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efnb2在膀胱尿路上皮癌进展中的作用及其机制研究

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EFNB2在膀胱尿路上皮癌进展中的作用及其机制研究

作者：郭江重庆医科大学

学位级别：硕士

目的:利用生物信息学挖掘公共数据库数据获得影响膀胱尿路上皮癌(Bladder Urothelial Carcinoma,BUC)进展、侵袭的关键分子,并进一步对其在BUC进展中的作用、临床意义及其作用机制进行实验验证和研究,探讨其作为BUC诊治新靶点的可能性... 详细信息

目的:利用生物信息学挖掘公共数据库数据获得影响膀胱尿路上皮癌(Bladder Urothelial Carcinoma,BUC)进展、侵袭的关键分子,并进一步对其在BUC进展中的作用、临床意义及其作用机制进行实验验证和研究,探讨其作为BUC诊治新靶点的可能性。方法:本研究从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)基因表达汇编数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载GSE37317和GSE77952的基因表达谱,相关临床信息从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中检索。通过加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-expression Network,WGCNA)分析GSE37317和GSE77952数据集,获得与BUC进展、侵袭最相关模块,并将模块基因进行功能(Gene Ontology,GO)及通路(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,以探索这些共表达基因的潜在生物学功能,同时对模块分子构建蛋白相互作用网络(Protein-Protein Interaction Network,PPI),按最大团中心度(Maximal Clique Centrality,MCC)评分并选择TOP50分子在TCGA数据库中作生存分析,选取影响总生存期(Overall Survival,OS)最显著分子作为关键基因。在TCGA和GEO数据库中验证关键基因表达差异,同时在临床BUC样本肌层浸润性膀胱癌(Muscle-Invasive Bladder Cancer,MIBC)和非肌层浸润性膀胱癌(Non Muscle-Invasive Bladder Cancer,NMIBC)中进行表达分析,并且进一步通过体内动物实验及体外细胞实验研究其对BUC进展及侵袭性的影响及其可能的机制。结果:通过加权基因共表达网络分析,共获得12个共表达模块,其中酒红色模块基因与BUC进展、侵袭最密切,GO及KEGG富集分析显示该模块基因主要位于RNA聚合酶II近端启动子特异性与DNA结合部、细胞器外膜等部位,调控c AMP的响应、核受体活性、磷酸化、氧化应激反应等,参与细胞死亡、内皮细胞活化、上皮细胞增殖等生物学过程。同时酒红色模块分子PPI分析按MCC评分获取TOP50分子在TCGA数据库作生存分析获得显著影响膀胱尿路上皮癌患者OS的基因有:efnb2、OVGP1、ABCA4、JUN、ZFP36、PCDHB2、LRRC4C、SLC16A3、ACSF2、SPINK1、SOX2-OT、PCDHB11、MGAT3、RASD1、MMP19、SNCG、NOV、CAPN13、CLIC3和TBX2,其中efnb2影响最显著,遂选取作为关键基因研究。TCGA数据库验证分析显示:efnb2在BUC中m RNA表达显著高于正常膀胱粘膜组织(P=0.047),在高级别BUC中m RNA表达显著高于低级别BUC(Pefnb2与Ki67表达成显著正相关(R=0.45,P2数据集中,efnb2在MIBC中m RNA表达显著高于NMIBC(P=0.0372);免疫组化(Immunohistochemistry,IHC)实验结果显示efnb2在临床MIBC中表达显著高于NMIBC(Pefnb2在BUC细胞系中m RNA及蛋白表达均显著增高(Pefnb2基因表达后,BUC细胞的增殖力(P2和抑EMT蛋白E-cadherin的表达显著升高(Pefnb2的T24细胞系中再过表达efnb2后,Bcl2、Bax、E-cadherin、Vimentin蛋白表达水平与敲低efnb2后的表达相反(Pefnb2基因表达后,移植瘤体重量及体积均显著降低(P2和抑EMT蛋白E-cadherin表达显著升高(Pefnb2是促进BUC进展、侵袭的关键基因;efnb2高表达的BUC患者总生存期显著缩短;efnb2可能通过抑制BUC细胞凋亡而促进BUC细

