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基于dna条形码鉴别青葙子与鸡冠花子及其遗传多样性分析

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药学前沿 2025年第1期29卷 73-81页

作者：宋叶李国卫兰小勇钟春琳谭斯尹刘闪闪潘礼业陈向东孙冬梅广东一方制药有限公司广东省中药配方颗粒企业重点实验室广东佛山528244

目的应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定青葙子与鸡冠花子的最佳dna条形码,建立快速、准确、便捷的青葙属植物鉴定方法。方法收集青葙子、鸡冠花子样品共计21份,提取样品总dna,对内部转录间隔区(ITS)、psbA-trnH、matK、rbcL和trn... 详细信息

目的应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定青葙子与鸡冠花子的最佳dna条形码,建立快速、准确、便捷的青葙属植物鉴定方法。方法收集青葙子、鸡冠花子样品共计21份,提取样品总dna,对内部转录间隔区(ITS)、psbA-trnH、matK、rbcL和trnL-trnF序列进行扩增和测序,采用MEGA-X软件对数据进行分析处理,计算Kimura-2-parameter遗传距离,建立邻接聚类进化树,进行对比分析,基于Taxondna计算BestMatch、BestCloseMatch以评估dna条形码的鉴别能力,利用ITS2数据库和RNAfold数据库预测条形码序列二级结构。结果条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列均扩增成功且具有较高的测序成功率,其中psbA-trnH具有最多的变异位点,ITS次之。psbA-trnH、ITS2、trnL-trnF具有较明显的条形码间隙,以psbA-trnH最为显著(100%)。系统进化树显示,IITS、ITS2、psbA-trnH、matK、trnL-trnF序列均可将青葙子与鸡冠花子各自聚为一支,各分支点的支持率均高于60%,以psbA-trnH、trnL-trnF的各分支点的支持率最高(99%)。分子方差分析结果显示psbA-trnH序列的群体遗传分化指数最高,适用于区分青葙子和鸡冠花子物种间差异。除matK外,青葙子与鸡冠花子psbA-trnH、ITS2、trnL-trnF序列的二级结构均有差异。结论以psbA-trnH为主、ITS和trnL-trnF为辅,可实现青葙子和鸡冠花子的准确鉴定。

关键词：青葙子鸡冠花子 dna条形码物种鉴定遗传距离系统发育树分析二级结构

熊科动物COX2基因dna条形码鉴定方法的建立

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中国口岸科学技术 2025年第2期7卷 80-88页

作者：邵建宏蒋晓霞张洪刘云国麻丽丹莫秋华蔡一村罗宝正拱北海关技术中心珠海519001 临沂大学生命科学学院临沂276012 深圳市易瑞生物技术股份有限公司深圳518101 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心上海200135

为有效鉴定熊科(Ursidae)物种,根据熊科动物线粒体细胞色素c氧化酶2(cytochrome c oxidase subunit 2,COX2)基因设计扩增片段为790 bp的通用引物,对9份熊科动物组织样本、4份熊科动物合成质粒和16份对照样本进行聚合酶链式反应(Polymera... 详细信息

为有效鉴定熊科(Ursidae)物种,根据熊科动物线粒体细胞色素c氧化酶2(cytochrome c oxidase subunit 2,COX2)基因设计扩增片段为790 bp的通用引物,对9份熊科动物组织样本、4份熊科动物合成质粒和16份对照样本进行聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增、电泳和测序,计算物种遗传距离,并采用邻接法构建进化树。结果显示:16份对照样本均未见扩增条带;9份熊科动物组织dna和4份熊科动物合成质粒的检测结果符合预期,且与美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)参考序列的一致性均>96%;8种熊科动物的最大种内遗传距离为0.014%,最小种间遗传距离为0.022%,存在显著条形码差距。结果表明,本研究所建立的COX2基因dna条形码方法能够准确鉴定熊科物种,可为海关等执法部门打击违法犯罪行为、履行《濒危野生动植物种国际贸易公约》提供技术支撑。

