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基于甲基化修饰探讨加减养心通脉方对冠心病血瘀证及亚型CTNNB1、des基因表达的影响研究

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基于甲基化修饰探讨加减养心通脉方对冠心病血瘀证及亚型CTNNB1、...

作者：向忠军湖南中医药大学

学位级别：硕士

目的：通过DNA甲基化芯片检测非血缘性冠心病血瘀证DNA甲基化差异基因,从中筛选出CTNNB1和des基因,“以方测证”通过加减养心通脉系列方对非血缘性冠心病(气虚、痰浊、气滞)血瘀证亚型进行中药干预,探讨冠心病血瘀证易感基因甲基化修饰... 详细信息

目的：通过DNA甲基化芯片检测非血缘性冠心病血瘀证DNA甲基化差异基因,从中筛选出CTNNB1和des基因,“以方测证”通过加减养心通脉系列方对非血缘性冠心病(气虚、痰浊、气滞)血瘀证亚型进行中药干预,探讨冠心病血瘀证易感基因甲基化修饰和表达的作用机制,为中医药临床防治冠心病及血瘀证提供思路和理论依据。方法：采用Infinium Human Methylation450BeadArray芯片检测基因DNA甲基化方法(对收集的非血缘性冠心病血瘀证组3例,冠心病非血瘀证组3例与健康对照组3例检测),检测冠心病血瘀证DNA甲基化差异基因,从中选出非血缘性冠心病血瘀证CTNNB1、des两个甲基化改变的易感基因,并比较三组相关临床资料;采用RT-PCR技术对非血缘性冠心病血瘀证亚型进行加减养心通脉方干预,检测干预前后候选基因表达程度。课题中药干预前共收入23病例为实验组(冠心病气滞血瘀证组、冠心病痰浊血瘀证组各8例、冠心病气虚血瘀证组7例),中药干预后共收集18例血样(气滞血瘀证6例、痰浊血瘀证6例、气虚血瘀证6例)对所选两个易感基因的表达程度及血脂、血糖指标进行干预前后对比,探讨养心通脉方对非血缘性冠心病(气虚、痰浊、气滞)血瘀证亚型CTNNB1、des两个基因表达、DNA甲基化修饰及血脂影响,并比较三组治疗前后相关临床资料。结果：选取肌间线蛋白(desmin des)、连环蛋白(cadherin-associated,beta1,88kda CTNNB1)两个易感DNA甲基化基因;血糖、血脂指标在非血缘性CHD非血瘀证组,CHD血瘀组,与正常对照组间的差异无统计学意义(P>0.05),各组间的两两比较亦无统计学意义(P>0.05);但是血糖值在冠心病血瘀证及非血瘀证组都明显高于正常组;血脂TC、TG、LDL-C值在冠心病血瘀证及非血瘀证组明显高于正常组;HDL-C值在正常组略高于冠心病血瘀证及非血瘀证组。不同冠心病证型在中药治疗后,相比治疗前des基因表达均明显所下降,且有统计学意义,其中痰浊血瘀证组(P基因表达改变不明显,且无有统计学意义,其中痰浊血瘀证组、气滞血瘀证组、气虚血瘀证组(P>0.05);不同证型的患者在治疗后,相比治疗前血糖、TC、TG、HDL、LDLC值均有所下降,各组之间比较没有统计学意义;通过自身配对符号秩和检验,气虚血瘀组前后血糖值改变有统计学意义(P0.05)。结论： 1.非血缘性冠心病血瘀证存在明显的血脂紊乱情况;2.des基因和CTNNB1基因的DNA甲基化修饰可能是冠心病血瘀证的易感危险因素;3.加减养心通脉方可以明显改善冠心病血瘀证亚型脂类及血糖异常,有很好的降糖、脂类作用;4.加减养心通脉方能对冠心病(气滞、痰浊、气虚)血瘀证三个亚型des基因表达有明显的调控作用,但对CTNNB1基因表达无明显的调控作用;进一步证实了des基因的甲基化修饰是冠心病血瘀证的发病机制之一。

