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改良fiasco方法筛选砷超富集植物蜈蚣草SSR分子标记(英文)

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植物科学学报 2014年第4期32卷 413-420页

作者：李磊敖日格乐王玢琪葛台明中国地质大学湿地演化与生态恢复湖北省重点实验室武汉430074 中国地质大学(武汉)环境学院武汉430074

蜈蚣草（Pteris vittata L.）是目前用于砷污染土壤修复最好的超富集植物,但其分子水平上的研究数据较少。为了开发蜈蚣草特异性SSR遗传标记,本文采用改良的fiasco方法从蜈蚣草AG和AC微卫星富集文库中随机挑选100个克隆,分离得到51个微... 详细信息

蜈蚣草（Pteris vittata L.）是目前用于砷污染土壤修复最好的超富集植物,但其分子水平上的研究数据较少。为了开发蜈蚣草特异性SSR遗传标记,本文采用改良的fiasco方法从蜈蚣草AG和AC微卫星富集文库中随机挑选100个克隆,分离得到51个微卫星位点,其中60%为完美型（Perfect）SSR。根据这些位点设计、合成了25对引物,并对江西庐山及湖北恩施两地蜈蚣草种群各20个个体进行了遗传多样性检测,结果发现：其中8个完美型及1个间断型（intermittent）SSR位点的引物能够扩增出清晰、稳定且具有多态性的条带。9对引物共扩增出41个等位基因,各位点等位基因数在2~7之间,平均等位基因数为4.56个;期望杂合度在0.0494~0.8169之间;没有连锁不平衡现象发生。采用大叶井栏边草（Pteris multifida Poir.）进行跨种扩增,结果发现其中6对引物能够进行种间扩增。这些SSR分子标记的开发有助于蜈蚣草生态适应性进化分析、揭示蜈蚣草地理分布格局以及探讨蜈蚣草遗传多样性,还可用于品种鉴定及选育等。

关键词：蜈蚣草微卫星多态性 fiasco CviQI接头 pig-tail CviQI-N引物

Isolation of microsatellite loci and reliable genotyping using noninvasive samples of a critically endangered primate, Trachypithecus leucocephalus

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Integrative Zoology 2016年第4期11卷 250-262页

作者： Weiran WANG Yu QIAO Yitao ZHENG Meng YAO School of Life Sciences Peking UniversityBeijingChina

Genetic information can be critical in identifying conservation priorities and developing conservation strategies.There is an urgent need for noninvasive genetic tools to study the wild populations of Asian colobine monkeys.The majority of these species are threatened with habitat destruction,population reduction and even extinction,but generally lack information on their genetic diversity and population structure.Genetic sampling and tissue collection have been scarce in these species owing to strict regulations on manipulation of endangered species,and the difficulties and risks associated with capturing these arboreal and fast-moving monkeys in the challenging environments that they inhabit.These difficulties have hindered the development of molecular genetic markers,which are usually derived from tissues or blood.In this study,we present a method for de novo microsatellite isolation and genotyping using DNA from noninvasive origins of a critically endangered Asian colobine,the white-headed langur(Trachypithecus leucocephalus).Genomic DNA isolated from hair was shown to be sufficient for microsatellite enrichment and isolation,with similar isolation efficiencies as from tissue DNA.We identified and characterized 20 polymorphic microsatellite loci,and evaluated their amplification success and genotyping reliability with 86 field-collected fecal samples.These results show that this panel of loci can produce reliable genotypes from fecal samples,and represent a useful tool for noninvasive investigation of genetic structure,individual identification and kinship assessment in this highly endangered species.Our approach can be applied to conservation genetic studies of other wild species that lack sequence information and tissue samples.

关键词： Asian colobine conservation genetics fiasco hair scatology

fiasco法在小麦锈菌分子标记中的应用研究

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FIASCO法在小麦锈菌分子标记中的应用研究

基于fiasco技术的芝麻SSR标记及其遗传多样性分析

植物病虫流行防控与生态安全——第二次全国植物抗病虫和病...

作者：王曦刘太国高利刘博陈万权中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室

小麦秆锈病是由小麦秆锈菌（Puccinia graminis f.***.tritici）引起的一种真菌性病害,是中国乃至全世界所有产麦国家的一类重要病害。传统的病害诊断主要依据病原菌生物学及病害症状特征,耗时费工,难以满足病害的快速、高通量检测需求... 详细信息

