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野生与养殖厚壳贻贝体框特征和线粒体16s rrna基因的比较分析

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南方水产科学 2023年第5期19卷 168-176页

作者：夏飞宇张秀梅徐翩徐颖王一航浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022

了解厚壳贻贝(Mytilus coruscus)的生活环境对其生长的影响,对贻贝养殖业的高质量发展极为重要。以枸杞岛潮间带野生和浮筏养殖厚壳贻贝为研究对象,构建以壳长为基准的13个体框特征指标(包括壳宽、壳高等),比较两种厚壳贻贝的主要形态特... 详细信息

了解厚壳贻贝(Mytilus coruscus)的生活环境对其生长的影响,对贻贝养殖业的高质量发展极为重要。以枸杞岛潮间带野生和浮筏养殖厚壳贻贝为研究对象,构建以壳长为基准的13个体框特征指标(包括壳宽、壳高等),比较两种厚壳贻贝的主要形态特征,并结合线粒体16s rrna基因的序列信息,分析其遗传关系与形态特征的关联性。结果表明,野生和养殖贻贝有10个体框特征指标存在显著性差异(P16s rrna基因测序结果显示,野生厚壳贻贝的核苷酸多样性(π)为0.089,单倍型多样性(H_(d))为0.894;养殖厚壳贻贝的π为0.087,H_(d)为0.682。野生与养殖厚壳贻贝的遗传多样性水平均较高,但系统发育树和单倍型网络图证明二者不存在显著的遗传分化,推测其形态差异可能主要受栖息环境(波浪暴露强度、营养条件)影响。

关键词：厚壳贻贝形态差异 16s rrna 体框特征

基于16s rrna技术研究蒌连丸对2型糖尿病db/db小鼠肠道菌群的影响

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中国实验方剂学杂志 2023年第12期29卷 63-70页

作者：彭川胡学芳陈正涛窦晨瑜杨鹏丁雷吴丽丽秦灵灵刘铜华成都中医药大学临床医学院成都610036 北京中医药大学中医养生研究所北京100029 陕西中医药大学第一临床医学院西安711301 北京中医药大学第二临床医学院北京100078 北京中医药大学北京100029

目的:研究蒌连丸对2型糖尿病db/db小鼠肠道菌群的影响。方法:取4~5周龄雄性db/m+小鼠为正常组,将同周龄成模雄性db/db小鼠根据血糖、体质量随机分为模型组、二甲双胍组(0.25 g·kg^(-1)·d^(-1))及蒌连丸组(13 g·kg^(-1)·d^(-1)),每组... 详细信息

目的:研究蒌连丸对2型糖尿病db/db小鼠肠道菌群的影响。方法:取4~5周龄雄性db/m+小鼠为正常组,将同周龄成模雄性db/db小鼠根据血糖、体质量随机分为模型组、二甲双胍组(0.25 g·kg^(-1)·d^(-1))及蒌连丸组(13 g·kg^(-1)·d^(-1)),每组6只药物干预5周,每周记录小鼠体质量、进食水量及空腹血糖(FBG),5周后检测空腹血糖、肝脏甘油三酯(TG)、肝脏总胆固醇(TC)、糖化血清蛋白(GsP)、空腹血清胰岛素(FINs),同时计算胰岛素抵抗指数(HOMA-IR);收集小鼠肠道内粪便,应用16s r RNA技术检测各组小鼠粪便肠道菌群结构变化。结果:与正常组比较,模型组体质量、进食水量、FBG、肝脏TG、肝脏TC、GsP、FINs及HOMA-IR显著升高(PsP、FINs及HOMA-IR(P<0.01);蒌连丸组肠道菌群从门到属水平均发生了变化,有益菌相对丰度增加,有害菌相对丰度减少。其中,嗜黏蛋白阿克曼菌、布劳特氏菌、瘤胃球菌、副拟杆菌丰度显著增加(P<0.01)。结论:蒌连丸可以显著改善2型糖尿db/db小鼠糖脂代谢,其机制可能与增加肠道中嗜黏蛋白阿克曼菌、布劳特氏菌、瘤胃球菌、副拟杆菌丰度有关。

