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云南省大理州片形吸虫的分子鉴定

中国病原生物学杂志 2019年第5期14卷 525-529页

作者：唐梦婷周岩刘榆华程娜张剑平许学年中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所国家热带病研究中心世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际联合研究中心卫生部寄生虫病病原与媒介生物学重点实验室上海200025 大理州血吸虫病防治研究所

目的基于核糖体第一内转录间隔区(ITS1)、线粒体细胞色素c氧化酶亚基(cox1)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1(NAD1)序列初步鉴定云南省大理州地区片形吸虫的种类。方法于大理州下关农贸市场采集4头感染片形吸虫牛的肝脏,分离片形吸虫... 详细信息

目的基于核糖体第一内转录间隔区(ITS1)、线粒体细胞色素c氧化酶亚基(cox1)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1(NAD1)序列初步鉴定云南省大理州地区片形吸虫的种类。方法于大理州下关农贸市场采集4头感染片形吸虫牛的肝脏,分离片形吸虫成虫,并孵育以获得其虫卵。分别提取片形吸虫成虫及虫卵的基因组DNA,PCR扩增核糖体ITS1,线粒体cox1和NAD1序列并测序,所得序列经BLAST在线工具进行比对,鉴定虫种;采用BioEdit软件进行多序列比对,分析片形吸虫亲代及子一代的遗传变异情况。结果共获得64条片形吸虫成虫,核糖体DNA的ITS1序列扩增产物长422 bp,出现5个变异位点。64条片形吸虫成虫中有5条(7.81%)与GenBank中肝片形吸虫的ITS1序列(登录号:AM709612)相似度为100%,其余59条(92.19%)均同时携带肝片形吸虫和巨片形吸虫的序列特征,为Fg/Fh杂合型片形吸虫;测序图谱中5个变异位点均出现双峰,个体间双峰比值存在明显差异,从Fg∶Fh≥10∶1到Fg∶Fh≤1∶10不等。线粒体DNA的NAD1和cox1序列扩增产物长度分别为535 bp和438 bp,变异位点分别为47个和41个。其中1条成虫(1.56%)与GenBank中肝片形吸虫的NAD1序列(登录号:GQ175363)、cox1序列(登录号:GQ398051)相似度为100%,另63条(98.44%)与巨片形吸虫的NAD1序列(登录号:AB207168)、cox1序列(登录号:AB207177)相似度为99.81~100%。虫卵线粒体cox1、NAD1序列与母本完全一致;ITS1序列分型与母体完全一致,但其杂合程度存在分化现象。结论云南省大理地区片形吸虫种群以"杂合型"片形吸虫为主,同时存在极少量纯种肝片形吸虫。

关键词：片形吸虫虫种鉴定 ITS1 NAD1 cox1 杂合大理

Sequence variability in two mitochondrial DNA regions and internal transcribed spacer among Coenurus infecting animals and humans from different regions of China

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Sequence variability in two mitochondrial DNA regions and in...

中国动物学会寄生虫学专业委员会第十届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会

作者： Lei Tan Yi Liu Wei Liu College of Veterinary Medicine Hunan Agricultural University

Objectives Sequence variability in two mitochondrial DNA(mtDNA) regions, namely cox1 and 12 S rRNA, and ITS of rDNA in Coenurus from different geogr-aphical regions in China was examined to analyze the variation of three sequences. Methods A portion of the cox1(pcox1), ITS genes and the 12 S rRNA(p12S) were amplified respectively from individual sample by PCR. Representative amplicons were subjected to sequencing for estimating sequence variability. Results The sequences of pcox1, 12 S rRNA and ITS were 421, 617 bp and 1320 in length, severally. the level of pairwise sequence variation between individual haplotypes were concluded to be 0—1.6% for the pcox1, 0—0.9% for the 12 S rRNA, 0.3%—4.2% for ITS. while, the inter-specific sequence variation were dramatically higher,being 9.9—28.7%, 8.3—26.4%,36—72.34% for pcox1,12 S rRNA and ITS, respectively. Phylogenetic analyses based on the 12 S rRNA sequence data revealed that T. multiceps and T. hydatigena were more closely related to the other members of the Taenia genus, and parasites of genus Echinoco- ccus were sister to the genus Taenia. Conclusion we could make a decision that Coenurus cerebralis and Coenurus skrjabini were belonged to the larval development of Taenia *** findings demonstrated clearly the usefulness of mtDNA and rDNA sequences for population genetic studies of these cestodes of socio-economic importance.

