检索结果-南通市图书馆

临床与实验病理学杂志 2018年第6期34卷 691-695页

作者：杨军张标马恒辉叶庆南京大学医学院附属鼓楼医院病理科南京210008 江苏省病理技术学组南京210008 南京军区南京总医院病理科南京210000

中性福尔马林固定石蜡包埋（formalin fixed paraffin embedded,ffpe）一直是病理科处理组织样本的标准程序,也是病理科形态学诊断的基石。随着医学的发展,靶向药物在临床治疗中被广泛地使用,ffpe的组织块还必须用于药物靶点的基因诊断... 详细信息

中性福尔马林固定石蜡包埋（formalin fixed paraffin embedded,ffpe）一直是病理科处理组织样本的标准程序,也是病理科形态学诊断的基石。随着医学的发展,靶向药物在临床治疗中被广泛地使用,ffpe的组织块还必须用于药物靶点的基因诊断,特别是体细胞突变相关基因诊断,为患者提供基因的诊断结果以指导临床诊疗。

关键词：多中心调研 ffpe DNA浓度 DNA纯度 DNA完整性

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

HE染色细胞学涂片和ffpe标本用于EGFR突变检测的对比分析

引用

临床与实验病理学杂志 2020年第11期36卷 1344-1347页

作者：纪晓坤杜芸王蕊吴娟马阳郭晓刘颖张艳河北医科大学第四医院癌检中心石家庄050011

目的探讨HE染色细胞学涂片与ffpe标本中EGFR检测的一致性。方法收集275例HE染色细胞学涂片标本,经HE染色及免疫细胞化学染色确诊为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC),刮取HE染色细胞学涂片中的肿瘤细胞进行DNA提取,并行E... 详细信息

目的探讨HE染色细胞学涂片与ffpe标本中EGFR检测的一致性。方法收集275例HE染色细胞学涂片标本,经HE染色及免疫细胞化学染色确诊为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC),刮取HE染色细胞学涂片中的肿瘤细胞进行DNA提取,并行EGFR检测,与配对的275例ffpe标本应用荧光PCR法检测EGFR突变。结果113例HE染色细胞学涂片检测有EGFR突变,阳性率为41.1%;其中G719X突变4例,19del 41例,L858R突变58例,20ins 3例,获得性耐药T790M和19del双突变6例,L858R和S768I双突变1例。113例ffpe标本检测到EGFR突变,其中G719X、L858R、20ins、L858R和S768I双突变结果与细胞学结果一致,19del 47例,未检测到T790M和19del双突变。2例EGFR野生型ffpe标本检测失败。结论HE染色细胞学涂片与ffpe标本EGFR检测比较,具有较好的敏感性和特异性。HE染色细胞学涂片可广泛用于EGFR检测,是一种稳定、结果可靠的检测方法,尤其对于不能获得组织标本进行病理诊断的患者,可以指导临床酪氨酸激酶抑制剂的治疗。

关键词： HE染色细胞学涂片 EGFR突变 ffpe 酪氨酸激酶抑制剂

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

提高ffpe分子诊断准确性的方法研究

提高FFPE分子诊断准确性的方法研究

引用

作者：罗丹娇厦门大学

学位级别：硕士

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed paraffin-embedded,ffpe)组织含有大量疾病相关信息,是回顾性研究最常见的材料。由于ffpe的制作方式,从ffpe组织提取的DNA质量差,检测时常出现C:G>T:A假突变。在基于LNA或PNA等具有压制效果的检测... 详细信息