关键词：膀胱尿路上皮癌 efnb2 生物信息学非肌层浸润性膀胱癌

miR-497靶向调控疾病易感基因efnb2的分子机制研究

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西安交通大学学报（医学版） 2019年第1期40卷 17-22页

作者：孟凡波张蕊李琦邓红利马建兵王玉琛许华阳王一心马捷陕西中医药大学第二临床医学系陕西咸阳712046 西安交通大学附属红会医院陕西西安710054 西安交通大学医学部基础医学院陕西西安710061

目的用分子克隆和双荧光素酶报告基因的方法研究miR-497对精神分裂症易感基因efnb2的靶向调控作用,为miR-497在精神分裂症中的分子功能研究奠定基础。方法运用生物信息学在线软件预测,发现与精神分裂症相关的miR-497可能直接调控疾病易... 详细信息

目的用分子克隆和双荧光素酶报告基因的方法研究miR-497对精神分裂症易感基因efnb2的靶向调控作用,为miR-497在精神分裂症中的分子功能研究奠定基础。方法运用生物信息学在线软件预测,发现与精神分裂症相关的miR-497可能直接调控疾病易感基因efnb2。随后采用分子生物学技术扩增efnb2基因3′-UTR中包含与miR-497种子序列相结合的片段,将该片段连接入pmirGLO质粒载体构建野生型的重组体(WT),并突变efnb2基因3′-UTR与种子序列相结合的碱基序列,构建突变型的重组体(MUT)。最后将miR-497阴性对照(NC)和模拟物(mimics)分组转染HEK293T细胞系,并在24、48h后分别进行双荧光素酶报告基因活性测定。结果测序结果表明efnb2基因3′-UTR的野生型(WT)和突变型(MUT)分别成功构建入pmirGLO载体中,表明WT和MUT的重组体均构建成功。转染24、48h后的双荧光素酶报告基因活性检测结果表明,miR-497mimics与NC相比,显著性降低了报告基因的活性。结论本研究在细胞水平证明了miR-497可直接调控精神分裂症易感基因efnb2,为后续miR-497在精神分裂症中的功能研究提供了新思路和新线索。

关键词：精神分裂症 miR-497 efnb2 靶基因分子机制

efnb2和TM4SF1基因在宫颈癌干细胞样细胞中的表达分析

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EFNB2和TM4SF1基因在宫颈癌干细胞样细胞中的表达分析

作者：邬萌吉林大学

学位级别：硕士

背景及目的：肿瘤干细胞学说认为肿瘤干细胞是肿瘤发生与复发的根源，针对肿瘤干细胞展开靶向治疗是肿瘤治疗的新方向。由于缺乏公认的宫颈干细胞标记物，使宫颈癌干细胞的研究极为困难，虽然，有学者采用SP法或无血清悬浮培养法，分... 详细信息

