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基于性状鉴别和特异性PcR技术对膨腹海马的鉴别研究

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中国现代中药 2024年第9期26卷 1470-1477页

作者：王琳魏霞焦阳汪冰解盈盈尹雪石丽陈娟孙仟刘丽张加余林永强山东中医药大学药学院山东济南250355 山东省食品药品检验研究院国家药品监督管理局胶类产品质量评价重点实验室/山东省中药标准创新与质量评价工程实验室/中药配方颗粒共性技术山东省工程研究中心山东济南250101 滨州医学院中医学院山东烟台264003

目的:采用性状鉴别和聚合酶链式反应(PcR)技术对我国主要的海马养殖品膨腹海马Hippocampus abdominalis Leeson进行研究,为该品种鉴别技术开发提供数据支持。方法:通过查阅文献资料并结合样品统计观察,总结膨腹海马的性状鉴别特征;根据... 详细信息

目的:采用性状鉴别和聚合酶链式反应(PcR)技术对我国主要的海马养殖品膨腹海马Hippocampus abdominalis Leeson进行研究,为该品种鉴别技术开发提供数据支持。方法:通过查阅文献资料并结合样品统计观察,总结膨腹海马的性状鉴别特征;根据膨腹海马及其他海马的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因序列,筛选出膨腹海马的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计专属膨腹海马的引物PFHM-Primer-F和PFHM-Primer-R。通过优化PcR体系反应条件,考察最佳的PcR反应体系。结果:膨腹海马的核心性状特征主要包括有较多的体环、尾环和背鳍条数,背鳍覆盖4个体环+1个尾环;眼周和鳃盖部具有明显的大而黑的斑点等。基于cOⅠ序列展开的PcR鉴别方法研究表明,当退火温度为65℃,循环30次时,膨腹海马样品在100~250 bp呈现单一明亮条带,而其他品种均无此条带。结论:建立的性状鉴别和特异性PcR鉴别方法可快速鉴别膨腹海马,为我国海马新资源的鉴别和后续开发提供参考。

关键词：膨腹海马细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 特异性聚合酶链式反应性状鉴别

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基于虫菌双重PcR快速鉴别冬虫夏草

菌物研究 2020年第2期18卷 74-79页

作者：李春红谢美霞沈千汇向丽钱正明李文佳广东东阳光药业有限公司国家中医药管理局重点研究室东莞523850 华南师范大学广州510631 中国中医科学院中药研究所北京100700 中国科学院微生物研究所北京100101

为了快速准确的鉴别冬虫夏草(chinese cordyceps)及其混淆品,基于冬虫夏草虫体部分含有寄主昆虫和寄生菌基因组DNA,以寄主昆虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因及冬虫夏草菌rDNA ITS区设计特异引物(cc-2F/cc-2R,DcF4/R4),通过对双重特... 详细信息

为了快速准确的鉴别冬虫夏草(chinese cordyceps)及其混淆品,基于冬虫夏草虫体部分含有寄主昆虫和寄生菌基因组DNA,以寄主昆虫细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因及冬虫夏草菌rDNA ITS区设计特异引物(cc-2F/cc-2R,DcF4/R4),通过对双重特异性聚合酶链式反应(PcR)进行优化,结果成功从冬虫夏草虫体部分扩增出220 bp和146 bp 2条特异性条带,而其混淆品无目标条带或部分条带缺失。不同模板稀释倍数考察结果表明该方法灵敏度较高,对冬虫夏草样品检测具有稳定的特异性,且能够快速鉴别冬虫夏草真伪,为冬虫夏草产品质量评价的提升提供了支持。

关键词：冬虫夏草 PcR 鉴别细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 引物

基于DNA条形码的蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及混伪品等32种的鉴别

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中国现代中药 2023年第8期25卷 1685-1691页