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed paraffin-embedded,ffpe)组织含有大量疾病相关信息,是回顾性研究最常见的材料。由于ffpe的制作方式,从ffpe组织提取的DNA质量差,检测时常出现C:G>T:A假突变。在基于LNA或PNA等具有压制效果的检测方法中,假突变出现频率更高。本论文以消除压制体系检测ffpe标本时出现的假突变为研究目的,使用Cod UNG酶修复结合高保真DNA聚合酶预富集技术,建立了一种ffpe标本预处理方法。第一章为绪论部分,介绍了 ffpe标本的制作过程、损伤类型、对突变检测的影响以及提高ffpe标本质量的方法,并提出了本论文的研究内容。第二章分别对储存4年、3年、2年和1年的结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)ffpe标本进行片段化分析。首先将标本进行毛细管电泳(Capillary electrophoresis,CE)检测,发现储存时间越久,DNA的主峰越小。接着进行qPCR检测,发现随着扩增子长度增加,标本的Ct值逐渐靠后。这两个现象表明ffpe储存越久,质量越差,并且不适合用于长片段扩增。第三章以本实验室建立的PIK3CA LPO-MMCA体系为检测技术,建立了ffpe预处理方案并进行应用评价。对UNG酶消除假突变的能力进行考察,发现结直肠癌ffpe标本经UNG酶处理后突变率下降了 19.5%,说明UNG酶能有效消除非特异。对不同的UNG酶进行筛选,选择作用效果较好的Cod UNG酶。对Cod UNG酶修复结合高保真DNA聚合酶预富集的预处理方式进行考察,将19名乳腺癌(Breast cancer,BC)患者的癌组织和癌旁组织ffpe标本作为研究对象,发现19份癌旁组织经过预处理后,非特异消失。19份配对的癌组织中11例检测到PIK3CA突变,除A18外均经过数字PCR验证。表明利用该方法,既能够消除假突变,又不影响真实突变的检测。根据标本PCR效率的高低,提出ffpe标本的检测方案,并对临床标本进行检测。在77份有效的结直肠癌ffpe标本中检出14份阳性标本,与数字PCR的一致率、灵敏度和特异性均为100%。17份有效的乳腺癌ffpe标本中检出10份阳性标本,与数字PCR的一致率为94.1%、灵敏度为100%、特异性为87.5%。LPO-MMCA体系比数字PCR多检出1份阳性,推测是由于预富集后拷贝数仍然偏低,取样误差导致了突变漏检。综上,本论文对ffpe标本的片段化程度进行研究,并建立了 Cod UNG酶修复结合高保真DNA聚合酶预富集技术的预处理方法,提高了 ffpe标本进行压制体系检测的准确性,解决了由于标本质量引起的假突变问题。该技术策略也有望应用于其他灵敏度较高的分子诊断技术中,在肿瘤组织活检领域具有广泛的应用前景。

关键词： ffpe Cod UNG 酶 PIK3CA

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

ffpe中肽段样本制备的比较研究

FFPE中肽段样本制备的比较研究

引用

中国生物化学与分子生物学会2020全国学术在线会议

作者：徐耀瑜司伟杰马军岩吴汉夔安阳师范学院国际化学与药物科学研究室河南安阳

经福尔马林固定的石蜡包埋组织(Formalin-fixed and paraffin-embedding,ffpe)是临床组织保存的主要形式,是肿瘤研究的重要对象。随着近十年来蛋白质组学技术和质谱检测的快速发展,正在开展基于大规模ffpe样本的研究工作。本研究中以FFP... 详细信息

经福尔马林固定的石蜡包埋组织(Formalin-fixed and paraffin-embedding,ffpe)是临床组织保存的主要形式,是肿瘤研究的重要对象。随着近十年来蛋白质组学技术和质谱检测的快速发展,正在开展基于大规模ffpe样本的研究工作。本研究中以ffpe样本和新鲜样本为比较对象,通过循环的高压高温操作,提取组织内蛋白质样本,制备后续的质谱肽段,进行质谱分析。从ffpe样本和新鲜组织样本中,提取得到的肽段情况分析后,新鲜组织的5个样本共提取肽段数目10032,包含1532个磷酸化肽段,对应3534个蛋白质;ffpe组织的5例样本共分析到8598个肽段,其中1092个磷酸化肽段,找到3299个蛋白质。经过比较,来源相同组织样本但不同保存状态下,蛋白质被识别情况相似程度为87.32%。两种样本保存状态下的蛋白质数量、肽段数量及磷酸化肽段数量均无显著性差异。ffpe样本可以较好的追溯和分析肿瘤成因,结合临床信息优化现有诊断和治疗。