背景及目的：肿瘤干细胞学说认为肿瘤干细胞是肿瘤发生与复发的根源，针对肿瘤干细胞展开靶向治疗是肿瘤治疗的新方向。由于缺乏公认的宫颈干细胞标记物，使宫颈癌干细胞的研究极为困难，虽然，有学者采用SP法或无血清悬浮培养法，分离出了宫颈癌干细胞样细胞，但它仍不够纯化，更缺乏对明确的表面标记物。本研究拟采用差异基因显示技术，检测经证实富集了宫颈癌干细胞的研究组细胞（SP+细胞及ABCG2+细胞），与缺乏宫颈癌干细胞的对照组细胞进行比较，依据各基因表达丰度差异，筛选出差异序列。为宫颈癌干细胞表面标记物的筛选提供依据，为进一步的宫颈肿瘤干细胞的分离与鉴定打下基础，为宫颈癌以肿瘤干细胞为标靶进行治疗提供线索。方法： 1、选取于我院手术治疗的宫颈鳞状细胞癌IB2期患者标本，采用组织块法进行原代培养，冻存、复苏，利用流式细胞技术对建系培养的宫颈癌原代细胞进行SP分选。 2、选取宫颈癌Hela细胞进行培养，流式细胞技术进行ABCG2分选。 3、分别抽提分选的SP细胞、NSP细胞、ABCG2+细胞、ABCG2-细胞总RNA，逆转录合成cDNA，利用芯片筛选两组细胞的差异表达基因。 4、对宫颈癌P10代细胞分选SP细胞和NSP细胞提取RNA进行RT-PCQ检测，检测目的基因的mRNA表达水平，验证差异基因。结果：经过数据分析，在宫颈癌原代细胞中SP细胞的比例为1.66%。与之相对的，Hoechst33342阳性细胞为非侧群细胞（NSP）。在加入ABC转运蛋白抑制剂维拉帕米后，低Hoechst的SP细胞的比例显著降低（＜1%）。免疫荧光标记流式细胞仪检测宫颈癌细胞株Hela细胞中ABCG2+细胞所占比例为11%，其余为ABCG2-细胞亚群。 ABCG2+组与ABCG2-组相比，上调基因1801个，下调基因229。SP组与NSP组相比，上调基因1019个，下调基因405。两组对照下调基因中存在55个交集基因，上调基因中存在12个交集基因。 efnb2基因和TM4SF1基因在SP细胞及NSP细胞中均表达。RT-PCR实验结果显示，SP细胞中efnb2基因表达量是NSP细胞的(7.12)倍。TM4SF1基因表达量是NSP细胞的(7.68)倍。结论： 1、宫颈癌原代细胞中分离的SP细胞同ABCG2+细胞一样，具有肿瘤干细胞的特性。 2、TM4SF1和efnb2基因在宫颈癌原代SP细胞中高表达，可作为宫颈癌干细胞候选特异性表面标记物。 3、TM4SF1和efnb2基因为分离宫颈癌干细胞提供了线索,为肿瘤干细胞靶向治疗提供了新的思路和依据。

关键词： efnb2 TM4SF1 宫颈癌干细胞样细胞差异基因

efnb2基因rs550067317位点基因多态性与精神分裂症相关性研究

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浙江中西医结合杂志 2019年第6期29卷 494-497页

作者：汪斌项则文陈莹蔡靓浙江省绍兴市第七人民医院精神科

精神分裂症是一种慢性、严重和致残的精神疾病,其临床特征是幻觉、妄想和认知缺陷,其遗传度高达80%[1]。efnb2基因位于13q33染色体上,与精神分裂症有很强的联系。研究发现,efnb2基因与中国汉族人群中的精神分裂症有关[2]。研究表明,micr... 详细信息

精神分裂症是一种慢性、严重和致残的精神疾病,其临床特征是幻觉、妄想和认知缺陷,其遗传度高达80%[1]。efnb2基因位于13q33染色体上,与精神分裂症有很强的联系。研究发现,efnb2基因与中国汉族人群中的精神分裂症有关[2]。研究表明,microRNA表达失调可能与精神分裂症相关[3-5]。microRNA-137(miR-137)的变异是迄今为止鉴定的与精神分裂症风险相关性最为密切的基因座之一,与较差的认知表现有关。与miR-137相关的精神分裂症风险可能与其更广泛的下游遗传效应有关[6]。rs550067317位于efnb2基因的3’-UTR,该区域是miR-137的结合位点,本研究探讨efnb2基因rs550067317位点单核苷酸多态性与精神分裂症的相关性,同时分析miR-137的作用,报道如下。

关键词： efnb2 精神分裂症 miR-137 单核苷酸多态性

人efnb2基因shRNA表达载体的构建及表达

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华夏医学 2011年第1期24卷 1-3页

作者：谢秋群唐雄志罗兆芹桂林市人民医院妇产科广西桂林541002

目的:构建针对人efnb2基因的特异性shRNA真核表达载体,并在宫颈癌Hela细胞中表达。方法:运用基因工程技术构建pefnb2-shRNA载体,转染Hela细胞,通过RT-PCR及Western blot检测干扰效率,筛选抑制作用明显的载体。结果:构建获得的pefnb2-sh... 详细信息

目的:构建针对人efnb2基因的特异性shRNA真核表达载体,并在宫颈癌Hela细胞中表达。方法:运用基因工程技术构建pefnb2-shRNA载体,转染Hela细胞,通过RT-PCR及Western blot检测干扰效率,筛选抑制作用明显的载体。结果:构建获得的pefnb2-shRNA表达载体能够有效抑制efnb2基因的表达(Pefnb2-shRNA1的抑制作用最强,对efnb2mRNA表达的抑制率为81.2%,对蛋白表达的抑制率为69.7%。结论:shRNA efnb2能有效下调efnb2基因表达水平。

关键词： shRNA efnb2 基因表达

Micro RNA-137 inhibits efnb2 expression affected by a genetic variant and is expressed aberrantly in peripheral blood of schizophrenia patients

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Micro RNA-137 inhibits EFNB2 expression affected by a geneti...

