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TVMV 3'utr对马铃薯Y病毒属病毒侵染的影响

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TVMV 3'UTR对马铃薯Y病毒属病毒侵染的影响

作者：孙振琪内蒙古农业大学

学位级别：硕士

已有研究表明植物病毒基因组的很多区域参与病毒的症状产生,其中非编码区在症状诱导中起着重要作用。本论文主要研究了烟草脉斑驳病毒(tobacco vein moltting virus,TVMV)3'非编码区(3'utr)对马铃薯Y病毒属病毒侵染的影响。研究结果有... 详细信息

已有研究表明植物病毒基因组的很多区域参与病毒的症状产生,其中非编码区在症状诱导中起着重要作用。本论文主要研究了烟草脉斑驳病毒(tobacco vein moltting virus,TVMV)3'非编码区(3'utr)对马铃薯Y病毒属病毒侵染的影响。研究结果有助于揭示马铃薯Y病毒属病毒症状诱导机制,可为利用病毒3'utr设计抗病毒策略提供新的切入点。主要研究结果如下:1.将GFP构建到植物表达载体p EAQ-HT-DEST3和p MDC32中,获得了p EAQ-GFP和p MDC-GFP,并在本氏烟(Nicotiana benthamiana)上进行瞬时表达。结果表明,在不同载体中的GFP荧光表达明显不同。瞬时表达48 h后,注射p EAQ-GFP的烟草叶片荧光较强,而注射p MDC-GFP的叶片上荧光较弱。Western blot检测GFP含量表明,p EAQ-HT-DEST3载体中的GFP瞬时表达后,烟草叶片中GFP含量显著高于p MDC32载体。这说明GFP在p EAQ-HT-DEST3载体中大量表达。后续非编码RNA的瞬时表达均采用p EAQ-HT-DEST3进行研究。***的3'utr序列与GFP序列融合后,构建到表达载体p EAQ-HTDEST3中,获得了表达载体p EAQ-3'utr-GFP。在本氏烟上进行瞬时表达后,观察TVMV的3'utr对GFP的影响。结果表明,瞬时表达48 h后,与注射p EAQGFP的对照相比,注射p EAQ-3'utr-GFP的本氏烟叶片上GFP荧光较弱。Western blot检测GFP含量表明,瞬时表达3'utr-GFP的烟草叶片中GFP含量显著低于瞬时表达GFP的对照。这说明TVMV的3'utr能够显著抑制GFP的表达。进一步通过转录组测序深入分析了TVMV的3'utr抑制GFP表达的分子机制。结果发现瞬时表达3'utr-GFP与GFP的对照相比有66个基因上调表达和93个基因下调表达。差异表达的抗性基因中显著上调的有防御素蛋白3类似物、过氧化物酶、伴侣蛋白、钙结合家族蛋白,蛋白激酶2的6个基因。说明可能TVMV的3'utr通过诱导植物抗性基因的表达,从而抑制GFP基因的表达。3.成功构建了TVMV的3'utr的表达载体p EAQ-3'utr,并在本氏烟上进行瞬时表达,研究其对TVMV侵染的影响。结果发现瞬时表达p EAQ-3'utr与空载体的对照在症状上无明显差异,但病毒积累量比对照显著降低。共注射试验结果也表明在接种叶片上,瞬时表达TVMV 3'utr的处理,病毒积累量明显降低。但在系统叶片上,病毒积累量与对照无明显差异。说明TVMV的3'utr对其同源病毒TVMV的侵染在初期具有一定的调控作用,但病毒侵染后期病毒积累量接近饱和后则无明显影响。进一步研究了瞬时表达TVMV 3'utr对异源病毒Tu MV-GFP和PVYros侵染的影响。病毒摩擦接种和共注射试验结果表明瞬时表达3'utr对Tu MV-GFP和PVYros的侵染均无明显影响,病毒侵染症状和病毒积累量与对照无明显差异。这说明TVMV的3'utr对异源病毒侵染无调控作用。

关键词：烟草脉斑驳病毒 3'utr 马铃薯Y病毒芜菁花叶病毒

伊比利亚猪和大白猪睾丸3'utr组的比较分析

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湖南畜牧兽医 2023年第5期 23-29页

作者：牟巧杨雨薇陈璐杜志强杨彩侠长江大学动物科学学院湖北荆州434025 吉林大学动物科学学院吉林长春130062 东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150030

真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'utr)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'utr序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-seq)极大地促进了... 详细信息

