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志贺氏菌crispr位点的比较基因组学及与质粒数量的相关性分析

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中国食品学报 2020年第5期20卷 242-250页

作者：曲道峰陆诗铫陈跃文黄东萍龚俏玲易松强韩剑众浙江工商大学食品与生物工程学院杭州310018 江西省畜牧技术推广站南昌330046

成簇规律间隔的短回文重复序列(crispr)在多数细菌和古生菌中广泛存在,该遗传结构可以有效防御外源DNA(如质粒、噬菌体等)的侵袭,从而降低外源基因的水平转移。本文的研究对象为志贺氏菌属中的鲍氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、宋内氏志贺... 详细信息

成簇规律间隔的短回文重复序列(crispr)在多数细菌和古生菌中广泛存在,该遗传结构可以有效防御外源DNA(如质粒、噬菌体等)的侵袭,从而降低外源基因的水平转移。本文的研究对象为志贺氏菌属中的鲍氏志贺氏菌、痢疾志贺氏菌、宋内氏志贺氏菌以及福氏志贺氏菌等40株菌。研究不同志贺氏菌种中crispr位点的结构差异,其与可移动质粒之间的关联。采用生物信息学的方法比较间隔序列与插入序列的同源性,判断crispr位点与RNA二级结构稳定性的关系。结果:40株志贺氏菌中均含crispr结构,共有241个crispr位点和6个确定位点。本研究发现cas3基因和重复序列均不可作为这4类细菌的分类依据。结论:crispr位点的数量和间隔区数量之间在统计学上无关。耐药基因、间隔序列整合子等移动遗传原件具有一定的同源性,表明志贺氏菌在进化过程中不断受到外源基因的侵袭。

关键词：志贺氏菌 crispr 间隔区外源基因质粒

crispr/Cas系统与结核病防控新措施相关性研究

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微生物学报 2021年第2期61卷 300-314页

作者：李慧谢建平成都医学院检验医学院四川成都610500 西南大学生命科学学院现代生物医药研究所重庆400715

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB,以下简称结核杆菌)感染引起的结核病仍然是严重影响人类健康全球性重大传染病。全球约1/4人口是结核杆菌的潜伏感染者。2019年,世界卫生组织(Worldhealthorganization,WHO)报道全球约150... 详细信息

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB,以下简称结核杆菌)感染引起的结核病仍然是严重影响人类健康全球性重大传染病。全球约1/4人口是结核杆菌的潜伏感染者。2019年,世界卫生组织(Worldhealthorganization,WHO)报道全球约150万人死于结核病。深入研究结核杆菌生物学有望为结核病防控提供新工具。成簇规律性间隔短回文重复(Clusteredregularlyinterspacedshort palindromic repeats,crispr)/Cas是细菌免疫系统的重要成分,在结核杆菌等分枝杆菌中也广泛存在,同时,也是分枝杆菌基因编辑的重要工具。本文结合课题组研究工作,综述了结核杆菌III-A型crispr/Cas系统各组分的生物学功能以及与致病的相关性,crispr/Cas编辑工具在诊断治疗耐药结核杆菌和结核病防控新措施中的进展。

关键词：结核分枝杆菌 crispr 细菌耐药性 Cas蛋白

crispr-Cas系统与细菌和噬菌体的共进化

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遗传 2011年第3期33卷 213-218页

作者：李铁民杜波辽宁大学生命科学院沈阳110036

细菌在适应噬菌体攻击的过程中,进化了多种防御系统,噬菌体在细菌的选择压力下,也在不断进化反防御策略,双方的这种进化关系与发生机制一直尚不完全清楚。近年在细菌和古细菌中发现一种新的免疫防御系统,即crispr-Cas(clustered regular... 详细信息

细菌在适应噬菌体攻击的过程中,进化了多种防御系统,噬菌体在细菌的选择压力下,也在不断进化反防御策略,双方的这种进化关系与发生机制一直尚不完全清楚。近年在细菌和古细菌中发现一种新的免疫防御系统,即crispr-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-crispr-associated system)系统。在对其功能和作用机制深入研究的同时,也不断地揭示了细菌和噬菌体之间的共进化关系。为此,文章在介绍原核细胞中crispr-Cas系统介导的免疫机制基础上,重点综述了crispr系统在细菌和噬菌体进化中的作用。