中国生物化学与分子生物学会2016年全国学术会议

作者： Shanshan Wu Rui Zhang Fayi Nie Xiaoli Wang Congshan Jiang Meng Liu Robert K Valenzuela Wanqing Liu Yongyong Shi Jie Ma Department of Biochemistry and Molecular Biology Xi'an Jiaotong University Health Science Center Key Laboratory of Environment and Genes Related to Diseases (Xi'an Jiaotong University) Ministry of Education Translational medicine center Honghui Hospital Xi'an Jiaotong University Health Science Center Department of Human Genetics 4 Genome Institute of Singapore Agency for Science Technology and Research (A*STAR) Department of Medicinal Chemistry and Molecular Pharmacology Purdue University Key Laboratory for the Genetics of Developmental and Neuropsychiatric Disorders (Ministry of Education) Bio-X Institutes Shanghai Jiao Tong University

MicroRNAs(mi RNAs)are a class of endogenous and non-coding single-stranded RNAs of approximately 22 nucleotides,many of which are evolutionarily conserved.Genome-wide association studies have identified a robust statistical association between the MIR137 gene and schizophrenia in Europeans,which was replicated in the Han Chinese population in a casecontrol study.In the previous study,we provided evidence for a significant association between the efnb2 gene and

关键词： Schizophrenia MiR-137 efnb2 SNP Regulation

来源： cnki会议评论

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EphB6在胃癌中的表达及意义

EphB6在胃癌中的表达及意义

作者：徐竟捷福建医科大学

学位级别：硕士

研究背景和目的胃癌(Gastric Cancer,GC)是现在全球最为常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率在我国的恶性肿瘤中高居第二位。尽管近年来在胃癌的诊断和治疗上取得一定进步,但胃癌术后复发率较高,总体预后仍不乐观。因此,迫切需要我们... 详细信息

研究背景和目的胃癌(Gastric Cancer,GC)是现在全球最为常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率在我国的恶性肿瘤中高居第二位。尽管近年来在胃癌的诊断和治疗上取得一定进步,但胃癌术后复发率较高,总体预后仍不乐观。因此,迫切需要我们进一步探索胃癌发生、发展的相关机制,发现新型的胃癌生物标志物,从而找到新的胃癌诊治的关键突破点,提高目前胃癌早期诊断和治疗的水平。EphB6是Eph/ephrin家族的成员之一,属于酪氨酸激酶受体中的一种激酶缺陷型受体。大量研究提示EphB6表达的下调或缺失与多种恶性肿瘤的发生发展及预后密切相关。其在肿瘤中可能发挥着抑癌基因的作用,但这仍存在一定争议。相对于胃癌而言,EphB6的表达和意义目前尚未取得很好的研究。本课题前期通过对胃癌患者外周血样本ctDNA高通量测序,发现多例EphB6基因高频突变。基于国内外研究进展和前期研究结果,我们以胃癌为研究对象,将EphB6作为目的基因,明确EphB6在胃癌组织和胃癌细胞系中的表达,构建EphB6稳定过表达的胃癌细胞系,观察其对胃癌细胞特征性生物学行为的影响,并初步探索相关分子机制。研究方法1.应用Western blot技术检测正常胃上皮细胞GES-1和4种胃癌细胞系(MGC-803、MKN-45、AGS、SGC-7901)中EphB6蛋白的表达情况,运用免疫细胞化学染色方法观察EphB6蛋白在细胞中的定位分布情况,采用免疫组化技术检测胃癌组织及对应的癌旁正常组织中EphB6蛋白的表达情况,并进一步分析EphB6蛋白表达水平与患者临床病理参数的关系;2.构建人EphB6基因慢病毒过表达载体并进行病毒包装与鉴定,将慢病毒体外转染EphB6相对低表达的人胃癌细胞株,利用Puromycin筛选、Western blot方法验证获得稳定过表达EphB6蛋白的稳转细胞株;3.通过CCK-8法、Transwell侵袭实验及流式细胞仪PI单染法及Annexin V染色法分别考察细胞EphB6过表达前后增殖、侵袭转移、细胞周期分布及凋亡等生物学特性的变化;4.应用qRT-PCR检测EphB6对其配体efnb2的影响。研究结果1.EphB6蛋白在所检测的细胞系中均存在不同程度表达,其在MGC-803、AGS和SGC-7901细胞中的表达显著低于GES-1细胞(P2.重组质粒构建成功,测序结果和预期一致,经慢病毒包装成功获得EphB6慢病毒重组过表达载体,且病毒滴度满足后续实验要求;AGS和SGC-7901细胞感染过表达慢病毒后其EphB6蛋白水平明显升高(P2h、96h),无论AGS还是SGC-7901细胞,EphB6过表达实验组OD值较空载体对照组显著下降(Pefnb2 mRNA的表达水平较对照组显著增加(P2.成功构建EphB6慢病毒重组过表达载体以及EphB6蛋白稳定过表达的AGS和SGC-7901胃癌细胞株,为后续研究奠定了基础。3.过表达EphB6能够显著抑制AGS和SGC-7901胃癌细胞的增殖和侵袭能力,而对细胞的凋亡无明显影响,并发现其对细胞增殖的抑制可能是通过阻滞细胞G1期向S期转变来实现的,进一步证实了EphB6具有抑制胃癌的增殖生长、侵袭转移的功能。4.EphB6过表达能够上调其

