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子宫肌瘤发病相关基因表达研究

生殖与避孕 2007年第4期27卷 270-276页

作者：李小花孟炜归绥琪上海中医药大学附属岳阳医院妇科上海200437 复旦大学附属妇产科医院中西医结合妇科上海200011

目的:筛选子宫肌瘤发病相关基因。方法:分别提取10对子宫肌瘤及肌层组织mRNA,用Cy5-dCTP和Cy3-dCTP逆转录标记cDNA探针,然后与含14000条cDNA的表达谱芯片进行杂交,洗片。将所得芯片进行扫描、聚类分析,获得差异基因表达信息。结果:共得... 详细信息

目的:筛选子宫肌瘤发病相关基因。方法:分别提取10对子宫肌瘤及肌层组织mRNA,用Cy5-dCTP和Cy3-dCTP逆转录标记cDNA探针,然后与含14000条cDNA的表达谱芯片进行杂交,洗片。将所得芯片进行扫描、聚类分析,获得差异基因表达信息。结果:共得到39条表达差异基因,5条表达上调,34条表达下调。表达下调的基因主要与细胞周期、增殖与凋亡、DNA合成与转录及细胞信号转导相关。结论:子宫肌瘤的发生与发展可能与这些基因的表达失调相关。

关键词：子宫肌瘤基因表达表达谱芯片

小麦种质Edinburgh-b白粉菌侵染下的基因表达谱分析

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植物病理学报 2016年第3期46卷 384-393页

作者：董娜张军刚胡铁柱陈向东张亚娟茹振钢河南科技学院小麦中心河南省高等学校作物分子育种重点开放实验室现代生物育种河南省协同创新中心新乡453003

Edinburgh-b是从英国爱丁堡引进的小麦抗白粉病新种质,为了深入了解该种质的抗白粉病分子机制,本研究采用Agilent公司的4"44 k小麦表达谱芯片,以Edinburgh-b接种白粉菌0 h为对照,分析其在白粉菌胁迫下的基因表达谱。结果表明,在43 603... 详细信息

Edinburgh-b是从英国爱丁堡引进的小麦抗白粉病新种质,为了深入了解该种质的抗白粉病分子机制,本研究采用Agilent公司的4"44 k小麦表达谱芯片,以Edinburgh-b接种白粉菌0 h为对照,分析其在白粉菌胁迫下的基因表达谱。结果表明,在43 603个探针中筛选出差异表达探针5 835个,其中上调表达2 801个,下调表达3 034个。差异表达基因主要包括与代谢相关的酶类、转录因子、病程相关蛋白、防卫反应基因和信号传导因子等。Pathway分析显示苯丙烷类生物合成、水杨酸信号通路、茉莉酸生物合成、活性氧代谢等被激活,乙烯生物合成和生长素信号通路被抑制,推测水杨酸和茉莉酸信号通路共同参与了Edinburgh-b对白粉菌的防御反应。选取上调和下调表达共17个基因进行实时定量RT-PCR验证,表明基因芯片数据具有良好的重复性。

关键词：小麦白粉病表达谱芯片信号通路防卫反应

应用cDNA微阵列芯片检测HPV相关的宫颈癌基因

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应用cDNA微阵列芯片检测HPV相关的宫颈癌基因

MiRNA profile in esophageal squamous cell carcinoma:Downregulation of miR-143 and miR-145

全国子宫颈癌暨湖北省妇科肿瘤专业委员会第五次妇科肿瘤学...