关键词：熊 dna条形码细胞色素c氧化酶2 鉴定

基于dna条形码的天津渤海湾鱼类资源鉴定及遗传分析

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河北渔业 2025年第1期 25-31页

作者：何晓旭白晓慧汪笑宇孟一耕天津市水产研究所天津300221

为探索dna条形码对渤海湾部分鱼类物种鉴定的有效性并进行相关的遗传分析,对天津渤海湾10种海水鱼类共177条线粒体COI基因序列进行扩增测序和比对分析。结果表明,10种海水鱼类COI基因T、C、A和G碱基平均含量分别为30.0%、27.9%、24.1%、... 详细信息

为探索dna条形码对渤海湾部分鱼类物种鉴定的有效性并进行相关的遗传分析,对天津渤海湾10种海水鱼类共177条线粒体COI基因序列进行扩增测序和比对分析。结果表明,10种海水鱼类COI基因T、C、A和G碱基平均含量分别为30.0%、27.9%、24.1%、18.0%,具有碱基偏倚性,177个基因序列共检测到70个单倍型。遗传多样性分析显示,总体的单倍型多样性为0.4327~0.9474,核苷酸多样性为0.0008~0.0063,其中焦氏舌鳎(Cynoglossus joyneri)的变异位点、单倍型数和单倍型多样性最高。遗传距离结果显示,种间遗传距离为0.2375~0.3575,其中种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的77倍。系统进化树具有明显的分化谱系,与形态学的鉴定结果相吻合。研究结果表明,dna条形码技术可以对天津近岸海域常见的10种鱼类进行有效鉴定,相关遗传分析可为天津渤海湾鱼类资源保护提供数据支持。

关键词： dna条形码 COI基因遗传多样性鱼类

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南方短尾负鼠的形态学及dna条形码分析

口岸非传统安全学刊 2025年第1期2卷 42-45页

作者：赵丹云郭强陈建刘德星张琛祁军天津国际旅行卫生保健中心(天津海关口岸门诊部) 天津300457 珠海国际旅行卫生保健中心(拱北海关口岸门诊部) 广东珠海519000

对2023年9月21日天津口岸首次截获的来自巴西的鼠形动物进行形态学描述和dna条形码比对,为国境口岸鼠形动物的鉴定提供参考资料。对该鼠形动物进行形态鉴定并描述,取该动物肌肉组织约1cm^(3),提取dna并测序。经鉴定,其齿式、黄棕色毛、... 详细信息

对2023年9月21日天津口岸首次截获的来自巴西的鼠形动物进行形态学描述和dna条形码比对,为国境口岸鼠形动物的鉴定提供参考资料。对该鼠形动物进行形态鉴定并描述,取该动物肌肉组织约1cm^(3),提取dna并测序。经鉴定,其齿式、黄棕色毛、无袋及尾端弯曲特征较为典型,结合来源地判断为南方短尾负鼠,dna条形码在BOLD及NCBI上的比对结果亦显示其与南方短尾负鼠有99%以上的同源性,最终确定该鼠形动物为南方短尾负鼠,系全国口岸首次截获,此为负鼠类动物第三次由天津口岸进入我国。为加强对该类鼠形动物随集装箱等及通工具等传入境内的防控,本次研究对南方短尾负鼠进行形态特征描述及dna条形码比对,以供口岸检疫人员鉴别使用。

关键词： dna条形码南方短尾负鼠形态学天津口岸巴西

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鸡内金显微及dna条形码鉴别特征研究

农业与技术 2025年第4期45卷 45-48页

作者：蒋桃湖南食品药品职业学院湖南长沙410208

建立鸡内金显微特征及dna条形码鉴定方法,并考察其在鸡内金炮制前后真伪鉴别中的适用性。鸡内金粉末显微特征按《中国药典》2020年版四部“2001显微鉴别的粉末制片法”观察;鉴别鸡内金dna条形码分子鉴定按照《中国药典》2020年版四部“9... 详细信息

