基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究
Study on the intestinal microbial community of Japanese eel larvae in the Yangtze River Estuary based on 16S rRNA high-throughput sequencing作者机构：上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室 上海海洋大学水产种质资源发掘与利用省部共建教育部重点实验室
出 版 物：《中国水产科学》 (Journal of Fishery Sciences of China)
年 卷 期：2023年第30卷第6期
页 面：699-710页
核心收录：
基 金：国家重点研发计划项目(2018YFD0900802) 国家自然科学基金项目(31093430)
主 题：长江口 日本鳗鲡 16S rRNA 肠道微生物 优势菌群 功能预测
摘 要：为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道菌群丰度及多样性显著高于其他月组(P0.05)。KEGGpathway注释预测肠道菌群编码的大多数基因与新陈代谢相关,其中氨基酸转运与代谢功能类群的相对丰度较高。本研究解析了长江口日本鳗鲡幼体的肠道微生物结构组成及其时间变化特征,并分析了其优势菌群可能的作用途径,为其苗种繁育及饵料研制提供参考。
同方期刊数据库