作者：张蔚方芙蓉

目的研究感染HPV16、18的宫颈癌组织中差异表达的基因,并探讨HPV致宫颈癌发生的分子机制。方法采用杂交捕获Ⅱ代技术分别筛选出3例感染HPV16、18的宫颈癌病例,取其癌组织及自身正常宫颈组织标本,用含14112条人类全长基因的cDNA微阵列芯... 详细信息

目的研究感染HPV16、18的宫颈癌组织中差异表达的基因,并探讨HPV致宫颈癌发生的分子机制。方法采用杂交捕获Ⅱ代技术分别筛选出3例感染HPV16、18的宫颈癌病例,取其癌组织及自身正常宫颈组织标本,用含14112条人类全长基因的cDNA微阵列芯片筛选出差异表达的基因并进行分析。结果 3例感染HPV16宫颈癌组织中共同差异表达的基因有244条,其中136条上调, 108条下调;而感染HPV18的宫颈癌中差异表达基因有1315条,649条上调,666条下凋。这些差异表达基因涉及原癌基因和抑癌基因、细胞周期蛋白类、细胞信号和传递蛋白、代谢、免疫相关、细胞受体、蛋白翻译合成以及其它一些未知功能的基因。以上共同差异基因有77条,包括Ras、Rgr、KRT19、 CPD、EAF1、VAV3等。结论 HPV引发宫颈癌是多因素多基因共同作用的结果,它们通过相互调节,网络调控直接或间接地导致宫颈癌的发生发展,可望进一步分析证实以明确HPV引发宫颈癌的精确分子机制。

关键词：宫颈癌人乳头瘤病毒基因表达表达谱芯片

来源： cnki会议评论

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World Journal of Gastroenterology 2011年第1期17卷 79-88页

作者： Bing-Li Wu Li-Yan Xu Ze-Peng Du Lian-Di Liao Hai-Feng Zhang Qiao Huang Guo-Qiang Fang En-Min Li Department of Biochemistry and Molecular Biology Medical College of Shantou University Shantou 515041 Guangdong Province China Institute of Oncologic Pathology Medical College of Shantou University Shantou 515041 Guangdong Province China

AIM:To investigate the expression profile of miRNA in esophageal squamous cell carcinoma(ESCC).METHODS:The expression profile of miRNA in ESCC tissues was analyzed by miRNA microarray.The expression levels of miR-143 and miR-145 in 86 ESCC patients were determined by real-time polymerase chain reaction(PCR) using TaqMan assay.The mobility effect was estimated by wound-healing using esophageal carcinoma cells transfected with miRNA expression plasmids.RESULTS:A set of miRNAs was found to be deregulated in the ESCC tissues,and the expression levels of miR-143 and-145 were significantly decreased in most of the ESCC tissues examined.Both miR-143 and miR-145 expression correlated with tumor invasion depth.The transfection of human esophageal carcinoma cells with miR-143 and miR-145 expression plasmids resulted in a greater inhibition of cell mobility,however,the protein level of the previously reported target of miR-145,FSCN1,did not show any significant downregulation.CONCLUSION:These findings suggest that the deregulation of miRNAs plays an important role in the progression of ESCC.Both miR-143 and miR-145 might act as anti-oncomirs common to ESCC.

关键词： miRNA 食管癌细胞鳞状细胞癌个人资料蛋白质水平表达谱芯片 TaqMan 聚合酶链反应

新基因FLJ39061在淋巴瘤中的表达及其功能分析

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肿瘤防治研究 2007年第4期34卷 241-244页

作者：严玲玲朱涛白向阳卢运萍周剑锋马丁华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心武汉430030

目的研究淋巴瘤与反应性增生淋巴结的基因表达差异,并对淋巴瘤高表达基因FLJ39061进行初步分析。方法将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本液氮速冻切片,使用激光显微切割技术分离淋巴细胞,提取淋巴细胞中的mRNA与表达谱芯片杂交,... 详细信息

目的研究淋巴瘤与反应性增生淋巴结的基因表达差异,并对淋巴瘤高表达基因FLJ39061进行初步分析。方法将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本液氮速冻切片,使用激光显微切割技术分离淋巴细胞,提取淋巴细胞中的mRNA与表达谱芯片杂交,通过信号扫描、处理后获得两者的表达差异基因。用生物信息学方法对一条有显著性差异的新基因FLJ39061进行初步分析。结果表达谱芯片发现了152条差异表达基因。对淋巴瘤相关基因FLJ39061的性质进行了有效的预测,基本明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,很可能是人MAP激酶激活的蛋白激酶2的前体或异构体。结论FLJ39061可能作为激酶磷酸化底物调节细胞代谢,与淋巴瘤发生有关,可作为治疗靶点做进一步的功能研究。

