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Chemoenzymatic Synthesis of an Enantiomerically Enriched Bicyclic Carbocycle Using <i>Candida parapsilosis</i>atcc 7330 Mediated Enantioselective Hydrolysis

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International Journal of Organic Chemistry 2015年第4期5卷 271-281页

作者： Thangavelu Saravanan Anju Chadha Tarur Konikkaledom Dinesh Namasivayam Palani Sengottuvelan Balasubramanian Laboratory of Bioorganic Chemistry Department of Biotechnology Indian Institute of Technology Madras Chennai India National Center for Catalysis Research Indian Institute of Technology Madras Chennai India Department of Inorganic Chemistry University of Madras Guindy Campus Chennai India ITC Life Sciences and Technology Centre ITC Limited Peenya Industrial Area Phase I Bangalore India

Enantiomerically enriched (R)-1-(2-bromocycloalkenyl)-3-buten-1-ol and its derivatives were obtained via enantioselective hydrolysis [resolution] with good enantioselectivities (E = 31 to >500) using Candida parapsilosis atcc 7330. The various reaction parameters were optimized for enantioselective hydrolysis to achieve high enantiomeric excess (ee) and conversions. Among the substrates tested, (RS)-1-(2-bromocyclohex-1-en-1-yl) but-3-yn-1-yl acetate was hydrolysed by the biocatalyst in 12 h to the corresponding (R)-alcohol in 49% conversion and >99 ee. The optically pure allylic alcohol thus obtained was used as a chiral starting material for the synthesis of an enantiomerically enriched bicyclic alcohol effectively establishing achemoenzymatic route.

关键词： Chemoenzymatic Synthesis Enantioselective Hydrolysis Candida parapsilosis atcc 7330 Hydrolases Bicyclic Carbocycle

异养硝化-好氧反硝化菌Paracoccus pantotrophus atcc 35512的研究进展

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应用与环境生物学报 2008年第4期14卷 585-592页

作者：杨航黄钧刘博中国科学院成都生物研究所成都610041 首都经济贸易大学环境工程学院环境工程系北京100070

近年来发现了一类具有偶联异养硝化-好氧反硝化功能的细菌.Paracoccus pantotrophus atcc 35512是其中最早发现的细菌.通过对该菌株16SrRNA序列和细胞色素c的氨基酸序列分析,确立其为一个新种Paracoccus pantotrophus,atcc35512被确定... 详细信息

近年来发现了一类具有偶联异养硝化-好氧反硝化功能的细菌.Paracoccus pantotrophus atcc 35512是其中最早发现的细菌.通过对该菌株16SrRNA序列和细胞色素c的氨基酸序列分析,确立其为一个新种Paracoccus pantotrophus,atcc35512被确定为模式株.该菌株的异养硝化-好氧反硝化偶联途径假说被提出,其反应途径中涉及的一系列酶和电子传递体也陆续被纯化研究.本文综述了对该菌株系统分类、形态和生理生化特征、硝化–反硝化偶联假说及氮循环酶系等的研究进展,并提出了进一步揭示异养硝化–好氧反硝化现象的研究方向.

关键词： Paracoccus pantotrophus atcc 35512 异养硝化-好氧反硝化氮循环酶系

Streptomyces sahachiroi atcc 33158中启动子P_(aziU1)的克隆及表达

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华中农业大学学报 2014年第5期33卷 26-31页

作者：周俊何璟华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070

为鉴定和分析aziU1基因的启动子PaziU1,将该基因上游183bp的DNA片段和组成型强启动子PermE*(作为阳性对照)分别克隆到启动子探针载体pIJ8660中,以增强型的绿色荧光蛋白基因(egfp)作为报告基因,通过检测菌丝体中绿色荧光的强弱,对PaziU1... 详细信息

