检索结果-南通市图书馆

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

星天牛转录组SSR位点特征分析

应用昆虫学报 2019年第6期56卷 1299-1308页

作者：韩小红王伊凡卢赐鼎林浩宇是雨霏何欢张飞萍梁光红福建农林大学林学院生态公益林重大有害生物防控福建省高校重点实验室

【目的】为了获得星天牛Anoplophora chinensis的SSR位点信息并开发其SSR分子标记技术,进一步为其遗传多样性以及综合治理提供理论依据。【方法】利用MISA软件,对星天牛转录组数据进行简单重复序列(SSR)位点筛选与分析;使用Primer3软件... 详细信息

【目的】为了获得星天牛Anoplophora chinensis的SSR位点信息并开发其SSR分子标记技术,进一步为其遗传多样性以及综合治理提供理论依据。【方法】利用MISA软件,对星天牛转录组数据进行简单重复序列(SSR)位点筛选与分析;使用Primer3软件设计引物,采用PCR扩增以及电泳检测,筛选SSR引物,开发星天牛SSR分子标记技术。【结果】在9325条unigene序列中共挖掘到2360个SSR位点,出现频率为25.31%,涉及SSR位点序列1758条,发生频率为18.85%。星天牛转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复,其次是三碱基重复,分别占总数的79.03%、12.54%。在核苷酸重复类型中,A/T基元种类数目最多,所占比例高达99.30%。SSR长度为10-11 bp的占比最高,为56.10%;重复次数为10次的数量最多,SSR位点数为1188(50.34%)。重复次数和长度的分析结果对SSR位点的多态性获得了初步验证。在随机挑选序列设计的60对引物中,53对扩增产物达到预期大小,候选引物可用率高达88%,可在今后的研究中利用。【结论】本文对星天牛SSR位点的信息分析以及引物的设计与验证将有助于星天牛基因挖掘、种群遗传结构、遗传多样性、进化关系和综合治理的研究。

关键词：星天牛转录组微卫星重复类型重复基元引物

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

时间压力下任务重复对二语口语产出的影响

现代外语 2022年第4期45卷 488-499页

作者：张萌周丹丹南京大学外国语学院江苏省南京市210023 西北政法大学

本研究以63名非英语专业学生为被试,探讨时间压力下不同任务重复类型(完全重复与流程重复)对二语口语流利度、准确度和复杂度的动态影响。被试分为两组,完全重复组对同一话题进行3分钟-2分钟-1分钟独白练习,流程重复组则按同样的方法对... 详细信息

本研究以63名非英语专业学生为被试,探讨时间压力下不同任务重复类型(完全重复与流程重复)对二语口语流利度、准确度和复杂度的动态影响。被试分为两组,完全重复组对同一话题进行3分钟-2分钟-1分钟独白练习,流程重复组则按同样的方法对不同话题进行练习。结果显示,完全重复组的流利度进步显著,准确度却显著下滑;流程重复组则在显著提升流利度的同时,保持了准确度和复杂度的相对稳定。研究发现有助于深化任务重复研究,优化口语教学。

关键词：任务重复重复类型二语口语产出

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

光皮树基因组SSR特征分析

分子植物育种 2023年第5期21卷 1618-1623页

作者：周文才唐山何小三李进贺义昌左继林龚春江西省林业科学院江西省油茶种质资源保护与利用重点实验室南昌330013

光皮树是重要的木本油料树种,为了探究光皮树的遗传背景,本研究利用高通量测序技术对光皮树基因组进行了测序,并利用MISA软件开展SSR位点信息搜索和分析,共检索到重复单元长度为2~6个核苷酸的SSR位点200 558个,SSR的发生频率为15.27%,... 详细信息

光皮树是重要的木本油料树种,为了探究光皮树的遗传背景,本研究利用高通量测序技术对光皮树基因组进行了测序,并利用MISA软件开展SSR位点信息搜索和分析,共检索到重复单元长度为2~6个核苷酸的SSR位点200 558个,SSR的发生频率为15.27%,平均分布距离为1/4.47 kb。二核苷酸重复类型SSR数量最多,所占比例为67.74%,SSR中优势重复基元富含A/T核苷酸。4次重复的SSR数量最多,占总数的21.40%,重复次数在4~10次的SSR数量占总数的82.49%。SSR基序长度在12~90 bp之间,其中12 bp的SSR数量最多,占总数的32.46%,基序长度在12~20 bp的SSR数量占总数的70.58%。研究结果表明,光皮树基因组SSR数量及类型较丰富,为光皮树SSR分子标记的开发、种质资源遗传评价、分子标记辅助育种等提供基础。

