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苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

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中国畜牧兽医 2023年第4期50卷 1472-1479页

作者：韩大勇周春宝倪黎纲陈章言赵锦明江苏农牧科技职业学院泰州225300 江苏姜曲海种猪场泰州225300

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序... 详细信息

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。

关键词：苏姜猪线粒体DNA D-loop区遗传变异单倍型多样度核苷酸多样性

苏姜猪不同生长阶段背膘组织差异表达基因及其调控通路分析

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中国畜牧兽医 2023年第7期50卷 2595-2605页

作者：倪黎纲周春宝徐盼张亚琴陶勇张君胜江苏农牧科技职业学院泰州225300 江苏苏姜种猪有限公司泰兴225400

【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6... 详细信息

【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1869、296、1257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein,acid and rich in cysteine,SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-like factor 7,KLF7)等基因与细胞增殖发育相关,在3月龄时高表达;胰岛素样生长因子-1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)、信号转导与转录激活因子1(signal transducer and activator of transcription 1,STAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)等基因与细胞脂质代谢相关,在6月龄后表达显著上调。【结论】本研究获得苏姜猪4个生长时期背膘组织的基因表达谱,筛选到SPARC、CTSS、KLF 7等与细胞增殖发育相关的关键基因,IGF 1 R、STAT 1、FASN等与细胞脂质代谢相关的关键基因,为苏姜猪背膘厚的遗传改良提供了基础数据。

关键词：苏姜猪转录组测序背膘组织差异表达基因

苏姜猪线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

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黑龙江畜牧兽医 2023年第22期 51-56页

作者：陶勇任善茂董晓君赵旭庭江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 江苏苏姜种猪有限公司江苏泰兴225400 江苏省淮安市淮安区动物卫生监督所江苏淮安223001

为了研究苏姜猪的遗传多样性和系统地位,试验采集47头苏姜猪的耳组织进行基因组DNA提取,利用PCR技术扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-Loop区序列并测序,对47条苏姜猪mtDNA D-Loop区序列的碱基组成和含量、序列长度、变异位点... 详细信息

为了研究苏姜猪的遗传多样性和系统地位,试验采集47头苏姜猪的耳组织进行基因组DNA提取,利用PCR技术扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-Loop区序列并测序,对47条苏姜猪mtDNA D-Loop区序列的碱基组成和含量、序列长度、变异位点、单倍型数量及单倍型多样性和核苷酸多态性指标进行了分析,估计序列变异程度,并构建系统发育树和分析单倍型网络关系,最后利用其他24个猪种的mtDNA D-Loop区序列构建了苏姜猪mtDNA D-Loop区序列系统发育树。结果表明:苏姜猪mtDNA D-Loop区全长序列为1194~1274 bp,A、T、C、G碱基含量分别为32.9%、24.8%、26.5%、15.8%;47条序列共鉴定出3种单倍型和8个变异位点(均为简约性信息位点);单倍型多样度为0.00173,核苷酸多样度为0.499,平均核酸差异数为1.210,Tajima’s D值为-0.91674(P>0.10),符合中性突变;该苏姜猪群有3个分支,推测有3个母系起源,并与长江流域以南猪种有较近的亲缘关系。说明苏姜猪群体遗传多样性较为丰富,具有3个母系来源。

关键词：苏姜猪 mtDNA D-Loop区序列分析单倍型遗传多样性系统进化

苏姜猪NR6A1和VRTN基因多态性及其与生产性状的关联分析

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畜牧与兽医 2022年第4期54卷 10-16页

作者：徐盼刘林雨仲德何鑫鑫罗阳琦文马政江苏农牧科技职业学院动物科技学院江苏泰州225300 金陵科技学院动物科学与技术学院江苏南京210038

旨在探讨生殖细胞核因子(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)和椎体发育同源物(vertebrae development homolog, VRTN)基因的多态性对苏姜猪体重、体长、体高、胸围、胸宽、臀宽和背膘厚7个生产性状的影响。试验利用... 详细信息

