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山稻蝗及相关物种Cytb基因序列及其遗传关系

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Acta Genetica Sinica 2002年第6期29卷 507-513页

作者：任竹梅马恩波郭亚平山西大学生命科学与技术学院太原030006

中国 7个不同地理区域的山稻蝗Oxyaagavisa共 16个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列被测定、分析和比较 ,同时与小稻蝗O intricata、日本稻蝗O japonica和中华稻蝗O chinensis相应序列进行比较 ,用瘤锥蝗科的曲尾似橄蝗Pseudom... 详细信息

中国 7个不同地理区域的山稻蝗Oxyaagavisa共 16个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列被测定、分析和比较 ,同时与小稻蝗O intricata、日本稻蝗O japonica和中华稻蝗O chinensis相应序列进行比较 ,用瘤锥蝗科的曲尾似橄蝗Pseudomorphacrishollisi和蚱科的日本蚱Tetrixjaponica作外群 ,构建了山稻蝗不同单倍型及其相关物种的NJ分子系统树。在获得的山稻蝗 4 32bp的序列中 ,A +T约占 71 0 % ,其中 9个核苷酸位点存在变异 (约占所测核苷酸的 2 0 8% ) ,但仅有 1个位点引起了氨基酸的变异 ,就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的A +T含量较高 ,达 88 3%。分子系统树显示 ,山稻蝗 6个单倍型聚为一个簇 ,彼此之间有一定的分歧 ,其分枝与地理分布没有直接的关系 ;该种与日本稻蝗关系较近 ,与中华稻蝗和小稻蝗相对较远。

关键词：山稻蝗相关物种 Cyt b基因序列遗传关系

应用15个STRs揭示广西4个少数民族的遗传关系(英文)

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Journal of Genetics and Genomics 2007年第12期34卷 1072-1079页

作者：邓琼英徐林龚继春周丽宁李松峰邓祥发罗国容谢小熏广西医科大学人体解剖学教研室南宁530021 广西医科大学组织胚胎学教研室南宁530021

为研究广西仫佬、毛南、苗和瑶族的15个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨这4个民族群体的遗传差异和进化关系。通过PCR-STR及测序仪,检测了广西4个民族766例无关个体的15个STR位点基因频率的分布并比较各民族间的差异,计算... 详细信息

为研究广西仫佬、毛南、苗和瑶族的15个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨这4个民族群体的遗传差异和进化关系。通过PCR-STR及测序仪,检测了广西4个民族766例无关个体的15个STR位点基因频率的分布并比较各民族间的差异,计算遗传学参数、遗传距离和构建系统进化树。结果显示:仫佬、毛南、苗和瑶族的15个STR位点分别共检出135,134,148,145种等位基因和424,432,445,436种基因型;各民族的平均Ho>0.7,累积DP,EPP和PIC均在0.99999以上;毛南族和苗族,瑶族和其他民族间在多数位点的基因频率分布上存在显著差异,而仫佬族和毛南族或苗族间在多数位点上不存在差异;4个民族在进化树上被分为两组,仫佬族和毛南族聚成一组,苗族和瑶族聚成另一组。说明广西仫佬、毛南、苗和瑶族的15个STR基因座具有高度的遗传多态性,实用价值较高,是一组可用于人类群体遗传学、法医学个体识别和亲子鉴定等研究的有力工具;4个民族STR的遗传差异性和遗传关系与他们的语言文化和民族历史基本一致。

关键词：少数民族 PCR-STR 遗传多态性遗传关系

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不同产地蒙古黄芪遗传关系的SRAP分析

中国中药杂志 2009年第4期34卷 382-385页

作者：钱丹黄璐琦崔光红陈敏中国中医科学院中药研究所北京100700

目的:采用SRAP(sequence related amplified polymorphism)分子标记技术对不同产地蒙古黄芪进行遗传关系研究,为蒙古黄芪的种质资源评价提供一定的依据。方法:对来源于12个产地的蒙古黄芪的样品进行了SRAP多态性研究。结果:从80个引物... 详细信息