关键词： EphB6 胃癌慢病毒过表达 efnb2

血管生成因子对先天性食管闭锁大鼠肺发育的影响

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国际儿科学杂志 2018年第5期45卷 401-404,415页

作者：王军高琳琳刘晓梅中国医科大学附属盛京医院辽宁省母胎医学重点实验室沈阳110004 本溪市中心医院 117022

目的研究血管生成因子efnb2和Ephb4在先天性食管闭锁并食管气管瘘(esophageal atresia and tracheoesophageal fistula,EA-TEF)大鼠肺组织中的表达情况,探讨血管调控因子efnb2及其受体Ephb4对EA-TEF大鼠肺组织发育的影响.方法 24只雌性... 详细信息

目的研究血管生成因子efnb2和Ephb4在先天性食管闭锁并食管气管瘘(esophageal atresia and tracheoesophageal fistula,EA-TEF)大鼠肺组织中的表达情况,探讨血管调控因子efnb2及其受体Ephb4对EA-TEF大鼠肺组织发育的影响.方法 24只雌性Wistar大鼠随机分成实验组(EA-TEF组)和对照组(CON组),每组各12只,妊娠第7～9天实验组给予阿霉素1.75 mg/kg腹腔灌注建立EA-TEF大鼠模型,分别在胚胎第15天(El5)、18天(El8)和21天(E21)剖宫产取胎鼠肺组织,采用Q-PCR和免疫组织化学检测efnb2、Ephb4的表达情况.结果 (1)两组胎鼠肺发育过程中efnb2 mRNA与Ephb4的变化趋势基本一致,小管期(El8)含量最高,囊泡期(E21)降低并恢复至假腺体期(El5)水平.胎肺小管期efnb2mRNA表达水平EA-TEF组(50.65±12.65)明显高于对照组(23.63±11.31) (P ＜0.05),假腺体期和囊泡期两组比较无统计学意义;假腺体期Ephb4 mRNA表达水平EA-TEF组(4.32±2.88)明显高于对照组(1.01±0.19) (P ＜0.05),小管期和囊泡期两组无统计学意义.(2)胎肺不同发育时期,efnb2、Ephb4蛋白在血管上皮、肺泡及支气管上皮表面均有表达,分布模式无统计学意义.EA-TEF组小管期efnb2(162.70±10.04)和Ephb4(152.20±12.32)蛋白表达量增多,而囊泡期回复至正常水平.结论血管生成因子efnb2及其受体Ephb4可调控胎肺组织的分支发育,阿霉素诱导的EA-TEF模型鼠胎肺发育小管期两者同时升高可能是对肺发育不良的代偿机制.

关键词：食管闭锁并食管气管瘘胎肺大鼠 Ephb4 efnb2