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新疆柔叶真藓居群18s核糖体rna基因序列分析

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分子植物育种 2017年第10期15卷 3941-3948页

作者：阿丽娅.哈斯木库热西.马木提汗买买提明.苏来曼新疆师范大学生命科学学院乌鲁木齐830054 新疆大学生命科学与技术学院乌鲁木齐830046

柔叶真藓(Bryum cellulare Hook.)是真藓属植物。目前对分布在新疆阿尔金山国家级自然保护区不同地理居群的柔叶真藓遗传多样性研究还未见报道。本研究以采自于该保护区四个不同地理居群的柔叶真藓为样品对其18s核糖体rna基因(18s r DNA... 详细信息

柔叶真藓(Bryum cellulare Hook.)是真藓属植物。目前对分布在新疆阿尔金山国家级自然保护区不同地理居群的柔叶真藓遗传多样性研究还未见报道。本研究以采自于该保护区四个不同地理居群的柔叶真藓为样品对其18s核糖体rna基因(18s r DNA)序列进行分析。结果表明:样本测序拼接完成后的序列长度在1 712~1 761 bp之间,进行空位剪切及比对后长度为1 698 bp。整个序列中有三个碱基位置上的差异,其中变异位点有12个,A、T、C、G的平均含量比率分别为24%、27%、23%、26%。再通过从NCBI的Gen Bank进行同源性搜索得到的相似性序列均属于真藓属,增大了序列的可靠性。将与其序列结合检测遗传距离及构建系统进化树,进行同源性分析可知,这种差异由于18s核糖体rna基因序列本身的特性,表明种群的遗传距离与地理环境和位置有一定的相关性,其中在环境的变化及变异的可能性对四个不同地理居群的柔叶真藓植物有影响。

关键词：阿尔金山国家级自然保护区柔叶真藓 18s核糖体rna基因

胶州湾浮游桡足类18s核糖体rna基因序列变异分析

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2005年第3期35卷 392-396页

作者：门荣新杨官品沈锡权廖梅杰管晓菁中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003

设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18s核糖体rna基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18s核糖体rna基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单... 详细信息

设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18s核糖体rna基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18s核糖体rna基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU) ,并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0 .96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。

关键词：桡足亚纲生物多样性 18s核糖体rna基因

青岛沿岸自由生活海洋线虫18s核糖体rna基因扩增及序列变异分析

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青岛沿岸自由生活海洋线虫18S核糖体RNA基因扩增及序列变异分析

作者：沈锡权中国海洋大学

学位级别：硕士

真核生物的核糖体rna小亚基基因(Ribosomal rna small subunit gene)是常用的分子标记基因,具有进化速率慢,序列保守性高,拷贝数高的特点,常用在属或更高阶元的系统学研究中。该基因也适合作环境指示基因,用于研究环境样品的种群遗传结... 详细信息

真核生物的核糖体rna小亚基基因(Ribosomal rna small subunit gene)是常用的分子标记基因,具有进化速率慢,序列保守性高,拷贝数高的特点,常用在属或更高阶元的系统学研究中。该基因也适合作环境指示基因,用于研究环境样品的种群遗传结构,直接扩增环境微小生物的18srrna基因片段,建立18srrna基因变异类型文库,在DNA水平上剖析其群落结构组成。该方法是建立在DNA序列分析基础上的,它以环境总DNA为模板进行扩增,回避了线虫挑取和显微镜检过程,对认识自然环境中广泛存在的微小生物的遗传多样性具有重要的意义。本研究的目的是建立一系列分子生物学方法在形态学分类基础上,用核糖体rna基因序列信息,补充、完善形态分类,进行海洋自由生活线虫的分子系统学和分子遗传多样性分析。首先根据线虫18s核糖体rna基因PCR扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇+0.05mol/L EDTA(pH8v.0)和5%海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备PCR模板DNA,而5%海水福尔马林固定的样品能最完整地保持样品形态。蛋白酶K处理获得的DNA较碱裂解获得的更适合PCR扩增。在此基础上,研制了一种自由生活海洋线虫个体的形态学和分子生物学相结合的鉴定方法。海洋线虫个体样品经5%福尔马林固定、甘油透明、光学显微镜观察等处理进行形态学鉴定后,碱煮法提取其DNA,用特异性引物扩增部分18srrna基因片段,对扩增产物克隆、测序,最终取得分子生物学数据。在形态学鉴定的基础上,同时获得的系统学常用标记基因的序列是分类鉴定的重要补充,也是不同来源数据相互比较的重要基础。本文以18srrna基因为标记基因,对青岛市区沿岸潮间带自由生活海洋线虫的遗传多样性进行了初步研究。取环境泥沙分离自由生活海洋线虫并提取其混合DNA,用线虫特异引物扩增长约1300bp的18s核糖体rna基因片段,克隆后,随机选139个克隆进行Rsa Ⅰ和Hin6 Ⅰ酶切分析,共检测出17种限制性

