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外膜蛋白IB基因聚合酶链反应及限制性片段长度多态性鉴别淋病奈瑟菌菌株

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International Journal of Dermatology And Venereology 1996年第6期22卷 384-384页

作者：苏晓红

应用聚合酶链反应(PCR)及限制性片段长度多态性(RFLP)分析对淋病奈瑟菌蛋白IB(PIB)分离株进行快速鉴别,并对其实用性与普遍认可的营养型/血清型分类系统进行了比较。

关键词：淋病奈瑟 RFLP PCR 限制性片段长度多态性聚合酶链反应 IB 基因外膜蛋白

CDH1 promoter polymorphism(-347G→GA) is a possible prognostic factor in sporadic colorectal cancer

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World Journal of Gastroenterology 2009年第42期15卷 5340-5345页

作者： Xiao-Ping Zou Wei-Jie Dai Jun Cao Department of Gastroenterology The Affiliated Drum Tower Hospital of Nanjing University Medical School Nanjing 210008 Jiangsu Province China Department of Internal Medicine Clinical Medical Colleges of Drum Tower Nanjing Medical University Nanjing 210029 Jiangsu Province China

AIM:To investigate the role of the-347G→GA polymorphism in the progression of colorectal cancer(CRC) .METHODS:We designed a case-control study based on a population of CRC patients in China and normal healthy controls with no history of tumors or inherited diseases.Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) analyses were used to genotype the variants,and immunohistochemical staining was performed to measure the expression of E-cadherin in different allele cases among the CRC patients and normal controls.RESULTS:The GA-allele(G/GA heterozygous and GA/GA homozygous) did not increase the risk of CRC compared with the G-allele(OR = 1.232,95% CI = 0.898-1.691) .However,the frequencies of the GAallele were higher in poorly differentiated(P = 0.002) and proximal(P = 0.019) CRC patients than in normal controls.We also observed that E-cadherin expression was lower in poorly differentiated CRC patients than in well differentiated CRC patients(P = 0.001) .Furthermore,E-cadherin expression was lower for the GA-allele than for the G-allele(G/G heterozygous) in CRC patients(P = 0.018) .In contrast,there was no significant difference in E-cadherin expression for the G-allele and GA-allele in normal controls(P = 0.292) .CONCLUSION:The-347G→GA promoter polymorphism in E-cadherin gene is associated with specific CRC features,and may be a prognostic factor rather than a susceptibility factor during the progression of CRC.

关键词：基因多态性大肠癌 GA 预后限制性片段长度多态性散发性免疫组织化学染色等位基因

Characterization of clarithromycin resistance in Malaysian isolates of Helicobacter pylori

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World Journal of Gastroenterology 2009年第25期15卷 3161-3165页

作者： Norazah Ahmad Wan Rasinah Zakaria Sheikh Anwar Abdullah Ramelah Mohamed Bacteriology Unit Institute for Medical Research Department of Internal Medicine Universiti Kebangsaan Malaysia Medical Centre Universiti Kebangsaan Malaysia Molecular Biological Institute Universiti Kebangsaan Malaysia Medical Centre

AIM:To characterize the types of mutations present in the 23S rRNA genes of Malaysian isolates of clarithromycin-resistant Helicobacter pylori (H pylori).METHODS: Clarithromycin susceptibility of H pylori isolates was determined by E test. Analyses for point mutations in the domain V of 23S rRNA genes in clarithromycin-resistant and-sensitive strains were performed by sequence analysis of amplified polymerase chain reaction products. Restriction fragment length polymorphism was performed using Bsa-RESULTS: Of 187 isolates from 120 patients, four were resistant to clarithromycin, while 183 were sensitive. The MIC of the resistant strains ranged from 1.5 to 24 μg/mL. Two isolates had an A2142G mutation and another two had A2143G mutations. A T2182C mutation was detected in two out of four clarithromycin-resistant isolates and in 13 of 14 clarithromycin-sensitive isolates. Restriction enzyme analyses with Bsa-CONCLUSION: Clarithromycin resistance is an un-common occurrence among Malaysian isolates of H pylori strains and the mutations A2142G and A2143G detected were associated with low-level resistance.