为鉴定和分析aziU1基因的启动子PaziU1,将该基因上游183bp的DNA片段和组成型强启动子PermE*(作为阳性对照)分别克隆到启动子探针载体pIJ8660中,以增强型的绿色荧光蛋白基因(egfp)作为报告基因,通过检测菌丝体中绿色荧光的强弱,对PaziU1的启动子活性进行了定性和定量分析。PaziU1在3种不同的链霉菌Streptomyces sahachiroi、Streptomyces lividans ZX1和Streptomyces albus中均表现出启动子活性。PaziU1的启动子活性在初始培养的36h略低于PermE*,在培养48h后,PaziU1的表达活性高于PermE*。结果表明,Pazi U1与PermE*一样,是一个可以在链霉菌中组成型表达的强启动子。

关键词： Streptomyces sahachiroi atcc 33158 PermE* 启动子探针载体 PaziU1 增强型绿色荧光蛋白(EGFP) 组成型强启动子

Streptomyces sahachiroi atcc 33158中孢子色素合成基因簇(sah)的鉴定

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微生物学报 2012年第10期52卷 1210-1218页

作者：李华王利娟何璟华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070

【目的】Streptomyces sahachiroi atcc 33158全基因组测序后,通过生物信息学分析找到一个II型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因簇sah。我们通过基因敲除和异源表达的方法对sah的生物学功能进行了研究。【方法和结果】对sah基因簇... 详细信息

【目的】Streptomyces sahachiroi atcc 33158全基因组测序后,通过生物信息学分析找到一个II型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因簇sah。我们通过基因敲除和异源表达的方法对sah的生物学功能进行了研究。【方法和结果】对sah基因簇ORF(open reading frame)进行分析后发现,除了一个额外的氧甲基转移酶基因sahI以外,该基因簇与天蓝色链霉菌中负责孢子色素合成的基因簇whiE具有很高的相似性。将sah中负责后修饰的3个基因sahG、sahH和sahI分别敲除后,发现孢子色素的颜色随之发生明显的变化。将sah-minimal PKS基因和whiE-minimal PKS基因分别导入变铅青链霉菌ZX1中进行异源表达,高效液相色谱及液质联用分析证实它们产生相同的水溶性红色色素物质。【结论】sah与whiE基因簇具有相似的生物学功能,负责链霉菌孢子色素的合成。这两个基因簇所合成的孢子色素具有相同的母核,差别在于sah基因簇中多了一个编码氧甲基转移酶的后修饰基因,这可能是导致两种链霉菌孢子在颜色上有细微差别的原因。

关键词： S.sahachiroi atcc 33158 Ⅱ型聚酮合酶基因中断异源表达孢子色素合成

Streptomyces sahachiroi atcc 33158中Ⅱ型聚酮合酶基因sahA的功能分析

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华中农业大学学报 2013年第2期32卷 12-17页

作者：李华鲁慧囡何璟华中农业大学生命科学技术学院/农业微生物学国家重点实验室武汉430070

以酮基合酶基因KSa的简并性引物对Streptomyces sahachiroi基因组进行扩增,发现除了已知的阿嗪霉素B生物合成基因簇以外,还存在一个潜在的聚酮合酶(PKS)基因sahA。对sahA编码的氨基酸序列进行同源性比对及进化树分析,结果表明,sahA属于... 详细信息

以酮基合酶基因KSa的简并性引物对Streptomyces sahachiroi基因组进行扩增,发现除了已知的阿嗪霉素B生物合成基因簇以外,还存在一个潜在的聚酮合酶(PKS)基因sahA。对sahA编码的氨基酸序列进行同源性比对及进化树分析,结果表明,sahA属于Ⅱ型聚酮合酶基因家族,与合成孢子色素的基因亲缘关系较近。通过单交换中断sahA基因后,链霉菌孢子的颜色由铅灰色变为白色,而产孢时间、孢子的产量以及其抗紫外线的能力都没有变化,对抗生素阿嗪霉素B的产量也没有影响。初步证实这个潜在的Ⅱ型聚酮合酶基因sahA很可能与***孢子色素的生物合成有关。

