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裂腹鱼亚科（Schizothoracinae）及鲃亚科（Barbinae）物种比较线粒体基因组学和系统发育研究

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裂腹鱼亚科（Schizothoracinae）及鲃亚科（Barbinae）物种比较线...

作者：迪丽娜·茹斯坦木新疆大学

学位级别：硕士

关于裂腹鱼（Schizothoracids）类群的分类系统以及地位一直存在学术争议。现有的研究基于不同的基因和鱼种,对裂腹鱼类分类学地位以及分化时间的推测结果跨度较大,事实上,由于不同基因在功能上的差异,可能使它们在历史的长河中经历不... 详细信息

关于裂腹鱼（Schizothoracids）类群的分类系统以及地位一直存在学术争议。现有的研究基于不同的基因和鱼种,对裂腹鱼类分类学地位以及分化时间的推测结果跨度较大,事实上,由于不同基因在功能上的差异,可能使它们在历史的长河中经历不同强度的自然选择,导致在分子系统发育的分析中使用不同的基因得到完全不同的基因树。此外,分析中所包含的类群太少或不具代表性,也会影响最终结果的推断。当今大规模的基因组测序项目的开展和数据的共享,使我们有机会纳入更多的鱼种从线粒体基因组角度进行分析,本研究利用最大似然法（Maximum Likelihood,ML）和贝叶斯推断法（Bayesian inference,BI）,基于裂腹鱼亚科（Schizothoracinae）与鲃亚科（Barbinae）物种的历史渊源,对GenBank数据库中的裂腹鱼亚科和鲃亚科鱼类物种线粒体全基因组中的13个蛋白质编码基因（protein-coding genes,PCGs）和两个rRNA基因,采用单基因与多基因数据集构建方式、多分区和单分区策略进行系统发育关系重建,进行系统发育关系和主要类群最近共祖时间（Time to most recent common ancestor,tMRCA）的估计,结合其分布区域的地理历史以及地质学证据,推断裂腹鱼类群的演化史和起源时间。并基于单个基因的数据对现有的裂腹鱼亚科以及鲃亚科鱼种进行系统发育表现比较和评估。结果显示,单分区策略构建系统发育树,最大似然树与贝叶斯树之间的一致性概率极高,几乎完全一致;而多分区策略的方法构建的最大似然树与贝叶斯树之间的一致性低。仅从分区策略的方法来看,基于基因的分区策略对于解决裂腹鱼类群和鲃亚科鱼类系统发育关系并没有实质性的帮助,基因分区策略不仅会增加搜索树的时间,而且会产生不稳定的树结构。基于单基因构建的系统发育关系中,相对而言,12S rRNA、ND2、ND4基因在族以上阶元的区分效果较好,12S rRNA、16S rRNA、ND1、ND2、ND5基因能够正确判定裂腹鱼类群在鲃亚科中地位,而12S rRNA、COX1、COX3、CYTB、ND1、ND5基因能够正确区分裂腹鱼类群中的族的划分。裂腹鱼亚科在分子水平上与鲃亚科的关系十分密切,裂腹鱼亚科与鲃亚科鲈鲤属（Percocypris）拥有共同祖先,共同起源于原始鲃亚科的某些鱼类,并支持“特化”与“高度特化”类群中的裂腹鱼物种合并并归入Schizopygopsini族,其“原始”类群与鲈鲤属合并归入Schizothoracini族。裂腹鱼类群是鲃亚科物种中较为年轻的类群,仅从形态学角度将其归为亚科,无法解释鲈鲤属与“原始”等级类群的关系,整个裂腹鱼亚科并未单独成系。基于单基因构建的带有时间标尺的物种演化关系中,基于CYTB、ND5和ND1基因与13PCGs联合基因推断的分化时间较为接近,Schizopygopsini族与Schizothoracini族起源于中新世中期约13 Ma前,印度与亚欧板块后碰撞期晚期高原南北向（NS）正断层系统形成,中新世中期喜马拉雅山快速建造对高原中部地区造成的雨影影响,造成了 Schizopygopsini族与Schizothoracini族的起源。现生的“原始”等级裂腹鱼在距今约5 Ma前（上新世）共祖,Schizothoracini族则是在9.94Ma开始分化,“高度特化”等级裂腹鱼起源于5.4Ma,各个等级的分化以及成种事件与青藏高原的阶段式演化和全球气候波动有关。

关键词：裂腹鱼亚科鲃亚科蛋白质编码基因单基因系统发育关系

基于28S rDNA和线粒体全基因组澜沧江水系鲃亚科和鲌亚科寄生指环虫属单殖吸虫的系统学研究

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基于28S rDNA和线粒体全基因组澜沧江水系鲃亚科和鲌亚科寄生指环...