关键词： cox1 12S rRNA ITS T.Multiceps sequence analysis phylogenetic relationship

来源： cnki会议评论

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一起条斑紫菜拟油壶菌病的诊断

渔业科学进展 2021年第4期42卷 177-183页

作者：何礼娟杨慧超李杰唐磊刘聪莫照兰中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海水养殖病害防治重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266071 水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学上海201306

赤腐病(red rot disease)和拟油壶菌病(Oplidiopsis disease)是海上栽培紫菜(Pyropia)的主要病害,常引起紫菜大面积病烂。2019年1月江苏省盐城市大丰区某条斑紫菜(Pyropia yezoensis)栽培海区有134 hm2发生了紫菜病烂,本研究对该起病烂... 详细信息

赤腐病(red rot disease)和拟油壶菌病(Oplidiopsis disease)是海上栽培紫菜(Pyropia)的主要病害,常引起紫菜大面积病烂。2019年1月江苏省盐城市大丰区某条斑紫菜(Pyropia yezoensis)栽培海区有134 hm2发生了紫菜病烂,本研究对该起病烂进行了病害调查和病原鉴定。结果显示,患病紫菜的病症与拟油壶菌病一致,主要表现为发病初期,在叶片边缘、基部和中部出现粉红色的病斑,随着病程发展,病斑逐渐褪色并扩大;发病后期,整个叶片颜色变浅,叶片组织溃烂脱落;在显微镜下可观察到紫菜细胞内寄生1~4个圆球状菌体,菌体内有多个油滴状物质。以病烂紫菜叶片或其匀浆液为感染源,分别在10℃和20℃条件下进行人工感染实验,二者均能使正常紫菜出现拟油壶菌病的病症。对现场采集及人工侵染后的病烂紫菜疑似病原进行cox1基因测序和系统发育学分析。研究表明,所测cox1基因均与紫菜拟油壶菌(Oplidiopsis porphyrae、***、*** ***)聚为一支,相似度为100%。综上所述,该起条斑紫菜的病烂由紫菜拟油壶菌(Oplidiopsis sp.)引起。

关键词：条斑紫菜拟油壶菌病 cox1 紫菜拟油壶菌

陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

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中国家禽 2023年第12期45卷 101-107页

作者：崔巍山李中波榆林职业技术学院陕西榆林719000 怀化职业技术学院湖南怀化418000

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况,并阐明其种系发育关系,试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品,采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因,进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示:在所有的cox1... 详细信息

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况,并阐明其种系发育关系,试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品,采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因,进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示:在所有的cox1基因(953 bp)序列中,共含30个变异位点(4个转换、26个颠换),17个单倍型(h=17,Hd=0.936),其基因分化系数(Gst)为-0.01285,遗传分化系数(Fst)为-0.02995,基因流(Nm)为11.53;在所有的nad4基因(876bp)序列中,共含29个变异位点(2个转换、27个颠换),16个单倍型(h=16,Hd=0.9356),其Gst为-0.01238,Fst为-0.0409,Nm为17.05;在所有的cox1+nad4基因(1829 bp)序列中,共含59个变异位点(6个转换、53个颠换),24个单倍型(h=24,Hd=0.977),其Gst为-0.0039,Fst为-0.0365,Nm为14.77;在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中,均未发现有单倍型聚集成簇的现象,构建的种系发育树中30条鸡蛔虫均聚集于一起,共同形成种系发育树的一个分支。研究表明,分离于陕西榆林地区的30条鸡蛔虫之间虽存在一定程度的基因变异,但其个体及单倍型之间具有较近的亲缘关系,尚未出现遗传分化。

关键词：鸡蛔虫 cox1 nad4 基因变异单倍型多态性遗传分化种系发育关系

湖南和河南两省来源的褐黄血蜱遗传多样性及遗传进化关系分析

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黑龙江畜牧兽医 2021年第19期 90-95页

作者：李中波尧国民罗维王湘程天印刘国华侯强红怀化职业技术学院湖南怀化418000 湖南农业大学动物医学院长沙410128

为了探究湖南和河南两省来源的褐黄血蜱遗传多样性及遗传进化关系,试验采用PCR方法扩增来自于湖南、河南两省的20只褐黄血蜱的核糖体ITS-1及线粒体cox1基因序列,通过DNAStar、MegAlign、ClustalX、PhyML 3.0及MEGA 5.0软件分析其遗传多... 详细信息

