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两个不同的人工雌核发育草鱼群体基因组DNA的RAPD分析

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水生生物学报 2004年第5期28卷 471-477页

作者：陈金辉黄明敏郑康林凯东罗琛湖南师范大学生命科学学院长沙410081

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对连续两代人工诱导雌核发育草鱼群体和一代人工诱导雌核发育草鱼群体的群体内的遗传相似度、遗传距离以及群体多样性进行了分析 ,并用一个随机取样的普通草鱼群体作比较。用 2 6个多态性引物在 3个群... 详细信息

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对连续两代人工诱导雌核发育草鱼群体和一代人工诱导雌核发育草鱼群体的群体内的遗传相似度、遗传距离以及群体多样性进行了分析 ,并用一个随机取样的普通草鱼群体作比较。用 2 6个多态性引物在 3个群体中共检测到了 2 91个扩增位点 ;在 3个群体中检测到的位点数分别为 2 6 5、2 72和2 82。其中多态性位点数分别为 15、19和 81。遗传学统计分析结果表明 :3个群体的多态位点比例分别为 5 6 6 %、6 99%、2 8 72 % ;香农表型多样性指数分别为 0 170 2、0 316 9和 0 84 5 0 ;按照Nei指数统计的三个群体的遗传相似度分别为 0 985 1、0 982 0、0 9114。这些结果表明 :两个雌核发育草鱼群体的遗传多样性远低于普通草鱼群体 ,而其群体的基因组DNA同质性远高于普通草鱼。而在两个雌核发育草鱼群体中 ,两代雌核发育群体的遗传多样性要低于一代雌核发育群体的遗传多样性 ;而群体的遗传纯合度则前者高于后者。

关键词：雌核发育草鱼群体基因组DNA 遗传相似度遗传距离 RAPD分析

异源精子遗传物质对雌核发育草鱼基因组的影响分析

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水生生物学报 2008年第5期32卷 701-710页

作者：胡海星郑康陈金辉刘正华张琼宇罗琛湖南师范大学生命科学学院长沙410081 浙江大学生命科学学院杭州310058

为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAP... 详细信息

为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAPD位点,在鲤鱼中检测到103个位点。7对微卫星引物在雌核发育草鱼中共扩增出4个微卫星位点,在鲤鱼中检测到22个位点。两种方法在雌核发育草鱼和鲤鱼中所检测到的位点均没有一个相同。根据RAPD和微卫星分析数据进行的遗传相似度分析表明二代人工雌核发育草鱼群体与其一代人工诱导雌核发育草鱼母本的遗传相似度从0.9903到1.000,与父本鲤鱼的遗传相似度为0.000。这些实验结果证明在适当的紫外线处理强度下,鲤鱼精子的遗传物质能够被完全破坏,不会对雌核发育草鱼的基因组造成遗传污染。

关键词：雌核发育草鱼 RAPD 微卫星遗传相似度异源遗传物质

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野生马氏珠母贝子一代的遗传多样性

动物学杂志 2003年第1期38卷 2-7页

作者：丁小雷邓凤姣王爱民叶力阎冰邹准张锡元武汉大学生命科学学院动物发育与遗传研究室武汉430072 广西省北海海洋研究所北海536000

分析了海南省三亚与广西省北海两地野生贝群体内交配所得子代两群体 (SS、BB)和群体间交配(SS♀ ×BB♂ →BS)所得子代群体 (BS)各 8个个体的遗传多样性。筛选的 2 0个含 1 0碱基的随机引物中 ,其中 1 4个产生稳定的可重复的多态扩增结... 详细信息