关键词：蒌连丸 2型糖尿病糖脂代谢 16s rrna db/db小鼠

基于16s rrna测序的肠道菌群探讨化浊解毒活血通络方对脑缺血再灌注损伤大鼠脑-肠轴的影响

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中国实验方剂学杂志 2022年第1期28卷 121-130页

作者：霍瑞卿赵敏菡李芳钊韩宇帆孙阔田军彪河北中医学院石家庄050200 河北省中医院石家庄050011

目的:研究化浊解毒活血通络方对脑缺血再灌注损伤大鼠肠道菌群的影响,探讨中药调控肠道微生物群进而恢复脑-肠轴平衡的机制。方法:将50只sPF级雄性sD大鼠随机分为假手术组,模型组,化浊解毒活血通络方高(25.0 g·kg^(-1)),中(12.5 g·kg^... 详细信息

目的:研究化浊解毒活血通络方对脑缺血再灌注损伤大鼠肠道菌群的影响,探讨中药调控肠道微生物群进而恢复脑-肠轴平衡的机制。方法:将50只sPF级雄性sD大鼠随机分为假手术组,模型组,化浊解毒活血通络方高(25.0 g·kg^(-1)),中(12.5 g·kg^(-1)),低(6.25 g·kg^(-1))剂量组,每组10只。参照Longa法并结合既往研究经验制备大脑中动脉梗塞大鼠模型,缺血2 h后再灌注。于脑缺血再灌注损伤72 h检测大鼠神经功能缺损情况、脑梗死范围百分比;采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测大鼠结肠闭锁小带蛋白-1(ZO-1),闭锁蛋白(Occludin)mRNA表达;苏木素-伊红(HE)染色观察各组大鼠肠道组织、脑组织损坏程度;每组收集6只大鼠粪便进行16s rrna测序;免疫组化、酶联免疫吸附测定试验(ELIsA)检测肠道组织、外周血、脑组织调节性T细胞(Treg),辅助性T细胞17(Th17)的表达。结果:与假手术组比较,模型组大鼠神经功能缺损症状加重(P<0.05),脑梗死面积增加(P<0.05);与模型组比较,化浊解毒活血通络方高、中剂量组大鼠神经功能缺损症状明显减轻(P<0.05),脑梗死面积减少(P<0.05)。与假手术组比较,模型组大鼠结肠黏膜结构破坏,上皮细胞、杯状细胞结构不完整;与模型比较,化浊解毒活血通络方高、中剂量组大鼠结肠黏膜破坏较少,上皮细胞、杯状细胞结构完整。与假手术组比较,模型组大鼠Occludin,ZO-1 mRNA表达降低(P<0.05),与模型组比较,化浊解毒活血通络方高剂量组Occludin,ZO-1 mRNA水平均有所增加(P<0.05)。模型组与假手术组肠道菌群微生态结构存在差异,化浊解毒活血通络方高剂量组与假手术组组群落结果更相近。与假手术组比较,模型组大鼠肠道组织、外周血、脑组织Treg细胞表达下降,Th17细胞表达升高(P<0.05);与模型比较,化浊解毒活血通络方高、中剂量组大鼠肠道组织、外周血、脑组织Treg细胞表达升高,Th17细胞表达下降(P<0.05)。结论:化浊解毒活血通络方可能通过调整肠道微生物的丰度和多样性,改善肠壁通透性,减少肠道Th17细胞迁移至缺血侧脑组织,减少炎症反应,进而减轻大鼠脑缺血再灌注损伤。

关键词：化浊解毒活血通络方脑缺血再灌注损伤肠道菌群 16s rrna 肠道屏障

基于16s rrna高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

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中国水产科学 2023年第6期30卷 699-710页

作者：常亚娟唐文乔郭弘艺上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室上海海洋大学水产种质资源发掘与利用省部共建教育部重点实验室

