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cebpb基因敲低对三阴性乳腺癌BT549细胞株增殖和侵袭能力的影响及分子机制研究

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CEBPB基因敲低对三阴性乳腺癌BT549细胞株增殖和侵袭能力的影响及...

作者：王先知蚌埠医学院

学位级别：硕士

目的:本研究以属于三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)的BT549细胞株作为研究对象,探讨CCAAT/增强子结合蛋白(CCAAT/enhancer binding protein beta,cebpb)对BT549细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,并初步探寻相关分子机制。方法:利用慢病毒构建cebpb基因稳定敲低的BT549细胞株,并通过Real-time PCR和Western Blot分别在mRNA水平和蛋白质水平对慢病毒的敲低效果进行检测。CCK-8实验检测敲低cebpb基因后对BT549细胞增殖能力的影响。集落克隆形成实验检测敲低cebpb基因后对BT549细胞集落克隆形成能力的影响。使用EdU试剂盒检测敲低cebpb基因后对BT549细胞S期的影响。通过细胞划痕实验检测敲低cebpb基因后对BT549细胞划痕愈合能力的影响。通过细胞侵袭实验检测cebpb基因敲低后对BT549细胞侵袭能力的影响。通过分析转录组测序结果获得cebpb敲低组细胞和对照组细胞的mRNA表达数据,研究cebpb调控TNBC的分子机制。结果:成功构建cebpb基因稳定敲低的BT549细胞株。CCK-8实验结果显示,cebpb基因敲低后,细胞增殖能力显著减弱。集落克隆形成实验结果显示,cebpb基因敲低后,细胞较难形成细胞集落。EDU细胞增殖检测实验显示,cebpb基因敲低后,细胞位于S期的细胞数目比例减少(Pcebpb基因敲低后细胞划痕愈合能力显著减弱(Pcebpb基因敲低后,细胞侵袭能力显著减弱(Pcebpb基因敲低后,抑制MAPK信号通路。结论:cebpb与TNBC之间存在着密切联系,cebpb在TNBC中高表达。cebpb基因敲低后,BT549细胞的增殖、迁移和侵袭能力减弱。cebpb基因敲低可能是通过抑制MAPK信号通路介导BT549细胞增殖、迁移和侵袭能力的下降。

关键词：慢病毒 cebpb 乳腺癌增殖迁移侵袭

cebpb和SERPINE-1在子宫腺肌病在位内膜及异位病灶中的表达及临床意义

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CEBPB和SERPINE-1在子宫腺肌病在位内膜及异位病灶中的表达及临床...

作者：史舒上海交通大学

学位级别：硕士

背景:子宫腺肌病（AM）是一种妇科常见的严重疾病,其发病机制尚不完全清楚,缺乏有效诊治手段。依据本课题组前期研究发现cebpb及SERPINE-1在AM中存在异常表达,提出cebpb及SERPINE-1可能调节子宫内膜上皮细胞增殖、侵袭等生物学功能,参... 详细信息