分析了海南省三亚与广西省北海两地野生贝群体内交配所得子代两群体 (SS、BB)和群体间交配(SS♀ ×BB♂ →BS)所得子代群体 (BS)各 8个个体的遗传多样性。筛选的 2 0个含 1 0碱基的随机引物中 ,其中 1 4个产生稳定的可重复的多态扩增结果 ,共检测出 1 2 4个位点。用修正的Shannon表型多态性指数量化三个群体的遗传多态度 ,SS、BB、BS三群体的多态度分别为 0 2 47,0 2 3 7,0 2 61。SS与BB ,SS与BS ,BB与BS三群体间的遗传相似度分别为 87 2 4% ,80 3 9% ,83 90 %。

关键词：马氏珠母贝育种遗传多样性 RAPD 子代群体多态性指数遗传相似度

利用核心SNP标记划分辽宁省常用玉米自交系杂种优势群的研究

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玉米科学 2018年第4期26卷 17-23页

作者：姜思奇郭瑞张敖赵艳贺时免免邓丽霞崔震海阮燕晔沈阳农业大学/辽宁省植物基因工程技术中心沈阳110000 河北省承德市滦平县北山新区农牧局河北承德068250

利用3个密度的SNP标记对44份玉米自交系进行杂种优势群划分,包括8份对照自交系和36份辽宁省常用育种自交系。利用56k玉米芯片共筛选得到了46 899个高质量的SNP标记,作为高密度SNP标记划分杂种优势群,然后筛选1 008、101个SNP标记分别作... 详细信息

利用3个密度的SNP标记对44份玉米自交系进行杂种优势群划分,包括8份对照自交系和36份辽宁省常用育种自交系。利用56k玉米芯片共筛选得到了46 899个高质量的SNP标记,作为高密度SNP标记划分杂种优势群,然后筛选1 008、101个SNP标记分别作为中密度和低密度SNP标记用于分群。结果表明,部分自交系的遗传相似度达到90%以上,不宜作为不同自交系进行育种应用。3个密度下的SNP标记都有效地将待测玉米自交系划分为4个杂种优势群,分别为瑞德群、兰卡斯特群、旅大红骨与塘四平头混合群以及类PH4CV群。对比高密度SNP标记,利用中低密度SNP标记划分的杂种优势群内部分自交系间的遗传距离发生变化,不能精确解析杂种优势群群内自交系的亲缘关系。划分杂种优势群可以采用中低密度的SNP育种芯片;群内自交系亲缘关系的区分应该采用高密度SNP芯片。

关键词：玉米单核苷酸多态性杂种优势群遗传相似度聚类分析

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

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厦门大学学报（自然科学版） 2005年第3期44卷 437-440页

作者：王鹏梁君荣高亚辉高杨吕颂辉齐雨藻李雪松俞志明厦门大学生命科学学院福建厦门361005 暨南大学水生生态研究所广东广州510632 中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室山东青岛266071

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序... 详细信息

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点.

关键词：核糖体DNA 大亚基分子分类东海海域赤潮片断遗传相似度东海原甲藻具齿原甲藻 CCMP 基因组DNA 同源序列遗传差异中国东海扩增技术分析比较分子水平试验结果种内差异株系 PCR 测序碱基异名

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斑鳜种内遗传多态性以及与翘嘴鳜的分子鉴别

水生生物学报 2007年第6期31卷 891-895页

作者：杨星杨军峰汤明亮彭智赵兴高曾可为蔡焰直邵雪玲刘思阳武汉大学发育生物学教育部重点实验室生命科学学院武汉430072 华中农业大学水产学院武汉430070 湖北宜都清江渔业有限公司宜昌443000 武汉市水产科学研究所武汉430065 湖北新兴水产研究开发有限公司武汉430071

摘要: 鳜鱼属鲈形目、酯科、酯亚科, 种类繁多. 有长体鳜、波纹鳜、斑鳜、无斑鳜、暗鳜、大眼鳜、翘嘴鳜等, 是淡水鱼类中的名贵鱼类, 肉质纯白细嫩, 味道鲜美可口. 对其报道多集中在水产养殖方面, 而从遗传学和DNA 角度进行分析的报道... 详细信息

