牛科动物基因组GC含量与微卫星含量的相关性分析

作     者：戚文华 蒋雪梅 甘丽萍 杜联明 Qi Wenhua;Jiang Xuemei;Gan Liping;Du Lianming

作者机构：重庆三峡学院生命科学与工程学院重庆404100 重庆三峡学院化学与环境工程学院重庆404100 四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610064 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2015年第34卷第11期

页      面：2381-2386页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：重庆市基础与前沿研究计划项目(cstc2015jcyj A80016) 重庆市教委科学技术研究项目(No.KJ1401004) 重庆市万州区科技计划项目(No.201403068)共同资助 

主　　题：牛 绵羊 山羊 染色体序列 GC含量 微卫星 

摘      要：GC含量是基因组核酸序列组成的重要特征,其含量的变化与所在基因的起源、进化和功能变异等密切相关。本研究从共享数据库获取牛、绵羊和山羊各条染色体序列,搜索和统计其染色体序列GC含量,并与染色体序列微卫星(simple sequence repeats,SSRs)数量、丰度和密度等变量进行相关性分析。结果表明,牛科同物种不同染色体序列GC含量具有显著差异(t-test,p0.05)。牛和山羊染色体序列GC含量分布基本一致,它们GC含量最多的均是25号染色体,其次是19号和18号染色体,最少的是6号染色体。绵羊GC含量最多的是24号染色体,其次是11号和14号染色体,最少的也是6号染色体。通过Kendall s tau-b和Spearman s rho检验表明,牛、绵羊和山羊不同染色体序列SSRs数量与染色体序列长度呈高度正相关(p0.05)。