关键词： crispr crispr-Cas系统噬菌体共进化免疫防御

crispr/Cas植物基因组编辑技术研究进展

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华南农业大学学报 2019年第5期40卷 38-49页

作者：刘耀光李构思张雅玲陈乐天亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室/华南农业大学生命科学学院

基因编辑技术的发展与应用为植物功能基因研究和作物遗传改良提供了重要的技术支撑。近年诞生的crispr/Cas基因编辑系统(主要包括crispr/Cas9和crispr/Cas12a)与其他的基因编辑技术相比,具有操作简单、效率高等优势,因此在动植物中均得... 详细信息

基因编辑技术的发展与应用为植物功能基因研究和作物遗传改良提供了重要的技术支撑。近年诞生的crispr/Cas基因编辑系统(主要包括crispr/Cas9和crispr/Cas12a)与其他的基因编辑技术相比,具有操作简单、效率高等优势,因此在动植物中均得到广泛应用。本文结合crispr/Cas基因编辑技术体系的发展历史及最新研究进展,着重介绍了该技术在植物领域中的应用范围和发展方向,以及基因编辑植物的靶点分析方法;对目前crispr/Cas基因编辑技术体系存在的问题进行了分析并提出了改进策略。

关键词： crispr 植物基因组编辑靶点分析

crispr基因编辑技术在核酸检测方面的应用

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同方期刊数据库

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中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生 2022年第6期 224-227页

作者：陈宁成浩吴中闫志强南华大学衡阳医学院附属郴州医院(郴州市第一人民医院)肿瘤科湖南衡阳421001

现如今,基因编辑技术因其特异的序列识别及切割活性已成为核酸检测的重要手段,以成簇间隔短回文重复序列(crispr)系统及其相关蛋白(Cas效应蛋白)为代表的crispr/Cas系统基因编辑技术,是目前核酸检测的研究热点,其Cas 蛋白具有的 “附带... 详细信息

现如今,基因编辑技术因其特异的序列识别及切割活性已成为核酸检测的重要手段,以成簇间隔短回文重复序列(crispr)系统及其相关蛋白(Cas效应蛋白)为代表的crispr/Cas系统基因编辑技术,是目前核酸检测的研究热点,其Cas 蛋白具有的 “附带切割”特性,已被开发成一种简单高效、特异、灵敏度高及低成本的核酸检测工具,在核酸检测领域具有重要的应用。本文对 4种crispr/Cas系统在核酸检测领域的研究进展、应用领域及crispr-Cas系统未来的展望进行详细的阐述。

关键词： crispr Cas 蛋白基因编辑核酸检测

crispr／Cas系统：RNA靶向的基因组定向编辑新技术

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遗传 2013年第11期35卷 1265-1273页

作者：李君张毅陈坤玲单奇伟王延鹏梁振高彩霞中国科学院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工程国家重点实验室北京100010

crispr/Cas系统广泛存在于细菌及古生菌中,是机体长期进化形成的RNA指导的降解入侵病毒或噬菌体DNA的适应性免疫系统。对Ⅱ型crispr/Cas系统的改造使其成为继锌指核酸酶(ZFNs)和TALE核酸酶(TALENs)以来的另一种对基因组进行高效定点修... 详细信息

crispr/Cas系统广泛存在于细菌及古生菌中,是机体长期进化形成的RNA指导的降解入侵病毒或噬菌体DNA的适应性免疫系统。对Ⅱ型crispr/Cas系统的改造使其成为继锌指核酸酶(ZFNs)和TALE核酸酶(TALENs)以来的另一种对基因组进行高效定点修饰的新技术,与ZFNs和TALENs相比,crispr/Cas系统更简单,并且更容易操作。文章重点介绍了Ⅱ型crispr/Cas系统的基本结构、作用原理及这一技术在基因组定点修饰中的应用,剖析了该技术可能存在的问题,展望了crispr/Cas系统的应用前景,为开展这一领域的研究工作提供参考。