摘要: 鳜鱼属鲈形目、酯科、酯亚科, 种类繁多. 有长体鳜、波纹鳜、斑鳜、无斑鳜、暗鳜、大眼鳜、翘嘴鳜等, 是淡水鱼类中的名贵鱼类, 肉质纯白细嫩, 味道鲜美可口. 对其报道多集中在水产养殖方面, 而从遗传学和DNA 角度进行分析的报道较少, 本文用RAPD 技术对斑鳜(Siniperca scherzeri Stein-dacher) 和翘嘴鳜(Siniperca chuatsi) 进行了鉴别并分析其遗传多态性. 另外, 我们采用斑鳜作母本、翘嘴鳜作父本进行交配, 获得了杂交F1 代即杂交鳜, 其生活力和某些性状较其亲本有一定的提高. 同时通过RAPD 分析发现了杂交子代的遗传图谱的变化特点.

关键词：斑鳜翘嘴鳜 RAPD 遗传相似度遗传距离

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我国主推玉米品种亲本的遗传结构解析

河南农业科学 2021年第1期50卷 27-34页

作者：李晶晶张文洋王利锋王浩李会勇河南省农业科学院粮食作物研究所河南郑州450002 河南农业大学生命科学学院河南郑州450002

基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所... 详细信息

基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所检测到的最小等位基因频率(MAF)平均值为0.28,有12.56%的SNP位点处于0.45≤MAF≤0.50,具有较高的多态性水平;多态信息含量(PIC)为0.10~0.50,平均值为0.37。聚类分析结果表明,71份玉米自交系共划分为5个类群,其中,Ⅰ类群是以PH6WC为代表的坚秆综合种(BSSS)类种质;Ⅱ类群以PH4CV、迪卡517父本和登海505父本等父本自交系为主;Ⅲ类群以Reid、P群及欧洲父本自交系为主;Ⅳ类群以综3和综31为代表的国内种质为主;Ⅴ类群以SPT、Suwan及CIMMYT热带种质为主。同时,针对我国16个主推玉米品种的亲本自交系SNP差异,共筛选出7615个多态位点和7592个保守位点。

关键词：玉米杂交种亲本自交系单核苷酸多态性遗传相似度聚类分析杂种优势

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两个人工雌核发育草鱼群体遗传纯合性分析

湖南师范大学自然科学学报 2008年第2期31卷 110-114页

作者：赵如榕肖亚梅彭亮跃陈松周工健刘筠教育部蛋白质化学和鱼类发育生物学重点实验室湖南师范大学生命科学学院长沙410081

为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传... 详细信息

为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传相似度系数为0.9322;2005年人工雌核发育草鱼多态位点比例为16.00%,群体内遗传相似度系数为0.9616;2006年人工雌核发育草鱼的多态位点比例为19.59%,群体内遗传相似度系数为0.9515.分析表明,两个人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合度高于普通草鱼,2006年人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合性较2005年低.

关键词：草鱼人工雌核发育 RAPD 遗传相似度

合浦珠母贝微卫星标记的分离筛选及F2代家系的遗传多样性分析

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合浦珠母贝微卫星标记的分离筛选及F2代家系的遗传多样性分析

作者：油九菊上海海洋大学

学位级别：硕士

合浦珠母贝(Pinctada fucata)是我国海水珍珠养殖的重要育珠贝，在我国海水珍珠产业中占有重要的位置。本研究利用FIASCO法进行了新的微卫星序列筛选，同时对实验室以前设计的微卫星引物、根据GenBank数据库的EST序列设计的引物以及文... 详细信息

