检索结果-南通市图书馆

猪流感病毒H1N1亚型天津分离株核蛋白、基质蛋白、非结构蛋白基因克隆与序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国畜牧兽医 2014年第4期41卷 61-66页

作者：孙英峰鄢明华路超李秀丽张莉韩伟任卫科田向学天津市畜牧兽医研究所天津300381

从天津地区不同猪场分离到6株H1N1亚型猪源流感病毒(SIV)。根据GenBank发表的H1N1亚型SIV的核蛋白(NP)、基质蛋白(M)及非结构蛋白(NS)基因序列,分别设计3对引物,将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行测序分析。遗传进化分析结果表明:A/sw... 详细信息

从天津地区不同猪场分离到6株H1N1亚型猪源流感病毒(SIV)。根据GenBank发表的H1N1亚型SIV的核蛋白(NP)、基质蛋白(M)及非结构蛋白(NS)基因序列,分别设计3对引物,将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行测序分析。遗传进化分析结果表明:A/swine/Tianjin/TJ2/2005(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ4/2006(H1N1)的NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Guangdong/33/2006(H1N1)位于同一分支上,属于古典型H1N1猪谱系;A/swine/Tianjin/TJ3/2006(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ8/2006(H1N1)的NP、M及NS基因核苷酸在遗传进化树中均与A/Dunedin/2/2000(H1N1)组成一个大分支,可能起源于人谱系;A/swine/Tianjin/TJ6/2009(H1N1)与A/swine/Tianjin/TJ7/2009(H1N1)NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Jiangsu/s15/2011(H1N1)位于同一分支上,属于类禽H1N1猪谱系。本试验对6株H1N1亚型SIV的NP、M及NS全基因序列进行分析,在一定程度上揭示了天津地区H1N1亚型SIV的基因进化与流行情况。

关键词：猪流感 HINl亚型核蛋白基因基质蛋白基因非结构蛋白基因序列分析

猫细小病毒非结构蛋白基因克隆及抗原表位预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

黑龙江畜牧兽医 2014年第2期 122-123页

作者：黎明闫冰李胜于天飞齐齐哈尔大学计算机与控制工程学院黑龙江齐齐哈尔161006 东北林业大学野生动物资源学院哈尔滨150040 黑龙江畜牧兽医杂志社哈尔滨150069 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院黑龙江齐齐哈尔161006

为了对猫细小病毒非结构蛋白基因进行克隆，试验根据猫细小病毒（CU-4）基因序列设计了1对引物，采用PCR方法对NS基因进行了扩增，将扩增产物纯化后克隆入pMD18-T载体，并应用DNAStar软件预测NS蛋白抗原表位。结果表明：NS基因的序列长... 详细信息

为了对猫细小病毒非结构蛋白基因进行克隆，试验根据猫细小病毒（CU-4）基因序列设计了1对引物，采用PCR方法对NS基因进行了扩增，将扩增产物纯化后克隆入pMD18-T载体，并应用DNAStar软件预测NS蛋白抗原表位。结果表明：NS基因的序列长度为2007bp，编码．668个氨基酸，厥段121～126aa？243～247aa、256—260aa、388—393aa、467～477aa、498～505aa、559—563aa、589—593aa和624—628aa等区域可能是线性表位优势区域。

关键词：猫细小病毒非结构蛋白基因克隆表位预测

用PCR技术克隆细小病毒H－1部分非结构蛋白基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国病毒学 1995年第4期10卷 323-331页

作者：黄青山黄建罗祖玉王顺德刘为平复旦大学生理学与生物物理学系复旦大学遗传工程国家重点实验室

应用ＰＣＲ技术定向克隆了细小病毒Ｈ－１的非结构蛋白（ＮＳ）部分基因片段。自行设计并合成了ＰＣＲ引物△Ｐ３和△Ｐ４，在两个引物中分别引入两个突变碱基，使扩增后的ＤＮＡ片段的两端含有限制性核酸内切酶ＨｉｎｄⅢ或ＢａｍＨＩ... 详细信息

