沟眶象转录组微卫星特征分析

作     者：武政梅 高朋 温俊宝 WU Zheng-Mei;GAO Peng;WEN Jun-Bao

作者机构：北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室北京100083 

出 版 物：《环境昆虫学报》 (Journal of Environmental Entomology)

年 卷 期：2016年第38卷第5期

页      面：979-983页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 0904[农学-植物保护] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：林业公益性行业科研专项(201304412 201204501) 

主　　题：沟眶象 微卫星 转录组 重复类型 重复基元 

摘      要：本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis(Olivier)转录组数据,采用MISA(Micro Satellite)软件对其简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene(17590条,占Unigene总数的26.98%)进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主(637,34.94%),其次为单碱基重复(576,31.60%)。共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(30.39%),其次为(AT/AT)n(6.91%)。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P0.01),相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。