目的:采用SRAP(sequence related amplified polymorphism)分子标记技术对不同产地蒙古黄芪进行遗传关系研究,为蒙古黄芪的种质资源评价提供一定的依据。方法:对来源于12个产地的蒙古黄芪的样品进行了SRAP多态性研究。结果:从80个引物组合中筛选出扩增产物条带信号强,重现性好,特征性好的16个引物组合,扩增得到141条条带,聚类分析结果显示,12份材料可以分为2个大类。结论:蒙古黄芪居群间遗传分化明显,SRAP技术可以有效用于蒙古黄芪的亲缘关系分析。

关键词：蒙古黄芪 SRAP标记遗传关系

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灯盏花种质资源遗传关系的RAPD分析

中国中药杂志 2008年第13期33卷 1532-1535页

作者：杨生超李永芳赵峥文国松李云刘有贵杨永建萧凤回云南农业大学中药材研究所云南省中药材规范化种植技术指导中心云南昆明650201 云南生物谷灯盏花药业有限公司云南昆明650224

目的:研究灯盏花种质资源间的遗传关系。方法:对采自云南、贵州和四川等地的37份灯盏花种质资源进行RAPD遗传多样性分析和NTSYS2聚类分析。结果:筛选出的10个引物在37份种质资源中共产生107条DNA片段,其中94条带具有遗传多态性,约占87.... 详细信息

目的:研究灯盏花种质资源间的遗传关系。方法:对采自云南、贵州和四川等地的37份灯盏花种质资源进行RAPD遗传多样性分析和NTSYS2聚类分析。结果:筛选出的10个引物在37份种质资源中共产生107条DNA片段,其中94条带具有遗传多态性,约占87.85%。遗传距离为0.36时,可以把灯盏花分为三大类,第一大类包括采自滇东南的弥勒、丘北、泸西、个旧、砚山等地的9份种质资源;第二大类包括采自滇西北的古城、香格里拉的6份,以及滇东南丘北和弥勒各1份,共8份种质资源;第三大类包括采自滇中、滇东、滇东北、四川和贵州等地的20份种质资源。结论:灯盏花种质资源遗传多样性丰富,遗传关系与其采集地的地理分布距离密切相关。

关键词：灯盏花种质资源遗传关系 RAPD

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部分粉葛品种遗传关系的SRAP研究

中国中药杂志 2011年第5期36卷 538-541页

作者：陈大霞彭锐李隆云张雪王钰重庆市中药研究院中药种植研究所重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心重庆400065

目的:粉葛品种间遗传关系的分析。方法:以野葛和苦葛为外组,18个粉葛栽培品种为试材,通过SRAP分析,利用TREECONW软件分析遗传距离,UPGMA方法聚类,构建聚类树状图。结果:22对引物组合共得到338条扩增条带,其中有216条呈现多态性,占63.9%... 详细信息

目的:粉葛品种间遗传关系的分析。方法:以野葛和苦葛为外组,18个粉葛栽培品种为试材,通过SRAP分析,利用TREECONW软件分析遗传距离,UPGMA方法聚类,构建聚类树状图。结果:22对引物组合共得到338条扩增条带,其中有216条呈现多态性,占63.9%,平均每对引物组合产生15.4个位点和9.8个多态性位点,揭示了粉葛较为丰富的遗传多样性。粉葛品种遗传距离变化范围在0.004 7～0.265 8,平均0.136;聚类结果显示18个粉葛品种及外组被明显地划分三大聚类群,大部分品种并没有按地域形成独自的类群。结论:SRAP标记为粉葛遗传关系研究提供了新的DNA分子标记技术手段。

关键词：粉葛 SRAP 遗传关系

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苍术属植物的遗传关系研究

药学学报 2009年第6期44卷 680-686页

作者：邹小兴黄璐琦崔光红袁庆军彭勇刘勇肖培根北京中医药大学中药学院北京100102 福建农林大学林学院福建福州350002 中国中医科学院中药研究所北京100700 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100094