为了探究湖南和河南两省来源的褐黄血蜱遗传多样性及遗传进化关系,试验采用PCR方法扩增来自于湖南、河南两省的20只褐黄血蜱的核糖体ITS-1及线粒体cox1基因序列,通过DNAStar、MegAlign、ClustalX、PhyML 3.0及MEGA 5.0软件分析其遗传多样性及遗传进化关系。结果表明:褐黄血蜱ITS-1和cox1基因序列的长度分别为1500 bp和850 bp,经校准、对齐后的长度分别为1302 bp和800 bp;来自于湖南省褐黄血蜱ITS-1及cox1基因序列的种内差异分别为0~1.3%、0~0.4%;来自于河南省褐黄血蜱ITS-1、cox1基因序列的种内差异分别为0.1%~1.0%、0~0.1%,两省褐黄血蜱ITS-1、cox1基因序列的种内差异分别为0~1.3%、0~0.4%,种间差异分别为50.66%~52.77%、2.5%~14.3%;ITS-1基因序列的A+T和G+C含量分别为46.1%~46.3%、53.7%~53.9%;cox1基因序列的A+T和G+C含量分别为60.6%~62.6%、37.4%~39.4%;在构建的2个遗传进化树中,来自于湖南与河南两省的褐黄血蜱均处于一个分支上,两者亲缘关系较近。说明尽管来自于两省的褐黄血蜱之间均存在遗传变异现象,但亲缘关系较近,未出现遗传分化。

关键词：褐黄血蜱 ITS-1 cox1 遗传多样性遗传进化

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宠物猫耳螨感染情况调查与药物治疗试验

动物医学进展 2023年第9期44卷 125-129页

作者：何冉石磊杨光友四川农业大学四川成都611130

耳痒螨是宠物猫的一种常见寄生虫,可以引发外耳炎以及其他并发症,严重影响宠物猫的健康。旨在调查宠物猫耳螨的感染情况,同时进行药物治疗试验,为该病的防治提供参考。调查的145只猫均来自四川成都某猫舍,对疑似耳螨病例进行耳垢采样和... 详细信息

耳痒螨是宠物猫的一种常见寄生虫,可以引发外耳炎以及其他并发症,严重影响宠物猫的健康。旨在调查宠物猫耳螨的感染情况,同时进行药物治疗试验,为该病的防治提供参考。调查的145只猫均来自四川成都某猫舍,对疑似耳螨病例进行耳垢采样和病原学鉴定,详细记录品种、性别和年龄等信息。同时,扩增采集的耳螨虫体cox1和ITS2序列,并且进行测序和对比分析。随机挑选30只耳螨病确诊病例,用大宠爱与海乐妙对患病猫进行了治疗效果试验。调查发现该猫舍耳螨病感染率为55.9%,其中母猫耳螨病感染率远高于公猫,不同品种猫中加菲猫耳螨病感染率最高,相比于其他年龄的猫,幼龄猫更易感。扩增测序的cox1和ITS2序列和耳痒螨已知序列相似性均高于99%,治疗试验结果显示,大宠爱对猫耳螨病的治疗效果优于海乐妙。

关键词：猫耳痒螨流行病学药物治疗 cox1 ITS2

浏阳黑山羊捻转血矛线虫感染情况调查及线粒体部分基因分析

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浏阳黑山羊捻转血矛线虫感染情况调查及线粒体部分基因分析

作者：周才瑛湖南农业大学

学位级别：硕士

本研究在对浏阳羊捻转血矛线虫感染情况的基础上,对捻转血矛线虫进行了形态学和分子生物鉴定,旨在为防治羊线虫病提供科学依据。本研究的第一部分是采用剖检方法调查浏阳东南西北以及城区的黑山羊捻转血矛线虫感染情况,结果表明东南西... 详细信息