关键词：幽门螺杆菌克拉霉素耐药菌株马来西亚限制性片段长度多态性 rRNA基因聚合酶链反应突变检测

毛细管电泳法检测癌基因C-myc胃癌中基因点突变

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分析化学 2011年第11期39卷 1695-1700页

作者：谢希晖王荣贾正平谢华张爱梅徐娟王晓莉王先华兰州军区兰州总医院临床药理基地兰州大学药学院西北师范大学生命科学院

癌基因C-myc激活和突变在胃癌形成过程中起着重要作用。通过毛细管电泳(CE)方法检测50例胃癌患者中C-myc基因突变,建立一种准确、快速诊断早期胃癌的方法。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中C-myc基因第二外显子易发突变的部位基... 详细信息

癌基因C-myc激活和突变在胃癌形成过程中起着重要作用。通过毛细管电泳(CE)方法检测50例胃癌患者中C-myc基因突变,建立一种准确、快速诊断早期胃癌的方法。本实验采用PCR扩增胃癌及癌旁正常组织中C-myc基因第二外显子易发突变的部位基因序列,扩增样品分别经96℃变性和EcoRⅤ酶切处理,以PAGE-SSCP,CE-SSCP,CE-RFLP分别对其突变情况进行检测。优化的CE检测条件:筛分介质PEO浓度3.0%,pH 8.2,电压15 kV,温度15℃;荧光检测:λex=488 nm,λem=520 nm。检测结果:C-myc基因总突变率为20.0%(10/50)。测序分析结果显示C-myc基因第二外显子第53密码子存在点突变,碱基A变为碱基T(GAT→GTT),碱基的改变使氨基酸由亮氨酸替代为谷氨酰胺。本研究数据证实C-myc基因突变与胃癌的形成紧密相关,CE检测C-myc突变基因可作为胃癌早期诊断的简便可靠的方法。

关键词：胃癌 C-myc 突变毛细管电泳单链构象多态性限制性片段长度多态性

石河子地区中老年人群LRP5基因Q89R位点多态性与骨质疏松的关联性分析

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石河子地区中老年人群LRP5基因Q89R位点多态性与骨质疏松的关联性...

作者：陈福宇石河子大学

学位级别：硕士

目的本研究旨在探讨石河子地区中老年人群LRP5基因Q89R位点多态性与骨质疏松之间的关联性。方法运用聚合酶链反应限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)对115例健康汉族中老年人、74例骨量低下者和33例骨质疏松患者的LRP5基因Q89R位点... 详细信息

目的本研究旨在探讨石河子地区中老年人群LRP5基因Q89R位点多态性与骨质疏松之间的关联性。方法运用聚合酶链反应限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)对115例健康汉族中老年人、74例骨量低下者和33例骨质疏松患者的LRP5基因Q89R位点进行分型,并计算其基因频率分布;全自动生化仪对生化指标进行检测;双能X线骨密度仪测定腰椎L1-L4和股骨颈、Ward’s三角区、大转子、股骨干的骨密度。结果中老年男性人群LRP5基因Q89R位点各基因型之间的骨密度、生化指标均无统计学差异。中老年女性LRP5基因Q89R位点QQ、QR、RR基因型总基因频率分别为82.14%、16.97%、0.89%;正常对照组分别为88.10%、11.90%、0.00%;骨量低下组分别为90.24%、9.76%、0.00%,骨质疏松组分别为62.07%、34.48%、3.45%,QQ、QR型在骨质疏松组与骨量低下组、正常对照组之间的基因频率存在显著性统计学差异;腰椎L1-L3、大转子的骨密度与Q89R基因型相关;未发现腰椎第四节、Ward’s三角区、股骨颈、股骨干的骨密度值与Q89R基因型具有相关性;生化指标中,血清磷含量与基因型显著相关。结论 LRP5基因Q89R位点多态性具有种族、地区差异性。石河子地区中老年人群中LRP5基因Q89R位点存在多态性。中老年女性的LRP5基因Q89R位点的QR基因型是骨质疏松症的危险因素。中老年男性的LRP5基因Q89R位点的多态性与骨质疏松并无相关性。