建立鸡内金显微特征及dna条形码鉴定方法,并考察其在鸡内金炮制前后真伪鉴别中的适用性。鸡内金粉末显微特征按《中国药典》2020年版四部“2001显微鉴别的粉末制片法”观察;鉴别鸡内金dna条形码分子鉴定按照《中国药典》2020年版四部“9107中药材dna条形码分子鉴定法指导原则”进行,采用基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因序列片段的条形码序列方法,与NCBI和中药材dna条形码鉴定系统进行比较。不产地鸡内金生品和饮片(砂烫)粉末中砂囊内壁的显微特征基本一致,其碎片表面都存在沟纹样平行纹理;鸡内金样品dna条形码中COI序列与NCBI和中药材dna 2个数据库的结果一致,炮制前后个别鸡内金样品中COI序列发生变异位点。鸡内金碎片表面沟纹样平行纹理可作为其生药和饮片粉末显微鉴别特征;鸡内金dna条形码分子鉴定可用于鉴别鸡内金药材,但高温炮制后鸡内金dna会发生断裂和降解,其饮片dna条形码鉴定需与性状鉴定、显微鉴定、蛋白质组学等技术手段配合应用。

关键词：鸡内金 dna条形码分子鉴定显微鉴定

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基于dna条形码的八门湾尼蠓雄虫的发现与描述(双翅目:蠓科)

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中国媒介生物学及控制杂志 2025年第1期36卷 94-98页

作者：杨浩娄嘉雯林晓丹李加慧海南大学热带农林学院热带农林生物灾害绿色防控教育部重点实验室海南海口570228

目的利用dna条形码技术对采自海口市的6只尼蠓雄虫进行物种鉴定并进行形态学描述。方法利用无损形态基因组dna提取法提取6头尼蠓雄虫的基因组dna并制作玻片标本,针对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因PCR扩增并测序,通过美国国立生物技术信息... 详细信息

目的利用dna条形码技术对采自海口市的6只尼蠓雄虫进行物种鉴定并进行形态学描述。方法利用无损形态基因组dna提取法提取6头尼蠓雄虫的基因组dna并制作玻片标本,针对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因PCR扩增并测序,通过美国国立生物技术信息中心数据库的基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)采用邻接法进行序列比对和构建系统发育树进行物种鉴定,对主要鉴定特征进行拍摄、测量和绘图。结果6只尼蠓雄虫的dna条形码序列(序列登录号:PP351822~PP351827)与八门湾尼蠓(Nilobezzia bamenwana Li&Li,2019)雌性模式标本的序列相似度介于97.72%~99.85%,构建的系统发育树显示,6条待鉴定的尼蠓雄虫序列与3条八门湾尼蠓雌虫序列聚为一支,支持率达到100%,6头尼蠓雄虫均为八门湾尼蠓,其主要鉴别特征为:小盾片粗鬃9根;中足股节,后足股节、胫节、跗节具明显的粗长鬃毛;第9背板中部具一深色角质化“V”形带,抱握器基节与端节愈合,整体呈直棒状,阳基侧突全愈合。新发现雄虫标本保存于海南大学热带农林学院昆虫标本馆。结论通过dna条形码技术首次鉴定发现了八门湾尼蠓的雄虫,并对其形态特征进行了描述。

关键词：海南岛 dna条形码尼蠓属捕食蠓分类

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dna条形码技术鉴定污染蛋糕的真菌

中国食品学报 2020年第12期20卷 286-293页

作者：孟燕华闫倩倩贺婷张永杰山西大学生命科学学院太原030006

评价dna条形码用于蛋糕污染真菌鉴定的可行性,分析是否存在潜在的致病菌。从4种不同风味的霉变蛋糕上分离真菌菌株,依据真菌通用dna条形码ITS序列对获得的真菌菌株进行鉴定。结果:从霉变蛋糕上共分离到34株真菌,根据ITS序列97%的相似性... 详细信息