关键词：海洋线虫 18s核糖体rna基因分子鉴定群落结构系统学分析

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免疫抑制沙鼠源肺孢子菌的分类地位

中国科学：生命科学 2010年第11期40卷 1055-1062页

作者：冯宪敏魏超君 Rodney D.Adam 李自慧卢思奇吉林医药学院基础医学院病原教研室吉林132013 首都医科大学寄生虫学教研室北京100069 Department of Medicine and Immunobiology University of Arizona College of Medicine 北京结核病胸部肿瘤研究所北京101149

肺孢子菌能够感染多种哺乳动物的肺脏,并在免疫受抑制的个体引起肺孢子菌肺炎.研究表明,肺孢子菌分离株在系统进化树上分为两大枝,二者所含菌株分别来源于灵长类和啮齿类.基于宿主特异性以及DNA序列和形态学差异,每一分枝内的菌株又可... 详细信息

肺孢子菌能够感染多种哺乳动物的肺脏,并在免疫受抑制的个体引起肺孢子菌肺炎.研究表明,肺孢子菌分离株在系统进化树上分为两大枝,二者所含菌株分别来源于灵长类和啮齿类.基于宿主特异性以及DNA序列和形态学差异,每一分枝内的菌株又可分为不同的种.本研究采用地塞米松免疫抑制法,导致沙鼠(28/35)肺组织感染.对18s,5.8srrna和rrna内转录间隔区基因序列,以及线粒体核糖体大亚基基因的部分序列分析表明,本实验沙鼠源肺孢子菌与啮齿类动物来源的同属一枝,但明显区别于其他啮齿类动物来源的菌株,应考虑是一个独立的菌种.

关键词：肺孢子菌长爪沙鼠 5.8s核糖体rna基因 rrna基因内转录间隔区线粒体核糖体大亚基 18s核糖体rna基因

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鸡组织滴虫病PCR病原学诊断方法的建立

中国预防兽医学报 2013年第2期35卷 160-163页

作者：曲昌宝王尚尚侯照峰宿世杰刘丹丹曹李琴陶建平许金俊扬州大学禽类预防医学教育部重点实验室江苏扬州225009

为建立鸡组织滴虫(***)的PCR检测方法,本研究以确诊的感染火鸡组织滴虫的阳性鸡的肝组织DNA为模板,设计针对18s rrna基因高度保守的特异性引物,建立组织滴虫病的PCR诊断方法。敏感性试验显示阳性样品组织DNA的最低检出限为4 ng/μL。特... 详细信息

为建立鸡组织滴虫(***)的PCR检测方法,本研究以确诊的感染火鸡组织滴虫的阳性鸡的肝组织DNA为模板,设计针对18s rrna基因高度保守的特异性引物,建立组织滴虫病的PCR诊断方法。敏感性试验显示阳性样品组织DNA的最低检出限为4 ng/μL。特异性试验表明与其他常见鸡寄生虫的DNA样品均无交叉反应。该PCR方法对临床样品的检出率为100%,与组织病理学诊断结果符合率为100%。该诊断方法敏感、特异,可以用于组织滴虫病的临床诊断。

关键词：火鸡组织滴虫 18s核糖体rna基因 PCR 诊断

海链藻目核糖体rna基因片段的扩增及多样性分析

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海洋科学 2006年第5期30卷 40-44页

作者：李海涛杨官品刘永健中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003

海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州... 详细信息

海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18s核糖体rna基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18s核糖体rna基因片断。

关键词：海链藻目(Thalassiosirales) 18s核糖体rna基因多样性

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山羊腔阔盘吸虫的形态学观察和分子鉴定

动物医学进展 2019年第2期40卷 34-38页

作者：张卫兴王龙田守龙张炳顺梁楚瑶黄福强刘全张浩吉佛山科学技术学院生命科学与工程学院广东佛山528231

为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫(Eurytrema coelomaticum)的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18srrna基因和线粒体cox1基因进行扩增... 详细信息

为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫(Eurytrema coelomaticum)的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18srrna基因和线粒体cox1基因进行扩增,将产物与pMD18-T载体连接,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞进行克隆、测序和序列分析。结果获得虫体18srrna基因的大小为1 922bp,线粒体cox 1基因大小为444bp。序列分析显示,获得的18srrna基因与GenBank收录的腔阔盘吸虫(***,登录号为DQ401035)同源性高达99%;线粒体cox1基因与GenBank收录的胰阔盘吸虫(***,登录号为KC535544)的同源性仅为90%。研究结果从分子水平证明采集自广东佛山山羊体的阔盘吸虫为腔阔盘吸虫(***),对山羊阔盘吸虫病的防控有指导意义。

关键词：山羊腔阔盘吸虫 18s核糖体rna基因细胞色素C氧化酶第1亚基基因序列分析