作者：邓晋琪云南师范大学

学位级别：硕士

作为鱼类和水生四足类常见的寄生虫,单殖吸虫因其宿主特异性,成为研究寄生虫与宿主协同进化的良好材料。指环虫属是单殖吸虫纲的超级属,全球记录1000余种。开展指环虫属的系统学研究,对防控鱼类吸虫病和理解指环虫-鱼类宿主协同进化机... 详细信息

作为鱼类和水生四足类常见的寄生虫,单殖吸虫因其宿主特异性,成为研究寄生虫与宿主协同进化的良好材料。指环虫属是单殖吸虫纲的超级属,全球记录1000余种。开展指环虫属的系统学研究,对防控鱼类吸虫病和理解指环虫-鱼类宿主协同进化机制具有重要意义。本研究综合形态学特征、28S rDNA序列和线粒体基因组特征,对采自澜沧江水系鲃亚科和鲌亚科鱼类的指环虫属单殖吸虫进行了系统学研究,为后续深入研究指环虫属系统进化提供新科学数据。1、本研究于澜沧江水系景洪流域段、勐腊、补远江流域段和万峰湖等水域共采集鱼类标本1目1科4属4种163尾,对从鲃亚科、鲌亚科鱼类鳃上获得7种指环虫属单殖吸虫,其中已记录种6种,新种1种,分别是寄生于异斑小鲃Puntius ticto的小鲃指环虫Dactylogyrus puntius,寄生于短吻鱼Sikukia gudgeri的云南指环虫***,寄生于大鳞高须鱼Hypsibarbus vernayi的补远江指环虫新种*** ***.,寄生于?条Hemiculter leucisculus的棒形指环虫***、红鲌指环虫***、带状指环虫***和潛伏指环虫***。2、检测分析了小鲃指环虫和棒形指环虫线粒体全基因组特征:(1)小鲃指环虫和棒形指环虫都具有36个基因,缺失atp8基因;(2)小鲃指环虫有3种类型的终止密码子TAA、TAG、T,1种类型的起始密码子ATG;棒形指环虫有3种类型的终止密码子TAA、TAG、T,4种类型的起始密码子ATG、ATA、GTG、ATT;(3)小鲃指环虫的trn S1基因缺失DHU,trn L1基因和trn H基因缺失T-Ψ-C环,棒形指环虫的trn S1基因缺失DHU,trn P基因缺失T-Ψ-C环。3、对小鲃指环虫和棒形指环虫的线粒体全基因组及Gen Bank数据库中现有的47种单殖吸虫线粒体全基因组比较分析表明:(1)单殖吸虫的AT含量均明显高于GC含量;(2)单殖吸虫的相关同义密码子(RSCU)都具有较高的密码子偏好性,同时单殖吸虫更偏向于使用AT含量高的碱基的密码子;(3)cox1基因在单殖吸虫中较为保守。4、基于28S rDNA、cox1部分序列及线粒体基因组的系统发育关系研究结果表明:(1)指环虫属是单系;(2)指环虫属的早期宿主为野鲮亚科鱼类;(3)多钩亚纲是并系,寡钩亚纲是单系,多钩亚纲中的指环虫科、锚首虫科和锚盘虫科为并系;(4)Tetraonchidea与三代虫目亲缘关系不密切,与指环虫目,分室目亲缘关系更近。

关键词：指环虫属鲃亚科鲌亚科 28S rDNA 线粒体全基因组系统学

部分中国鲤科（鲃亚科及野鲮亚科）的DNA条形码分析

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部分中国鲤科（鲃亚科及野鲮亚科）的DNA条形码分析

作者：黄镇宇暨南大学

学位级别：硕士

鲤科(Cyprinidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)辐鳍亚纲(Actinopterygii)鲤形目(Cypriniformes)鲤亚目(Cyprinoidei),广泛分布于亚欧大陆、日本、东印度群岛、非洲以及北美洲,在全球淡水捕捞业及养殖业中均占着较大比重,具有可观的经... 详细信息