本研究在对浏阳羊捻转血矛线虫感染情况的基础上,对捻转血矛线虫进行了形态学和分子生物鉴定,旨在为防治羊线虫病提供科学依据。本研究的第一部分是采用剖检方法调查浏阳东南西北以及城区的黑山羊捻转血矛线虫感染情况,结果表明东南西北城区感染率分别为：75.00%、66.67%、57.14%、40.00%和35.71%;其中东区黑山羊捻转血矛线虫感染率最高为75.00%,城区采集的黑山羊捻转血矛线虫感染率最低为35.71%。本研究的第二部分对浏阳市黑山羊捻转血矛线虫线粒体cox1, cox3, cytb基因的序列分析,结果发现本研究中的线粒体cox1, cox3, cytb基因片段,coxl基因A+T碱基含量为64.14%-65.97%,G+C碱基为34.03%-35.87%;cox3基因A+T碱基含量为69.58%-70.87%,G+C碱基为29.13%-30.42%;cytb基因的A+T碱基含量为72.30%-74.37%,G+C碱基为25.69%-27.71%。利用Mega 4.1软件对7株捻转血矛线虫进行序列分析,结果显示七株捻转血矛线虫voxl基因序列种内变异率0.9--4.8%,种间9.4-16%;cox3基因序列种内变异率1.2--6.9%;cytb基因序列种内变异率1.8—8.2%。

关键词：黑山羊捻转血矛线虫感染调查 cox1 cox3 cytb

裂头蚴及结膜吸吮线虫的基因鉴定及其亲缘关系分析

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裂头蚴及结膜吸吮线虫的基因鉴定及其亲缘关系分析

作者：何丽中国医科大学

学位级别：硕士

前言寄生虫学是一门以形态学研究为主的学科,依靠显微镜进行形态学检查的传统分类鉴定方法已经满足不了日趋复杂多样的寄生虫进化、种属分类以及流行病学研究。分子生物学方法的引入,使得分子寄生虫学(Molecular Parasitology)得到了长... 详细信息