关键词：淋巴瘤表达谱芯片 FLJ39061 生物信息学 MAPK

脑损伤昏迷大鼠中脑神经组织microRNA表达谱的变化特征

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中华创伤杂志 2008年第4期24卷 274-278页

作者：高国一傅西安梁玉敏包映晖冯军峰张夔鸣吕磊江基尧上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科 200127 云南昆明医学院第二附属医院神经外科

目的检测急性脑损伤昏迷大鼠中脑神经组织中microRNA表达谱的变化特征。方法采用正中液压脑损伤致伤体系，对大鼠进行中等力度致伤，伤后1h取大鼠中脑组织，经RNA抽提检测后，利用表达谱芯片进行检测，扫描杂交结果并对荧光强度进行标... 详细信息

目的检测急性脑损伤昏迷大鼠中脑神经组织中microRNA表达谱的变化特征。方法采用正中液压脑损伤致伤体系，对大鼠进行中等力度致伤，伤后1h取大鼠中脑组织，经RNA抽提检测后，利用表达谱芯片进行检测，扫描杂交结果并对荧光强度进行标准化后行统计分析。结果芯片杂交结果表明，损伤昏迷大鼠中脑节段脑组织中，33种microRNA表达上调，38种microRNA表达下降。结论损伤昏迷大鼠中脑神经组织中microRNA的表达谱出现特征性变化，可能为损伤昏迷的致伤机制，也可能是昏迷保护的神经生物学途径。

关键词：脑损伤昏迷中脑大鼠表达谱芯片

TMPRSS4在胃癌中的表达及其与患者预后相关性:基于Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据库分析

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世界华人消化杂志 2019年第19期27卷 1193-1200页

作者：徐朝波陈正伟梅祎军丽水市人民医院胃肠外科

背景胃癌(gastric cancer,GC)是癌症相关死亡的重要原因,也是消化系统最为常见的肿瘤.然而,GC预后相关因素并不完全清楚.本文从生物信息角度探讨GC预后的分子标志物.目的探讨应用Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据平台分析跨膜丝氨酸... 详细信息

背景胃癌(gastric cancer,GC)是癌症相关死亡的重要原因,也是消化系统最为常见的肿瘤.然而,GC预后相关因素并不完全清楚.本文从生物信息角度探讨GC预后的分子标志物.目的探讨应用Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据平台分析跨膜丝氨酸蛋白酶4(transmembrane protease serines4,TMPRSS4)在GC组织与正常胃组织中的差异表达及其与患者生存期的关系.方法深入挖掘Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据平台中TMPRSS4基因表达与GC相关性数据集,并应用在线分析软件比较癌组织和正常胃组织TMPRSS4基因mRNA表达水平是否存在差异.绘制生存曲线比较TMPRSS4高低表达患者生存期是否存在差异,探讨TMPRSS4作为GC患者预后分子标记物的可行性.同时,回顾性分析手术治疗的50例GC患者的临床资料,采用免疫组织化学法检测50例患者癌组织中TMPRSS4蛋白的表达情况,并分析TMPRSS4表达与患者临床特征是否存在相关性.结果Oncomine数据库中共收录了GC、乳腺癌等常见肿瘤组织与对应正常组织中TMPRSS4基因差别表达的相关数据集共185项,其中存在差异表达10项,有9项在肿瘤组织中高表达,有1项在肿瘤组织中低表达.通过聚类层次聚类分析显示,TMPRSS4基因在GC中呈现共表达的基因有LAMB3,LAD1,ANXA4等.TMPRSS4与LAMB3,LAD1,ANXA4的共表达相关系数分别为0.57,0.51和0.43.Oncomine数据库中,有2项基因表达芯片数据关于TMPRSS4基因在GC组织与正常组织中差异表达的研究,2项基因表达芯片结果均提示在GC组织中,TMPRSS4表达水平高于正常胃组织(P表达组总中位生存时间分别为22.0 mo和32.6 mo,高表达组显著低于低表达组(HR=1.31,95%CI:1.09-1.57,P表达组中位无疾病进展生存时间分别为22.40 mo和13.87mo,高表达组显著低于低表达组(HR=1.27,95%CI:1.03-1.58,P表达与患者肿瘤是否侵犯血管存现相关性,TMPRSS4阳性患者肿瘤侵犯血管比显著高于阴性者(P表达水平明显上调,其高表达与患者的预后不良相关,且高表达者肿瘤侵犯血管比例较高.