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用Miseq 16s rrna高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、... 详细信息

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用Miseq 16s rrna高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道菌群丰度及多样性显著高于其他月组(P0.05)。KEGGpathway注释预测肠道菌群编码的大多数基因与新陈代谢相关,其中氨基酸转运与代谢功能类群的相对丰度较高。本研究解析了长江口日本鳗鲡幼体的肠道微生物结构组成及其时间变化特征,并分析了其优势菌群可能的作用途径,为其苗种繁育及饵料研制提供参考。

关键词：长江口日本鳗鲡 16s rrna 肠道微生物优势菌群功能预测

基于16s rrna测序技术研究染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响

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中草药 2023年第3期54卷 834-840页

作者：高葱葱葛稳方怡超刘筱婧陈卫东周婷婷安徽中医药大学药学院安徽合肥230012 中国人民解放军海军军医大学药学系上海200433

目的探讨不同给药时间内不同比例的染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响,并筛选最佳给药条件。方法sD大鼠随机分为对照组、染料木素-大豆苷元(1∶1)组、染料木素-大豆苷元(2∶1)组和染料木素-大豆苷元(3∶1)组,给予药物干预28 d,收... 详细信息

目的探讨不同给药时间内不同比例的染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响,并筛选最佳给药条件。方法sD大鼠随机分为对照组、染料木素-大豆苷元(1∶1)组、染料木素-大豆苷元(2∶1)组和染料木素-大豆苷元(3∶1)组,给予药物干预28 d,收集粪便,采用16s rrna高通量测序对对照组和不同比例染料木素-大豆苷元给药7、14、21、28 d后的大鼠肠道菌群结构进行分析测定。结果对给药组与对照组之间的α多样性、β多样性及门或属水平上物种组成进行差异分析,发现染料木素和大豆苷元可以改变大鼠肠道菌群结构和组成,显著提高肠道中乳杆菌的丰度。结论染料木素-大豆苷元(1∶1)给药21 d能够调控大鼠肠道菌群中乳杆菌的丰度。

关键词：染料木素大豆苷元肠道菌群 16s rrna 乳杆菌

不同16s rrna片段长度在微生物鉴定中鉴定能力的比较研究

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中国现代应用药学 2022年第21期39卷 2894-2900页

作者：王美霞李宏李珏范晓季张力郑小玲马云婷庞襄伟车阳王庭璋浙江省微生物研究所浙江省微生物技术与生物信息学研究重点实验室杭州310012 中国合格评定国家认可中心北京100062 浙江省食品药品检验研究院国家药品监督管理局药品微生物检测与预警重点实验室杭州310052

目的比较不同16s rrna片段长度在微生物分类鉴定中的区别。方法收集公共数据库NCBI中药典控制菌及相关细菌的16s rrna序列,使用不同引物组合将16s rrna序列截取为500 bp、1 000 bp、全长(~1 500 bp)的片段,通过BLAsT进行序列比对并注... 详细信息

目的比较不同16s rrna片段长度在微生物分类鉴定中的区别。方法收集公共数据库NCBI中药典控制菌及相关细菌的16s rrna序列,使用不同引物组合将16s rrna序列截取为500 bp、1 000 bp、全长(~1 500 bp)的片段,通过BLAsT进行序列比对并注释,获得相似度数据进行统计分析。结果 16s rrna基因序列500 bp、1 000 bp、全长(~1 500 bp)均可以100%对药典控制菌及相关细菌鉴定到属水平,种水平的鉴定能力随着片段长度的增加而提高,其中500 bp长度可鉴定到90.73%的序列,1 000 bp可鉴定到94.04%的序列,全长(~1 500 bp)可鉴定到96.36%的序列。梭菌属、沙门氏菌属、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌使用3种片段长度均可满足药典控制菌的鉴定需要,而金黄色葡萄球菌鉴定使用全长(~1 500bp)的鉴定效果最佳。结论 16srrna序列片段长度越长鉴定效果越好,但在实际应用中考虑到成本因素推荐1 000 bp片段长度。大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌在实际鉴定中可能鉴定程度率不高。