关键词：冠心病血瘀证 CTNNB1基因 des基因甲基化修饰加减养心通脉方

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牛des基因的SNPs检测

西北农业学报 2004年第3期13卷 1-4页

作者：狄江 Cynthia DK Bottema Bozena Kruk 新疆畜牧科学院乌鲁木齐830000 University of Adelaide

设计了6套引物对利木赞(Limousin)和娟姗(Jersey)两个牛品种杂交一代的3头公牛进行des基因的PCR扩增和测序,除引物4外均获得扩增产物,并在引物1扩增产物的上、下游及引物2扩增产物的上游序列的非编码区中各发现一个SNP,分别为SNP1(A/G)... 详细信息

设计了6套引物对利木赞(Limousin)和娟姗(Jersey)两个牛品种杂交一代的3头公牛进行des基因的PCR扩增和测序,除引物4外均获得扩增产物,并在引物1扩增产物的上、下游及引物2扩增产物的上游序列的非编码区中各发现一个SNP,分别为SNP1(A/G)、SNP2(C/T)和SNP3(T/G)。同时测得公牛1、2、3的SNP1、SNP2、SNP3的基因型分别为A/A、A/G、A/G,C/C、C/C、C/T,T/G、G/G、G/G。

关键词：牛 des基因 SNPs检测单核苷酸多态性 QTL 数量性状位点

1个结蛋白基因新突变致扩张型心肌病家系的临床特点及遗传分析

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临床检验杂志 2022年第12期40卷 929-933页

作者：于莉宋贵波靳冰玉干学东邱雪平王陈程亚婷郑芳武汉大学中南医院基因诊断中心&检验科武汉430071 武汉大学中南医院心血管内科武汉430071 昆明医科大学第一附属医院检验科昆明650032

目的对1个扩张型心肌病的家系进行遗传学分析,探讨其致病性基因变异位点,为遗传咨询提供数据支持。方法收集该家系现存成员的临床资料和外周血,采用外周血DNA提取试剂盒提取白细胞基因组DNA,采用全外显子组二代测序技术筛选出与扩张... 详细信息

目的对1个扩张型心肌病的家系进行遗传学分析,探讨其致病性基因变异位点,为遗传咨询提供数据支持。方法收集该家系现存成员的临床资料和外周血,采用外周血DNA提取试剂盒提取白细胞基因组DNA,采用全外显子组二代测序技术筛选出与扩张型心肌病相关的可疑致病性变异,用Sanger测序对变异位点进行验证,结合家系共分离分析及多种生物信息学方法(如UniProt、PolyPhen-2和Mutation taster、ANTHEPROT、PyMOL等)综合验证和预测该变异的有害性,并根据ACMG指南对该变异位点进一步解读。结果该扩张型心肌病家系符合常染色体显性遗传模式,患病成员均携带结蛋白基因(desmin,des),是未曾报道过的一种杂合错义新突变des c.140G>T(p.Ser47Ile)。生物信息学预测结果显示,该突变可改变蛋白质的二级结构,增加其疏水性并使其抗原性下降,还可使该位点原有的氢键和潜在的磷酸化位点丢失。根据ACMG指南可将该突变解读为可能致病的变异。结论新发现的des基因c.140G>T(p.Ser47Ile)变异可能是该常染色体显性遗传家系的致病原因,该家系患者出现临床表型的时间相对较早且预后不良,突变的检测有助于患者早期诊断与个性化的临床管理及治疗。

关键词：扩张型心肌病 des基因结蛋白新突变

集胞藻PCC6803中Ⅱ型RNA结合蛋白对于脂肪酸组成的效应

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科学通报 2010年第17期55卷 1696-1701页

