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中华流行病学杂志 2020年第11期41卷 1927-1932页

作者：沈玲羽姜博严寒秋李伟红高志勇王全意北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所100013 首都医科大学公共卫生学院北京100069

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域... 详细信息

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域分型系统。目前基于2 s标准的双区域分型方法,聚合酶区可分为10个基因组及76种基因型,包括2个暂定基因组及16种暂定基因型,VP1可分为12个基因组及53种基因型,包括2个暂定基因组及5种暂定基因型。暂定基因组和基因型有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对诺如病毒分子特征、不同分型方法的原理、序列扩增方法、在线分型工具及最新的基因分型研究进展进行综述。

关键词：诺如病毒基因分型聚合酶区衣壳区

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2009年深圳地区杯状病毒感染的分子流行病学特征

2009年深圳地区杯状病毒感染的分子流行病学特征

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作者：王颜歌南方医科大学

学位级别：硕士

研究背景和目的：诺如病毒（Norovirus, NoV）最早是从1968年在美国诺瓦克市暴发的一次急性腹泻的患者粪便中分离的病原,并以发现地将其命名为诺瓦克病毒（Norwalk virus, NLVs）。由于该病毒无法进行细胞培养,不能建立动物模型,亦... 详细信息

研究背景和目的：诺如病毒（Norovirus, NoV）最早是从1968年在美国诺瓦克市暴发的一次急性腹泻的患者粪便中分离的病原,并以发现地将其命名为诺瓦克病毒（Norwalk virus, NLVs）。由于该病毒无法进行细胞培养,不能建立动物模型,亦没有敏感的诊断技术,所以在较长时间里（约20年）,只能用电镜进行小规模的粪便标本检测。最初,这类病毒以电镜下的形态和发现地点命名和分类,随着病毒种类的增多,该种命名和分类的方式很容易引起混乱的缺点日趋明显。目前病毒的分类和命名主要根据病毒形态学、抗原特性、宿主范围和所致疾病的临床症状,特别是病毒基因组序列和结构以及遗传学进化分析的结果进行。经杯状病毒组研究组（calicivirus study group, CSG）1998年建议,国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses, ICTV）批准,将杯状病毒分为四个属,分别是：①Lagovirus:以兔出血病病毒（rabbit hemorrhagic disease virus）为代表：②NoV;③SaV（Sapovirus, SaV）;④Vesivirus:以猪水泡疹病毒（swine vesicular exanthema virus）为代表。其中Lagovirus和Vesivirus感染动物;而NoV和SaV主要感染人,二者又合称为人类杯状病毒（Human Calicivirus, HuCV）。 20世纪90年代初,NoV病毒的成功克隆和测序分析,大大推动了杯状病毒的研究,并且分子生物学技术和生物信息学的飞速发展,进一步为NoV的深入研究提供了便利条件,对NoV引起急性胃肠炎（acut gastroenteritis, AGE）的危害和意义逐渐得到了充分认识。NoV作为引起人类AGE爆发和散发的重要病原体之一,具有典型季节相关性,在世界各地都有广泛传播,能够感染所有的年龄组人群,极易引起爆发,成为难以控制的胃肠炎疾病,极大影响着人群公共健康。NoV的共同特征是：直径约为26-35nm,无包膜,表面粗糙,球形,呈20面体对称;可从AGE病人的粪便中分离得到,但不能在细胞或组织中培养,也没有合适的动物模型;基因组为无包裹的单股正链RNA病毒,RNA链全长约7.7kb,包括3个开放阅读框（open reading frame, ORFs）:ORF1基因全长5100bp,位于基因组中5-5104nt之间,编码一种具有保守序列的多聚酶非结构蛋白,此结构蛋白可裂解为p48、NTPase、p22、vpg、3c-like protein和polymerase6个小蛋白;ORF2基因全长1632bp,位于基因组中5085～6707nt之间,编码一种分子量约为56KD的衣壳蛋白VP1;ORF3基因全长807bp,位于基因组中6707-7513nt之间,编码一种约为22.5KD的微小结构蛋白VP2。 NoV具有高度的基因多样性,被分为5个遗传组,其中GⅠ、GⅡ、GⅣ仅感染人类,而GⅢ、GⅤ分别感染牛和鼠。GⅠ和GⅡ又至少可以进一步划分为8和17个基因型,GⅢ分为两个基因型,另外检测出新的基因型被定义为GⅡ.b型。NoV之所以具有高度的遗传多样性,主要是因为RNA依赖性RNA聚合酶（RNA dependent RNA Polymerase, RdRp）缺乏校正功能而引起核苷酸位点突变以及不同病毒株间基因重组。 SaV属于HuCV的另一种属,首次发现于1976年,也是引起人类AGE爆发和散发的重要病原体,在世界各地都有广泛传播,能够感染所有的年龄组人群。由于SaV引起的感染不如NoV严重,因此对SaV的重视程度和研究深度也均不如NoV。SaV是一种未被包裹的单股正链RNA病毒,其基因组RNA链全长约7.3-7.5kb,包括3个开放阅读框（ORFs）。ORF1编码结构蛋白（衣壳蛋白,capsid protein）和非结构蛋白（RdRp）;ORF2编码一种基本小蛋白;ORF3与ORF1交迭,只存在于GⅠ、GⅣ、GⅤ型中,编码一种未知功能的蛋白。SaV根据RNA聚合酶区和衣壳蛋白区的基因多样性,可以进一步分为5个遗传组,其中GⅠ型、GⅡ型、GⅣ型和GⅤ型主要感染人,GⅢ主要感染猪。病毒性胃肠炎是世界各国高发疾病之一,尤其在发展中国家,因胃肠炎疾病死亡的儿童人数高于发达国家。随着研究的深入,HuCV尤其是NoV的感染在急性非细菌性腹泻中的地位越来越重要,仅次于RV感染。我国NoV感染十分普遍,优势毒株分布虽各地有所差异,但主要以GⅡ.4型为主,对不同地区NoV感染型别是否有变异、优势株是否发生变化的鉴定及分析可以丰富我国NoV的研究资料,对于进一步了解N

关键词：人类杯状病毒诺如病毒札如病毒分子流行病学衣壳区

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