真核生物信使RNA(message RNA,mRNA)的3'端非翻译区(3'untranslated region,3'utr)在转录后水平调控转录本的稳定性、运输、亚细胞定位和翻译等。3'utr序列的变异,可引起基因的异常表达,导致疾病发生。转录组测序(RNA-seq)极大地促进了对基因序列的理解,但缺乏对mRNA 3'utr进行系统全面的分析。利用公开发表的伊比利亚猪和大白猪睾丸组织RNA-seq数据,通过DaPars软件分析了3'utr有差异的mRNA并对其参与的信号通路进行了富集,对长度和测序短序列丰度差异大的mRNA 3'utr进行了可视化分析,对显著差异mRNA 3'utr中存在的胞质polyA成分(Cytoplasmic polyadenylation element,CPE)、polyA信号(polyadenylation signal,PAS)和microRNA结合位点的位置、个数和种类进行了预测分析。这些分析结果为进一步研究基于3'utr的转录后基因表达调控提供了有价值的信息。

关键词：猪 RNA-seq mRNA 3'utr 转录后调控

法洛四联症患儿NOTCH2基因3'utr区域突变分析

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上海交通大学学报（医学版） 2015年第4期35卷 476-482页

作者：冯超唐宁方绍海徐月娟李奋徐让上海交通大学医学院附属新华医院科研中心上海200092 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心上海200127

目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'utr区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'utr区域序列,... 详细信息

目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'utr区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'utr区域序列,所有扩增片段均进行双向测序。将所测NOTCH2基因3'utr区序列与Gen Bank中的已知序列(NG_008163.1)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变。采用Pic Tar和Target Scan在线预测软件预测可能与NOTCH2基因3'utr区域结合的微小RNA(miRNA),分析NOTCH2基因3'utr区域突变对miRNA调控NOTCH2基因表达的影响。结果检测出NOTCH2基因3'utr区域1个新发突变和5个已报道的单核苷酸多态性(SNP),分别为2 672位(157020T>G)、rs368873082(156595C>T)、rs835576(156691A>G)、rs3795664(156937C>T)、rs699779(156967T>C)和rs699780(156836T>C);5个已报道的SNP在TOF组与CON组中的等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05)。预测结果显示34种miRNA能与NOTCH2基因3'utr区域结合,该突变并不位于34种miRNA与NOTCH2 3'utr的结合区域。结论 NOTCH2基因3'utr区域存在新突变157020T>G,该突变有可能通过空间构象影响miRNA与NOTCH2基因3'utr区的结合效率,进而影响NOTCH2基因的正常表达;而该区域的5个SNP与TOF易感性无明显关联。

关键词：法洛四联症 NOTCH2基因 3'utr 基因突变微小RNA 单核苷酸多态性

IL8基因3'utr SNPs与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联分析

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浙江农业学报 2015年第3期27卷 338-342页

作者：方远洋宋雪梅姜俊芳蒋永清浙江师范大学化学与生命科学学院浙江金华321004 浙江省农业科学院畜牧兽医研究所浙江杭州310021

为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'utr的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译区存在3个... 详细信息

为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'utr的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译区存在3个完全连锁的SNP(g.2831A/G,g.2904 T/C,g.3030 G/A)构成的单倍域,温州水牛在这些位点均表现为突变纯合型。利用一般线性模型分析IL8基因3'utr的3个SNPs对中国荷斯坦牛305 d校正产奶量、乳脂量、乳蛋白率及体细胞评分的影响,发现这些SNPs可显著影响中国荷斯坦牛305 d校正产奶量(P<0.01)和乳脂率(P<0.05)。

关键词： IL8 3'utr SNPs 中国荷斯坦牛温岭高峰牛温州水牛

沙棘耐盐基因HrNHX1的克隆及3'utr序列分析

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新疆农业科学 2009年第5期46卷 1031-1035页

作者：郭长奎罗淑萍沙依拉于静新疆农业大学乌鲁木齐830052

以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of c... 详细信息

以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA end,RACE)方法,从沙棘中克隆到HrNHX13'cDNA序列。该序列(GenBank登录号:EU718492)长度为1373bp,与已知NHX1序列同源性最大为80%,其编码区1094bp,编码364个氨基酸,3'非翻译区(3'-untranslated region,3'utr)长度为239 bp。3'utr序列分析显示沙棘的3'utr与陆地棉、葡萄柚和小盐芥的同源性分别为43.97%、45.63%和40.64%,明显低于编码区的同源性。结果表明,NHX1基因编码区具有较高的保守性,3'utr序列的同源性较低,显示了非编码区在环境适应中的重要性,并为进一步研究沙棘对生境的适应分子机制奠定了基础。

