因组... 详细信息

猕猴桃(Actinidia)是多年生雌雄异株藤本植物，该属植物普遍存在自发的种间杂交和种内多倍化现象，导致后代高度分离，倍性变异大，多样性丰富。在染色体组装水平的猕猴桃参考基因组中，中华猕猴桃品种‘Red5’是目前为止唯一有基因组注释的，其基因组内详细、准确的分子标记信息对种质资源鉴定、遗传图谱构建、新品种选育等都具有十分重要的意义。本研究使用生物学软件对中华猕猴桃品种‘Red5’的4种DNA序列的gc含量和SSR分布特征进行分析。结果显示，基因组-SSR>基因-SSR>cDNA-SSR>CDS-SSR，gc含量则相反。基因组-SSR和基因-SSR以单核苷酸和二核苷酸重复为主，cDNA-SSR以二核苷酸重复为主，CDS-SSR以三核苷酸重复为主。‘Red5’基因组共开发了298 948个SSR，密度为539.77 SSR/Mb。这4类序列富含A/T和AG/CT重复单元的SSR频率最高，对于不同重复类型的SSR，随着重复基元数量的增加，其SSR分布频率呈现逐步降低特征。4种DNA序列大小与SSR数量、密度呈高度正相关(Pgc含量与SSR数目、密度无相关性(P>0.05)。‘Red5’全基因组SSR标记的鉴定，不仅可以丰富猕猴桃物种分子标记的数量，而且对于猕猴桃属植物种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究提供理论基础。

关键词：中华猕猴桃品种‘Red5’ 全基因组 gc含量 SSR

牛科动物基因组gc含量与微卫星含量的相关性分析

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同方期刊数据库

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基因组学与应用生物学 2015年第11期34卷 2381-2386页

作者：戚文华蒋雪梅甘丽萍杜联明重庆三峡学院生命科学与工程学院重庆404100 重庆三峡学院化学与环境工程学院重庆404100 四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610064

gc含量是基因组核酸序列组成的重要特征,其含量的变化与所在基因的起源、进化和功能变异等密切相关。本研究从共享数据库获取牛、绵羊和山羊各条染色体序列,搜索和统计其染色体序列gc含量,并与染色体序列微卫星(simple sequence repeats... 详细信息

gc含量是基因组核酸序列组成的重要特征,其含量的变化与所在基因的起源、进化和功能变异等密切相关。本研究从共享数据库获取牛、绵羊和山羊各条染色体序列,搜索和统计其染色体序列gc含量,并与染色体序列微卫星(simple sequence repeats,SSRs)数量、丰度和密度等变量进行相关性分析。结果表明,牛科同物种不同染色体序列gc含量具有显著差异(t-test,pgc含量相互比较无显著差异(t-test,p>0.05)。牛和山羊染色体序列gc含量分布基本一致,它们gc含量最多的均是25号染色体,其次是19号和18号染色体,最少的是6号染色体。绵羊gc含量最多的是24号染色体,其次是11号和14号染色体,最少的也是6号染色体。通过Kendall's tau-b和Spearman's rho检验表明,牛、绵羊和山羊不同染色体序列SSRs数量与染色体序列长度呈高度正相关(pgc含量呈中度负相关(pgc含量呈负相关(p0.05)。

关键词：牛绵羊山羊染色体序列 gc含量微卫星

MHCDQA基因的分子进化研究Ⅰ.等位基因多态性保持机制及gc含量对基因结构的影响

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Acta Genetica Sinica 1997年第3期24卷 195-205页

作者：潘星华傅继梁第二军区大学生物学教研室医学分子遗传学开放实验室

对７种哺乳动物ＭＨＣＤＱＡ座位的２３个等位基因不同外显子（ＥＮ）、抗原识别位点崳ǎ粒遥樱┖停牛危驳姆牵粒遥樱ǎ危粒牛危玻┑暮塑账嵬逄婊宦剩ǎ校螅┖鸵煲逄婊宦剩ǎ校危┙辛朔治觯⑾衷冢龋蹋粒模眩粒钡模犯龅任换蛑... 详细信息