合浦珠母贝(Pinctada fucata)是我国海水珍珠养殖的重要育珠贝，在我国海水珍珠产业中占有重要的位置。本研究利用FIASCO法进行了新的微卫星序列筛选，同时对实验室以前设计的微卫星引物、根据GenBank数据库的EST序列设计的引物以及文献发表的引物进行了筛选，然后利用筛选的有效引物对大亚湾随机群体和F2家系进行了遗传变异分析，主要结构如下： 1.微卫星引物筛选。(1)采用生物素标记的(AC)探针和磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组DNA微卫星富集文库。随机挑选2097个克隆进行筛选，得到483个候选克隆(23.03%)，对其中135个阳性克隆测序分析发现122个克隆含有微卫星重复单元(90.37%)。进一步通过序列比对，获得65个具有特异微卫星序列的阳性克隆(53.28%)，其中包含85个微卫星DNA结构域，其完美型(perfect)、非完美型(imperfect)和混合型(compound)分别占82.36%、8.24%和9.41%，重复次数主要分布于50之间(95.74%)，平均重复次数为7.83，(AC/GT)n重复所占比例最高(75.53%)。利用Primer Premier5.0设计了65对微卫星引物，通过三亚养殖群体筛选，共获得20个新的可稳定扩增的位点，其中14个具多态性;20个新位点经F2代家系筛选，19对稳定扩增;(2)对本实验室以前发表的多态引物进行F2代家系筛选，共获得4个可稳定扩增的位点;(3)对本实验室设计的微卫星引物进行F2代家系筛选，共获得35个可以稳定扩增的位点;(4)对文献中已发表引物进行F2代家系筛选，共获得36个可以稳定扩增的位点;(5)对GeneBank中合浦珠母贝EST序列设计18对微卫星引物，并进行F2代家系筛选，共获得11对新的可稳定扩增的位点。共获得105个有效扩增位点。这些位点可用于合浦珠母贝群体及家系的遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究。 2.大亚湾群体的遗传多样性分析。利用上述20个位点中的5个对大亚湾随机种群进行了遗传多样性分析，共检测到29个等位基因，片段长度范围为12202bp。各位点等位基因数2个，平均等位基因数(A)5.8个;有效等位基因数(Ae)为1.5957.6962，平均为2.9554;观测杂合度(Ho)为0.3000.7000，平均0.4400;期望杂合度(He)为0.3797.8384，平均0.5737;多态性信息含量(PIC)为0.3573.8048，平均0.5204(>0.5)。实验结果表明，大亚湾群体的遗传多样性非常丰富。 3. F代家系遗传多样性分析。多样性分析结果显示，F代家系Shannon指数及Nei’s基因多样性指数平均值分别为0.6433和0.4226，表明F代家系具有较高的遗传多样性。共105个微卫星位点用于F代家系及其亲本基因型的检测，分析结果显示，有72个位点在至少一个亲本及子代中发生分离，多态位点比例高达68.57%。亲本多态位点数占总有效扩增位点数的比例(68.57%)稍高于子代(67.62%)，表明F代家系的遗传多样性有所降低。遗传相似度分析显示，F代家系与亲本间的平均遗传相似度为0.9722，家系个体间相似性指数位于0.6280.8836之间，平均0.7663。F代家系与亲本间的遗传分化指数为F=0.0110。聚类分析结果显示，F代中72个个体和父母本聚为一大支，其余22个个体另聚为一大支，两代中有14个个体(14.58%)两两聚为7支，其余82个体分别单独聚群。研究结果表明，两代家系间遗传分化处于低度水平，没有明显的遗传分化。 4.标记在亲本及F代家系中的遗传分离。根据Hardy-Weinberg平衡的卡方检验(PHW)，72个位点中有23个(31.94%)处于平衡状态(PHW>0.05)，其他49个位点(68.06%)都不同程度地偏离了平衡。2检验表明，23个标记显著偏离孟德尔遗传分离比例(P 遗传分离比例，共得到父本特有标记21个，可用于雄性遗传图谱的构建;母本特有标记8个，可用于雌性遗传图谱的构建;父母本共享标记20个，可用于亲本共同的遗传图谱的构建。

关键词：珍珠贝分子标记分离规律遗传结构哈迪-温伯格平衡遗传图谱等位基因杂合度多态信息含量遗传相似度