关键词：沙棘 3'RACE 3'utr HrNHX1基因耐盐

奶牛OLR1 3'utr A223C多态的生物学信息分析

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安徽农业科学 2011年第1期39卷 75-77页

作者：张传生耿立英尹春光曹顶国刘铮铸付志新河北科技师范学院河北昌黎066600 济宁学院山东济宁273155 山东省农业科学院家禽研究所山东济南250023

[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'utr A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'utr潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'utr A223C突变定位... 详细信息

[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'utr A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'utr潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'utr A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'utr A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'utr A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。

关键词： OLR1 3'utr mir-370 生物信息 microRNA

牛BBOX1基因3'utr变异体的克隆及其多态性分析

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河南农业科学 2017年第2期46卷 120-123页

作者：宋雨霏郭彦辛友志崔建伟周国利聊城大学生命科学学院山东聊城252059

为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'utr的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'utr全长的APA变异体,短APA变异体3'utr长度为229 bp,长APA变异体3'utr长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合... 详细信息

为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'utr的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'utr全长的APA变异体,短APA变异体3'utr长度为229 bp,长APA变异体3'utr长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'utr中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12T>C、c.100A>G、c.241T>C、c.480T>C、c.557T>C、c.606T>C和c.650T>C;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650T>C定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'utr长度为678 bp的变异体出现。

关键词：牛 BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化多态性 3'utr

血管内皮生长因子基因3'utr不同基因型载体的构建与鉴定

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现代生物医学进展 2012年第6期12卷 1001-1005页

作者：汪玉洁白云薛兴阳金磊王颖王升跃复旦大学生命科学学院微生物学和微生物工程系上海200433 省部共建疾病与健康基因组学国家重点实验室国家人类基因组南方研究中心上海201203 广州医学院附属肿瘤医院广东广州510095

目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3'utr的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3'utr的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血... 详细信息

目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3'utr的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3'utr的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血液DNA为模板,扩增出两位点为C/C单体型、长度为1448 bp的VEGF基因3'utr目的片段,测序验证后将其克隆至pMIR-REPORT荧光素酶报告基因载体上,得到重组质粒pMIR-C/C。同时,我们以pMIR-C/C为模板定点突变两个SNP位点,得到具有T/T单体型的重组质粒pMIR-T/T。将各重组质粒转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性克隆后提取质粒进行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果:单菌落质粒测序验证显示带有C/C单体型的VEGF基因3'utr重组质粒pMIR-C/C构建成功;经两次定点突变,成功将pMIR-C/C质粒转变为pMIR-T/T,经测序验证未引入任何其他突变。同时生物信息学预测还显示rs3025040位点位于miR-199a/b与VEGF基因mRNA的结合位置,其改变可以影响miRNA与mRNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含有两个连锁SNP的VEGF基因3'utr的荧光素酶报告基因载体,为今后VEGF基因3'utr的功能研究奠定基础。

关键词： VEGF基因单核苷酸多态性 3'utr 荧光素酶报告基因载体

NRAMP1基因3‘utr多态现象与结核病易感性的研究

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结核病与胸部肿瘤 2003年第1期 28-33页

作者：段鸿飞周新华等

目的研究NRAMP1基因3'utr多态现象与汉族结核病易感性的关系。方法选取汉族活动性病患者147例，正常对照145例，用PCR－RFLP的方法对NRAMP1基因3'utr进行基因分型，根据基因型对样本分组，经统计学处理，研究3'utr多态现象与结核病... 详细信息

目的研究NRAMP1基因3'utr多态现象与汉族结核病易感性的关系。方法选取汉族活动性病患者147例，正常对照145例，用PCR－RFLP的方法对NRAMP1基因3'utr进行基因分型，根据基因型对样本分组，经统计学处理，研究3'utr多态现象与结核病易感性的关系。结果在活动性病患者中3'utr TGTG／TGTG基因型95例（64．6％），TGTG／TGTG缺失基因50例（34．0％），TGTG缺失／TGTG缺失基因型2例（1．4％），正常对照TGTG／TGTG基因型则为115例（79．3％),TGTG／TGTG 失基因型29例（20％），TGTG缺失／TGTG缺失基因型1例（0．7％），正常对照组TGTG／TGTG基因型明显高于结核病患者（x^2=7.79,P3'utr多态现象与结核病易感性相关，汉族3'utr TGTG缺失等位基因频率明显高于白种人，可能部分解释汉族比白种人更易患结核病。

关键词： NRAMP1基因 3'utr 多态现象结核病易感性研究