运用对PCR产物直接测序的方法测定了苍术属8种植物的ITS序列和叶绿体atpB-rbcL、psbB-psbF和trnL-trnF基因间隔区序列。计算了不同种间ITS序列、atpB-rbcL+psbB-psbF+trnL-trnF序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数... 详细信息

运用对PCR产物直接测序的方法测定了苍术属8种植物的ITS序列和叶绿体atpB-rbcL、psbB-psbF和trnL-trnF基因间隔区序列。计算了不同种间ITS序列、atpB-rbcL+psbB-psbF+trnL-trnF序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后进行UPGMA法分析,结果显示:①罗田苍术-苍术和辽东苍术-朝鲜苍术各自构成一个分支,再参照分支内各植物之间的遗传距离值,认为将罗田苍术作为苍术变种不适宜;②鄂西苍术与属内其余植物亲缘关系都较远,在属内处于原始地位;③支持将辽东苍术归入朝鲜苍术,将北苍术作为苍术的一个变种处理。

关键词：苍术属 ITS序列 atpB-rbcL psbB-psbF trnL-trnF 遗传关系

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贵州省7个民族群体的遗传关系比较研究

遵义医科大学学报 2023年第3期46卷 271-277页

作者：李淑华张昊罗丽陈鹏宇胡锡阶万卫红刘燕飞余丽梅遵义医科大学附属医院贵州省细胞工程重点实验室贵州遵义563099 遵义医科大学附属医院法医鉴定中心贵州遵义563099 遵义医科大学法医学院贵州遵义563099 贵州省生物治疗人才基地贵州遵义563099

目的基于15个常染色体短串联重复序列(STR)基因座,探究贵州汉族与苗族与5个不同民族人群的遗传关系。方法通过15个STR基因座的等位基因频率数据,应用Arlequin v3.5软件计算各基因座的遗传分化系数Fst及P值,应用Phylip 3.695软件计算7个... 详细信息

目的基于15个常染色体短串联重复序列(STR)基因座,探究贵州汉族与苗族与5个不同民族人群的遗传关系。方法通过15个STR基因座的等位基因频率数据,应用Arlequin v3.5软件计算各基因座的遗传分化系数Fst及P值,应用Phylip 3.695软件计算7个群体的Nei’s遗传距离,应用TBtools软件进行可视化热图和聚类分析;基于Nei’s遗传距离,分别采用MEGA 7.0和SPSS 26.0软件构建系统发生树和主成分分析。结果遗传分化系数Fst及P值显示,贵州汉族或苗族群体分别与布依、水、仡佬、侗和土家族5个群体比较,遗传分化程度都较低(Fst分别介于0.00002~0.02567和0.0002~0.0377),但是汉族与苗族群体比较时显示出相对较高的遗传分化程度(Fst介于0.00111~0.01861)。Fst及P值、Nei’s遗传距离、热图、系统发生树和主成分分析的结果均显示,贵州汉族与仡佬族、侗族和土家族的遗传关系最近,与水族和布依族的遗传关系相对较远,与苗族的遗传关系最远。且苗族与布依、水、仡佬、侗和土家族5个民族之间遗传关系较远。结论贵州汉族与苗族群体之间遗传差异最大,而苗族与布依族、水族、仡佬族、侗族和土家族5个少数民族之间遗传差异均较大。

关键词：法医遗传学贵州民族短串联重复序列遗传关系

贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体STR基因座的遗传多态性及遗传关系分析

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解放军医学杂志 2019年第8期44卷 682-689页

作者：刘亚举李瑾岳俊涛李学博石美森河南许昌市公安局刑事科学技术研究所河南许昌461000 山东省高校证据鉴识重点实验室山东政法学院济南250014 中国政法大学刑事司法学院侦查学研究所北京100088

目的调查贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨其群体遗传关系。方法应用SureID■PanGlobal试剂盒对贵州399名仡佬族和333名苗族无关个体进行DNA扩增,采用3500XL遗传分析仪进行电泳分析,GeneMap... 详细信息