前言寄生虫学是一门以形态学研究为主的学科,依靠显微镜进行形态学检查的传统分类鉴定方法已经满足不了日趋复杂多样的寄生虫进化、种属分类以及流行病学研究。分子生物学方法的引入,使得分子寄生虫学(Molecular Parasitology)得到了长足的发展,目前已成为现代寄生虫学最重要的学科分支和学科研究的前沿领域。应用分子寄生虫学方法,可从基因水平对寄生虫进行种属鉴定与分类,从分子水平认识寄生现象,探讨寄生虫入侵宿主的分子机制,寻找抗寄生虫药物的分子靶标,分离和鉴定诊断用特异性抗原分子和疫苗候选抗原分子,以解决寄生虫病的诊断、治疗和预防等问题。目前,用于研究寄生虫种属鉴定与分类的基因有多种,包括核DNA、线粒体DNA、动基体DNA和质体DNA等,其中线粒体DNA(cytb、cox1、cox3、nad1、nad4等)及核糖体DNA(ITS1、ITS2、rrnS等)已被广泛应用于对寄生虫遗传结构及亲缘关系的分析研究中。特别是线粒体DNA因具有分子较小、结构简单、进化速率高和母性遗传等特点,尤其适合作为遗传学研究的标记,其中细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因已被广泛认可,应用于猬迭宫绦虫遗传变异的研究中。Milad等通过cox1基因比对分析,证实伊朗1例猫源裂头蚴为猬迭宫绦虫;Simpson等应用cox1基因分析发现澳大利亚1例狗源裂头蚴为虚假迭宫绦虫;Jeon等用多重PCR和cox1基因测序方法研究了中国和韩国两国蛇源裂头蚴,结果表明全部共904条裂头蚴样本都归属于虚假迭宫绦虫;Jeon等最近通过形态学和部分cox1基因鉴定了韩国人体裂头蚴病的病原体有猬迭宫绦虫和虚假迭宫绦虫;Tang等通过cox1基因和28S rRNA基因鉴定,对9例香港人裂头蚴进行回顾性分析,9个样品均被确认为猬迭宫绦虫。截至目前,确认能感染人的裂头蚴有猬迭宫绦虫和虚假迭宫绦虫,韩国已有以上两种虫种的报道。我国迄今仅有猬迭宫绦虫一种报道,其中辽宁和湖北两地裂头蚴的报道仅限于人体病例报告或动物感染率检测,尚缺乏基因分析及确切的虫种鉴定依据,是归属于猬迭宫绦虫还是虚假迭宫绦虫?是否与地理位置相近的韩国分离株基因型一致?目前确定能引起人体感染的吸吮线虫有三种,即结膜吸吮线虫(***)、加里福尼亚吸吮线虫(***)和最近发现的大口吸吮线虫(***),不同种属的吸吮线虫在虫体形态、地域分布方面存在差异。中国是吸吮线虫病报道最多的国家,报告病例数近千例,且只有结膜吸吮线虫一种。此前的病例报告主要依据形态学特征或临床症状进行诊断,不能反应出因受环境因素(自然、地理、气候等)长期影响,不同种株间产生的遗传进化关系间的区别,而通过DNA序列分析来鉴定寄生虫虫种和遗传变异情况则弥补了形态学分析的不足。本研究选用了cox1基因为分子标记,对裂头蚴及结膜吸吮线虫进行了基因鉴定,并分别对两种寄生虫的亲缘关系进行分析,首次明确了我国辽宁和湖北两地流行的人源和蛙源裂头蚴的基因型,获得的资料对两种少见寄生虫病的流行病学调查具有重要意义,为该裂头蚴病及结膜吸吮线虫病的种属分类、鉴别诊断、预防控制等更深入的研究奠定基础。研究方法一、形态学检查1、将虫体置于含生理盐水的平皿中,观察虫体的大体形态,显微镜下观察微细结构。2、再行HE/盐酸卡红染色,观察各部位的解剖结构、组织学特征,之后将虫体于75%乙醇溶液4℃保存。二、基因测序1、虫体DNA提取:从保存液中取出虫体,用组织剪剪碎,然后用SDS/蛋白激酶K(20mg/mL,20μL)消化,常规酚氯仿法提取基因组DNA,加入TE缓冲液,-20℃保存。2、扩增目的片段:以cox1基因为分子标记,查阅文献选取引物,PCR扩增得到目的片段。3、基因测序:取扩增产物经电泳观察目的条带,并送上海生工生物有限公司进行基因测序。三、测序结果的分析及比对1、采用ContigExpress软件对获得的序列进行拼接,然后经BioEdit软件进行人工校正,用BLAST软件与基因库中文献进行同源性比较。2、结合GenBank中已登录的同科虫种线粒体cox1基因信息,应用DNAStar软件进行多重序列比对,了解其种间及种内变异情况。四、系统发育分析选取GenBank中部分同科虫种线粒体cox1基因,利用MEGA7.0软件以最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、邻接法(Neighbor Joining method,NJ)及最大似然树(Maximum Likelihood,ML)绘制种系发育树,自展值(Bootstrap)重复抽样1000次。结果一、形态学鉴定结果1、7例裂头蚴长9.8cm5.1cm、宽为0.3cm.4cm,活虫体为乳白色,不分节,但具横纹,活体伸缩活动能力强;虫体头部具有吸槽,体部具有排列

关键词：裂头蚴欧猬迭宫绦虫结膜吸吮线虫 cox1 基因鉴定系统发育分析

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褐黄血蜱的形态学与分子生物学鉴定

中国兽医学报 2015年第6期35卷 912-916页

作者：严芬程天印湖南农业大学动物医学院湖南长沙410128

鉴定采自河南信阳、湖南华容、山西太谷刺猬、犬的蜱。借助体视显微镜对蜱样进行形态观察;克隆、分析其cox1与ITS1序列,对比分析同源性并构建系统发生树。形态学鉴定和分子生物学鉴定结果表明,采自河南信阳、湖南华容、山西太谷刺猬、... 详细信息

鉴定采自河南信阳、湖南华容、山西太谷刺猬、犬的蜱。借助体视显微镜对蜱样进行形态观察;克隆、分析其cox1与ITS1序列,对比分析同源性并构建系统发生树。形态学鉴定和分子生物学鉴定结果表明,采自河南信阳、湖南华容、山西太谷刺猬、犬体表的蜱均为褐黄血蜱。湖南、河南、山西也成为褐黄血蜱的分布地。

关键词：褐黄血蜱形态学鉴定 cox1 ITS1 分子生物学鉴定系统发生树