小麦秆锈病是由小麦秆锈菌（Puccinia graminis f.***.tritici）引起的一种真菌性病害,是中国乃至全世界所有产麦国家的一类重要病害。传统的病害诊断主要依据病原菌生物学及病害症状特征,耗时费工,难以满足病害的快速、高通量检测需求。因此,研发简单快捷、灵敏准确的小麦秆锈病快速诊断和检测技术,对于鉴别病害、提高病害预报预测的准确性和时效性均具有重要的理论意义和实际应用价值。本研究首次利用fiasco（Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats,基于AFLP技术高效微卫星片段筛选）方法开发小麦秆锈菌特异性SSR分子标记。选用来自我国7省（市、区）的24个小麦秆锈菌生理小种的夏孢子,采用改良的CTAB/SDS法成功提取了秆锈菌夏孢子基因组DNA。采用fiasco法富集微卫星片段,具体过程为:对基因组DNA进行酶切、连接、预扩增等步骤获得微卫星片段后,利用链霉亲和素包被的磁珠,在液相杂交体系中将微卫星片段与生物素探针进行特异性杂交并形成共价键结合在磁珠上,然后通过一系列的洗脱过程,达到微卫星片段富集的目的。产物经由微卫星文库构建、特异性引物设计等步骤,最终得出8对SSR引物,可扩增出小麦秆锈菌的特异性DNA片段。经过多次重复验证表明:此8对引物对24个供试的小麦秆锈菌生理小种均可扩增出特异性片段,而在小麦叶锈菌、条锈菌、白粉菌、赤霉菌、矮星黑粉菌、光腥黑粉菌、网星黑粉菌、散黑穗病菌和玉米丝黑穗病菌中,则未扩增出相应片段。灵敏度和可靠性分析结果表明:用此8对引物可检测到至少0.01 ng/μL的基因组DNA浓度,在基因组DNA浓度在0.01 ng/μL水平上,其检测可靠性达到100%。染病叶片试验表明,小麦秆锈菌侵入寄主后30 h,即可利用所开发的引物检测到秆锈菌的特异性DNA片段。进一步的工作是探讨fiasco法对某特定生理小种分子标记开发的可行性以及所开发的SSR分子标记在群体遗传多样性中的应用。

关键词：小麦秆锈菌微卫星标记（SSR） fiasco 特异性

来源： cnki会议评论

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湖北农业科学 2015年第11期54卷 2586-2593页

作者：陶菲童益琴赵杰南皓杨立春李江浩葛台明中国地质大学(武汉)湿地演化与生态恢复湖北省重点实验室武汉430074 中国地质大学(武汉)环境学院武汉430074

采用fiasco法构建了芝麻（Sesamum indicum L.）GATA／AAAG／AAAC微卫星富集文库,阳性克隆率62%,其中58%为完美型SSR。利用30个芝麻材料对其中10个扩增稳定、多态性好的SSR位点进行了多样性分析,等位基因数介于4~7之间,平均6.2个;有效... 详细信息

采用fiasco法构建了芝麻（Sesamum indicum L.）GATA／AAAG／AAAC微卫星富集文库,阳性克隆率62%,其中58%为完美型SSR。利用30个芝麻材料对其中10个扩增稳定、多态性好的SSR位点进行了多样性分析,等位基因数介于4~7之间,平均6.2个;有效等位基因数介于2.18~5.13之间,平均3.73。25个育成品种（系）遗传相似系数平均为0.740 7,遗传距离平均为0.258 9;5个地方品种间的遗传相似系数平均为0.659 3,遗传距离平均值为0.312 8,说明地方品种多样性比育成品种（系）丰富。AMOVA分析表明,品种（系）间变异大于品种（系）内变异,地方品种种内变异大于育成品种（系）。聚类分析表明,一把白与所有育成品种（系）聚为同一类。研究还鉴定出一些遗传差异较大的材料。

关键词：芝麻(Sesamum indicum L.) SSR标记 fiasco 遗传多样性

中国鲎(Tachypleus tridentatus)微卫星标记筛选及种群遗传多样性和遗传结构分析

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海洋与湖沼 2020年第2期51卷 345-353页

作者：翁朝红谢仰杰肖志群王志勇集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室厦门361021

采用fiasco方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性... 详细信息

采用fiasco方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性,其等位基因数为5-14个,每个位点平均具有8.1个等位基因。9个位点之间不存在连锁。利用该9个具有多态性微卫星标记分析了中国沿海9个中国鲎地理群体的种群遗传多样性和遗传结构。结果表明:中国沿海的中国鲎种群遗传多态性水平仍较高,9个地方群体间无遗传差异,它们之间未见显著分化,且有着较高的基因流;推测人为的迁移是造成遗传无分化的主要原因。我们建议中国鲎已绝迹的海域可从其他海域引入中国鲎个体来恢复地方群体资源。

关键词：中国鲎微卫星标记 fiasco 遗传多样性遗传结构

中国特有种爆杖花的微卫星分子标记开发与评价(英文)

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植物分类与资源学报 2014年第1期36卷 41-46页

作者：严丽君张志荣李德铢高连明中国科学院昆明植物研究所东亚植物多样性与生物地理学重点实验室云南昆明650201 中国科学院西南野生生物种质资源库云南昆明650201 中国科学院大学北京100049

爆杖花（Rhododendron spinuliferum）是中国西南地区特有的观赏和药用植物。为了研究爆杖花和碎米花之间的杂交物种形成过程，本研究利用fiasco方法对爆杖花进行微卫星引物开发，从100对引物中筛选出28个微卫星标记，其中22个为多态。... 详细信息