鲤科(Cyprinidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)辐鳍亚纲(Actinopterygii)鲤形目(Cypriniformes)鲤亚目(Cyprinoidei),广泛分布于亚欧大陆、日本、东印度群岛、非洲以及北美洲,在全球淡水捕捞业及养殖业中均占着较大比重,具有可观的经济价值。近年内,受环境污染、生境破坏和不适当的鱼类资源利用等因素影响,中国鲤科鱼类面临着低龄化、个体小型化及种群规模减少等问题,亟待相关的种质资源保护工作的开展。其中,作为鲤科的2类代表鱼类,鲃亚科(Barbinae)及野鲮亚科(Labeoninae)的部分物种种间形态相似,缺乏明显的分类特征,其物种鉴定容易发生错误。为探讨中国鲃亚科、野鲮亚科鱼类的分类地位,本研究测定了采自13省46种共计377尾样本的COI序列并结合从Genbank数据库下载的6属8种共计27条序列进行相关的DNA条形码分析,结果如下。鲃亚科在基于k2p模型的邻接树上形成31个明显分支,分支间平均遗传距离(14.20%)约为分支内平均遗传距离(0.5%)的28.40倍。其中,北江光唇鱼(Acrossocheilus beijiangensis)、侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)、带光唇鱼(Acrossocheilus cinctus)、光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)、温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)、吉首光唇鱼(Acrossocheilus jishouensis)、南方白甲鱼(Onychostoma gerlachi)、细尾白甲鱼(Onychostoma lepturum)、白甲鱼(Onychostoma simaum)、高体白甲鱼(Onychostoma alticorpus)、卵形白甲鱼(Onychostoma ovalis)、云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、中华倒刺鲃(Spinibarbus sinensis)、云南倒刺鲃(Spinibarbus yunnanensis)、倒刺鲃(Spinibarbus denticulatus)、鲈鲤(Percocypris pingi)、少鳞舟齿鱼(Scaphiodonichthys acanthopterus)、金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)、黑脊倒刺鲃(Spinibarbus caldwelli)、光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)、大鳞四须鲃(Barbodes vernayi)、细尾长臀鲃(Mystacoleucus lepturus)、长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)、斑尾小鲃(Puntius sophore)、中国结鱼(Tor sinensis)、异斑小鲃(Puntius ticto)、史尼氏小鲃(Puntius snyderi)等27种鱼类均独立形成单个分支,支持其分类有效性。其余种类出现混杂分布,推测长鳍光唇鱼(Acrossocheilus longipinnis)和虹彩光唇鱼(Acrossocheilus iridescens)属同种异名,细身光唇鱼(Acrossocheilus elongatus)和细长白甲鱼(Onychostoma elongatum)属同种异名,从Genbank数据库下载的后鳍吻孔鲃(Poropuntius opisthopterus)序列和云南吻孔鲃(Poropuntius huangchuchieni)则存在以下可能:1)属于同一物种。2)属于不同物种,从Genbank下载的疏斑小鲃(Puntius paucimaculatus)序列PunpauYunN1可能隶属条纹小鲃(Puntius semifasciolatus)。此外,中国结鱼进一步分成2组,组间的遗传距离达到5.50%,高于一般物种的种内遗传距离(2%),表明其中存在隐藏的多样性。野鲮亚科在基于k2p模型的邻接树上形成了18个明显分支,分支间的平均遗传距离(12.29%)约为分支内平均遗传距离(0.29%)的42.38倍。其中卷口鱼(Ptychidio jordani)、泉水鱼(Semilabeo prochilus)、岩鲮(Semilabeo notabilis)、直口鲮(Rectoris posehensis)、巴马缨鱼(Pseudocrossocheilus bamaensis)、双珠盘鮈(Discogobio bismargaritus)、长鰾盘鮈(Discogobio macrophysallidos)、云南盘鮈(Discogobio yunnanensis)、洞庭华鲮(Bangana tungting)、华鲮(Si

关键词：鲃亚科野鲮亚科 DNA条形码细胞色素C氧化酶I 中国水系

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鲃亚科鱼类属间杂交不亲和性的研究

广西水产科技 1982年第1期 14-17页

我们在开展鲮鱼遗传改良的杂交育种时，曾进行了鲮鱼为母本，分别以桂华鲮(Sinilabeo decorus decorus)、湘华鲮(Sinilabeo decorus tungtiug)和倒刺鲃(Spinibarfus denticulatus)为父本的鲃亚科鱼类属间杂交试验，并以鲮鱼自交作对照... 详细信息

我们在开展鲮鱼遗传改良的杂交育种时，曾进行了鲮鱼为母本，分别以桂华鲮(Sinilabeo decorus decorus)、湘华鲮(Sinilabeo decorus tungtiug)和倒刺鲃(Spinibarfus denticulatus)为父本的鲃亚科鱼类属间杂交试验，并以鲮鱼自交作对照，将各个杂交组合的胚胎与胚后发育时序与形态特征同时作了记录与描述。关于发育形态学方面的比较分析将另文报导，