关键词：光皮树(Swida wilsoniana) SSR 基因组重复类型

基于转录组数据的荔枝蒂蛀虫SSR位点信息分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

环境昆虫学报 2017年第6期39卷 1219-1224页

作者：孟翔胡俊杰李艳华欧阳革成广东省生物资源应用研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室广东省野生动物保护与利用公共实验室广州510260 广州大学生命科学学院广州510006

荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis Bradley是专一性危害我国荔枝和龙眼的重要害虫。简单重复序列标记(Simple sequence repeat,SSR)为短串联重复序列或微卫星标记,其在荔枝蒂蛀虫偏嗜选择寄主的遗传进化机制研究和荔枝蒂蛀虫综合治理中... 详细信息

荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis Bradley是专一性危害我国荔枝和龙眼的重要害虫。简单重复序列标记(Simple sequence repeat,SSR)为短串联重复序列或微卫星标记,其在荔枝蒂蛀虫偏嗜选择寄主的遗传进化机制研究和荔枝蒂蛀虫综合治理中具有重要意义。本研究基于高通量测序获得的荔枝蒂蛀虫转录组数据,利用MISA软件从68996条转录组unigenes结果中发掘出10521个SSR位点,出现频率为15.25%。荔枝蒂蛀虫转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复,占SSR总数的66.22%。其次是三碱基重复,占SSR总数的24.94%。在发现的33种重复基元中共筛选获得8种优势重复基元,其中A/T在单碱基重复基元中所占的比例达98.55%。基于筛选的SSR设计的9对引物中,有4对引物得到扩增预期大小的条带。荔枝蒂蛀虫SSR位点的信息分析将为探究荔枝蒂蛀虫种群遗传结构、遗传多样性和进化关系、害虫综合治理等研究提供重要科学依据。

关键词：荔枝蒂蛀虫转录组简单重复序列重复类型重复基元

日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)基因组微卫星特征分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

自然科学进展 2007年第6期17卷 731-740页

作者：栾生孔杰王清印高焕王伟继张庆文中国水产科学研究院黄海水产研究所

通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多... 详细信息

通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多,约占微卫星总数的69.82%,三核苷酸重复次之,约占12.35%.两核苷酸重复中以AT重复最为丰富,约占两核苷酸重复序列总数的29.44%.微卫星在低拷贝区间(≤42)数量相对较大,约占比例为72.31%.重复单位拷贝数的变异能力分析表明,变异系数最大的前3种重复类型,均为4—6核苷酸,较长重复单位类型有着较强的变异能力.微卫星重复单位长度与其拷贝数的相关分析表明,二者呈负相关(r=-0.428),即随着重复单位长度的增加,其拷贝数在减少.两核苷酸重复4种类型和三核苷酸重复10种类型基序AT含量与重复序列数目的相关分析表明,随着重复类型基序AT含量的增加,其相应的序列数目增多.同时,微卫星各重复类型基序GC含量在0—70%间时,两端侧翼序列GC含量与之存在着正相关关系.这可能意味着微卫星两端的侧翼序列的碱基组成对微卫星的产生和进化有一定的影响.以上结果为物种间微卫星分布频率和丰度的比较、微卫星标记开发以及微卫星进化和功能的研究等工作提供基础.

关键词：微卫星日本囊对虾重复单位重复类型拷贝数

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究

中国畜牧兽医 2015年第9期42卷 2418-2426页

作者：王月月刘雪雪董坤哲陈潇飞叶绍辉马月辉云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

为了研究7种家养动物全基因组微卫星的分布是否存在差异,本试验利用软件MSDB搜索了猪、马、牛、山羊、绵羊、鸡和犬7种家养动物全基因组微卫星序列,并对其进行了分析研究。初步结果显示,7种家养动物全基因组微卫星在数量、丰度和密度上... 详细信息