应用ＰＣＲ技术定向克隆了细小病毒Ｈ－１的非结构蛋白（ＮＳ）部分基因片段。自行设计并合成了ＰＣＲ引物△Ｐ３和△Ｐ４，在两个引物中分别引入两个突变碱基，使扩增后的ＤＮＡ片段的两端含有限制性核酸内切酶ＨｉｎｄⅢ或ＢａｍＨＩ的酶切位点，经双酿切法把该ＤＮＡ片段重组到ｐＵＣ１１８质粒中。对插入片段的ＤＮＡ序列测定和分析结果证实该片段为Ｈ－１ＮＳ－１基因序列。以此重组质粒为探针，采用分子杂交的方法，分别测定了Ｈ－１及ＭＶＭＤＮＡ在细胞内的复制水平。这一基因的克隆为制备Ｈ－１的质量监测、Ｈ－１及ＭＶＭＮＳ－１蛋白抑瘤作用机理及其在肿瘤细胞及正常组织中的转录表达等研究奠定了基础。

关键词：细小病毒H-1 聚合酶链反应非结构蛋白基因

猪传染性胃肠炎病毒非结构蛋白基因及非编码区的克隆与分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

猪传染性胃肠炎病毒非结构蛋白基因及非编码区的克隆与分析

作者：李建强甘肃农业大学

学位级别：硕士

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)是引起仔猪病毒性腹泻的重要病原之一。近年来,虽然国外有1株TGEV全序列测定及基因结构特征的报道,但国内对TGEV的研究着重放在结构蛋白基因上,对非结构蛋白基因及非编码区的研究尚没见报道。为了全面解析TGEV... 详细信息

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)是引起仔猪病毒性腹泻的重要病原之一。近年来,虽然国外有1株TGEV全序列测定及基因结构特征的报道,但国内对TGEV的研究着重放在结构蛋白基因上,对非结构蛋白基因及非编码区的研究尚没见报道。为了全面解析TGEV的分子结构特征,填补国内流行毒株在此方面的空白,本研究以TGEV TS株感染的猪肠溶物为材料,参照GenBank中TGEV Purdue株全序列,对TS株ORF1(聚合酶基因)、ORF3、ORF7、5’非编码区和3’非编码区设计13对特异性引物,经过RNA提取、RT-PCR、以及重组质粒鉴定及阳性菌的测序等步骤完成了该病毒非结构蛋白及非编码区的序列测定,并利用DNAstar、RNAdraw等软件对TGEV TS株与其他毒株以及其他冠状病毒非结构蛋白核苷酸及氨基酸序列进行分析。其主要结果如下:1.本研究是我国首次对TGEV非结构蛋白基因及3’、5’非编码区进行克隆和分析,结合本实验室已测出的结构蛋白基因,测定出了TGEV TS全基因序列,并登陆Genbank,登陆号为DQ201447,该序列为国内首株测出的TGEV全基因序列,也是Genbank中第2株登陆的TGEV全序列。*** TS株聚合酶基因长为20054bp,由ORF1a和ORF1b组成。TS株与Pur46-MAD株的ORF1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.8%和99.0%,与其他冠状病毒如FIPV、PEDV、HCV299E及SARS氨基酸同源性分别为88%、57%、57%和45%。不同冠状病毒比较结果显示,聚合酶蛋白基因中RdRp、Hel、UP2、UP3蛋白基因较为保守。序列分析发现TS株在ORF1a和ORF1b重叠区有核糖体剪切位点UUUAAAC,且相应区域RNA二级结构形成3个茎环结构。***株ORF3和ORF7长分别为1487 bp和516bp,ORF3与CHV(Miller)株、Puedue株核苷酸序列同源性分别为99.3%、97.9%,相应的ORF3a氨基酸同源性分别为97.3%、87.8%,ORF3b氨基酸的同源性分别为98.4%、96.3%。TS株ORF7没有发生碱基缺失,其与CHV株、Puedue株ORF7核苷酸序列同源性分别为100%、96.2%,。研究结果表明非结构蛋白高变区在ORF3a第192个碱基至终止密码子之间。结果显示TGEV和PRCV在编码ORF3b氨基酸的数量和RNA酶结合位点上有差异。*** TS株5’和3’非编码区分别为319 bp和280 bp,5’非编码区端第117～129核苷酸推导4个氨基酸,组成小的阅读框。TS株5’和3’非编码区与其他毒株相比有很高的保守性,且有复杂的二级结构。5.非结构蛋白同源性比较显示TGEV TS株与美国强毒株Miller株关系最为密切,由此推测TS株可能由Miller株演化而来。