关键词：骨质疏松 LRP5基因Q89R位点基因多态性聚合酶链反应限制性片段长度多态性

一种基于RFLP分析的冈比亚藻检测方法的建立

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厦门大学学报（自然科学版） 2015年第2期54卷 182-187页

作者：吕意华周进郑伟高岩俞志明郑天凌厦门大学生命科学学院滨海湿地生态系统教育部重点实验室福建厦门361102 清华大学深圳研究生院海洋科学与技术学部广东深圳518055 中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室山东青岛266071

雪卡毒素作为一种脂溶性藻毒素近年来日益引起人们的重视,冈比亚藻(Gambierdiscus spp.)是雪卡毒素的主要产生藻.不同的冈比亚藻具有不同的生长特性和产毒性能,且存在地域差异性,因而对冈比亚藻的监测存在较大挑战.建立一种快速简单地... 详细信息

雪卡毒素作为一种脂溶性藻毒素近年来日益引起人们的重视,冈比亚藻(Gambierdiscus spp.)是雪卡毒素的主要产生藻.不同的冈比亚藻具有不同的生长特性和产毒性能,且存在地域差异性,因而对冈比亚藻的监测存在较大挑战.建立一种快速简单地鉴定冈比亚藻及其种群结构的方法,是基础科研和社会公众关心的共性问题.为此,以加勒比海的10种冈比亚藻为受试生物,应用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析技术,通过生物软件分析发现受试藻的限制性内切酶Aci I具有良好的特异性和灵敏性,可有效区分目前已鉴定的10种冈比亚藻.验证实验中,通过与分离自野外环境的多株冈比亚藻进行酶切电泳和DNA测序,证实了Aci I的有效性和可靠性.结果表明,该Aci I分子具有检测自然环境中冈比亚藻属性和追踪其种群结构变化的潜力,对雪卡毒素的预判与风险评估具有重要的借鉴意义.

关键词：雪卡毒素冈比亚藻限制性片段长度多态性 Aci I D1-D2

IL-1β和DVWA基因多态性与大骨节病的关联分析

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四川大学学报（医学版） 2010年第4期41卷 669-673页

作者：于敏郭雄高晓云赖江华屠千千西安交通大学医学院公共卫生系教育部环境与疾病相关基因重点实验室西安710061 西安交通大学医学院公共卫生系西安710061 西安交通大学医学院免疫系西安710061 西安交通大学医学院法医系西安710061

目的探讨IL-1β和DVWA基因3个SNP位点多态性与大骨节病的关联关系。方法选取大骨节病病区的105例大骨节病患者和98例健康人群作为病例组和对照组,提取研究群体外周血基因组DNA,用限制性核酸酶切方法对所选两基因的SNP位点进行基因分型,... 详细信息

目的探讨IL-1β和DVWA基因3个SNP位点多态性与大骨节病的关联关系。方法选取大骨节病病区的105例大骨节病患者和98例健康人群作为病例组和对照组,提取研究群体外周血基因组DNA,用限制性核酸酶切方法对所选两基因的SNP位点进行基因分型,计算相应人群中3个位点的基因型频率、单位点等位基因频率,比较各组间基因型频率、单位点等位基因频率的差异。结果 rs16944(IL-1β)位点基因型频率在病例组与对照组人群中分布差异有统计学意义(χ2=24.28,P性,可能是大骨节病的致病位点之一。

关键词：单核苷酸多态性大骨节病限制性片段长度多态性白介素-1

Phosphate Solubilizing Ability and Phylogenetic Diversity of Bacteria from P-Rich Soils Around Dianchi Lake Drainage Area of China

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Pedosphere 2012年第5期22卷 707-716页

作者： YANG Pei-Xiang MA Li CHEN Ming-Hui XI Jia-Qin HE Feng DUAN Chang-Qun MO Ming-He FANG Dun-Huang DUAN Yan-Qing YANG Fa-Xiang Laboratory for Conservation and Utilization of Bio-Resources&Ministry of Education Key Laboratory for Microbial Resources Yunnan UniversityKunming 650091(China) Zhengzhou Tobacco Research Institute of China National Tobacco Corporation Zhengzhou 450001(China) Yunnan Academy of Tobacco Agricultural Science Yuxi 653100(China) Technology Department of Hongyunhonghe Group Kunming 650202(China) Yunnan Yunye Fertilizer Co. Ltd.Kunming 650217(China)

