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基于语义的中文文本聚类最佳簇数研究

计算机工程与设计 2010年第9期31卷 2034-2036,2100页

作者：刘金岭江苏淮阴工学院计算机系江苏淮安223003

分析了聚类数目的确定对大样本数据聚类效果的影响,对目前聚类质量衡量指标的几个主要流行观点进行了剖析。利用文本相似度的概念对文本语义最佳聚类数问题进行了研究,提出了一种基于聚类过程的文本最佳聚类数算法ctbp,其主要思想是在... 详细信息

分析了聚类数目的确定对大样本数据聚类效果的影响,对目前聚类质量衡量指标的几个主要流行观点进行了剖析。利用文本相似度的概念对文本语义最佳聚类数问题进行了研究,提出了一种基于聚类过程的文本最佳聚类数算法ctbp,其主要思想是在文本向量集的每个文本向量中抽取出一个词汇,按相似度有序排列,用增量逐层划分以得到最优划分所对应的簇类数。这样通过扫描一遍数据就可以获得多个统计信息,最后求出最优解。实验结果表明了该算法的高质量和高效率。

关键词：文本聚类聚类簇数增量划分 ctbp

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ctbp在转录调控和细胞代谢中的作用

CtBP在转录调控和细胞代谢中的作用

作者：成琳东南大学

学位级别：硕士

ctbp(C-terminal binding protein)蛋白家族是一类非常经典的转录辅阻遏因子,在发育和疾病中发挥着重要的作用,它主要通过和序列特异且与DNA结合的转录阻遏因子相互作用,并募集染色质修饰相关的因子,改变染色质状态,行使转录辅阻遏因子... 详细信息

ctbp(C-terminal binding protein)蛋白家族是一类非常经典的转录辅阻遏因子,在发育和疾病中发挥着重要的作用,它主要通过和序列特异且与DNA结合的转录阻遏因子相互作用,并募集染色质修饰相关的因子,改变染色质状态,行使转录辅阻遏因子的功能。ctbp在结构上与一类NAD依赖的D2-羟基酸脱氢酶(D2-HDH)具有高度的同源性,并被认为是有功能性的脱氢酶,此外,由于ctbp的活性受细胞内NADH/NAD+水平的影响,近年来不少研究都表明ctbp的转录调控功能与细胞代谢有着密切的联系。但是至今为止ctbp真正的生理学底物还未被鉴定出来,所以在这一领域仍有很多问题亟待解决,例如ctbp的真正底物是什么,底物是如何影响ctbp功能的?其脱氢酶活性是如何调控RNA转录及染色质构象的?ctbp的转录调控功能与细胞代谢状态之间的联系是通过哪些方式建立的?本文通过体外生化试验和细胞实验初步探究了 ctbp和代谢酶PHGDH之间的关系,寻找到了 ctbp的一个潜在底物3-磷酸甘油酸(3PG)。我们进一步发现ctbp与PHGDH存在物理相互作用,并且存在功能上的联系。此外我们还对3PG等代谢物对ctbp功能的影响进行了初步探讨,发现3PG和NADH可以协同促进ctbp二聚体的形成,同时NADH/NAD+水平的改变可能与ctbp的亚细胞定位有关。鉴于PHGDH在氨基酸合成、核酸合成及一碳单位来源中的重要作用,本文的结果提示ctbp可能通过与PHGDH的相互作用发挥其在转录调控和细胞增殖中的功能。以下是这篇论文的主要结果:1.ctbp蛋白与代谢酶PHGDH的关系以ctbp的脱氢酶结构域为线索,我们在NCBI上分别进行了果蝇和人的蛋白序列比对,发现果蝇的CG6287蛋白和人的PHGDH蛋白与ctbp有着较高的同源性,之后通过在果蝇数据库FlyBase中的检索,我们发现CG6287在人中的直系同源基因即为PHGDH,编码的蛋白为3-磷酸甘油酸脱氢酶,在进化上也属于D-2-羟基酸脱氢酶,其底物为3-磷酸甘油酸(3PG),为方便起见,我们将CG6287命名为dPHGDH。鉴于ctbp与PHGDH的同源性及各自特异的转录调控和代谢功能,我们提出一个设想:PHGDH和ctbp可能是同工酶,而且PHGDH可能是ctbp与细胞代谢环境建立联系的一种机制。由于PHGDH和ctbp可能是同工酶,我们以3-磷酸甘油酸为底物,将已报道的ctbp酶活检测底物丙酮酸作为对照,检测ctbp的酶活,结果表明在在相同浓度条件下(100μM),以3PG为底物时,ctbp的酶活远高于丙酮酸,说明3PG可能是ctbp的潜在生理学底物。为了探究ctbp蛋白与代谢酶PHGDH的功能关系,我们分别利用Co-IP和细胞免疫染色实验证明了 ctbp和PHGDH在细胞中共定位,并存在直接或间接的相互作用。此外,Wnt信号通路转录调控模型中的研究表明,在ctbp RNAi或ctbp和Gro双重RNAi的情况下,Wnt信号通路被激活后,ctbp靶基因nkd表达水平上升了 6-7倍,而在转染了 PHGDH后,nkd的表达又受到了抑制,说明PHGDH在一定程度上弥补了 ctbp的转录辅抑制功能,两者可能具有功能上的相互联系。2.代谢中间产物能够影响ctbp的功能为了检测3PG对ctbp功能的影响,我们以不同浓度3PG处理Kc细胞,同时以文献中报道的ctbp的另一个潜在底物MTOB作为对照,检测Wnt信号通路靶基因nkd的表达水平。结果显示在用3PG和MTOB处理细胞后,ctbp的靶基因nkd受到抑制,这与ctbp过表达的结果相似,说明3PG和MTOB能在一定程度上促进ctbp的功能。此外我们分别用带V5和Flag标签的ctbp质粒共同转染Kc细胞,免疫共沉淀(Co-IP)实验时分别用NADH、3PG及对照MTOB处理样品,检测它们对ctbp二聚体形成的影响。结果显示单独的3PG和MTOB处理不能促进ctbp二聚体的形成,而NADH和3PG(或MTOB)同时处理后能协同促进ctbp二聚体的形成,这可能是ctbp潜在底物能够增强其功能的一种机制。我们还研究了细胞内NADH/NAD+水平对ctbp功能的影响,结果表明在用糖酵解抑制剂2-DG处理细胞后3h,ctbp的抑制活性减弱。同时,我们还观察了 2-DG处理细胞3h后ctbp的胞质和核定位情况,结果表明在用10mM2-DG处理细胞3h后,ctbp在胞质中的积累增加,而核中减少。这一结果表明,细胞中NADH/NAD+比率的变化不仅能通过影响ctbp二聚体的形成及其与其他蛋白的相互作用来调控ctbp的功能,还能通过影响ctbp的亚细胞定位来调控其功能分布。综上所述,我们对于ctbp蛋白和代谢酶PHGDH关系的研究,3PG、NADH调控ctbp功能的研究,间接证明了代谢对转录调控和染色质修饰的影响,为我们进一步认识代谢、转录调控和疾病之间的