对７种哺乳动物ＭＨＣＤＱＡ座位的２３个等位基因不同外显子（ＥＮ）、抗原识别位点崳ǎ粒遥樱┖停牛危驳姆牵粒遥樱ǎ危粒牛危玻┑暮塑账嵬逄婊宦剩ǎ校螅┖鸵煲逄婊宦剩ǎ校危┙辛朔治觯⑾衷冢龋蹋粒模眩粒钡模犯龅任换蛑浜停桑幔粒幔父龅任换蛑洌赐晃镏郑模眩粒被蜃荒冢粒遥拥模校尉灾哂冢穑螅脖兑陨希硐殖孕匝≡瘢欢煌镏郑模眩粱颍ǎ模眩粒被颍模眩粒玻┗蛲晃镏值牟煌模眩粱颍ǎ模眩粒焙停模眩粒玻┑模粒遥又浜透鞅冉献榈模危粒牛危仓洌颍校笥耄校未笾孪嗟龋唇频胤现行越脑て冢唬牛危春停牛危巢唤鎏婊宦试侗龋粒遥拥停校螅校伪戎狄喾浅４螅冢桑幔粒岬任换蛑浯锏浇玻氨叮煌蜃恢湟泊锏剑幢蹲笥遥拭飨缘拇炕≡瘢牵煤糠治鱿允荆牵梅逯荡笾挛挥谀承┕δ芮嘤π蛄械闹醒氩糠郑唬牛危吹膷ＧＣ含量最高且稳定；密码子第三位ＧＣ含量（ＧＣＩＩＩ）的变化与ｐｓ存在一定程度的负相关关系。上述结果表明，同－ＭＨＣＤＱＡ基因的相应于不同功能区（或ＡＲＳ）的不同外显子（或密码子群）具有特定的相应于其功能的等位基因多态性保持机制，并提示ＧＣＩＩＩ是在选择压力下维持分子结构和功能的一种重要机制。?

关键词： MHC DQA基因等位基因多态性 gc含量分子进化

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人类性染色体假常态区gc含量的进化研究

人类性染色体假常态区GC含量的进化研究

作者：陈金锋西北农林科技大学

学位级别：硕士

哺乳动物的基因组是由一系列碱基组成相当均匀的大片段(约300 kb)所组成,这种大片段被称之为同质段。研究基因组的同质段结构是了解和认识基因组结构的一个基本问题。近年来,碱基组成的进化问题吸引了众多的学者,他们的研究主要集中在... 详细信息

哺乳动物的基因组是由一系列碱基组成相当均匀的大片段(约300 kb)所组成,这种大片段被称之为同质段。研究基因组的同质段结构是了解和认识基因组结构的一个基本问题。近年来,碱基组成的进化问题吸引了众多的学者,他们的研究主要集中在研究重组在碱基组成进化过程中的贡献。根据前人的研究结论,在人、鸟类、啮齿类、线虫、昆虫、植物和酵母的基因组中,重组率和gc含量之间有一个显著的正相关性;而且,在哺乳动物和酵母中,研究人员发现重组本身具有致突变性质,重组被认为是碱基组成进化的主要动力之一。重组推动了碱基组成的进化,虽然这一主流假说已经被广泛接受,碱基组成的进化机制却还没有被阐明。根据前人的研究,有两个模型最有可能用来解释碱基组成的进化机制:偏向性基因转换模型(the biased gene conversion model, Bgc)指出,由于在减数分裂过程中错配的修复机制是偏向于gc,所以在那些gc/AT的杂合位点gc倾向于被固定下来,基因转换的过程使得重组频繁区域的gc含量得到相应的升高;局部偏向性突变模型(the regional mutation biased, RMB)认为,是由于基因组不同区域的gc→AT:AT→gc比例不同,才导致这些区域间的碱基组成差异。重组的致突变性质能够增加AT→gc新突变产生的概率,在中性条件下,如果局部的突变是偏向于AT→gc的产生,那么该区域的gc含量就是增加,反之亦然。有力的证据从各方面支持着偏向性基因转换模型和局部偏向性突变模型,因为Bgc模型认为gc有优先被固定下来的优势,而RMB模型则认为碱基组成的进化是中性的,所以可以通过研究进化过程中等位基因的固定是否具有偏向性来区分两者在碱基组成进化中的作用。人的X和Y染色体在两端的两个很小的区域配对并发生重组,这样的区域称为假常态区(pseudoautosomal region, PAR)。位于X/Y染色体短臂的假常态区为PAR1,长约2.6 Mb,与类人猿的假常态区高度同源,PAR1在雄性减数分裂过程中的重组率是基因组平均水平的20倍。X/Y染色体的长臂有一个较小的假常态区PAR2,约330 kb大小,重组率只有基因组平均水平的5倍多。PAR1是研究重组在碱基组成进化中作用的理想材料,该区域中基因越靠近端粒gc含量就越高,形成了一个gc含量逐渐升高的梯度。由于在PAR1中,越靠近端粒的部分重组率就越高,所以我们期望在PAR1中重组率和gc含量也同样有一个显著的正相关性。然而,近年来的几项工作都没有找到PAR1中的这一显著的正相关性,这与重组推动了碱基组成的进化假说不符。在本研究

关键词：假常态区 gc含量碱基组成进化重组