关键词： TGEV 非结构蛋白基因非编码区克隆分析

应用λgt11系统克隆和表达细小病毒的非结构蛋白基因

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

甘肃农大学报 1987年第1期 1-11页

作者：沈正达甘肃农业大学兽医系家畜传染病学教研组

大肠杆菌噬菌体λgt11是在原有基础上经不断改进而组建成的一个新的基因载体,通过一系列检测方法的建立,已成为一个完整的基因操作系统。本文应用此系统对细小病毒的非结构蛋白基因NSI进行了克隆和表达试验,包括目的基因的制备、载体DN... 详细信息

大肠杆菌噬菌体λgt11是在原有基础上经不断改进而组建成的一个新的基因载体,通过一系列检测方法的建立,已成为一个完整的基因操作系统。本文应用此系统对细小病毒的非结构蛋白基因NSI进行了克隆和表达试验,包括目的基因的制备、载体DNA的提取、基因拼接、噬菌体的体外包装、重组噬菌体蚀斑和溶原菌的抗体探子筛选以及重组体基因产物的检测,最后获得了由重组体基因表达产生的融合蛋白质。此蛋白质能被兔源抗NSI抗体和自然感染细小病毒的犬血清特()性地结合。试验结果表明,λgt11是基因操作的一个有效的载体系统,它在疫病的血清学诊断和疫病预防的研究上具有广阔的应用前景。

关键词：蚀斑溶原菌噬菌体体外包装 DNA 细小病毒细小脱氧核糖核酸病毒非结构蛋白基因 gt11

禽流感病毒新疆分离株1/96(H14N5)非结构蛋白基因克隆及序列分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

动物医学进展 2004年第1期25卷 103-106页

作者：邓国华于康震王秀荣姜永萍田国斌乔传玲陈化兰中国农业科学院哈尔滨兽医研究所农业部动物流感重点开放实验室黑龙江哈尔滨150001

研究应用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒分离株 A/ Chicken/ Xinjiang/ 1 / 96(H1 4 N5) ,提取病毒基因组及病毒感染鸡胚绒毛尿囊膜细胞信使 RNA,运用 RT-PCR技术扩增病毒分离株的 NS1和 NS2基因 c DNA,克隆后进行序列测定。序... 详细信息

研究应用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒分离株 A/ Chicken/ Xinjiang/ 1 / 96(H1 4 N5) ,提取病毒基因组及病毒感染鸡胚绒毛尿囊膜细胞信使 RNA,运用 RT-PCR技术扩增病毒分离株的 NS1和 NS2基因 c DNA,克隆后进行序列测定。序列测定后分析结果表明。

关键词：禽流感病毒新疆分离株 1/96 H14N5 非结构蛋白基因克隆序列分析

基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成中多位点缺失突变的校正方法

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通讯 2011年第3期22卷 366-369页

作者：范华昊王娟安小平王晓娜李建彬陈斌李存米志强童贻刚中南大学基础医学院湖南长沙410013 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的:建立一种PCR方法,以快速校正基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成过程中发生的多位点缺失突变。方法:用PCR方法合成基孔肯雅病毒非结构蛋白基因;对测序的克隆进行序列比对,分析不同克隆上缺失突变发生的位置,以保守区域互相重叠的寡核... 详细信息