关键词：胃癌 TMPRSS4基因表达谱芯片 Oncomine数据库生存期

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不同类型鸡趾长伸肌中基因表达谱差异分析

扬州大学学报（农业与生命科学版） 2016年第3期37卷 47-53页

作者：章明束婧婷屠云洁姬改革单艳菊盛中伟张笛邹剑敏江苏省家禽科学研究所江苏省家禽遗传育种重点实验室江苏扬州225125

采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对生长速度较慢的慢速型地方鸡品种清远麻鸡和生长速度较快的快大型肉鸡科宝500肉鸡趾长伸肌中与肌纤维生长发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,以期探究其差异机制。结果表明:芯片分析共筛选到... 详细信息

采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对生长速度较慢的慢速型地方鸡品种清远麻鸡和生长速度较快的快大型肉鸡科宝500肉鸡趾长伸肌中与肌纤维生长发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,以期探究其差异机制。结果表明:芯片分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因1 225个,以科宝肉鸡为参照,清远麻鸡中482个基因上调,743个基因下调。选取7个差异表达基因进行qRT-PCR,对芯片结果进行了验证。基于KEGG Pathway分析发现,差异基因除参与肌纤维生长发育和分化相关信号通路(如Ca2+信号通路和Hedgehog信号通路)外,MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路、ErbB信号通路、脂肪酸合成信号通路等一些与能量代谢相关的信号通路也被富集为显著的信号通路。根据GO及KEGG Pathway分析结果,发现了23个基因可能与鸡肌纤维生长发育相关,这些基因在肌纤维生长发育过程中的作用尚有待深入研究。

关键词：清远麻鸡科宝肉鸡肌纤维差异表达基因表达谱芯片

低钠盐饮食对胰岛素信号通路相关基因网络状态的影响

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食品研究与开发 2008年第1期29卷 62-67页

作者：张治洲常丽君王秀锦阎大伟王艳萍天津科技大学食品工程与生物技术学院泰达BIO-X系统生物技术研究中心营养基因组学与功能食品研究所天津科技大学食品工程与生物技术学院泰达BIO-X系统生物技术研究中心营养基因组学与功能食品研究所天津300457

研究低钠盐饮食对高血压与肥胖并发者血液中胰岛素信号通路相关基因表达的影响,初步找到表达发生变化的基因间相互关联的网络状态。选择3名高血压与肥胖并发者,分别对他们食用低钠盐前后的血样做胰岛素信号通路表达谱芯片,共6张。以每... 详细信息

研究低钠盐饮食对高血压与肥胖并发者血液中胰岛素信号通路相关基因表达的影响,初步找到表达发生变化的基因间相互关联的网络状态。选择3名高血压与肥胖并发者,分别对他们食用低钠盐前后的血样做胰岛素信号通路表达谱芯片,共6张。以每个受试者食用前所做芯片图做对照,找出其食用后表达发生变化的基因。在检测的144个基因中,得到2次以上重复一致的异常表达基因共26条:上调基因6个,下调基因20个。食用低钠盐对胰岛素信号传导通路中的Focal Adhesion通路和PI3K途径有直接的影响,上述结果从血液基因表达的层面和局部基因网络的角度提供了食低钠盐缓减胰岛素抵抗的初步证据。

关键词：胰岛素抵抗低钠盐胰岛素信号通路表达谱芯片局部网络