关键词：属间杂交不亲和性鱼类鲃亚科鲮鱼母本杂交育种胚后发育胚胎自交

中国鲤科鱼类染色体组型的研究Ⅹ.鲃亚科五种鱼和[鱼句]亚科四种鱼的染色体组型

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Zoological Research 1986年第2期7卷 183-189,I0005,I0006,I0007页

作者：李渝成李康蒋建桥孙庆平周暾武汉大学生物系

本文报道了鲤科鲃亚科5种鱼和[鱼句]亚科4种鱼的染色体组型考察结果,并对这两个亚科鱼类的染色体数日和臂数进行了统计分析,讨论了其染色体进化及系统关系等问题。

关键词：鲤科鲃亚科鮈亚科核型系统关系

基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究

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云南师范大学学报（自然科学版） 2017年第5期37卷 40-45页

作者：李云臻李俊徐伟江范丽仙潘晓赋云南师范大学生命科学学院生物能源持续开发利用教育部工程研究中心云南昆明650500 云南农业大学农学与生物技术学院云南昆明650201 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室云南昆明650223

通过PCR扩增了澜沧江流域景洪段鲃亚科(Barbinae)短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(***)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)和长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)共5种鱼的线粒体12S rDNA和16S rDNA部分片段,并进行了序列测定,基于12S rDNA和16S rDNA重建NJ系统发育树,结果表明:中国结鱼与野鲮亚科(Labeoninae)亲缘关系较近;云南四须鲃与短吻鱼和黄尾短吻鱼有较近的亲缘关系,长臀鲃次之.基于12S rDNA和16S rDNA序列的遗传学特征佐证了鲃亚科不是一个单系群,四须鲃属(Barbodes)为鲃亚科鱼类进化最原始的属这一观点有待商榷.

关键词：鲃亚科 12S rDNA 16S rDNA 澜沧江系统发育地位

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陕西鲃亚科鱼类咽骨咽齿的研究

河南师范大学学报(自然科学版) 1987年第2期 87-90页

作者：李仲辉许涛清河南师范大学生物系陕西省动物研究所

本文根据历年来所收集的鲃亚科鱼类标本共3属3种,将其咽骨咽齿的形态作了详细的比较和描述,阐明其异同,可供研究鲤科鱼类分类和系统发育作参考。

关键词：鲃亚科咽骨咽齿形态陕西

中国广西金线鲃属盲鱼一新种及其生境(鲤科,鲃亚科)

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中国广西金线鲃属盲鱼一新种及其生境(鲤科,鲃亚科)

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

作者：周解张春光何安尤广西水产研究所中国科学院动物研究所北京新技术公司

2002年8月28日在广西田林县平山乡一洞穴地下河中采到1尾鱼类标本．经鉴定为鲤科鲃亚科金线鲃属鱼类1新种,定名为田林金线鲃Sinocyclocheilus tianlinensis sp． nov．。鉴别特征:眼退化;吻突出,呈鸭嘴状;头后部急剧隆起,形成一向前不... 详细信息

2002年8月28日在广西田林县平山乡一洞穴地下河中采到1尾鱼类标本．经鉴定为鲤科鲃亚科金线鲃属鱼类1新种,定名为田林金线鲃Sinocyclocheilus tianlinensis sp． nov．。鉴别特征:眼退化;吻突出,呈鸭嘴状;头后部急剧隆起,形成一向前不分叉的额骨;新鲜标本体半透明。新种与白斑金线鲃***、鸭嘴金线鲃***、无眼金线鲃S． anophthalmus和透明金线鲃***较相近,而与其他已知种不同。模式标本保存中国科学院动物研究所。

关键词：鲤科鲃亚科金线鲃属新种

来源： cnki会议评论

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云南大学学报（自然科学版） 2003年第5期25卷 453-457页

作者：陈善元张仁东李维贤张亚平昝瑞光肖蘅云南大学生命科学学院云南昆明650091 云南石林县黑龙潭水库云南石林652200 中国科学院昆明动物研究所云南昆明650223

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilusyunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodeslaticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilustingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilusgrahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarbdenticulatusyunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucuslepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocyprisyunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.

关键词：鲤科鲃亚科线粒体DNA 细胞色素b基因序列分析分子系统树亲缘关系系统发育