作者：王孟虎许亮蒋磊李峰孙一帆康廷国孟祥松张圣阳钟明月黄文康石飘柔辽宁中医药大学辽宁大连116600 亳州学院安徽亳州236800 亳州市食品药品检验中心安徽亳州236800 亳州职业技术学院安徽亳州236800 中国药科大学江苏南京210000

目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因鉴别蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种蛇类。方法:收集蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品,对样品DNA进行聚合酶链式反应(PcR)扩增,扩增产物电泳后进行双向测序。应... 详细信息

目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因鉴别蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种蛇类。方法:收集蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品,对样品DNA进行聚合酶链式反应(PcR)扩增,扩增产物电泳后进行双向测序。应用codon codeAligner11.0.1软件对峰图质量进行比对、拼接,利用MEGA11.0软件对各物种碱基进行分析,构建邻接(NJ)系统聚类树并计算遗传距离。结果:NJ系统聚类树显示,蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种均独立聚为一支,眼镜蛇科与蝰科聚为一支,并与游蛇科并列聚类。游蛇科黄环林蛇、颈棱蛇与眼镜蛇科聚为一支,游蛇科赤链华游蛇、环纹华游蛇、草腹链蛇与蝰科聚为一支,锦蛇属玉斑锦蛇、黑眉锦蛇、百花锦蛇未聚为一支。结论:利用DNA条形码cOⅠ基因能够准确鉴定蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种蛇类,赤链华游蛇、环纹华游蛇、草腹链蛇、黄环林蛇、颈棱蛇、玉斑锦蛇、百花锦蛇、黑眉锦蛇、宽吻水蛇、铅色水蛇、中国沼蛇、渔游蛇的种属归类有待进一步研究。

关键词：蕲蛇乌梢蛇金钱白花蛇混伪品细胞色素c氧化酶亚基ⅰ DNA条形码

基于In Silicon模拟消化的北极虾DPP-Ⅳ抑制肽活性分析

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中国食品添加剂 2024年第1期35卷 127-135页

作者：刘浩思徐春明田源韩爱萍刘孝飞李振华北京工商大学轻工科学技术学院北京100048 北京玫瑰日记生物科技有限公司北京100024 北京有肌时代科技有限公司北京100024

北极虾具有很高的营养价值,在食品领域已引起越来越多的关注。对北极虾蛋白进行In Silicon模拟消化获得寡肽,通过PeptideRanker活性评分及理化性质分析,从中筛选出具有潜在生物活性的寡肽。使用ToxinPred分析和BIOPEP-UWM生物活性预测,... 详细信息

北极虾具有很高的营养价值,在食品领域已引起越来越多的关注。对北极虾蛋白进行In Silicon模拟消化获得寡肽,通过PeptideRanker活性评分及理化性质分析,从中筛选出具有潜在生物活性的寡肽。使用ToxinPred分析和BIOPEP-UWM生物活性预测,发现部分寡肽具有二肽基肽酶-Ⅳ(dipeptidyl peptidase-Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制活性,最终确定WFP(一种三肽,Trp-Phe-Pro)具有最优的DPP-Ⅳ抑制活性肽。分子对接表明,WFP和DPP-Ⅳ能够形成稳定的复合物,其结合能为-6.93 kcal/mol,进一步研究表明,WFP通过与DPP-Ⅳ S1、S2、S3三个活性口袋中的9个氨基酸残基发生相互作用而抑制其活性。本研究为阐释北极虾营养价值及生物活性肽的开发提供了理论依据。

关键词： In Silicon 分子对接 DPP-Ⅳ 细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 寡肽

DNA条形码技术在中药制剂中鸡内金鉴定的应用研究

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山东中医药大学学报 2021年第3期45卷 393-399页

作者：熊乐文房凯丽刘帅赵宏伟王彦予张龙霏山东中医药大学山东济南250355 山东大学山东济南250012 中国海洋大学山东青岛266003

目的:探讨以细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因作为DNA条形码鉴定中药制剂中鸡内金的可行性。方法:以11种市售含鸡内金中药制剂为材料,以天根DNA提取试剂盒提取DNA,利用合成的HE引物和TY引物进行聚合酶链式反应(PcR)扩增,将其产物进行琼... 详细信息