关键词： ffpe 新鲜组织肽段制备磷酸化肽段质谱分析

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

DNA extraction from paraffin embedded colorectal carcinoma samples: A comparison study of manual vs automated methods,using four commercially kits

引用

World Journal of Clinical Oncology 2019年第9期10卷 307-317页

作者： Zsolt Kovacs Ioan Jung Erzsebet Csernak Zoltan Szentirmay Laura Banias Genoveva Rigmanyi Simona Gurzu Department of Pathology University of MedicinePharmacySciences and TechnologyTargu-Mures 530149Romania Research Center(CCAMF) University of MedicinePharmacySciences and TechnologyTargu-Mures 540139Romania

BACKGROUND Nucleic acid isolation from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue(ffpeT)samples is a daily routine in molecular pathology laboratories, but extraction from ffpeT is not always easily achieved. Choosing the right extraction technique is key for further *** To compare the performance of four commercially available kits used for DNA extraction in routine *** DNA isolation was performed on 46 randomly selected formalin-fixed, paraffinembedded(ffpe) colorectal adenocarcinoma(CRC) surgical specimens. Four commercially available extraction kits were used: two for manual DNA extraction(the Pure Link Genomic DNA Mini Kit from Invitrogen and the High Pure ffpe DNA Isolation Kit from Roche) and two for automated DNA extraction(the i Prep Genomic DNA Kit from Invitrogen and the Magna Pure LC DNA Isolation Kit from Roche). The DNA concentration and quality(odds ratio) among the four systems were compared. The results were correlated with the clinicopathological aspects of CRC cases: age, gender, localization, macro-and microscopic features,lymph node metastases, and the lymph node *** The highest DNA concentration was obtained using the manual kits: 157.24 ±62.99 ng/μL for the Pure Link Genomic DNA Mini Kit and 86.64 ng/μL± 43.84 for the High Pure ffpe DNA Isolation Kit(P < 0.0001). Lower concentrations were obtained with automated systems: 20.39 ± 21.19 ng/μL for the Magna Pure LC DNA Isolation Kit and 8.722 ± 6.408 ng/μL for the i Prep Genomic DNA Kit,with differences between the systems used(P < 0.0001). The comparison between age, gender, tumor localization, pT or pN stage and the lymph node ratio indicated no statistically significant difference in DNA concentration using any of the nucleic acid isolation kits. DNA concentration was influenced by the macroscopic features and grade of differentiation. A higher DNA concentration was obtained for well-differentiated polypoid colorectal adenocarcinomas(CRCs), compared with undif

关键词： DNA isolation Colorectal cancer Paraffin-embedded PureLink Genomic DNA Mini Kit High Pure ffpe DNA Isolation Kit iPrep Genomic DNA Kit MagnaPure LC DNA Isolation Kit

来源：

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

Expression profile of NLRs and ALR in human colorectal cancer: Correlation with cancer stages and inflammasome components

Expression profile of NLRs and ALR in human colorectal cance...

引用

第十届全国免疫学学术大会

作者： rongrong liu Agnieszka Truax Peizhen Hu Zengshan Li Chaojun Song Lihua Chen Ting Jenny Pan-Yun Department of Immunology School of Basic Medicine Fourth Military Medical University The Lineberger Comprehensive Cancer Center University of North Carolina at Chapel Hill Department of Pathology Xijing Hospital Fourth Military Medical University

Purpose:NLRs(nucleotide-binding domain leucine-rich repeat proteins or NOD-like receptors)are regulators of inflammation and immunity.A subgroup of NLRs and the innate immune receptor,AIM2(absent-in-melanoma 2),can induce the assembly of a large caspase-1 activating complex called the *** NLRs regulate key signaling pathways such as NFk B and *** inflammation is a central component of colorectal cancer(CRC),this work was