关键词： crispr Cas系统基因组定点修饰向导RNA

crispr系统在白假丝酵母菌基因功能研究中的应用

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中南药学 2023年第6期21卷 1412-1416页

作者：运照临王欣荣刘昕施乔盛春泉王彦刘娜中国人民解放军海军军医大学上海200433

成簇的间隔短回文重复(crispr)系统作为一种有效的基因编辑策略,已成为多种生物系统基因功能研究的通用工具。真菌感染是导致人类疾病的重要原因,白假丝酵母菌作为临床最常见的病原真菌,其基因功能的揭示是探寻新的治疗策略和药物靶点... 详细信息

成簇的间隔短回文重复(crispr)系统作为一种有效的基因编辑策略,已成为多种生物系统基因功能研究的通用工具。真菌感染是导致人类疾病的重要原因,白假丝酵母菌作为临床最常见的病原真菌,其基因功能的揭示是探寻新的治疗策略和药物靶点的关键。本文回顾了crispr系统在白假丝酵母菌中从应用到优化,从基因敲除到表达调控的发展历程,以期通过对白假丝酵母菌致病力及耐药机制的研究为新药物靶点的探寻开辟道路。

关键词： crispr Cas9 真菌白假丝酵母菌基因编辑

crispr/Cas9基因组编辑技术在癌症研究中的应用

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遗传 2016年第1期38卷 1-8页

作者：王大勇马宁惠洋高旭哈尔滨医科大学生物化学与分子生物学教研室哈尔滨150086 哈尔滨医科大学北方转化医学研究合作中心哈尔滨150086 黑龙江省医学科学院哈尔滨150086

crispr/cas9基因组编辑技术因其设计简单以及操作容易,使其在基因编辑的研究中越来越受到欢迎。利用该技术,科研人员可以实现在碱基的水平对基因组进行定点修饰。crispr系统现已经被广泛地应用到多个物种的基因组编辑以及癌症的相关研... 详细信息

crispr/cas9基因组编辑技术因其设计简单以及操作容易,使其在基因编辑的研究中越来越受到欢迎。利用该技术,科研人员可以实现在碱基的水平对基因组进行定点修饰。crispr系统现已经被广泛地应用到多个物种的基因组编辑以及癌症的相关研究中。本文在最新研究进展的基础上,结合对癌症研究及基因组编辑技术的理解,对crispr/Cas9技术在癌症研究中的应用进行了综述。

关键词： crispr crispr/Cas9 基因编辑癌症

crispr在食源性致病菌进化分析、检测分型及毒力耐药调控中的应用进展

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生物工程学报 2021年第7期37卷 2414-2424页

作者：白芷烨汪雯吉小凤肖英平张世钦王梓晨李红梅董庆利上海理工大学医疗器械与食品学院上海200093 浙江省农业科学院农产品质量安全与营养研究所农业农村部农产品质量安全风险评估实验室(杭州)农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室浙江杭州310021

规律成簇间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,crispr)与其相关蛋白基因系统可通过限制基因的水平转移而有效防御噬菌体等外源基因元件的入侵,不同细菌之间的crispr结构有所差异。基于CRI... 详细信息

规律成簇间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,crispr)与其相关蛋白基因系统可通过限制基因的水平转移而有效防御噬菌体等外源基因元件的入侵,不同细菌之间的crispr结构有所差异。基于crispr系统的差异性,文中对近几年crispr在食源性致病菌进化分析、检测与分型、毒力与耐药中的应用研究进行概述,并对基于crispr序列特点开发的细菌检测分型方法以及crispr与食源性致病菌的毒力、耐药性之间的相关性进行重点总结分析。此外,文中探讨了crispr在进化分析、检测与分型、毒力与耐药应用中的不足,提出将crispr分型方法标准化、完善与扩充致病菌crispr数据库、进一步探究噬菌体与细菌之间的共进化关系等建议,为进一步探索crispr功能提供参考。

关键词： crispr 食源性致病菌进化分析检测与分型毒力与耐药