目的:探讨以细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因作为DNA条形码鉴定中药制剂中鸡内金的可行性。方法:以11种市售含鸡内金中药制剂为材料,以天根DNA提取试剂盒提取DNA,利用合成的HE引物和TY引物进行聚合酶链式反应(PcR)扩增,将其产物进行琼脂糖凝胶电泳分离并测序,最后将测序结果导入美国国家生物技术信息中心(NcBI)网站进行Blast在线比对。结果:成功提取中药制剂中鸡内金DNA,扩增产物电泳后的条带长度与目的条带理论长度接近,且Blast对比数据相似度高。结论:以cOⅠ基因作为DNA条形码鉴定中药制剂中的鸡内金有效、可行,且鉴别速度快,但还需结合其他方法排除掺入鸡其他器官组织的可能性,才能进一步保证检测结果的准确性。

关键词：鸡内金细胞色素c氧化酶亚基ⅰ DNA提取 DNA条形码聚合酶链式反应扩增

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三个广东地方鹅种的DNA条形码研究

仲恺农业工程学院学报 2018年第2期31卷 24-28页

作者：唐军欧阳宏佳王锐许丹宁曹楠田允波黄运茂仲恺农业工程学院动物科技学院广东广州510225 广东省水禽健康养殖重点实验室广东广州510225

为开发能有效鉴定广东地方鹅(Anser cygnoides domesticus)种的分子技术,通过线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOI)基因序列特征识别,研究了DNA条形码在马岗鹅、狮头鹅和乌鬃鹅识别和鉴定中的可行性.结果显示,所选cOI基因序列有15个变异位... 详细信息

为开发能有效鉴定广东地方鹅(Anser cygnoides domesticus)种的分子技术,通过线粒体细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOI)基因序列特征识别,研究了DNA条形码在马岗鹅、狮头鹅和乌鬃鹅识别和鉴定中的可行性.结果显示,所选cOI基因序列有15个变异位点,共7个单倍型,乌鬃鹅、马岗鹅和狮头鹅的单倍型多样度分别为0.733 3、0.310 4和0.069 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.002 92、0.000 55和0.000 11.种内平均遗传距离为0~0.003 0,种间平均遗传距离为0~0.022,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.3个鹅种的进化树表现为马岗鹅与狮头鹅相互混淆,而乌鬃鹅单独聚为一类.结果表明,获得DNA条形码可从分子水平识别乌鬃鹅.

关键词：细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 单倍型核苷酸多样度遗传距离

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三峡库区沿江口岸主要蚊类分子特征分析

中国国境卫生检疫杂志 2018年第1期41卷 24-27,42页

作者：骆星丹文海燕王董郝玉通彭彦卿周岚张华荣重庆国际旅行卫生保健中心重庆401147

目的对三峡库区沿江口岸的主要蚊类进行分子鉴定,分析各种蚊类的分子特征。方法用二氧化碳诱蚊灯在三峡库区沿江5个口岸采集成蚊,形态学鉴定之后,再提取DNA,扩增细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因并测序。将测序结果与GenBank中其他蚊类... 详细信息

目的对三峡库区沿江口岸的主要蚊类进行分子鉴定,分析各种蚊类的分子特征。方法用二氧化碳诱蚊灯在三峡库区沿江5个口岸采集成蚊,形态学鉴定之后,再提取DNA,扩增细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因并测序。将测序结果与GenBank中其他蚊类的DNA序列比对,并构建系统进化树。结果在宜昌、万州、涪陵、寸滩和泸州捕获三带喙库蚊、致倦库蚊、白纹伊蚊、骚扰阿蚊和中华按蚊共5个蚊种3 000余只,选取其中42只扩增cOⅠ基因,获得5个蚊种的cOⅠ基因序列,长度为658 bp,A+T含量为67.47%~69.71%。同源性比较表明,同一蚊种间核苷酸遗传距离小于0.0215,不同蚊种间遗传距离为0.0742~0.1594。cOⅠ基因核苷酸系统进化关系显示,三带喙库蚊、致倦库蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊和白纹伊蚊均聚集成簇,与形态学鉴定结果相一致。结论应用分子鉴定技术对三峡库区口岸蚊类进行鉴定,可为国境口岸蚊类鉴定提供溯源依据。