背景:子宫腺肌病（AM）是一种妇科常见的严重疾病,其发病机制尚不完全清楚,缺乏有效诊治手段。依据本课题组前期研究发现cebpb及SERPINE-1在AM中存在异常表达,提出cebpb及SERPINE-1可能调节子宫内膜上皮细胞增殖、侵袭等生物学功能,参与AM的发生发展。目的:以子宫腺肌病患者在位内膜及异位病灶（实验组）和子宫肌瘤患者正常子宫内膜（对照组）为研究对象,通过免疫组化技术检测cebpb及SERPINE-1差异性表达,探讨cebpb及SERPINE-1在子宫腺肌病组织中的表达及临床意义。方法:选取2018年1月-2018年12月于我院经宫腹腔镜或开腹手术确诊为子宫腺肌病（AM）及子宫肌瘤患者的石蜡病理切片。分为实验组（AM患者）,共计21例,对照组（子宫肌瘤患者）,共计19例。收集AM组在位子宫内膜和异位病灶组织,对照组的正常子宫内膜组织,按照增生期和分泌期分组,通过免疫组化技术验证上述组织中cebpb及SERPINE-1的差异性表达。结果:1.实验组（AM）异位病灶腺上皮细胞中,cebpb的免疫组化呈强阳性,cebpb在AM组的异位病灶腺上皮细胞中的表达高于在位内膜及对照组正常内膜（P＜0.05）。2.实验组（AM）异位病灶腺上皮细胞中,SERPINE-1的免疫组化呈强阳性,SERPINE-1在AM组的异位病灶腺上皮细胞中的表达高于在位内膜及对照组正常内膜（P＜0.05）。***在对照组正常内膜的增生期和分泌期的表达差异具有统计学意义（P＜0.05）,且增生期的表达高于分泌期。cebpb在实验组（AM）的异位病灶及在位内膜的增生期和分泌期的表达差异没有统计学意义（P＞0.05）。结论:***、SERPINE-1在子宫腺肌病异位病灶腺上皮细胞中的表达高于在位内膜和正常子宫内膜,提示这两个分子的上调可能对AM疾病的发生发展起重要作用。***-1在子宫腺肌病异位病灶及在位内膜增生期及分泌期表达差异无统计学意义,正常内膜也如此,提示SERPINE-1的表达很可能不受雌孕激素的调节。***在对照组正常内膜的增生期和分泌期的表达差异具有统计学意义,且增生期的表达高于分泌期,提示cebpb的表达很可能受雌孕激素的调节。

关键词：子宫腺肌病 cebpb SERPINE-1

大鼠肝再生中circRNA-miRNA-cebpb mRNA轴调节肝细胞G0期和G1期的分子机理研究

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大鼠肝再生中circRNA-miRNA-CEBPb mRNA轴调节肝细胞G0期和G1期的...

作者：宋亚萍河南师范大学

学位级别：硕士

一般认为,大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy,PH)诱导的肝再生分为三个阶段:启动阶段(PH后0～6 h)、进展阶段(PH后6～72 h)、终止阶段(PH后72～168 h)。一般情况,成年哺乳动物肝脏的绝大多数肝细胞处于静止状态,但当肝损伤或部分肝切除... 详细信息

一般认为,大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy,PH)诱导的肝再生分为三个阶段:启动阶段(PH后0～6 h)、进展阶段(PH后6～72 h)、终止阶段(PH后72～168 h)。一般情况,成年哺乳动物肝脏的绝大多数肝细胞处于静止状态,但当肝损伤或部分肝切除后,残肝的肝细胞迅速进入细胞周期以补偿丢失的肝组织,此过程称之为肝再生(liver regeneration,LR),该过程是一种代偿性的增生而不是真正意义上的再生,当肝组织重新达到原始肝重后,不继续进行细胞增殖,而进行细胞分化、细胞凋亡等一系列生理活动以恢复其肝脏的原始功能,这个过程受包括circRNA、miRNA在内的多因素调节作用。随着生物信息学的发展,高通量检测为研究人员提供了新的方向。本课题采用生物高通量检测技术,检测大鼠肝再生中ceRNA的种类及其表达谱。以大鼠PH后24 h的肝细胞为对照进行生物信息学分析发现,在大鼠PH后0和6 h共检测出2894种差异表达的mRNA、147个差异表达的miRNA和70个差异表达的circRNA。通过NCBI等网站及IPA等软件确定G0期和G1期相关基因后,进一步分析发现在G0和G1期共有207个差异表达的G0期和G1期相关mRNA,通过Target Scan、mi Randa等网站预测它们分别结合的差异表达miRNA的数目为87和此87个miRNA结合的差异表达circRNA数目为68。我们使用Cytoscape 3.2软件构建上述G0、G1期相关差异ceRNA网络,发现207个mRNA中的135个mRNA与87个miRNA构成了489个miRNA-mRNA轴,70个miRNA与68个circRNA相互作用构成了639个circRNA-miRNA轴,135个mRNA与70个miRNA和68个circRNA构成了4012个circRNA-miRNA-mRNA轴。研究表明,CCAAT增强子结合蛋白家族成员cebpb可调节afp、a2m、gsta2、cat、il6、col1a2和col2a1等,且本课题组已发现cebpb在大鼠PH后早期表达上调,我们以cebpb为切入点,本文继续研究cebpb介导的circRNA-miRNA对大鼠肝再生中G0期和G1期的相关作用,从而进一步揭示大鼠肝再生中circRNA-miRNA-cebpb mRNA轴调节肝细胞G0期和G1期的分子机理。为此,我们结合大鼠肝再生的ceRNA高通量检测数据,通过NCBI等网站及IPA等软件确定G0期和G1期相关基因,通过CDB等网站预测cebpb调节的下游靶基因,通过Target Scan等网站预测cebpb mRNA结合的miRNA,用mi Randa等软件预测上述miRNA结合的circRNA。用生物信息学方法分析它们的表达模式和分子机制,初步筛选出11个circRNA与其结合的3种靶miRNA,以及cebpb调节的7个下游靶基因存在互作关系,通过circRNA-miRNA-cebpb mRNA轴对大鼠肝再生的G0期和G1期起关键作用。