作者：唐蜻谈晓明徐旭东中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430072

在集胞藻PCC6803中,Ⅱ型RNA结合蛋白基因rbp3在温度下降时仅有轻微上调.与野生型相比,rbp3突变株中膜脂多不饱和脂肪酸(PUFA)总量显著减少.但是,PUFA的减少并未达到影响其在低温下生长的程度.突变株中的脂肪酸脱饱和酶基因desA,desB和de... 详细信息

在集胞藻PCC6803中,Ⅱ型RNA结合蛋白基因rbp3在温度下降时仅有轻微上调.与野生型相比,rbp3突变株中膜脂多不饱和脂肪酸(PUFA)总量显著减少.但是,PUFA的减少并未达到影响其在低温下生长的程度.突变株中的脂肪酸脱饱和酶基因desA,desB和desD,以及在15℃生长所需要的基因ccr-1的mRNA显著减少,而rbp1(RNA结合蛋白1)和crhR(RNA解旋酶轻链)的mRNA不受影响.因而,Rbp3可直接或间接地影响某些基因的mRNA水平.

关键词： Rbp3 脂肪酸组成 des基因集胞藻

海南一例进行性房室传导阻滞家系遗传易感基因的筛查分析

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海南一例进行性房室传导阻滞家系遗传易感基因的筛查分析

作者：李轼海南医学院

学位级别：硕士

目的:进行性房室传导阻滞（Progressive cardiac conduction defect,PCCD）是一种特殊的遗传病,其发病过程往往是漫长的且呈进展性,该病的好发年龄为30-50岁,主要累及心脏的传导系统。PCCD的发病机制目前认为是与人体的多种离子通道的... 详细信息

目的:进行性房室传导阻滞（Progressive cardiac conduction defect,PCCD）是一种特殊的遗传病,其发病过程往往是漫长的且呈进展性,该病的好发年龄为30-50岁,主要累及心脏的传导系统。PCCD的发病机制目前认为是与人体的多种离子通道的编码基因突变及结构蛋白的异常表达有关,其中最常见的基因有SCN5A、SCN10A、SCN1B、TRPM4、LMNA、TBX5、NKX2.5、des等。因此,本研究利用一代和二代测序技术对一个PCCD的家系进行候选突变基因的筛选及致病性分析,旨在找出该家系的致病基因及其突变位点,以便更深入的研究PCCD的发病机制。方法:采用常规12导联心电图对一个来自中国海南省的包含5代59人的家系进行筛查,采集该家系中患者和部分健康人的外周血进行DNA提取并质检,合格后建立DNA文库。利用高通量测序系统进行测序处理,所得数据经过多重数据库筛选,缩小候选突变基因范围,并利用BWA、HG19、GATK、ANNOVAR等软件和数据库对测序数据进行比对过滤,筛选出与PCCD发病高度相关的突变基因,并对其进行致病性分析。将得出的可疑突变基因进一步行Sanger测序来验证其致病性并确定突变位点。同时利用SIFT以及Poly Phen-2软件对候选突变基因进行蛋白质功能的预测及危害程度评分。结果:通过对该家系成员进行详细问诊及其心电图表现和临床表现分析后得知该家系成员中每一代都有患病者,符合常染色体显性遗传的特征,其中因三度房室传导阻滞安装起搏器的有5人。成功采集家系成员的外周血,经过全外显子测序、关联到多个数据库筛查、候选突变基因功能预测及变异生物信息学分析后,筛选出六个高度可疑的突变基因,分别为des p.S13F c.38C＞T、RET p.A432A c.2071G＞A、DSP p.Y1512C c.4535A＞G、COL11A1 p.P1323L c.3968C＞T、SCN5A p.A226V c.677C＞T、TRPM4 p.E330X c.988G＞T。用Sanger测序进行验证,确定该家系的致病突变基因为des p.S13F（c.38C＞T）,Ser13Phe,序列中38号位碱基由C替换为T,氨基酸由丝氨酸转变为苯丙氨酸,基因坐标为2:220283222-220283222。同时利用SIFT以及Poly Phen-2软件对该突变基因进行蛋白质功能的预测,SIFT评分为-3.554;Poly Phen-2 Hum Div评分为0.997,Hum Var评分为0.995。该结果表明此突变位点确为有害位点。共检测出该家系成员中有11人携带des突变基因,其中5人已发病,剩余6人并无典型的临床表现及心电图特征。结论:本研究报道的PCCD家系成员经测序分析得出导致其患病的致病突变基因为des杂合错义突变;通过全外显子测序技术和Sanger测序验证可以快速的鉴定PCCD的可疑致病基因,具有重要的临床意义。该家系中未发病的突变基因携带者嘱其定期查体,避免出现病情加重甚至猝死,可为将来遗传咨询及生殖阻断等提供强有力的依据,也为以后全外显子测序在医学遗传学的诊断和治疗上提供一种可行思路。