关键词：三峡库区口岸蚊类细胞色素c氧化酶亚基ⅰ

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我国室内常见蜚蠊的分子鉴定研究

中国媒介生物学及控制杂志 2018年第1期29卷 20-22,26页

作者：陈红娜褚宏亮刘大鹏周明浩江苏省疾病预防控制中心消毒与媒介生物防制所南京210009

目的分析我国室内15种常见蜚蠊的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因序列,为建立蜚蠊分子鉴定方法奠定基础。方法通过美国国立生物技术信息中心检索我国室内常见蜚蠊线粒体cOⅠ基因序列,应用DNAStar和MEGA 6.0软件进行序列分析,探讨种间... 详细信息

目的分析我国室内15种常见蜚蠊的细胞色素c氧化酶亚基ⅰ(cOⅠ)基因序列,为建立蜚蠊分子鉴定方法奠定基础。方法通过美国国立生物技术信息中心检索我国室内常见蜚蠊线粒体cOⅠ基因序列,应用DNAStar和MEGA 6.0软件进行序列分析,探讨种间差异和遗传关系,利用Neighbor-Joining法构建系统进化树。结果我国室内常见15种蜚蠊种平均进化分歧数为0.166,种间差异较大;系统进化树分析显示,同属蜚蠊cOⅠ分子标记分类结果与传统形态分类学基本一致,且可信度均>91。结论基于658 bp cOⅠ基因序列,可对我国室内部分蜚蠊进行种下水平的分类鉴定,而该基因对于属或科以上水平的区分及少数近缘种的鉴定有所限制。

关键词：蜚蠊分子鉴定细胞色素c氧化酶亚基ⅰ

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福建口岸三蚊种cOI基因序列分析

中国国境卫生检疫杂志 2010年第6期33卷 398-401页

作者：高博王宇平许卿郑芳芳福建国际旅行卫生保健中心福州350001 福建医科大学公共卫生学院福州350004

〔目的〕分析福建口岸白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊细胞色素c氧化酶亚基I（cOI）基因序列,为建立蚊种分子鉴定方法奠定基础。〔方法〕扩增并测定在福建口岸采集的白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊cOI基因序列,与GenBank中相应序列进行对... 详细信息

〔目的〕分析福建口岸白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊细胞色素c氧化酶亚基I（cOI）基因序列,为建立蚊种分子鉴定方法奠定基础。〔方法〕扩增并测定在福建口岸采集的白纹伊蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊cOI基因序列,与GenBank中相应序列进行对比分析。〔结果〕三蚊种cOI基因扩增片段长度约500bp,A＋T含量为65.61%~68.73%。核苷酸同源性分析结果表明,同一蚊种cOI基因同源性为98.1%~100%,三蚊种间基因同源性为84.4%~87.7%;cOI部分基因系统进化关系显示,三蚊种cOI分子鉴定与形态学鉴定结果一致,阿蚊属与伊蚊属聚类为库蚊亚科,按蚊亚科位于系统进化树另一分支。〔结论〕cOI基因核苷酸序列分析可应用于福建国境口岸三蚊种的区分,弥补形态特征信息量不足等传统分类鉴定方法的缺点,为建立外来或新发现蚊种分子鉴定方法奠定基础。

关键词：白纹伊蚊中华按蚊骚扰阿蚊细胞色素c氧化酶亚基ⅰ 序列分析