关键词： 16s rrna 微生物鉴定药典控制菌一代测序

16s rrna测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

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畜牧与兽医 2023年第2期55卷 43-49页

作者：姜瑜琦李昱辰张齐李云锋刘朋杨诚洁杨倩南京农业大学动物医学院江苏南京210095

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响,选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌Ns15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验,于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子,随后利用16s rrna基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并... 详细信息

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响,选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌Ns15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验,于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子,随后利用16s rrna基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示:猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成,但是各菌门的丰度发生变化,如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加,其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加;而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降,包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示,喷鼻枯草芽胞杆菌Ns15后,猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著上调。本研究解析了枯草芽胞杆菌与猪鼻腔微生物的相互作用,对仔猪的早期呼吸道疾病的预防提供了理论基础。

关键词：枯草芽胞杆菌 16s rrna 鼻腔菌群菌群功能预测

Phylogeny of the cuttlefishes (Mollusca: Cephalopoda) based on mitochondrial COI and 16s rrna gene sequence data

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Acta Oceanologica sinica 2004年第4期23卷 699-707页

作者： LINXiangzhi ZHENGXiaodong XIAOshu WANGRucai MaricultureResearchLaboratory FisheryCollegeOceanUniversityofChinaQingdao266003China／／GraduateSchooloftheChineseAcademyofSciencesBeijing100039China MaricultureResearchLaboratory FisheryCollegeOceanUniversityofChinaQingdao266003China

To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16s rrna geneare sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method.Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order sepioidea,which includes the families sepiidae, sepiolidae and Idiosepiidae , is not supported. From the two families ofsepioidea examined, the sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16s rrna andamino acid of COI gene sequences data, the two genera (sepiella and sepia) from the sepiidae can be distinguished, butdo not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16s rDNAof cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at ahigher taxonomic level (i.e., family).

关键词： phylogeny cephalopods cuttlefish COI 16s rrna

Fecal microbiota of three bactrian camels(Camelus ferus and Camelus bactrianus) in China by high throughput sequencing of the V3-V4 region of the 16s rrna gene

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Journal of Arid Land 2017年第1期9卷 153-159页

作者： YUAN Lei QI Aladaer CHENG Yun sAGEN Guli QU Yuan LIU Bin Xinjiang Lop Nor Wild Camel National Nature Reserve Urumqi 830011 China Animal science Department Xinjiang Agricultural University Urumqi 830052 China Key Laboratory of Biogeography and Bioresources in Arid Land Xinjiang Institute of Ecology and Geography Chinese Academy of Sciences Urumqi 830011 China The People's Hospital of Xinjiang Uygur Autonomous Region Urumqi 830001 China

This study aimed to reveal the microbial diversity in the fecal samples of bactrian camels using the 16 s r RNA sequencing analysis on the Illumina Mi seq platform. Three fecal samples were collected from two geographical regions in China. Operational taxonomic unit（OTU） clustering was performed by identifying an OTU at 97% sequence identity. The alpha and beta diversities were applied to estimate the differences in microbial diversity among the three fecal samples. Totally, 4409, 3151 and 4075 OTUs in the fecal samples were identified in the Lop Nor wild camel（Camelus ferus）, the domestic camel（C. bactrianus） and Dunhuang wild camel（C. ferus）, respectively. The majority of bactreria were affiliated with phylum Firmicutes and Bacteroidetes in the three samples. The wild camels had higher gastrointestinal tract microbial diversity than the domestic one, while the microbial composition of the Lop Nor wild camel shared higher similarity with domestic camel at the genus and family levels than that of the Dunhuang wild camel did. Our results may provide a theoretical basis for assessing their health conditions and may thus be useful for protecting the critically endangered species of C. ferus.

关键词： bactrian camels Camelus ferus fecal microbiota 16s rrna high-throughput sequencing