旨在探讨生殖细胞核因子(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)和椎体发育同源物(vertebrae development homolog, VRTN)基因的多态性对苏姜猪体重、体长、体高、胸围、胸宽、臀宽和背膘厚7个生产性状的影响。试验利用PCR扩增和酶切片段多态性技术检测苏姜猪及其亲本猪品种中NR6A1和VRTN基因的多态性,并将NR6A1和VRTN基因的多态性与苏姜猪的生产性状进行关联性分析。遗传多态性分析结果表明,NR6A1基因p.Pro192Leu (g.299084751 C>T)位点在姜曲海猪、枫泾猪和杜洛克猪群体中已经纯合,分别为CC、CC和TT基因型;在苏姜猪群体中有TT、TC和CC 3种基因型,基因型频率分别为0.397、0.482和0.121,基因型分布频率符合哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE,P>0.05),处于中度多态(0.250.05),VRTN基因对苏姜猪胸围、胸宽和臀宽均有显著影响(P0.05)。合并基因型对苏姜猪体长、胸围和背膘厚均有显著影响(P0.05)。综上可知,NR6A1和VRTN基因对苏姜猪的生产性状具有一定影响,为后续应用NR6A1和VRTN基因辅助选育苏姜猪提供参考。

关键词：苏姜猪生殖细胞核因子基因椎体发育同源物基因多态性生产性状

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苏姜猪与淮猪营养成分及肉质的研究

江苏农业科学 2022年第19期50卷 192-196页

作者：施帅吴平高勤学瞿桂香童敏江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300

以苏姜猪、淮猪后腿肉为研究对象,以普通商品猪后腿肉为对照,通过测定其主要营养成分、颜色、pH值、质构特性、剪切力值、蒸煮损失、滴水损失、流变特性、脂肪酸、氨基酸等指标,研究2种江苏地方特色猪肉的品质特性。结果表明,苏姜猪和... 详细信息

以苏姜猪、淮猪后腿肉为研究对象,以普通商品猪后腿肉为对照,通过测定其主要营养成分、颜色、pH值、质构特性、剪切力值、蒸煮损失、滴水损失、流变特性、脂肪酸、氨基酸等指标,研究2种江苏地方特色猪肉的品质特性。结果表明,苏姜猪和淮猪的脂肪含量显著高于商品猪(P苏姜猪和淮猪的胶原蛋白含量显著小于商品猪(P苏姜猪、淮猪的L^(*)值、a^(*)值大于商品猪(P苏姜猪、淮猪的硬度、凝聚性、剪切力、蒸煮损失、滴水损失显著小于商品猪(P苏姜猪、淮猪的弹性显著大于商品猪(P苏姜猪、淮猪的储能模量和损耗模量显著高于商品猪(P苏姜猪、淮猪低于商品猪,不饱和脂肪酸含量苏姜猪、淮猪高于商品猪,不饱和脂肪酸含量苏姜猪、淮猪和商品猪均高于饱和脂肪酸含量;鲜味氨基酸含量苏姜猪、淮猪高于商品猪,且差异显著(P<0.05)。

关键词：苏姜猪淮猪营养成分质构特性流变特性

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苏姜猪SIRT7基因组织表达定位分析

江苏农业科学 2022年第15期50卷 63-67页

作者：王利红张伟陈圣源朱军江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 江苏姜曲海种猪场江苏泰州225300

为深入分析去乙酰化转移酶Sirtuin7(SIRT7)在苏姜猪不同脏器组织中的表达分布情况,采用实时荧光定量(RT-PCR)、酶联免疫吸附测定(ELISA)和免疫组织化学方法对苏姜猪11种脏器组织中SIRT7基因的表达分布进行研究。结果表明,SIRT7蛋白在所... 详细信息

为深入分析去乙酰化转移酶Sirtuin7(SIRT7)在苏姜猪不同脏器组织中的表达分布情况,采用实时荧光定量(RT-PCR)、酶联免疫吸附测定(ELISA)和免疫组织化学方法对苏姜猪11种脏器组织中SIRT7基因的表达分布进行研究。结果表明,SIRT7蛋白在所检测的组织样中均有表达,其中在胃和肠组织中表达量相对最高,显著高于其他组织(P苏姜猪组织中广泛表达,其转录和翻译水平存在极显著正相关,该基因功能主要与各脏器功能细胞的物质能量代谢和分泌功能有关。

关键词：苏姜猪 SIRT7 RT-PCR ELISA 免疫组化

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苏姜猪组织中SIRT6蛋白的表达分布

贵州农业科学 2022年第2期50卷 58-62页

作者：陈章言张伟江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 江苏姜曲海种猪场江苏泰州225300

【目的】探明SIRT6在苏姜猪组织中的表达分布以及SIRT6基因在组织中的功能,进而为优质肉用猪种的培育提供新思路。【方法】选取重约100 kg的苏姜猪6头(公、母各3头),采用ELISA和免疫组织化学方法检测不同组织中SIRT6蛋白表达与细胞定位... 详细信息

