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基于IPA分析自噬对大鼠肝再生中树突状细胞的调节作用

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遗传 2015年第3期37卷 276-282页

作者：王棋文靳伟常翠芳徐存拴河南师范大学河南省生物工程重点实验室新乡453007 河南师范大学河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地新乡453007 河南师范大学生命科学学院新乡453007

为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 2.0 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活... 详细信息

为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 2.0 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活动。结果表明,LC3、BECN1、ATG7和SQSTM1等关键基因在部分肝切除后不同恢复时间段有明显表达变化;芯片中对应的自噬相关基因为593个,其中2.0个基因发生了有意义的变化。比较分析自噬生理活动情况,发现自噬在再生早期和晚期阶段增强,增殖期减弱。与自噬相关的生理活动主要有RNA表达、RNA转录细胞分化和增殖,其中涉及的信号通路主要有PPARα/RXRα激活、急性期反应、TREM1信号通路、IL-6信号通路、IL-8信号通路和IL-1信号通路等,它们在肝再生阶段发生了不同程度的上调或下调。Cluster分析还发现,P53和AMPK信号参与调控DCs的自噬活动,在肝再生早期主要是AMPK信号,在肝再生末期P53和AMPK信号共同参与自噬的调节。以上研究结果说明DCs自噬可能在肝再生早期激活细胞免疫反应和后期清除DCs等方面发挥着重要作用。

关键词：肝再生自噬树突状细胞 Rat Genome 2.0 2.0芯片 IPA

新基因BM390716、BI274487和AA963863与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢

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遗传 2011年第4期33卷 378-388页

作者：王泽文园园程振朝郭学强张新胜徐存拴河南师范大学生命科学学院新乡453007 河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地新乡453007

为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 2.0 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Exce... 详细信息

为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 2.0 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Excel、BLAST等软件分析基因的共表达关系、序列同源性及参与的代谢活动。结果表明,BM390716与pparα同源和共表达,BI274487与timp2同源和共表达,AA963863与csgalnact1同源和共表达。根据上述基因的同源性和共表达推测,新基因BM390716、BI274487和AA963863参与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢。

关键词：大鼠肝再生 RatGenome 2.0 2.0芯片基因的同源性和共表达细胞外基质代谢

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分子细胞生物学报 2008年第2期41卷 107-119页

作者：徐存拴张守兵杨志利崔胜男张明河南师范大学生命科学学院河南省部共建细胞分化调控重点实验室新乡453007 河南省部共建细胞分化调控重点实验室

为在基因转录水平了解蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达情况和作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 2.02.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法... 详细信息

为在基因转录水平了解蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达情况和作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 2.02.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中1147个基因与肝再生相关。其中,参与蛋白质代谢、折叠、运输、定位和装配的基因以上调表达为主;参与蛋白质代谢的基因主要在部分肝切除(partial hepatectomy,PH)后0.5-1h和16-30h起始表达;0.5-12h表达的促进蛋白降解基因数多于促进蛋白积累基因数,而16-48h表达的促进蛋白质积累基因数显著多于促进蛋白质降解基因数;蛋白质合成相关基因在肝再生的16、24、42和66h表达上调较多,在42h最多;几乎在整个肝再生中蛋白质降解相关基因表达上调,在早、前期较多,在后期较少;蛋白质折叠相关基因在2、16-24、42、66、72和168h表达上调较多,在66h最多;蛋白质运输和定位相关基因在整个肝再生中表达上调,在66h表达上调最多;蛋白质装配相关基因在96h前均表达上调,其中,12h表达上调基因最多。根据上述结果推测,在肝再生中期蛋白质合成旺盛,几乎整个肝再生中蛋白质降解、折叠、运输定位和装配活动活跃。

关键词：部分肝切除 Rat Genome 2.0 2.0芯片蛋白质代谢肝再生相关基因

脂肪细胞分化相关基因在大鼠再生肝中表达变化(英文)

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分子细胞生物学报 2007年第3期40卷 224-232页

作者：赵利峰邵恒熠徐存拴中国海洋大学生命科学与技术学部河南师范大学生命科学学院新乡453002

肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控。为在基因转录水平了解脂肪细胞分化基因在大鼠肝再生中作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome2.02.0芯片检测它们在大鼠肝... 详细信息

肝脏由多种细胞构成,肝再生与细胞分化密切相关,细胞分化受基因转录水平调控。为在基因转录水平了解脂肪细胞分化基因在大鼠肝再生中作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome2.02.0芯片检测它们在大鼠肝再生(liver regeneration,LR)中表达情况,将三次检验结果相同或相似、在肝再生中表达变化2倍以上、真手术组和假手术组相比差异显著的基因视为肝再生相关基因。初步证实上述基因中75个基因与肝再生相关。肝再生启动(PH后0.5-4h)、G0/G1过渡(PH后4-6h)、细胞增殖(PH后6-66h)、细胞分化和组织结构功能重建(PH后72-168h)等四个阶段起始表达的基因数为44、13、30和1;基因的总表达次数为88、58、302和90。表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用。它们共表达上调313次、下调167次,分为43种表达方式。表明肝再生中脂肪细胞发生和分化相关基因活动多样和复杂。根据本文研究结果推测,上述基因不仅调节脂肪细胞分化,而且参与肝再生的生理生化活动。