评价dna条形码用于蛋糕污染真菌鉴定的可行性,分析是否存在潜在的致病菌。从4种不同风味的霉变蛋糕上分离真菌菌株,依据真菌通用dna条形码ITS序列对获得的真菌菌株进行鉴定。结果:从霉变蛋糕上共分离到34株真菌,根据ITS序列97%的相似性阈值鉴别出9种真菌,隶属于枝孢属、脉孢菌属、青霉属、曲霉属、链格孢属和鲁氏接合酵母等,这些多为空气中常见的真菌。这些真菌在ISHAM数据库中都能找到近缘的具有致病性的菌株,其中一些真菌属还包括产毒素的物种。虽然从每种风味蛋糕上分离到的真菌物种数有限,但回接试验表明分离到的真菌在两种不同风味的测试蛋糕上都可以生长,且蛋糕低温保藏可以延缓这些真菌的生长。结论:提高了对蛋糕上污染真菌多样性的认识,仅靠ITS序列难以将污染蛋糕的真菌准确鉴定到种,需要使用其它备用dna条形码。本研究结论对蛋糕的合理保藏和食品安全具有一定的指导意义。

关键词：蛋糕真菌 dna条形码菌种鉴定食品保藏

dna条形码技术在鲑科鱼类真伪鉴别中的应用

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中国食品学报 2020年第9期20卷 232-240页

作者：王楠邢冉冉马聪聪乔旭光陈颖中国检验检疫科学研究院北京100176 山东农业大学食品科学与工程学院山东泰安271018

本研究建立了基于dna条形码技术的鲑科鱼类特异性检测方法,并用此方法对17种市售鲑科鱼进行物种检测。先从样品中扩增得到dna细胞色素C氧化酶I(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)的基因片段,然后进行一代测序,对测序结果进行比对,验证样品... 详细信息

本研究建立了基于dna条形码技术的鲑科鱼类特异性检测方法,并用此方法对17种市售鲑科鱼进行物种检测。先从样品中扩增得到dna细胞色素C氧化酶I(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)的基因片段,然后进行一代测序,对测序结果进行比对,验证样品的真实属性。结果表明,以COI为靶标、16S rRNA为辅助靶标,可实现对由单一物种组成的鲑鱼制品的物种鉴定。本研究结果证实dna条形码技术可用于鲑科鱼类的物种鉴别,为鲑科鱼的市场监管提供技术支撑。

关键词： dna条形码鲑科鱼类真伪鉴别鲑科鱼商品标签

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dna条形码技术鉴定贝母属植物

中草药 2014年第11期45卷 1613-1619页

作者：俞超梁孝祺陈金金盛梦俊冯亚斌王忠华浙江万里学院生物技术研究所浙江宁波315100

目的采用dna条形码技术,比较了条形码序列ITS1和ITS2在贝母属植物中的鉴定效果。方法从8个贝母属21个样品中提取了基因组dna,进行ITS1、ITS2序列的PCR扩增和测序,并比较了各样品dna提取率、PCR扩增率及测序成功率。测序数据采用BLAST搜... 详细信息

目的采用dna条形码技术,比较了条形码序列ITS1和ITS2在贝母属植物中的鉴定效果。方法从8个贝母属21个样品中提取了基因组dna,进行ITS1、ITS2序列的PCR扩增和测序,并比较了各样品dna提取率、PCR扩增率及测序成功率。测序数据采用BLAST搜索法评价2种序列的鉴定能力,采用SPSS软件进行遗传距离分析,采用MEGA软件进行系统发育树的构建。结果对比不同物种ITS1、ITS2序列的一级结构差异,发现其ITS1序列长度为205-229 bp,有信息位点27个（所占比例11.8%）,鉴定成功率为72.2%;ITS2序列长度为236-244 bp,有信息位点20个（所占比例8.2%）,鉴定成功率为100%。ITS1序列的种内及种间遗传距离分别为0.001 8和0.066 1,而ITS2序列的种内及种间遗传距离分别为0.000 5和0.046 8,且种内高度保守;系统发育树构建结果显示,2种ITS序列能准确区分出浙贝母类群、川贝母类群和北方贝母类群,而ITS2序列所构建的系统发育树准确度更高。结论 ITS2序列能够更准确鉴定不同物种贝母,适合作为贝母属植物的通用条形码序列。

关键词：贝母属 ITS1 ITS2 dna条形码分子鉴定