检索结果-南通市图书馆

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

大豆抗胞囊线虫4号小种基因定位研究

大豆抗胞囊线虫4号小种基因定位研究

作者：闫凯山西大学

学位级别：硕士

大豆胞囊线虫病（Soybean Cyst Nematode,SCN）是大豆生产上的毁灭性病害之一。利用分子标记连锁分析定位大豆胞囊线虫病的抗病QTL,获得连锁标记为分子标记辅助选育抗大豆胞囊线虫病品种奠定基础。本研究以感病品种晋豆28号与抗病品种... 详细信息

大豆胞囊线虫病（Soybean Cyst Nematode,SCN）是大豆生产上的毁灭性病害之一。利用分子标记连锁分析定位大豆胞囊线虫病的抗病QTL,获得连锁标记为分子标记辅助选育抗大豆胞囊线虫病品种奠定基础。本研究以感病品种晋豆28号与抗病品种赤不流黑豆杂交衍生的重组自交系群体（RIL）为试验材料,对其抗病性进行了QTL分析。主要研究结果如下:1.利用主基因+多基因遗传分离分析对双亲及RIL群体抗病性进行遗传分析,结果表明抗胞囊线虫的最适模型是MX2-AI-AI,即2对加性-上位性主基因+加性-上位性多基因混合遗传模型。2对主基因加性效应分别为13.1960和12.9956,主基因上位性效应为12.9731,主基因遗传率为46.10%,多基因遗传率为52.62%。通过对大豆RIL群体进行遗传分析,确定最适模型并掌握其遗传规律,为该群体后代选育大豆抗胞囊线虫提供理论依据。2.利用117对多态性ssr标记对RIL群体及亲本进行扩增。采用软件win QTLcart2.5中的复合区间作图法对大豆抗胞囊线虫4号小种进行QTL分析。结果表明:在RIL群体中,大豆对胞囊线虫4号小种的抗性呈正态连续分布,共检测到2个抗胞囊线4号小种的QTL位点,qSCN4-1在2019年检测到位于A2连锁群（Chr8）的AW132402-Satt089区间内,LOD值为2.50,贡献率为9.01%,加性效应为-11.62;qSCN4-2位于G连锁群（Chr18）的Satt309-Satt235区间内,qSCN4-2同时在2019年和2020年两个环境下检测到。2019年LOD值为2.28,贡献率为8.32%,加性效应为-11.26。其中2020年LOD值为4.71,贡献率为11.01%,加性效应为-11.39。本研究结果为大豆抗胞囊线虫4号小种的精细定位奠定了基础。3.对RIL群体每个家系及双亲进行全基因组重测序分析,构建了高密度Bin Map图谱,总遗传距离长度为3624.391c M,标记之间的平均遗传距离为0.692c M。基于5239个bin marker定位到4个QTL区间,可解释表型变异率在5.08%—6.63%,加性效应大小为-8.60—-9.84。其中qSCN4-3被检测到其贡献率为5.47%,加性效应为-9.03,位于第8号染色体chr08＿bin2358和chr08＿bin2365之间。qSCN4-4被检测到其贡献率为5.67%,加性效应为-9.16,位于第11号染色体chr11＿bin3545和chr11＿bin3551之间。qSCN4-5被检测到其贡献率为6.63%,加性效应为-9.84,位于第18号染色体chr18＿bin5443和chr18＿bin5450之间。qSCN4-6被检测到其贡献率为5.08%,加性效应为-8.60,位于第18号染色体chr18＿bin5450和chr18＿bin5453之间。本研究进一步缩小了QTL位点的区间范围,为大豆抗胞囊线虫研究奠定了基础。

关键词：大豆胞囊线虫（SCN）遗传分析简单重复序列（SSR）全基因组重测序（WGRS）数量性状基因座（QTL）

基于毛花猕猴桃基因组ssr的性别鉴定分子标记的筛选和通用性验证

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于毛花猕猴桃基因组SSR的性别鉴定分子标记的筛选和通用性验证