The phylogenetic diversity of phosphate solubilizing bacteria (PSB) distributed in P-rich soils in the Dianchi Lake drainage area of China was characterized, and the tricalcium phosphate (TCP) solubilizing activities of isolated PSB were determined. Among 1328 bacteria isolated from 100 P-rich soil samples, 377 isolates (28.39% of the total) that exhibited TCP solubilization activity were taken as PSB. These PSB showed different abilities to solubilize TCP, with the concentrations of solubilized P in bacterial cultures varying from 33.48 to 69.63 mg L-1. A total of 123 PSB isolates, with relatively high TCP solubilization activity (> 54.00 mg L-1), were submitted for restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis, which revealed 32 unique RFLP patterns. Based on these patterns, 62 representative isolates, one to three from each RFLP pattern, were selected for 16S rRNA sequencing. Phylogenetic analysis placed the 123 PSB into three bacterial phyla, namely Proteobacteria, Actinobacteria and Firmicutes. Members of Proteobacteria were the dominant PSB, where 107 isolates represented by 26 RFLP patterns were associated with the genera of Burkholderia, Pseudomonas, Acinetobacter, Enterobacter, Pantoea, Serratia, Klebsiella, Leclercia, Raoultella and Cedecea. Firmicutes were the subdominant group, in which 13 isolates were affliated with the genera of Bacillus and Brevibacterium. The remaining 3 isolates were identified as three species of the genus Arthrobacter. This research extends the knowledge on PSB in P-rich soils and broadens the spectrum of PSB for the development of environmentally friendly biophosphate fertilizers.

关键词：系统发育多样性解磷细菌解磷能力滇池流域土壤限制性片段长度多态性 RFLP图谱伯克霍尔德氏菌

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大黄鱼网箱养殖水体的细菌群落结构

中国水产科学 2014年第6期21卷 1277-1288页

作者：邓霏鄢庆枇黄伟卿熊何健王程程马英集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室宁德市富发水产有限公司国家级大黄鱼原种场福建省企业重点实验室集美大学生物工程学院

以16S r DNA为分子标记,通过构建克隆文库、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析等技术手段,研究大黄鱼(Larimichthys crocea)网箱养殖水体中细菌的群落结构。样品采自福建省宁德市三都湾富发养... 详细信息

以16S r DNA为分子标记,通过构建克隆文库、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析等技术手段,研究大黄鱼(Larimichthys crocea)网箱养殖水体中细菌的群落结构。样品采自福建省宁德市三都湾富发养殖基地。随机选取5个不同养殖网箱水样混合,取3 L混合水样过滤富集细菌后提取总DNA,用细菌通用引物27F和1 492R扩增其16S r RNA基因,构建克隆文库。从文库中随机挑选154个克隆子进行分析,得到137个阳性克隆,92种RFLP带型。对部分代表性克隆子进行测序的结果表明,大黄鱼养殖水体中细菌多样性非常丰富。序列分析结果显示,γ-变形菌纲的假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)细菌为最优势菌(占γ-变形菌纲克隆子数的31.2%),海源菌属(Idiomarina)次之(占γ-变形菌纲克隆子数的15.1%)。此外还存在6.6%的厚壁菌门(Firmicutes)、5.9%的拟杆菌门(Bacteroidetes)、各0.7%的浮霉状菌门(Planctomycetes)、绿屈挠菌门(Chloroflexi)、绿菌门(Chlorobi)细菌和OP11类群。本研究结果阐明了网箱养殖大黄鱼水体细菌的群落结构,为大黄鱼养殖区病害防治、环境监测以及探讨大黄鱼健康养殖与养殖水体细菌间的关系奠定了基础。

关键词：大黄鱼养殖水体细菌群落 16S r DNA 限制性片段长度多态性网箱养殖