目的调查贵州仡佬族和苗族人群24个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,探讨其群体遗传关系。方法应用SureID■PanGlobal试剂盒对贵州399名仡佬族和333名苗族无关个体进行DNA扩增,采用3500XL遗传分析仪进行电泳分析,GeneMapperID-Xv1.5软件分析等位基因片段大小。统计分析24个STR基因座的频率数据和法医遗传学参数,并与其他地区已有人群数据进行比较。结果贵州仡佬族和苗族各基因座个体识别率(DP)值分别为0.7833~0.9909和0.8010~0.9909,多态信息含量(PIC)值分别为0.5608~0.9385和0.5677~0.9414。累积个体识别率(TDP)分别为1-7.6036×10^-30和1-6.8630×10^-30,累积非父排除率(CPE)分别为1-1.9608×10^-11和1-1.9738×10^-11。Nei'sDA遗传距离矩阵分析发现,贵州仡佬族与湖北汉族遗传距离最小(0.0205),与云南苗族的遗传距离最大(0.0449);贵州苗族与湖南汉族的遗传距离最小(0.0033),与云南苗族的遗传距离最大(0.0363)。结论24个STR基因座在贵州仡佬族和苗族人群中具有丰富的遗传多态性。研究不同民族群体的遗传多样性对了解其起源、迁移以及相互关系有重要意义。

关键词：常染色体短串联重复序列遗传多态性 Neighbor-Joining系统发育树遗传关系

不同花型滇山茶遗传多样性与遗传关系的AFLP分析

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植物生理学报 2019年第8期55卷 1222-1230页

作者：甘沛华沈德周纵丹谢忠利李旦何承忠云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室昆明650224 西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室昆明650224 西南林业大学云南生物多样性研究院昆明650224 西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室昆明650224

利用7对扩增片段长度多态性(AFLP)标记引物组合对16种花型325份样本的滇山茶(Camellia reticulata)开展遗传多样性与遗传关系分析。研究结果显示,7对引物组合共扩增得到713条带,多态性条带百分率(PPB)为100%,Nei's基因多样性指数(H)为0.... 详细信息

利用7对扩增片段长度多态性(AFLP)标记引物组合对16种花型325份样本的滇山茶(Camellia reticulata)开展遗传多样性与遗传关系分析。研究结果显示,7对引物组合共扩增得到713条带,多态性条带百分率(PPB)为100%,Nei's基因多样性指数(H)为0.2471,Shannon's信息指数(I)为0.3965。在3种自然类型(nfp)之间,多态性条带百分率(PPBnfp)为90.46%~99.86%,基因多样性指数(Hnfp)变幅为0.2356~0.2478,Shannon's信息指数(Infp)在0.3786~0.3971之间,遗传多样性水平为重瓣类型>单瓣类型>半重瓣类型。半重瓣类型(sdp)的5个品种类群间,PPBsdp变幅在83.45%~91.16%之间,Hsdp和Isdp的变化范围分别在0.2052~0.2487和0.3292~0.3880之间,5个品种类群的遗传多样性水平为凤凰屏群>杜鹃群>芙蓉群>金穗茶群>彩蝶群。重瓣类型(dp)的10个品种类群间,PPBdp介于76.16%~96.91%之间,Hdp在0.2213~0.2565之间,Idp的变化范围在0.3467~0.4026之间,10个品种类群的遗传多样性水平为星群>蝶翅群>牡丹群>松子鳞群>玫瑰群>雪花群>梅花群>无蕊群>莲花群>双冠群。不同自然类型或不同品种类群间的基因流值均大于1,自然类型内或品种类群内不同个体遗传差异是滇山茶遗传多样性的主要来源。非加权算术平均法(UPGMA)聚类结果能够将16个品种类群鉴别区分,表明基于表型性状的滇山茶品种类群划分具有合理性和科学性。在遗传距离为0.0088处,将16个品种类群划分为5个大组,揭示出半重瓣类型是单瓣类型和重瓣类型的中间过渡类型。本研究结果拟为滇山茶品种类群的划分提供分子水平证据。

关键词：滇山茶花型遗传多样性遗传关系 AFLP分子标记