【目的】探明SIRT6在苏姜猪组织中的表达分布以及SIRT6基因在组织中的功能,进而为优质肉用猪种的培育提供新思路。【方法】选取重约100 kg的苏姜猪6头(公、母各3头),采用ELISA和免疫组织化学方法检测不同组织中SIRT6蛋白表达与细胞定位分布情况以及SIRT6基因在组织中的功能。【结果】在测定的11个苏姜猪组织中均检测到SIRT6表达,表明SIRT6基因在苏姜猪组织中具有表达广泛性;其中,在苏姜公猪胃部的表达含量相对最高,而在苏姜母猪小肠中的表达含量相对最高;苏姜公猪组织中SIRT6表达量均高于母猪,其中,心脏、腹部脂肪及腿肌组织中的表达水平显著高于母猪(P苏姜猪组织中的表达与性别有关;SIRT6免疫阳性颗粒主要分布于苏姜猪肝细胞、脾脏的红髓细胞、肺泡和支气管上皮细胞、肾脏近曲和远曲小管内皮细胞、胃和肠组织腺细胞以及多种脏器的肌细胞质中。【结论】SIRT6在机体组织物质能量代谢和腺体活动过程中具有重要作用。

关键词： SIRT6 免疫组织化学 ELISA 苏姜猪

苏姜猪线粒体基因组全长测序及线粒体基因多样性分析

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南京师大学报（自然科学版） 2019年第4期42卷 97-102页

作者：王洁郭浩君张晨岭江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 南京农业大学动物科技学院江苏南京210095 江苏第二师范学院生命科学与化学化工学院江苏南京210013

从分子水平上探究苏姜猪的遗传多样性,采用二代测序方法测定了苏姜猪线粒体基因组全序列,整合NCBI数据库中已公布的家猪类,以及本实验室测定的苏姜猪线粒体基因组全序列,使用蛋白编码基因和rRNA基因联合的数据集,基于贝叶斯法(BI法)和... 详细信息

从分子水平上探究苏姜猪的遗传多样性,采用二代测序方法测定了苏姜猪线粒体基因组全序列,整合NCBI数据库中已公布的家猪类,以及本实验室测定的苏姜猪线粒体基因组全序列,使用蛋白编码基因和rRNA基因联合的数据集,基于贝叶斯法(BI法)和最大似然法(ML法)构建了家猪类的系统发生树,测序结果表明,该样本线粒体基因组全长15 436 bps,包含典型的家猪类线粒体基因组37条基因,结构紧凑,其线粒体基因组碱基组成(A+T)约占40%,(C+G)约占60%,t RNA总共有8处错配,结果表明苏姜猪具有丰富的遗传多样性,江海型线粒体核苷酸多态性高于全国6个类型猪的平均水平,体现了其独特的遗传多样性.在基于线粒体基因组完整编码区的系统发育分析中,苏姜猪在中国6个类型家猪中单独成为一支,支持其作为一个新猪种而存在.

关键词：苏姜猪线粒体基因组遗传多样性系统发育

苏姜猪H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性

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江苏农业学报 2014年第6期30卷 1369-1374页

作者：周春宝朱淑斌赵旭庭韩大勇倪黎纲陶勇江苏农牧科技职业学院江苏泰州225300 江苏姜曲海种猪场江苏泰州225300

本试验探究苏姜猪心脏脂肪酸结合蛋白质(H-FABP)基因的多态性及其与肉质性状的相关性,采用2种内切酶HinfⅠ和HaeⅢ的PCR-RFLP分子标记技术,分析了40头苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的遗传变异情况。结果显示,试验猪群5'-上游... 详细信息

本试验探究苏姜猪心脏脂肪酸结合蛋白质(H-FABP)基因的多态性及其与肉质性状的相关性,采用2种内切酶HinfⅠ和HaeⅢ的PCR-RFLP分子标记技术,分析了40头苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的遗传变异情况。结果显示,试验猪群5'-上游区HinfⅠ酶切位点存在多态性,酶切得到HH、Hh、hh 3种基因型,H等位基因频率为0.65,表现为中度多态(PIC=0.351 5),第2内含子区HaeⅢ酶切位点存在多态性,酶切得到DD、Dd、dd 3种基因型,D等位基因频率为0.70,表现为中度多态(PIC=0.331 8);苏姜猪群的HinfⅠ位点等位基因频率和基因型频率都处于哈迪温伯格平衡状态(P>0.05);H-FABP基因对肌内脂肪含量的影响表现为HH基因型﹥Hh基因型﹥hh基因型及dd基因型﹥Dd基因型﹥DD基因型(P苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的多态性对其肉质性状有重要的影响。

关键词：苏姜猪 H-FABP基因 PCR-RFLP 肉质性状