关键词：大鼠肝再生 ceRNA的高通量检测 cebpb circRNA-miRNA-mRNA的互作效应

circDYM/cebpb/ZC3H4轴调控LPS诱导的小胶质细胞凋亡及机制研究

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circDYM/CEBPB/ZC3H4轴调控LPS诱导的小胶质细胞凋亡及机制研究

作者：叶清清东南大学

学位级别：硕士

目的:小胶质细胞是中枢神经系统常驻免疫细胞,其介导的神经炎症反应在抑郁症等多种重大神经系统疾病发生发展过程中发挥重要的作用。环状RNA(circular RNA,circ RNA)因其在中枢神经系统高富集的特性,已被证实与多种中枢神经系统疾病密... 详细信息

目的:小胶质细胞是中枢神经系统常驻免疫细胞,其介导的神经炎症反应在抑郁症等多种重大神经系统疾病发生发展过程中发挥重要的作用。环状RNA(circular RNA,circ RNA)因其在中枢神经系统高富集的特性,已被证实与多种中枢神经系统疾病密切相关。课题组前期研究表明,在海马脑区过表达环状RNA DYM(circular RNA DYM,circDYM)显著改善了脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠抑郁样行为,并且在此过程中伴随着对小胶质细胞活化诱导的神经炎性反应的抑制作用。过度活化的小胶质细胞会引起细胞凋亡,加重抑郁症的发展进程。然而,circDYM对小胶质细胞凋亡的作用及其机制目前仍然未知。因此,本课题将探究circDYM对神经炎症病理进程中小胶质细胞凋亡的调控作用及其机制,为神经炎症相关疾病的诊疗提供新的理论支持。方法:(1)应用糖水偏好、强迫游泳和悬尾等行为学方法检测海马脑区过表达circDYM对LPS诱导的小鼠抑郁样行为的影响;(2)利用western blot法检测在海马脑区和BV2细胞过表达circDYM对LPS诱导的小胶质细胞自噬和凋亡的影响;(3)应用生物信息学手段预测与circDYM结合的蛋白,并基于预测结果,分析circDYM与CCAAT增强子结合蛋白(CCAAT enhancer binding protein beta,cebpb)的结合位点,利用RNA蛋白免疫沉淀技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RIP)联合原位杂交确认两者的结合;(4)利用western blot法检测在BV2细胞过表达cebpb对LPS诱导的小胶质细胞自噬和凋亡的影响;(5)通过核质分离技术探究circDYM对cebpb亚细胞分布的影响;(6)采用生物信息学手段预测cebpb下游靶蛋白,通过过表达或干扰cebpb表达,探究其对ZC3H4表达水平的影响;(7)利用western blot法检测在海马脑区和BV2细胞ZC3H4表达水平;(8)通过共转染circDYM过表达慢病毒及cebpb过表达质粒,观察circDYM/cebpb轴对ZC3H4表达水平的影响;(9)应用自噬抑制剂3-MA及自噬诱导剂雷帕霉素,阐明LPS诱导凋亡发生的途径;(10)应用CRISPR Cas9技术,探究过表达或敲除ZC3H4对自噬及凋亡的作用;(11)通过脑微注射Iba-1-Cre-AAV腺相关病毒至ZC3H4鼠海马脑区特异性敲除海马脑区小胶质细胞中的ZC3H4,探究ZC3H4对LPS诱导的小胶质细胞自噬及凋亡的影响。结果:(1)脑微注射circDYM过表达慢病毒至海马脑区可显著改善LPS诱导的小鼠抑郁样行为,降低小胶质细胞自噬水平,促进小胶质细胞存活;(2)过表达circDYM阻止cebpb入核,从而抑制小胶质细胞自噬和凋亡、促进存活;(3)circDYM可以逆转LPS诱导的炎性模型中ZC3H4的表达下调;(4)cebpb通过转录调控抑制ZC3H4表达;(5)LPS处理小胶质细胞,24 h自噬相关蛋白(BECN1和LC3B-II)表达增加,P62表达降低,36 h凋亡相关蛋白(Bax和Caspase3)表达增加,Bcl-xl表达降低;应用自噬抑制剂及诱导剂,发现小胶质细胞自噬诱发凋亡;(6)过表达ZC3H4抑制自噬,促进细胞存活;而敲减ZC3H4促进细胞自噬和凋亡;(7)特异性敲除小鼠海马脑区小胶质细胞ZC3H4促进LPS诱导的自噬及凋亡水平升高。结论:circDYM通过靶向结合cebpb促进ZC3H4的表达,上调circDYM可通过circDYM/cebpb/ZC3H4轴抑制小胶质细胞自噬介导的凋亡。本研究揭示了circDYM对LPS诱导的小胶质细胞凋亡的调控作用及其机制,为明确小胶质细胞介导的神经炎症相关疾病病理机制提供研究基础。