关键词：部分肝切除 Rat Genome 2.0 2.0芯片脂肪细胞分化肝再生相关基因

GZMA、GZMB、TSP-1、TLR和IL-15条细胞凋亡通路基因在肝再生中的表达变化

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解剖学报 2016年第4期47卷 563-571页

作者：邢雪琨刘振华李梦华徐存拴新乡医学院生命科学技术学院河南新乡453003 山东大学国家糖工程技术研究中心济南250100 河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

目的探讨颗粒酶A(GZMA)、颗粒酶B(GZMB)、血小板反应蛋白-1(TSP-1)、Toll样受体(TLR)和白细胞介素-1(IL-1)5条细胞凋亡通路基因在肝再生(LR)过程中的表达变化。方法大鼠随机分为33组,每组6只,用Rat Genome 2.0 2.0芯片检测大鼠部分肝切... 详细信息

目的探讨颗粒酶A(GZMA)、颗粒酶B(GZMB)、血小板反应蛋白-1(TSP-1)、Toll样受体(TLR)和白细胞介素-1(IL-1)5条细胞凋亡通路基因在肝再生(LR)过程中的表达变化。方法大鼠随机分为33组,每组6只,用Rat Genome 2.0 2.0芯片检测大鼠部分肝切除(PH)后不同恢复时间点5条细胞凋亡通路基因的表达情况,采用Real-time PCR和Western blotting技术对芯片结果进行验证,并用生物信息学方法对凋亡通路基因在肝再生中的表达变化进行分析。结果 Real-time PCR和Western blotting均与Rat Genome 2.0 2.0芯片的检测结果趋势一致;GZMA、GZMB、TSP-1、TLR和IL-1 5条细胞凋亡通路中9、8、24、31和34个基因与肝再生相关。它们主要在肝再生启动阶段起始表达,在细胞增殖阶段表达的基因数最多。表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调相近等5类,大多数基因表达加强,少数基因表达降低。它们表达的时间相关性分为13组。基因协同作用模型(Et)分析表明,GZMA介导的细胞凋亡通路在肝再生后期促进细胞凋亡;TLR介导的细胞凋亡通路几乎均在整个肝再生中促进细胞凋亡;GZMB、TSP-1和IL-1介导的细胞凋亡通路可能在肝再生中不发挥细胞凋亡作用。结论 GZMA和TLR两条通路调控肝再生中的细胞凋亡。

关键词： Rat Genome 2.0 2.0芯片部分肝切除肝再生实时定量聚合酶链反应免疫印迹法大鼠

大鼠肝再生中肝脏细胞的基因转录谱预示AI408225促进抗原肽与TCR结合

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解剖学报 2010年第2期41卷 307-312页

作者：张明于亚男徐存拴河南师范大学生命科学学院河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007

目的了解新基因AI408225与大鼠肝再生涉及的体液免疫相关性。方法大鼠再生肝8种细胞的分离,采用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法进行,用MicrosoftExcel、BLAST等软件分析基因的序列同源性及共表达关系,用生物信息学和系统生物... 详细信息

目的了解新基因AI408225与大鼠肝再生涉及的体液免疫相关性。方法大鼠再生肝8种细胞的分离,采用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法进行,用MicrosoftExcel、BLAST等软件分析基因的序列同源性及共表达关系,用生物信息学和系统生物学等方法分析新基因参与的生理活动。结果93个参与体液免疫的已知基因与肝再生相关,肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、肝星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞、树突状细胞的体液免疫相关基因数为33、46、17、59、48、35、53、68。其中,cd4与AI408225同源和共表达。结论大鼠肝再生与体液免疫相关,AI408225参与MHCII-抗原肽-CD4-TCR复合物形成。

关键词：肝再生 Genome 2.0 2.0芯片基因表达谱体液免疫免疫磁珠分选大鼠

性别决定与分化相关基因在大鼠肝再生中的表达模式和作用分析

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解剖学报 2007年第4期38卷 446-451页

作者：李鹏鸽阴棉棉赵利峰徐存拴河南师范大学生命科学学院新乡453007 河南师范大学省部共建细胞分化调控重点实验室新乡453007

目的在基因转录水平了解调控性别决定与分化基因在肝再生中的作用。方法查阅相关论文和NCBI、GENMAPP、KEGG、BIOCARTA、RGD等网站获得调控性别决定与分化基因,用Rat Genome 2.0 2.0芯片分析它们在大鼠肝再生中表达变化和作用。结果肝... 详细信息