作者：刘嘉艺合肥工业大学

学位级别：硕士

猕猴桃作为雌雄异株的显花植物,对其生长早期进行性别鉴定具有重要的现实意义。首先,猕猴桃作为经济作物以收获果实为主要盈利,雄性植株种植应少于雌性植株;其次,猕猴桃从播种到多产的成熟期经历时间较长,需要3～5年,童期漫长,而且幼苗... 详细信息

猕猴桃作为雌雄异株的显花植物,对其生长早期进行性别鉴定具有重要的现实意义。首先,猕猴桃作为经济作物以收获果实为主要盈利,雄性植株种植应少于雌性植株;其次,猕猴桃从播种到多产的成熟期经历时间较长,需要3～5年,童期漫长,而且幼苗期雌雄植株形态相似,难以准确有效地进行形态学性别鉴定,这造成了猕猴桃改良和选育的艰难困境。因此,开发用于猕猴桃早期性别鉴定的生物技术或分子标记可以有效的控制栽培过程中的雌雄比例,节省人力物力,提高育种效率,创造更大的经济价值。文章通过开发毛花猕猴桃性别相关的ssr分子标记,以期能在早期鉴定出毛花猕猴桃雌雄植株,提高毛花猕猴桃资源利用率。利用MISA工具从毛花猕猴桃基因组的29条染色体和一条未匹配序列中筛选获得381 250个ssr位点,并对ssr位点的数量与分布特征及碱基的重复类型和重复次数进行统计分析。设计合成265对引物,利用毛花猕猴桃基因组DNA作为模板,采用普通PCR扩增的方法以及聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法筛选出具有性别差异扩增片段的ssr引物。其中序号为Primer000181的引物表现为雄性特异,序号为Primer000081的引物能够在雌性植株和雄性植株中扩增出性别特异的不同大小的基因片段。将这两对引物在毛花猕猴桃5个雄株、2个雌株样本中进行验证,其表现均与前文一致。将与预测结果不符的部分特异性片段进行测序比对,搜索其同源基因,绘制系统进化树,以获取更多ssr位点相关等位基因的信息。同时,使用在中华猕猴桃和山梨猕猴桃复合体群体筛选验证的3对用于性别鉴定的ssr分子标记在猕猴桃种间进行通用性验证,以期能够扩大猕猴桃性别鉴定分子标记的使用范围。本研究印证了利用毛花猕猴桃基因组开发性别鉴定相关ssr分子标记的可行性,并筛选出2对可以鉴定毛花猕猴桃雌雄植株的引物,能够在毛花猕猴桃生长早期可靠、快速的鉴定其性别,如果需要投入使用,还需进一步扩大测试群体,验证鉴定的准确性。通过比对测序实际扩增的特异性片段和预测结果,分析其差异,合理猜测偏差原因。通过基因系统进化树的分析,分析猕猴桃种间的同源基因的进化关系和遗传距离。中华猕猴桃和山梨猕猴桃复合体群体验证的3对用于性别鉴定的ssr分子标记在本研究所试猕猴桃品种间并没有扩增出如之前所报道的性别特异性片段。因此,这3对ssr标记无法在这些猕猴桃品种间进行使用,说明用于猕猴桃属植物通用的性别鉴定的分子标记还需后人进一步筛选验证。

关键词：毛花猕猴桃基因组简单重复序列（SSR）性别鉴定通用性验证

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

菊花EST-ssr标记的开发与应用

武汉大学学报（理学版） 2013年第4期59卷 357-362页

作者：张运兴李卫国申亚琳杨伟鑫河南理工大学资源环境学院河南焦作454000

从NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库下载7 259条菊花相关表达序列标签(EST)序列,经去除冗余序列拼接后得到3 784条Uni-ESTs,总长度为2 088.6kb.用MISA软件查找其简单重复序列(ssr)位点,共获得407个ssr位点,分布于355条EST上,出现的频率为10.76%.在搜索到的EST-ssr中,三核苷酸重复类型占主导地位,所占比例为47.42%.共观察到76种重复基元,出现最多的重复基元是A/T和ACC/GGT,其次为ATC/ATG,AAC/GTT,AC/GT,AAT/ATT.根据搜索结果随机设计了24对菊花EST-ssr引物,对14个菊花品种进行PCR扩增,发现有12对引物有较清晰且稳定的扩增产物(其中10对引物的产物存在多态性),共检出37个位点(其中多态性位点32个),平均每对引物可扩增出3.2条多态性片段.遗传相似性分析显示,14个品种的遗传相似系数在0.61～0.84之间,平均相似系数为0.67.