关键词： ctbp 脱氢酶 PHGDH 3-磷酸甘油酸代谢

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鞣花酸抗肝癌作用的相关分子

中国现代医学杂志 2013年第11期23卷 36-39页

作者：王建红赵宁田晶范才文罗琴潘红杰向秋桂林医学院广西桂林541004

目的探索五倍子提取物鞣花酸抗肝癌生物学活性的相关分子。方法鞣花酸体外孵育肝癌HepG-2细胞,采用细胞形态学、四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法和Hoechst33258染色分析细胞的增殖与凋亡;West-ern-blotting分析基因表达。结果鞣花酸剂量依赖... 详细信息

目的探索五倍子提取物鞣花酸抗肝癌生物学活性的相关分子。方法鞣花酸体外孵育肝癌HepG-2细胞,采用细胞形态学、四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法和Hoechst33258染色分析细胞的增殖与凋亡;West-ern-blotting分析基因表达。结果鞣花酸剂量依赖性抑制HepG-2细胞增殖,诱导其凋亡;鞣花酸抑制肿瘤相关基因ctbp、Stathmin和COX-2的表达,随鞣花酸浓度升高,抑制作用增强。结论鞣花酸通过抑制ctbp、Stathmin和COX-2的表达发挥抗肝癌的生物学作用。

关键词：鞣花酸肝癌增殖 COX-2 ctbp

体外分化Th17细胞IL-17f,ctbp和Gfi1的表达

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中国皮肤性病学杂志 2014年第6期28卷 563-566页

作者：陈嵘祎周飞周英阿彩岭广东医学院附属医院第一临床学院皮肤科广东湛江524023

目的检测小鼠Th17细胞诱导分化模型中IL-17f,ctbp和Gfi1的表达情况并探讨其临床意义。方法提取小鼠脾淋巴细胞,采用免疫磁珠纯化CD4+CD62L+T细胞后,空白对照组用RPMI 1640培养,Th17分化组用anti-CD3ε,anti-CD28,anti-IFN-γ,anti-IL-4... 详细信息