关键词： circDYM cebpb ZC3H4 小胶质细胞神经炎症凋亡

CCAAT增强子结合蛋白（cebpb）基因对斑马鱼早期发育阶段包膜层（EVL）的分化的影响

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CCAAT增强子结合蛋白（cebpb）基因对斑马鱼早期发育阶段包膜层（...

作者：张鑫上海海洋大学

学位级别：硕士

原肠胚的形成涉及到细胞和组织的大规模的重新排列,外包过程在斑马鱼早期发育阶段是必要的,在外包过程中,包膜层(EVL)、卵黄合胞体层(YSL)和深层细胞(DCs)从动物极向植物极的协调扩张是原肠形成的必要条件。外包发生开始于囊胚期结束时... 详细信息

原肠胚的形成涉及到细胞和组织的大规模的重新排列,外包过程在斑马鱼早期发育阶段是必要的,在外包过程中,包膜层(EVL)、卵黄合胞体层(YSL)和深层细胞(DCs)从动物极向植物极的协调扩张是原肠形成的必要条件。外包发生开始于囊胚期结束时,囊胚细胞沿着卵黄细胞迁移,细胞的大规模形态发生运动,是斑马鱼发育过程中的第一个形态发生事件。已经有研究表明,干扰外包时期EVL的分化将导致斑马鱼胚胎发育异常甚至死亡。然而,EVL的发育机制尚不清楚。为了探究EVL及标记基因在斑马鱼胚胎发育中的相关功能,我们通过对公共数据库单细胞数据的深度挖掘,即斑马鱼受精后4小时的单细胞RNA测序表达矩阵,计算出了105个可靠的EVL标记基因,并通过冰冻切片后的原位杂交实验验证了标记基因在EVL的特异性表达。我们通过GO和KEGG数据库对EVL相关的关键基因和通路进行了鉴定。我们发现了EVL标记基因中与细胞连接相关的基因(cx43.4,cldnb,cldn7b,f11r.1,cldn23a,cldne,marveld2b,jupa),角蛋白纤维基因(krt4,krt8,krt5),顶端连接复合体(cldnb,cldn7b,f11r.1,cldn23a,cldne)、超分子纤维(nrap、krt4、krt18、mid1ip1a、krt8、krt5)和微管组织中心(lrwd1、lrmp、nin、ccnf)等通路显著富集,提示紧密连接和细胞粘附基因对EVL具有高度特异性。我们根据String数据库构建了EVL标记基因的蛋白-蛋白相互作用关系网络,并利用Gephi软件可视化蛋白-蛋白相互作用关系(PPI)网络,通过RT-PCR鉴定关键基因和重要模块,获得受精后1.75小时到4.5小时m RNA的相对表达量。通过对恒河猴16细胞、桑葚胚和囊胚期单细胞RNA测序分析,我们发现EVL标记基因在恒河猴中对应的同源基因并未特异性表达在某一细胞群,提示EVL可能在鱼类中特异性进化。同时我们还发现斑马鱼EVL标记基因cldnb、krt8、grhl3、krt4和krt18相对于恒河猴、小鼠、鸟类、爬行类等其他脊椎动物发育树谱系中在鱼类谱系中发生了正选择,这也从侧面说明了EVL在进化中的特异性及对环境适应性。最重要的是,荧光定量PCR和整胚原位杂交显示,cebpb基因在受精后2.25小时优先表达于其他标记基因,此时正处于合子基因组激活(ZGA)时期,而通过合成cebpb的ATG-morpholino反义寡核苷酸序列抑制cebpb的翻译,发现EVL在早期发育过程中边缘细胞连接出现松动,斑马鱼胚胎在早期发育过程中出现胚胎发育缺陷如发育停滞或死亡。同时,cebpb基因被敲降以后其他EVL标记基因表达水平下降,而深层细胞标记基因znf995表达水平基本保持不变。综上所述,我们的研究表明cebpb是EVL最早的转录因子标记物,在斑马鱼早期胚胎发育中发挥着不可或缺的作用。本研究也为进一步认识cebpb的生物学作用提供了新的视角,特异性EVL基因的研究为我们了解EVL分化的分子机制以及在原肠形成过程中与其他细胞层的分子相互作用提供了新的见解。从进化的角度,追踪EVL标记基因在其他脊椎动物类群中的表达,可能为阐明EVL在动物进化中的命运提供新的线索。