关键词：菊花表达序列标签（EST）简单重复序列（SSR）遗传多样性

基于ssr的中国柑桔溃疡病菌遗传多样性研究

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于SSR的中国柑桔溃疡病菌遗传多样性研究

作者：卢小林重庆大学

学位级别：硕士

柑桔溃疡病(Citrus Bacterial Canker Disease, CBCD)是由地毯草黄单胞杆菌柑桔致病变种引起的柑桔毁灭性病害，主要侵染芸香科柑桔属、枳属等植物。该病在全球许多柑桔种植国家都有分布。上世纪90年代以来，柑桔溃疡病菌的分类地位发... 详细信息

柑桔溃疡病(Citrus Bacterial Canker Disease, CBCD)是由地毯草黄单胞杆菌柑桔致病变种引起的柑桔毁灭性病害，主要侵染芸香科柑桔属、枳属等植物。该病在全球许多柑桔种植国家都有分布。上世纪90年代以来，柑桔溃疡病菌的分类地位发生了比较大的变化。近年来，依据16SrRNA基因和多基因分类新方法和培养特征等综合分类方法，原来分类系统中的A，B/C/D和E菌系，被划分为三个不同细菌种下的三个亚种：柑桔黄单胞柑桔亚种(Xanthomnas citri subsp.citri)、棕色黄单胞莱檬亚种(X. fuscans subsp.aurantifolii)和苜蓿黄单胞枳柚亚种(X.alfalfaesubsp. citrumelonis)。中国的研究人员对一些省市的柑桔溃疡病菌在生理生化和分子水平上进行了研究，发现中国柑桔溃疡病菌属于新分类系统中的柑桔黄单胞柑桔亚种(Xanthomnas citri subsp.citri)。我国幅员辽阔，柑桔种植面积大，各种植区地理环境差别大，种苗来源广，加之近年来柑桔产业发展迅速，种苗调运频繁，因此，柑桔溃疡病菌可能存在适应性、致病性、流行性上的差异。为此，本课题采集中国各柑桔主产区罹病柑桔叶片、枝条和果实等材料，结合组织分离、纯化、并经致病性与分子鉴定等获得和确认柑桔溃疡病菌菌株，利用柑桔溃疡病菌全基因组筛选的5对简单重复序列(Simple sequence repeat，ssr)分子标记，进行PCR扩增、测序比对，分析来自于不同地区、不同环境条件柑桔溃疡病菌的群体结构和遗传多样性。为在分子水平上，研究来自中国不同地理来源的柑桔溃疡病菌的分化、变异，明确中国柑桔溃疡病菌的遗传多样性和群体结构以及我国柑桔溃疡病菌的遗传变异的现状和成因，为探讨我国溃疡病菌的起源与传播途径提供一定的理论依据。研究获得的主要结果如下： ①从10个省(市/自治区)，不同地理分布、不同柑桔品种采集柑桔样品上百份，经分离纯化，获得51个不同分离菌株，并经病菌形态、分子鉴定并离体接种柑桔叶片，确定所分离纯化到的病菌为柑桔溃疡病菌。 ②采用串联重复序列软件，在柑桔溃疡病菌306标准菌株基因组序列中寻找合适的串联重复序列，最后选用了5个多态性高的串联重复序列(ssr)作为分子标记用于中国柑桔溃疡病菌的遗传多样性分析。 ③根据选定的5对特异性引物，分别以所获得的51株柑桔溃疡病菌株及Xcc306标准菌株的基因组DNA为模板进行PCR扩增，共计扩增出44条等位基因条带，每个位点的等位基因数为5-12条，平均每个位点8.8条;5个位点的Nei’s基因多样性指数分别为0.83、0.64、0.86、0.86、0.54，平均为0.75。 ④52株柑桔溃疡病菌中，02位点基因型为(AACAGCC)和05位点基因型为(TGGGGAT)的菌株所占比率最高。这两种基因型出现在同一菌株中的比率为30.8%，高于其他的基因型，所以这两种基因型在菌株中占绝对优势。 ⑤聚类分析发现52个菌株可划分为6个主要的类群。这些类群与样品的地理来源有很高的相关性，而与柑桔品种关系不大。江西、福建、浙江的菌株亲缘关系比较近，这三个地区与其他省市菌株的亲缘关系较远。结论：本研究中选择的ssr分子标记均能很好的用于研究我国柑桔溃疡病菌的群体结构和遗传变异。中国柑桔溃疡病菌在分子水平上具有丰富的遗传多样性。02位点基因型为(AACAGCC)和05位点基因型为(TGGGGAT)的菌系为优势菌系。病菌的群体结构与地理来源有很大的相关性，采集自同一地理区域的菌株多聚为一类，亲缘关系较近;不同的基因型与柑桔品种间没有明显的相关性。