目的在基因转录水平了解调控性别决定与分化基因在肝再生中的作用。方法查阅相关论文和NCBI、GENMAPP、KEGG、BIOCARTA、RGD等网站获得调控性别决定与分化基因,用Rat Genome 2.0 2.0芯片分析它们在大鼠肝再生中表达变化和作用。结果肝再生启动[部分肝切除(PH)后0.5-4h]、G0/G1过渡(PH后4-6h)、细胞增殖(PH后6-66h)、细胞再分化和组织结构功能重建(PH后72-168h)等4个阶段起始表达的基因数为41、61、8和3;总表达的基因数为41、25、57和41。表明肝再生相关基因主要在肝再生启动阶段开始表达,在不同阶段发挥作用。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调次数相近等5类,涉及22、9、15、9和7个基因,共表达上调231次、下调146次,表明肝再生中多数基因表达加强,少数基因表达降低。它们表达的时间相关性分为15组,表明肝再生中细胞生理生化活动具有阶段性。它们的表达模式分为20类,表明肝再生中细胞生理生化活动多样和复杂。结论雄性性别决定、分化和雌性性别分化相关基因主要在肝再生晚早期和前期表达增强,雌性性别决定相关基因主要在肝再生前期表达增强,与肝再生密切相关。

关键词：部分肝切除性别决定性别分化肝再生相关基因 Rat Genome 2.0 2.0芯片

Caspase信号通路调控大鼠再生肝肝细胞的凋亡

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解剖学报 2012年第3期43卷 359-365页

作者：蒋文文郝晓霞郭雅琼赵卫明徐存拴河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007

目的从基因转录水平了解Caspase信号通路各途径对大鼠再生肝肝细胞凋亡的调节作用。方法将114只大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组。于手术后10个不同时间点用常规的两步灌流法和Percoll密度梯度离心法... 详细信息

目的从基因转录水平了解Caspase信号通路各途径对大鼠再生肝肝细胞凋亡的调节作用。方法将114只大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组。于手术后10个不同时间点用常规的两步灌流法和Percoll密度梯度离心法分离大鼠肝细胞,用大鼠Genome 2.0 2.0芯片检测在大鼠肝再生(LR)中Caspase信号通路相关基因表达变化,用荧光定量PCR确定芯片结果的可靠性,用生物信息学和系统生物学等方法分析基因表达变化预示的Caspase信号通路在调控大鼠再生肝肝细胞凋亡中的作用。结果 Caspase信号通路涉及38条途径和123个基因,大鼠Genome 2.0 2.0芯片含其中的106个基因,38个基因在大鼠肝再生中与肝细胞相关。Caspase信号通路抑制细胞凋亡的21条途径中,途径1、2和11在大鼠部分肝切除(PH)后的30h,途径27、29和31在72h,途径15和16在2h和30h,途径3和4在30h和72h抑制肝细胞凋亡。促进细胞凋亡的17条途径中,途径14在2h,途径34在6h,途径7在30h,途径13在2h和30h,途径36在6h和30h促进肝细胞凋亡。同时,尚未发现其他途径参与肝细胞增殖和(或)凋亡调控。结论 Caspase信号通路的15条途径和38个基因调控大鼠再生肝的肝细胞凋亡。

关键词：大鼠肝再生 Caspase信号通路 Genome 2.0 2.0芯片荧光定量PCR 大鼠

大鼠肝再生中8种肝脏细胞的细胞免疫相关基因转录谱预示的生理活动

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解剖学报 2010年第2期41卷 302-306页

作者：王磊高静徐存拴河南师范大学生命科学学院河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007

目的了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的细胞免疫相关基因转录谱,及其预示的细胞免疫活动。方法用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞... 详细信息

目的了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的细胞免疫相关基因转录谱,及其预示的细胞免疫活动。方法用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞和树突状细胞等8种细胞,用RatGenome2.02.0芯片等检测细胞免疫相关基因在上述细胞中表达变化,用Cluster等软件及生物信息学和系统学生物等方法分析它们的表达模式及预示的生理活动。结果大鼠肝再生中40个细胞免疫相关基因发生了表达变化,相应细胞的基因数为19、19、9、19、19、21、22、21。肝再生启动阶段和进展阶段抗原肽-MHC复合物形成,NF-κB激酶活性和IL-2等细胞因子合成增加,终止阶段NF-κB促进细胞分化活动和caspase诱导T细胞凋亡活动增强。结论大鼠肝再生与细胞免疫相关。

关键词：肝再生 Genome 2.0 2.0芯片基因转录谱细胞免疫免疫磁珠分选大鼠