检索结果-南通市图书馆

作者：张有智青岛大学

学位级别：硕士

目的:目前研究认为肿瘤微环境在肿瘤进展中起着至关重要的作用,然而肿瘤微环境在肾细胞癌(RCC)中的作用以及如何利用肿瘤微环境抑制肾癌细胞增值、侵袭的相关机制有待进一步研究。据报道,T细胞受体复合物的cd3ε亚基(cd3e)与肌层浸润型... 详细信息

目的:目前研究认为肿瘤微环境在肿瘤进展中起着至关重要的作用,然而肿瘤微环境在肾细胞癌(RCC)中的作用以及如何利用肿瘤微环境抑制肾癌细胞增值、侵袭的相关机制有待进一步研究。据报道,T细胞受体复合物的cd3ε亚基(cd3e)与肌层浸润型膀胱癌的免疫微环境息息相关,并有望成为肌层浸润型膀胱癌的预后预测指标。cd3e与肾细胞癌及其免疫微环境的相关性尚待研究。本研究旨在进一步研究cd3e与肾细胞癌免疫微环境相关性及cd3e在肾细胞癌的预后预测及治疗中的潜力。研究方法:本研究中,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载了893例肾细胞癌患者所对应的转录组数据及临床数据。此后运用Perl语言对下载的数据进行整理、整合,然后运用R语言及eSTIMATe计算方法对肾细胞癌样本微环境中的免疫成分和基质成分赋予分值,并根据分值的中位数将其分为高低得分两组。根据两组样本之间临床信息及生存的差异性获得评分与肾细胞癌患者预后及临床的相关性分析。此后对基于免疫及基质得分的高低得分两组分别进行基因表达量的差异性分析,并对所取得的基因集取交集从而获得差异表达基因(DeG)。接下来对差异表达基因进行基因本体(GO)以及基因组京都百科全书(KeGG)富集分析,从而获得基因集相关的功能。随后运用string数据库构建差异表达基因相关的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,获得网络核心基因,对肾癌样本进行单变量COX回归分析获得预后相关基因,对以上两组基因取交集从而获得预测因子——cd3e和LCK原癌基因,Src家族酪氨酸激酶(LCK)。此后通过差异分析分别得出LCK和cd3e在肾癌及肾正常样本中表达的差异性,并获得其与肾癌患者生存的相关性。采用Real-time quantitative polymerase chain reaction(q-PCR)实验方法验证了我们获得的cd3e及LCK表达量的差异性,根据检验的相关性最终确定cd3e为RCC预后相关预测基因。接下来运用了Western Blot(WB)、免疫组化实验方法进一步验证cd3e在肾癌细胞中高表达。根据cd3e的表达量将样本分为高低表达两组,并基于样本的临床信息进行分析,从而得到cd3e与肾细胞癌患者临床信息的相关性。基于cd3e的表达量,对样本进行基因集富集分析(GSeA)。采用CIBeRSORT计算方法获得肾癌样本中肿瘤浸润免疫细胞(TIC)的比例,而对TICs比例与cd3e的表达量进行相关性及差异性分析,对其取交集最终获得cd3e与免疫微环境中免疫细胞的相关性。结果:基于肾细胞癌样本免疫和基质成分获得的评分,与肾癌患者的生存存在明显的负相关性,且基于免疫成分获得的评分相关性更为显著。通过差异分析,共获得了1755个差异表达基因,对DeGs进行GO和KeGG富集分析可知,其整体功能主要是与肾细胞癌的免疫活动相关。对所选择的cd3e及LCK基因进行进一步分析,与正常肾组织相比,cd3e和LCK在肾细胞癌组织中明显的高表达,并且同一样本中,与癌旁组织相比,肾癌组织中基因的表达量明显上调。单基因的生存分析显示,cd3e与LCK的表达量与肾癌患者的生存存在明显的负相关性,基因的表达量越高,患者的预后越差。运用q-PCR实验,从细胞水平验证了肾细胞癌细胞中的cd3e和LCK是高表达的,而且我们发现cd3e的差异更明显。选择cd3e进行进一步的WB和免疫组化实验,从而从组织层面验证了肾癌患者中cd3e的高表达性。cd3e与肾细胞癌临床信息的相关性分析显示,cd3e的表达量与肾细胞癌患者的分期、分级等存在明显的正相关性。对基于cd3e表达量分组的高低表达两组进行基因富集分析,可以得知cd3e主要表现为免疫相关性富集。通过肾细胞癌的免疫细胞浸润与cd3e的相关性、差异性分析得出,免疫微环境中存在14中免疫细胞与cd3e具有显著的相关性,呈正相关性的免疫细胞为8种,6种免疫细胞与cd3e存在明显的负相关性。结论:cd3e与肾细胞癌的免疫微环境具有相关性,是RCC患者的预后预测生物标记物,并有望参与RCC的治疗。

关键词： cd3e 肾细胞癌肿瘤微环境免疫预后

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基于WGCNA鉴定子宫颈鳞状细胞癌cd8^(+)T细胞浸润相关的生物标志物

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中国现代医药杂志 2022年第7期24卷 49-56页

作者：凡志祥李坤张彦彦左世凯黄冬梅郑州大学第二附属医院妇产科河南郑州450014 郑州大学第二附属医院肿瘤科河南郑州450014

目的应用生物信息学的方法构建促进子宫颈鳞状细胞癌(CSCC)中cd8+T细胞浸润的相关基因共表达网络,并鉴定出相应的预后生物标志物。方法应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和PPI网络探索TCGA数据库中CSCC的基因表达数据,并筛选出与cd8+T... 详细信息

目的应用生物信息学的方法构建促进子宫颈鳞状细胞癌(CSCC)中cd8+T细胞浸润的相关基因共表达网络,并鉴定出相应的预后生物标志物。方法应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和PPI网络探索TCGA数据库中CSCC的基因表达数据,并筛选出与cd8+T细胞浸润相关hub基因,系统分析hub基因的免疫特征及预后价值。结果通过WGCNA和PPI网络分析鉴定出10个hub基因(CCL5、CCR5、cd2、cd3D、cd3e、cd8A、CXCR3、IFNG、PDcd1、PRF1)。在TISIDB数据库中查询10个基因与免疫细胞之间的相关性,发现这些基因的表达与免疫细胞,尤其是cd8^(+)T细胞显著正相关。通过Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox回归分析验证后选择cd3e作为CSCC预后生物标志物。基因集富集分析(GSeA)显示cd3e在细胞黏附分子、趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用和T细胞受体信号通路显著富集。结论通过生物信息学验证,cd3e被确定为CSCC免疫治疗的潜在生物标记物和免疫治疗靶点。

关键词：子宫颈鳞状细胞癌 cd8~+T细胞 cd3e WGCNA

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