关键词：斑马鱼单细胞RNA测序 cebpb 包膜层(EVL)

miR-155-5p通过cebpb改善妊娠期糖尿病滋养细胞胰岛素敏感性的机制研究

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miR-155-5p通过CEBPB改善妊娠期糖尿病滋养细胞胰岛素敏感性的机...

作者：张慧婷华中科技大学

学位级别：硕士

目的:检测miR-155-5p和cebpb在GDM和正常妊娠孕妇胎盘组织中的表达差异及两者在滋养细胞中的相互作用。探究miR-155-5p对滋养细胞胰岛素敏感性的影响,探讨miR-155-5p改善胎盘糖代谢的相关分子机制。方法:收集GDM患者及正常妊娠孕妇胎盘... 详细信息

目的:检测miR-155-5p和cebpb在GDM和正常妊娠孕妇胎盘组织中的表达差异及两者在滋养细胞中的相互作用。探究miR-155-5p对滋养细胞胰岛素敏感性的影响,探讨miR-155-5p改善胎盘糖代谢的相关分子机制。方法:收集GDM患者及正常妊娠孕妇胎盘组织,通过qRT-PCR检测两组孕妇胎盘组织中miR-155-5p的表达水平,采用Western Blot及免疫组化检测两组孕妇胎盘组织中cebpb的表达及定位。通过体外高糖刺激模拟GDM内环境变化,qRT-PCR和Western Blot检测高糖对滋养细胞内miR-155-5p及cebpb表达的影响。瞬时转染miR-155-5p mimic、inhibitor分别上调、下调滋养细胞内miR-155-5p的表达,qRT-PCR及Western Blot检测转染后细胞cebpb及胰岛素信号通路关键分子(p-AKT,p-AKT)的表达变化;采用葡萄糖试剂盒检测转染后细胞上清中葡萄糖含量;双荧光素酶报告基因实验验证miR-155-5p与cebpb直接靶向调控关系。最后,沉默滋养细胞内cebpb表达,Western Blot检测细胞内胰岛素信号通路关键分子(p-AKT,p-AKT)蛋白表达变化。结果:与正常妊娠孕妇相比,GDM患者胎盘组织中miR-155-5p表达水平明显下降,cebpb表达水平明显增高,且主要表达于胎盘滋养细胞。体外高糖刺激可以降低滋养细胞内miR-155-5p水平,促进cebpb表达。过表达miR-155-5p后,滋养细胞内cebpb表达水平显著下降,胰岛素信号通路关键分子表达水平显著增强,细胞糖摄取能力增强;敲低miR-155-5p后,滋养细胞内cebpb表达水平显著增加,胰岛素信号通路关键分子表达水平明显下降,细胞糖摄取能力减弱。双荧光素酶报告基因实验显示miR-155-5p可与cebpb 3’UTR特异性结合,显著降低荧光素酶活性,而当结合位点突变后,调控关系显著减弱。此外,沉默滋养细胞内cebpb表达可显著增高胰岛素信号通路关键分子的表达水平。结论:miR-155-5p在GDM患者胎盘组织中表达降低,过表达miR-155-5p可以通过靶向抑制cebpb的表达进而提高滋养细胞胰岛素敏感性,为寻找GDM临床治疗靶点及潜在发病机制提供了新思路。