关键词： NLRs AIM2 ffpe colorectal cancer Inflammasome

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

用于高度降解样本基因表达量测定方法的研究

用于高度降解样本基因表达量测定方法的研究

引用

作者：唐晓闻南京医科大学

学位级别：硕士

基因表达量分析为生物学与医学研究的常规手段之一,被广泛应用于未知基因功能研究、基因间相互作用研究及个体化用药相关研究等领域。近年来出现了许多基因表达量测定方法,常见的主要有Northern Blot法、FISH法、微阵列法、实时荧光PCR... 详细信息

基因表达量分析为生物学与医学研究的常规手段之一,被广泛应用于未知基因功能研究、基因间相互作用研究及个体化用药相关研究等领域。近年来出现了许多基因表达量测定方法,常见的主要有Northern Blot法、FISH法、微阵列法、实时荧光PCR法以及测序法等。其中,实时荧光PCR法因具有灵敏度高、特异性好、定量性能优越且操作简单的优点而被广泛采用,是基因表达量分析的金标准。然而在临床医学研究过程中,往往需要对一些高度降解的样本如ffpe中的基因表达量进行检测,这类样本中的mRNA片段高度断裂,导致包括实时荧光PCR法在内的传统基因表达量测定方法很难准确测定这类样本的基因表达量。因此,亟需建立一种断裂mRNA样本的基因表达量测定方法。本课题建立了一种基于连接反应的非反转录基因表达量测定方法。首先针对待测基因设计一对带有引物序列标签的特异性探针,探针与mRNA模板互补后,在连接酶的作用下发生连接反应,形成一条DNA长链,然后利用实时荧光PCR平台进行扩增定量检测。通过对温度、探针浓度和酶量等条件进行优化,建立了一种基于连接反应的非反转录基因表达量测定方法,并对该方法的灵敏度、特异性、定量性能进行了考察,最后将本研究方法用于ffpe样本的基因表达量检测并与反转录-实时荧光PCR法进行了对比。结果表明,本研究方法的检测灵敏度为150 finol/L,并且具有良好的特异性,定量线性范围达到300pmol/L～150finol/L,可对20-30 nt的mRNA片段进行检测,非常适合于检测高度降解样本,为生命科学研究提供了一种强有力的工具。

关键词：基因表达量 ffpe 高度降解连接反应

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

Array-CGH在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用研究初探

引用

农垦医学 2011年第1期33卷 14-18页

作者：李栋梁尤伟艳李永康赵春霞刘春霞邹泓刘旭伟李锋石河子大学医学院病理学石河子大学医学院病理学教研室/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832002 新疆生产建设兵团农六师医院病理科新疆五家渠831300

目的:初步探讨微阵列比较基因组杂交技术在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用及意义。方法:采用全基因组Array-CGH检测2例甲醛固定石蜡包埋横纹肌肉瘤组织的DNA拷贝数变化。结果:2例ffpe横纹肌肉瘤组织在全基因层面上均检测出不同程度的获... 详细信息

目的:初步探讨微阵列比较基因组杂交技术在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用及意义。方法:采用全基因组Array-CGH检测2例甲醛固定石蜡包埋横纹肌肉瘤组织的DNA拷贝数变化。结果:2例ffpe横纹肌肉瘤组织在全基因层面上均检测出不同程度的获得和缺失,同时检测出部分区段和基因的扩增和丢失:其中的1例ERMS扩增区段为2p22.3,2p24.3,8p22,8p12,8q12,8q24.13,8q24.22,12q13.3-14.1,22 q11.1-q11.23,丢失区段为15q25.2,16p12.3,16p13.2,17p11.2,4q13.2,6p21.31,6q25.3,9p23,21q22.13,22q11.23;另一例ARMS的扩增区段为1p21.1,1p36.3,2p11.1,2p24.3,2p22.3,5p14.3;丢失区段为2p12,3q26.1,3q29,9p23,与以往文献报道较为一致。结论:Array-CGH及其步骤的优化适于ffpe组织材料DNA拷贝数的检测,获得了与文献报道较为一致的检测结果。

关键词： Array-CGH ffpe 肉瘤比较基因组杂交拷贝数改变

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：