目的:建立一种PCR方法,以快速校正基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成过程中发生的多位点缺失突变。方法:用PCR方法合成基孔肯雅病毒非结构蛋白基因;对测序的克隆进行序列比对,分析不同克隆上缺失突变发生的位置,以保守区域互相重叠的寡核苷酸为上下游引物、以该区域测序正确的克隆为模板进行PCR扩增,得到所需片段,再将这些片段用PCR方法进一步组装成完整的基因序列并进行测序。结果:测序结果表明,经过2次PCR扩增,校正了基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成过程中发生的5个位点缺失突变。结论:得到序列正确的基孔肯雅病毒非结构蛋白基因。在进行基因合成过程中如发生多位点缺失突变,可利用该方法同时对以上突变进行校正,无须再合成引物,降低了实验操作难度,并提高了实验效率。

关键词：基孔肯雅病毒非结构蛋白基因基因合成多位点缺失突变的校正

GPV YZ株非结构蛋白1基因的克隆及序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

华北农学报 2014年第2期29卷 27-37页

作者：吕春伟朱峰伟杨丽金朱新产青岛农业大学生命科学学院山东省高校植物生物技术重点实验室山东青岛266109 青岛即墨畜牧兽医局山东即墨266200

对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序... 详细信息

对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1 881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的分支。对应GPVNS1-YZ的同源区段序列（293-524）含231个氨基酸,分子量为26.446 kDa、PI=6.04,带负电的氨基酸30个,带正电的氨基酸28个,体外表达半衰期为5.5 h时,不稳定系数为40.23,脂肪系数为78.01,平均疏水值为-0.43,表明这一蛋白质为亲水性蛋白;该蛋白还存在9个抗原肽的位置：55-69,185-195,94-129,156-167,19-30,76-83,6-12,205-210,40-45,出现16个可能的B细胞抗原表位,表明它具有较高的免疫原性;但不存在跨膜片段,也不含信号肽和二硫键,可能不会分泌到宿主细胞的细胞膜外发生作用;其二级结构包含α-螺旋占30.74%,β-折叠占17.32%,无规则卷曲占51.95%,三级结构近似球状,包含一个SF3解旋酶超家族的DNA病毒解旋酶功能域（AA17-AA173）,提示鹅细小病毒的非结构蛋白1可能在感染发生后参与病毒DNA自我复制中的DNA解旋过程。

关键词：鹅细小病毒非结构蛋白基因非结构蛋白1 序列分析

我国部分鸡源H9N2亚型流感病毒NS1基因序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学报 2003年第5期43卷 547-553页

作者：刘金华史为民吴清民郭玉璞中国农业大学动物医学院北京100094

对 1 996年至 2 0 0 1年间自我国部分养鸡场发病鸡或死亡鸡分离鉴定的 8株H9N2亚型禽流感病毒的非结构蛋白基因 (NS1 )进行了扩增和序列测定 ,并分析和比较了其核苷酸和氨基酸的同源性。结果表明 ,NS1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为 96... 详细信息

对 1 996年至 2 0 0 1年间自我国部分养鸡场发病鸡或死亡鸡分离鉴定的 8株H9N2亚型禽流感病毒的非结构蛋白基因 (NS1 )进行了扩增和序列测定 ,并分析和比较了其核苷酸和氨基酸的同源性。结果表明 ,NS1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为 96 5 %～ 99 5 %和94 5～ 98 6% ,说明NS1基因在遗传进化上高度保守 ,稳定遗传。与中国香港、韩国、巴基斯坦及人源H9N2分离株相比较 ,发现中国大陆的鸡源H9N2分离株的NS1基因在其羧基端缺少 1 3个氨基酸。系统进化树分析表明 ,该 8株病毒的NS1基因属于相同的进化分支 ,而且中国的早年分离株A chicken Beijing 1 94位于该进化分支的根部 ,暗示这些分离株的NS1基因是由A chicken Beijing 1 94演化而来 ;尚未发现NS1基因属于A quail HongKong G1 97 like分支的分离株。同时 ,系统进化树也说明了我国的H9N2分离株与韩国、巴基斯坦等地的H9N2分离株隶属于不同的进化分支。

关键词：鸡源H9N2亚型流感病毒 NSl基因序列分析非结构蛋白基因