关键词：胰岛素敏感性妊娠期糖尿病 miR-155-5p cebpb 胎盘滋养细胞

miR-203受到cebpb及TCF4调控并通过靶向抑制survivin、AKT2、NP63表达来促进细胞分化

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miR-203受到CEBPB及TCF4调控并通过靶向抑制survivin、AKT2、NP63...

Prioritization of risk genes in colorectal cancer by integrative analysis of multi-omics data and gene networks

中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会

作者：陈雪丹李俊霞张坤王凯许雪青白云第三军医大学医学遗传学教研室

已有研究发现miR-203在细胞分化过程中发挥促进分化的作用,可能是通过靶向抑制deltaNP63来抑制干性(stemness)来实现。本研究对96例临床食管鳞癌标本进行研究发现,miR-203在高分化组中表达显著高于低分化组(p<0.05)。而在食管癌细胞系中... 详细信息

已有研究发现miR-203在细胞分化过程中发挥促进分化的作用,可能是通过靶向抑制deltaNP63来抑制干性(stemness)来实现。本研究对96例临床食管鳞癌标本进行研究发现,miR-203在高分化组中表达显著高于低分化组(pcebpb结合于miR-203启动子区域。利用真核表达载体过表达TCF4,miR-203表达降低;而过表达cebpb,miR-203表达增加。生物信息学分析提示多个与分化相关的基因是miR-203的潜在靶基因。miR-203过表达试验显示除NP63外,survivin、AKT2的表达受到抑制,CCK-8试验显示细胞数量减少。促分化试剂维甲酸作用后,cebpb表达增加,miR-203表达亦增加。提示在分化过程中,miR-203可能受到cebpb及TCF4不同调控,并进而通过调节survivin、AKT2、NP63的表达来影响细胞分化、凋亡过程。研究结果为阐明miR-203的调控机制及食管上皮细胞分化过程中的事件提供了线索。

关键词： miR-203 分化 cebpb

来源： cnki会议评论

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Science China(Life Sciences) 2024年第1期67卷 132-148页

作者： Ming Zhang Xiaoyang Wang Nan Yang Xu Zhu Zequn Lu Yimin Cai Bin Li Ying Zhu Xiangpan Li Yongchang Wei Shaokai Zhang Jianbo Tian Xiaoping Miao Department of Epidemiology and Biostatistics School of Public HealthDepartment of Gastrointestinal OncologyZhongnan Hospital of Wuhan UniversityDepartment of Radiation OncologyRenmin Hospital of Wuhan UniversityTaiKang Center for Life and Medical SciencesWuhan UniversityWuhan 430071China Research Center of Public Health Renmin hospital of Wuhan UniversityWuhan UniversityWuhan 430060China Department of Cancer Epidemiology The Affiliated Cancer Hospital of Zhengzhou University&Henan Cancer HospitalHenan Engineering Research Center of Cancer Prevention and ControlHenan International Joint Laboratory of Cancer PreventionZhengzhou 450008China Department of Gastrointestinal Surgery Renmin Hospital of Wuhan UniversityWuhan 430060China Department of Radiation Oncology Renmin Hospital of Wuhan UniversityWuhan 430060China Department of Gastrointestinal Oncology Hubei Cancer Clinical Study CenterZhongnan Hospital of Wuhan UniversityWuhan 430062China Department of Epidemiology and Biostatistics School of Public HealthTongji Medical CollegeHuazhong University of Science and TechnologyWuhan 430073China Jiangsu Collaborative Innovation Center for Cancer Personalized Medicine Nanjing Medical UniversityNanjing 211166China