爆杖花（Rhododendron spinuliferum）是中国西南地区特有的观赏和药用植物。为了研究爆杖花和碎米花之间的杂交物种形成过程，本研究利用fiasco方法对爆杖花进行微卫星引物开发，从100对引物中筛选出28个微卫星标记，其中22个为多态。利用爆杖花两个居群共24个个体对22个多态性位点进行分析，结果显示：每个位点具有2～5个等位基因，平均为3．4个，其观测杂合度和期望杂合度分别为0．083～0．792和0．153～0．744。对筛出的28个微卫星标记在碎米花的两个自然居群中也做了检测，结果显示：有22个微卫星标记成功扩增，其中20个有多态性；每个多态位点有2。6个等位基因，平均为3．2个，其观测杂合度和期望杂合度分别为0．000～0．833和0．117～0．736。开发的微卫星标记可用于爆杖花及其近缘物种的居群遗传学分析和杂交物种形成研究。

关键词：微卫星标记爆杖花碎米花 fiasco 多态性

Developing 41 new microsatellite markers in red tail prawns,Fenneropenaeus penicillatus

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Journal of Chongqing University 2018年第4期17卷 141-148页

作者：王泽园 YUAN Yi MAO Xin-qi 黎中宝 Fisheries College Jimei UniversityXiamen 361021Fujian ProvinceP.R.China Fujian Provincial Key Laboratory of Marine Fishery Resources and Eco-environment Xiamen 361021Fujian ProvinceP.R.China

Fenneropenaeus penicillatus is an endangered species in China due to overfishing and damage to or loss of habitat. In this study, 41 new microsatellite markers were developed by using the fiasco protocol with subsequent analysis on 30 wild individuals from Ningde, China. Our analysis shows that 35 loci were polymorphic and six loci were monomorphic. For the 35 polymorphic loci, the number of alleles ranged from 2 to 7, with an average of 3.657 1. The polymorphism information content ranged from 0.121 to 0.794. The observed heterozygosity rate ranged from 0.000 0 to 0.888 9, and expected heterozygosity ranged from 0.111 1 to 0.812 9. However, 12 loci did not conform to Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction. This is the first time the genetic diversity of F. penicillatus has been explored in Ningde. This group is at a low level of genetic diversity; therefore further measures should be taken to protect this species. Furthermore, these new microsatellite markers will be useful for the future conservation of F. penicillatus.

关键词： Fenneropenaeus penicillatus Microsatellite markers fiasco

黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性

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江苏农业学报 2009年第2期25卷 333-338页

作者：刘臻罗小华鲁双庆匡刚桥张建社长沙大学生物工程与环境科学系湖南长沙410003

采用fiasco（Fastisolation by AFLP sequences containing repeats）法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析。黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中，构建黄鳝基因组... 详细信息

采用fiasco（Fastisolation by AFLP sequences containing repeats）法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析。黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中，构建黄鳝基因组微卫星富集文库。随机挑选75个阳性克隆测序，结果发现其中20个含有微卫星序列，利用软件成功设计了15对微卫星引物，经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测，筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描，结果显示：在8个微卫星座位中，共检测到51个等位基因，平均每个座位的等位基因数为6．375个，等位基因频率分布为0．0012～0．6033；黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0．6371、0．6969、0．7345；平均多态信息含量分别为0．5656、0．6416、0．6858，表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变，它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记。

关键词： fiasco 微卫星DNA 遗传多态性

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小麦秆锈菌特异性SSR分子标记的开发

中国农业科学 2011年第22期44卷 4593-4599页

作者：王曦刘太国向文胜陈万权中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室东北农业大学生命科学学院

【目的】研发简单、快速、准确的分子检测技术用于小麦秆锈菌的准确诊断和秆锈病的早期预警。【方法】采用fiasco法构建秆锈菌基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列,设计合成小麦秆锈菌的特异性引物。【结果】根据小麦秆锈菌基因组... 详细信息

【目的】研发简单、快速、准确的分子检测技术用于小麦秆锈菌的准确诊断和秆锈病的早期预警。【方法】采用fiasco法构建秆锈菌基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列,设计合成小麦秆锈菌的特异性引物。【结果】根据小麦秆锈菌基因组微卫星富集文库,设计1对小麦秆锈菌特异性微卫星引物Pgtfssr1(f/r),可在来自中国不同麦区的20份小麦秆锈菌分离物基因组DNA中扩增出395 bp的特异性片段,而在小麦条锈菌、小麦叶锈菌和其它麦类病原真菌中未扩增出该特异性片段。病菌侵入寄主30 h后便可检测到特异性DNA片段的存在,灵敏度达到1 ng.μL-1模板DNA浓度水平。【结论】成功研发出小麦秆锈菌的特异性SSR分子标记,为小麦秆锈病早期诊断在生产上的应用奠定了基础。

关键词：小麦秆锈菌微卫星标记 fiasco 分子检测