目的检测小鼠Th17细胞诱导分化模型中IL-17f,ctbp和Gfi1的表达情况并探讨其临床意义。方法提取小鼠脾淋巴细胞,采用免疫磁珠纯化CD4+CD62L+T细胞后,空白对照组用RPMI 1640培养,Th17分化组用anti-CD3ε,anti-CD28,anti-IFN-γ,anti-IL-4抗体及IL-6,TGF-β1和IL-23等细胞因子培育,诱导原始T细胞向Th17细胞分化。两组细胞分别培养72 h后,采用Realtime-PCR检测IL-17f,ctbp,Gfi1 mRNA的表达情况。结果 Th17分化组细胞经相关抗体及细胞因子刺激诱导分化后,其IL-17f mRNA表达明显增高(分化前为1,分化后达194.011721),但ctbpmRNA,Gfi1 mRNA表达均明显低于空白对照组,以上差异均有统计学意义(P均ctbpmRNA分化前为1,Th17分化后为0.45375958,Gfi1 mRNA表达在对照组分化前为1,Th17分化后为0.00430432。结论 ctbp和Gfi1在Th17分化组中表达显著下调,但上述两种转录辅抑制因子是否参与了Th17细胞的分化调控值得进一步研究。

关键词： IL-17 ctbp Gil1 小鼠 Th17分化模型

ctbp promote the cancer cell migration through downregulating cholesterol synthesis

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CtBP promote the cancer cell migration through downregulatin...

Interaction of Drosophila ctbp with the Wingless Signaling Pathway

中国生物化学与分子生物学会2016年全国学术会议

作者： Zhiqiang Zhao Li Wang Lijun Di Faculty of Health Sciences University of Macau Metabolomics Core Faculty of Health Sciences University of Macau

Cancermetastasis kills almost 90%of patient and almost always announces the worst destination of patients once being diagnosed.How the tumor cells eventually turn to metastatic cells is still unclear but the epithelial to mesenchymal transition is believed to be essential in the metastasis process.Along this process,cells experience significant alteration in gene

关键词： ctbp Cholesterol EMT Cancer

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Interaction of Drosophila CtBP with the Wingless Signaling P...

Smad6 inhibits Wnt/beta-catenin pathway by recruiting ctbp to promote neuronal differentiation

江苏省遗传学会第七届代表大会暨学术研讨会

作者： Ming Fang (Department of Genetics and Developmental Biology, Genetics Research Center, Southeast University Medical School, The Key Laboratory of Developmental Genes and Human Disease, Ministry of Education, Nanjing 210009, Jiangsu Province, China)

＜正＞The Wnt/β-catenin signaling pathway plays many important roles in animal development and human disease. In the absence of Wnt signaling, sequence-specific DNA-binding proteins of the TCF family repress Wnt targ... 详细信息

关键词： Wnt ctbp Wingless Drosophila

来源： cnki会议评论

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Smad6 inhibits Wnt/beta-catenin pathway by recruiting CtBP t...

条形码阅读器及ctbp条形码汉字和图表编辑软件通过技术鉴定

中国神经科学学会第四次会员代表大会暨第八届全国学术会议

作者： Francois Guillemot Division of Molecular Neurobiology National Institute for Medical ResearchThe RidgewayMill HillLondon NW7 1AAUK

Both the Wnt/beta-catenin and the BMP pathways are involved in neural/neuronal progenitor cell maintenance and differentiation at different developmental stages.However,it is not clear how these pathways are regulated during neuronal differentiation.Here,we show that Smad6,a negative regulator of BMP signaling,is expressed in the neuronal differentiating region of the developing spinal cord in chick embryos.Overexpression and knockdown experiments show that Smad6 is sufficient and necessary for the neuronal differentiation of neural/neuronal progenitor cells.We further show that Smad6 inhibits the Wnt/beta-catenin pathway to promote neuronal differentiation in addition to its canonical function of blocking the BMP pathway.We also find that Smad6 represses the Wnt/beta-catenin pathway independently of its effect on BMP signaling.Mechanistically,we show that Smad6 recruits ctbps to the beta-catenin/TCF complex to inhibit Wnt/beta-catenin signaling.This study suggests that ctbp-mediated inhibition of Wnt/beta-catenin by Smad6 is important for neuronal differentiation.

关键词： neuronal differentiation Smad6 Wnt/beta-catenin pathway BMP pathway ctbp

来源： cnki会议评论

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沈阳理工大学学报 1990年第3期18卷 62-62页

作者：英杰

条形码阅读器及 ctbp 条形码汉字、图表编辑软件技术鉴定会在兵器工业总公司发展规划部主持下于1990年6月26日在我院召开,来自院校、研究所及有关单位的15位专家委员听取了课题组的报告及意见,审查了所提供的技术资料,并进行了现场测试。

关键词： ctbp 编辑软件技术鉴定兵器工业技术资料发展规划国外进口产品码制八十年代国家科委