Genome-wide association studies(GWASs)have identified over 140 colorectal cancer(CRC)-associated loci;however,target genes at the majority of loci and underlying molecular mechanisms are poorly ***,we utilized a Bayesian approach,integrative risk gene selector(iRIGS),to prioritize risk genes at CRC GWAS loci by integrating multi-omics *** a result,a total of 105 high-confidence risk genes(HRGs)were identified,which exhibited strong gene dependencies for CRC and enrichment in the biological processes implicated in *** the 105 HRGs,cebpb,located at the 20q13.13 locus,acted as a transcription factor playing critical roles in *** subsequent assays indicated the tumor promoter function of cebpb that facilitated CRC cell proliferation by regulating multiple oncogenic pathways such as MAPK,PI3K-Akt,and Ras ***,by integrating a fine-mapping analysis and three independent case-control studies in Chinese populations consisting of 8,039 cases and 12,775 controls,we elucidated that rs1810503,a putative functional variant regulating cebpb,was associated with CRC risk(OR=0.90,95%CI=0.86–0.93,P=1.07×10^(−7)).The association between rs1810503 and CRC risk was further validated in three additional multi-ancestry populations consisting of 24,254 cases and 58,741 ***,the rs1810503 A to T allele change weakened the enhancer activity in an allele-specific manner to decrease cebpb expression via longrange promoter-enhancer interactions,mediated by the transcription factor,REST,and thus decreased CRC *** summary,our study provides a genetic resource and a generalizable strategy for CRC etiology investigation,and highlights the biological implications of cebpb in CRC tumorigenesis,shedding new light on the etiology of CRC.

关键词： susceptibility genes gene screening models multi-omics GWAS cebpb long-range promoter-enhancer interactions

采用双荧光素酶报告法验证乳腺癌中miR-155靶标

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中国生物化学与分子生物学报 2013年第2期29卷 189-195页

作者：孟丽纪婷李鹿丰张喜平杨红健朱聪郭江峰丁先锋浙江理工大学生物工程研究所杭州310018 浙江省肿瘤医院杭州310022 浙江省微生物研究所杭州310012

MiR-155与乳腺癌发生发展密切相关.本研究以乳腺癌组织和血清中均显著高表达的miR-155为研究对象,利用TargetScan和PicTar预测miR-155的靶基因.根据miR-155与靶基因结合的保守性、动力学及靶基因功能,筛选出miR-155的靶基因ACTA1(actin ... 详细信息

MiR-155与乳腺癌发生发展密切相关.本研究以乳腺癌组织和血清中均显著高表达的miR-155为研究对象,利用TargetScan和PicTar预测miR-155的靶基因.根据miR-155与靶基因结合的保守性、动力学及靶基因功能,筛选出miR-155的靶基因ACTA1(actin alpha 1,skeletal muscle)和cebpb(CCAAT/enhancer binding protein beta),并用双荧光素酶报告法验证.将ACTA1和cebpb的3'-UTR(3'-untranslated region)全长序列载入海肾荧光素酶基因的下游,并构建结合位点的突变序列,得到pRL-TK-Aw、pRL-TK-Am、pRL-TK-Cw、pRL-TK-Cm载体.不同海肾荧光素酶载体转染Bcap37乳腺癌细胞,同时转染miR-155及内参对照萤火虫荧光素酶载体pGL3-control.根据不同转染的海肾荧光素酶表达活性,运用SPSS软件分析,结果显示,cebpb是miR-155在乳腺癌中的直接靶基因(Pcebpb影响乳腺癌的发生.

关键词： miR-155 靶基因双荧光素酶报告法 cebpb