关键词： Streptomyces sahachiroi atcc 33158 Ⅱ型聚酮合酶孢子色素进化树分析单交换

标准菌株atcc 16404的分类学进展及影响

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食品与发酵工业 2010年第9期36卷 134-137页

作者：姚粟程池中国食品发酵工业研究院中国工业微生物菌种保藏管理中心

作为丝孢类真菌的代表菌株,标准菌株atcc 16404被列入包括《美国药典》在内的各类标准中。2008年,Jan Houseknecht等人通过表型结合基因型的多相鉴定技术,确认该菌株为巴西曲霉(Aspergillus brasiliensis)。2010年新版《美国药典》和世... 详细信息

作为丝孢类真菌的代表菌株,标准菌株atcc 16404被列入包括《美国药典》在内的各类标准中。2008年,Jan Houseknecht等人通过表型结合基因型的多相鉴定技术,确认该菌株为巴西曲霉(Aspergillus brasiliensis)。2010年新版《美国药典》和世界微生物菌种数据中心(WDCM)编制的《培养基相关参考菌株目录》采纳了该菌株新的分类学描述。这一变化会导致各国对标准中涉及的黑曲霉标准菌株重新进行分类学鉴定,并对内部相关的SOP进行修改。文中详细介绍了该菌株的历史、基本特征、在标准中的应用情况以及新的多相分类鉴定研究进展。

关键词：标准菌株 atcc 16404 黑曲霉巴西曲霉

atcc碱性纤维素酶产生菌产酶特性的重新确定

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深圳大学学报（理工版） 2005年第3期22卷 253-257页

作者：孔舒刘刚刘森林邢苗深圳大学生命科学学院深圳518060

研究美国典型培养物保藏中心(atcc)提供的菌株atcc21833(HorikoshiK定名为芽孢杆菌Bacillussp.N4)的纤维素酶合成基因后,发现该基因与HorikoshiK定名的N4基因并不具有同源性.为此重新研究了该菌株的产酶特征和所产生碱性纤维素酶的部分... 详细信息

研究美国典型培养物保藏中心(atcc)提供的菌株atcc21833(HorikoshiK定名为芽孢杆菌Bacillussp.N4)的纤维素酶合成基因后,发现该基因与HorikoshiK定名的N4基因并不具有同源性.为此重新研究了该菌株的产酶特征和所产生碱性纤维素酶的部分酶学特性.结果表明,羧甲基纤维素为最适宜的碳源,在以羧甲基纤维素、蛋白胨和酵母抽提物为主要组分的培养基中进行培养,碱性纤维素酶的活性可以达到0.64U/mL,所产生的碱性纤维素的最适pH值为10.0,最适反应温度为40℃.其产酶特性和酶学性质和N4菌株有较大差异.

关键词：芽孢杆菌碱性纤维素酶羧甲基纤维素 atcc

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atcc所属的美国培养细胞库

生物工程进展 1991年第1期11卷 52-56页

作者：何申中国医学科学院基础医学研究所

一、收藏细胞培养的背景 atcc,全名American type culture collection,即“美国模式培养集存库”,成立于1925年,那时它仅保存细菌与真菌的培养物,细胞培养尚处萌芽期。 1959年,人们认识到肿瘤是病毒研究的重要课题;新病毒的分离需要大... 详细信息

一、收藏细胞培养的背景 atcc,全名American type culture collection,即“美国模式培养集存库”,成立于1925年,那时它仅保存细菌与真菌的培养物,细胞培养尚处萌芽期。 1959年,人们认识到肿瘤是病毒研究的重要课题;新病毒的分离需要大量的培养细胞。当时少数几个细胞系属于个别实验室,自己建立把握不大。此外,在当时条件下。

关键词：培养细胞库美国 atcc

重组工程法敲除恶臭假单胞菌KT2440和谷氨酸棒状杆菌atcc 13032染色体基因

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重组工程法敲除恶臭假单胞菌KT2440和谷氨酸棒状杆菌ATCC 13032染...