为了研究7种家养动物全基因组微卫星的分布是否存在差异,本试验利用软件MSDB搜索了猪、马、牛、山羊、绵羊、鸡和犬7种家养动物全基因组微卫星序列,并对其进行了分析研究。初步结果显示,7种家养动物全基因组微卫星在数量、丰度和密度上都存在差异,其中数量、丰度和密度最高的是犬,共1 436 242个位点,数量最少的是鸡,共276 564个位点,但丰度和密度最低的是马,共430 760个位点。对这些微卫星的分析表明,所有物种全基因组中单碱基重复微卫星最丰富,六碱基重复微卫星数量最少,且6种重复类型的优势微卫星都富含碱基A和T。除这些共同点之外,微卫星的分布规律也存在差异。总的来说,牛、山羊、绵羊微卫星的分布规律最为相似,鸡与其他物种微卫星的分布规律相差最远。分析还发现,7种动物微卫星长度大多集中在12~20bp之间,这可能是受到趋同选择压力的结果。据以上可以推测,物种间微卫星的分布存在差异,但也存在一定的保守性,且物种间亲缘关系越近,微卫星的分布也越相似。以上结果为以后微卫星的功能研究提供依据。

关键词：微卫星重复类型重复拷贝类别微卫星长度

维普期刊数据库博看期刊

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

沟眶象转录组微卫星特征分析

环境昆虫学报 2016年第5期38卷 979-983页

作者：武政梅高朋温俊宝北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室北京100083

本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis(Olivier)转录组数据,采用MISA(Micro Satellite)软件对其简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene(17590条,占Unigene总数的26.98%)进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主(637,34.94%),其次为单碱基重复(576,31.60%)。共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(30.39%),其次为(AT/AT)n(6.91%)。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。

关键词：沟眶象微卫星转录组重复类型重复基元

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

云南切梢小蠹微卫星的高通量发掘

环境昆虫学报 2014年第2期36卷 166-170页

作者：袁远张丽芳吴国星朱家颖云南农业大学植物保护学院昆明650201 西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

基于构建获得的云南切梢小蠹转录组数据库,利用MISA(MicroSatellite)软件对其微卫星进行了高通量发掘。在32595681 bp的转录组序列中,共发掘获得1098个微卫星序列。在这些微卫星序列中,单核苷酸和三核苷酸微卫星重复单元最为丰富,分别为... 详细信息

基于构建获得的云南切梢小蠹转录组数据库,利用MISA(MicroSatellite)软件对其微卫星进行了高通量发掘。在32595681 bp的转录组序列中,共发掘获得1098个微卫星序列。在这些微卫星序列中,单核苷酸和三核苷酸微卫星重复单元最为丰富,分别为420和482个;六核苷酸的微卫星重复单元的丰度最小,仅有3个。就重复序列而言,以A/T单碱基重复序列最多,有367个;其次是AAT/ATT和ATC/ATG三碱基序列,有83个;最少的是CG/CG二碱基序列,有2个。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行云南切梢小蠹种群遗传结构、种群遗传多样性、功能基因组学等研究奠定了基础。

关键词：云南切梢小蠹微卫星重复单元重复类型

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

云南松基因组微卫星序列特征分析

西北林学院学报 2017年第3期32卷 104-107页

作者：贺圆王兵益廖声熙崔凯西南林业大学云南昆明650224 中国林业科学研究院资源昆虫研究所云南昆明650224

为了更好地了解云南松基因组特征,分析了云南松基因组中微卫星序列的分布特征,采用FLAF-seq测序技术,共获得1 970条微卫星重复序列,利用MISA通过对Unigene序列的分析,鉴定出7种类型的SSR。7种微卫星序列中主要以单碱基重复类型为主,共1 ... 详细信息

为了更好地了解云南松基因组特征,分析了云南松基因组中微卫星序列的分布特征,采用FLAF-seq测序技术,共获得1 970条微卫星重复序列,利用MISA通过对Unigene序列的分析,鉴定出7种类型的SSR。7种微卫星序列中主要以单碱基重复类型为主,共1 104个,约占重复序列总数的56.04%,其次是双碱基和三碱基重复类型,分别占总数的27.66%和11.68%,四碱基重复类型数量30个,占重复序列总数的1.52%,五碱基、六碱基重复类型在总重复序列中占比最少,均为0.2%,混合微卫星占2.7%。在单碱基重复类型中占优势的重复单元是A/T碱基,双碱基重复类型中占优势的重复单元是(AT)_n/(TA)_n碱基,三、四、五碱基重复类型中,占优势的重复单元不明显,但几种碱基重复类型中,都包含着丰富的A和T。所得到的微卫星重复序列中以长度<20bp序列的微卫星数量最多,微卫星长度≥20bp的只占总数的10.81%。可为后续云南松遗传多样性的研究及SSR引物筛选等提供一定的理论依据。

关键词：云南松基因组微卫星重复类型