关键词：进行性房室传导阻滞全外显子测序 Sanger测序法 des基因错义突变

光叶花生两个重要基因片段的克隆和序列测定(英文)

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花生学报 2003年第1期32卷 7-11页

作者：王传堂王东杨新道陈殿绪张建成山东省花生研究所青岛市农业生物技术重点实验室山东青岛266100

从不亲和野生花生ArachisglabrataBenth中提取DNA,在多重序列比对的基础上设计PCR引物,成功扩增出约350、750bp的两个片段,与des和RS基因片段预期分子量相符。PCR产物与T载体连接,转化受体菌XL1 Blue,获得了白色菌落。挑取白色菌落在液... 详细信息

从不亲和野生花生ArachisglabrataBenth中提取DNA,在多重序列比对的基础上设计PCR引物,成功扩增出约350、750bp的两个片段,与des和RS基因片段预期分子量相符。PCR产物与T载体连接,转化受体菌XL1 Blue,获得了白色菌落。挑取白色菌落在液体培养基中过夜培养,经TTE溶液和热处理后进行PCR扩增,获得了载有目的基因片段的阳性重组子。测序和序列比对分析的结果说明,des和RS基因片段克隆成功。这是首次从不亲和野生花生A.glabrataBenth中克隆出的基因片段。该片段可用作探针克隆相关基因全编码区。

关键词：光叶花生 des基因 RS基因测序

锌指蛋白512B基因变异的肌萎缩侧索硬化1例报告

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中国实用神经疾病杂志 2018年第15期21卷 1729-1732页

作者：幸伟芳洪铭范广东药科大学附属第一医院神经内科广东广州510000

肌萎缩侧索硬化(Amyotrophic Lateral Sclerosis,ALS)是运动神经元病中最常见的类型,以进行性加重的骨骼肌无力、萎缩、肌束颤动、延髓麻痹和锥体束征为主要临床表现。随着分子生物技术的飞速发展,对该病的研究取得了突破性进展。在FAL... 详细信息

肌萎缩侧索硬化(Amyotrophic Lateral Sclerosis,ALS)是运动神经元病中最常见的类型,以进行性加重的骨骼肌无力、萎缩、肌束颤动、延髓麻痹和锥体束征为主要临床表现。随着分子生物技术的飞速发展,对该病的研究取得了突破性进展。在FALS的遗传学研究中,许多诱发ALS发病的易感基因已被确定,11种基因可以描述FALS的致病突变,包括SOD1、ALS2、VAPB、SETX、ANG、DCTN1、TARDBP、NEFH、FUS、DAO和OPTN。关于SALS的易感基因已有数十篇来自候选基因的相关研究报道,包括NEFH、ANG、APEX、HFE、PON、SMN1、SMN2和VEGF,对于SALS的基因研究极为重要。

关键词：肌萎缩侧索硬化肌原纤维肌病 ZNF512B基因 des基因易感基因