作者：骆希南京师范大学

学位级别：硕士

重组工程(Red/ET, recombination mediated genetic engineering)是指通过重组酶催化DNA分子之间的同源重组而实现DNA克隆和DNA修饰一种基因工程手段,是一种新型高效的遗传工程技术。其中的重组酶主要是λ噬菌体中redαβ基因表达的蛋白... 详细信息

重组工程(Red/ET, recombination mediated genetic engineering)是指通过重组酶催化DNA分子之间的同源重组而实现DNA克隆和DNA修饰一种基因工程手段,是一种新型高效的遗传工程技术。其中的重组酶主要是λ噬菌体中redαβ基因表达的蛋白和Rec前噬菌体中的recET表达的蛋白。利用重组工程从理论上可以完成对多种细菌及真菌中染色体DNA的敲除及修饰,而且通过重组工程可以避免其他基因敲除方法中要构建克隆的步骤,直接进行OE-PCR (Overlap extension PCR,重叠延伸PCR)即可获得重组片段。此种方法最先在大肠杆菌中实现,现在经过完善已逐渐在其他细菌及真菌中实施。本课题中的恶臭假单胞菌KT2440 (Pseudomonas putida KT2440)是在生物降解及异源表达中有重要作用的环境微生物,谷氨酸棒状杆菌atcc 13032(Corynebacterium glutamicum atcc 13032)是在工业中发酵生产各种氨基酸的菌株。随着这两种菌株全基因组测序的完成,对其基因功能的研究越来越深入。基因敲除是研究基因与蛋白质关系的重要手段,通过重组工程介导的基因敲除可以实现两种菌的高效基因敲除。本文介绍了不同系统的重组工程方法分别对P. putida KT2440和C. glutamicum atcc 13032进行染色体基因敲除。对P. putida KT2440进行基因敲除中共涉及了一种双质粒系统和三种单质粒系统,只有双质粒Cre/loxP系统和一种由丙酮诱导的Cre/loxP单质粒系统完成了四种基因的无标记敲除。具体方法是制备含有能够表达相关重组酶基因的质粒的P. putida KT2440电转感受态细胞,将通过OE-PCR获得的重组片段转入到电转感受态细胞中,涂布于含有卡那霉素抗性的平板上进行筛选,在双质粒系统中,验证正确后,制备电转感受态细胞,转入含有cre基因的质粒,进行抗性基因的敲除,在此系统中目的基因的无痕敲除效率最高可以达到100%;在单质粒系统中,第一步的同源重组效率只能达到双质粒系统的1/5,推测可能与Cre酶的高本底水平表达有关,得到卡那霉素抗性菌株后直接接入含有丙酮的培养基中进行诱导培养一代即可消除抗性基因,虽然敲除效率达不到双质粒系统的效率,但是操作更加方便简洁且适合于高通量操作。对C. glutamicum atcc 13032进行基因敲除中,本研究构建了redαβ和recET两种重组酶表达载体,其上包含有同源重组所需的各种重组酶基因,以及双链断裂修复过程中需要的I-Scel基因,具体方法是制备含有能够表达相关重组酶基因质粒的C. glutamicum atcc 13032电转重组感受态细胞,将通过OE-PCR获得的重组片段转入重组感受态细胞中,涂布于含有卡那霉素的抗性平板上进行筛选,通过PCR进行验证,获得含有卡那霉素抗性基因的重组目的菌株。随后进行I-SceI介导的双链断裂修复系统进行第二次同源重组消除抗性基因。本研究用redaαβ.系统完成了crt12和upp两种基因的敲除,用recET系统完成了crtI2、upp和cgp3三种基因的敲除以及fasR基因中丝氨酸(AGT)到天冬酰胺(AAT)的点突变实验。但结果尝试了多种方法仍未实现I-SceI介导的抗性基因敲除,进一步的实验还在进行中。

关键词：重组工程基因敲除 Cre/loxP系统恶臭假单胞菌 KT2440 谷氨酸棒状杆菌 atcc 13032