关键词：柑桔黄单孢菌简单重复序列（SSR）遗传多样性

利用重组自交系群体的水稻耐盐/碱性QTL定位分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

利用重组自交系群体的水稻耐盐/碱性QTL定位分析

作者：梁晶龙重庆师范大学

学位级别：硕士

目前由于施肥灌溉及气候变暖等因素,水稻栽培区土壤的盐渍化日趋严重。土壤盐渍化已经严重的制约了水稻的生产。故此,深入开展水稻的耐盐碱性遗传研究,进而开发出耐盐碱的水稻新品种,对进一步扩大水稻的种植面积、提高水稻的产量、保障... 详细信息

目前由于施肥灌溉及气候变暖等因素,水稻栽培区土壤的盐渍化日趋严重。土壤盐渍化已经严重的制约了水稻的生产。故此,深入开展水稻的耐盐碱性遗传研究,进而开发出耐盐碱的水稻新品种,对进一步扩大水稻的种植面积、提高水稻的产量、保障国家的粮食安全、提高人民生活水平和改善生态环境具有十分重要的意义。本实验以耐盐碱性强的“宜矮1号”籼稻品种与耐盐碱性弱的“丽水糯”籼稻品种为亲本构建重组自交系（RILs） F8为作图群体,利用ssr标记构建遗传连锁图谱。以此图谱为基础对水稻发芽期和苗期耐盐碱相关性状的加性及上位性QTL进行了检测。旨在为水稻耐盐碱相关性状的QTL精细定位,耐盐碱QTL的克隆及ssr分子标记辅助育种提供理论依据。具体实验结果如下： 1、RILs群体在盐胁迫下发芽势相对盐害率表现为具有2-3个峰的偏向高相对盐害率一方的偏态连续分布,发芽率相对盐害率表现为偏向高相对盐害率一方的偏态连续分布,发芽期综合相对盐害率表现为偏向高相对盐害率一方的偏态连续分布;在盐胁迫10d,20d时,死叶率均呈接近正态的连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。盐胁迫10d时,死苗率呈向低死苗率偏向的连续分布,而盐胁迫20d时,死苗率呈向高死苗率偏向的连续分布;碱胁迫第10d-60d范围内,RILs群体死叶率均呈现接近正态的连续分布,碱胁迫第55d时作图群体的死苗率呈较大的表型变异,表现为具有2-3个峰的向低死苗率偏向的连续分布,说明这些性状是由少数几个主效基因和多个微效基因共同控制的数量性状。 2、在盐胁迫下定位到3个与发芽势相对盐害率相关的QTL;2个与发芽率相对盐害率相关的QTL;2个与发芽期综合相对盐害率相关的QTL;5个与盐胁迫下死叶率相关的QTL;6个与盐胁迫下死苗率相关的QTL;32个与水稻发芽期耐碱性状相关的QTL。此外,qSGE12-1与qSEGS12-2同时位于12号染色体的RM7558-RM3739区间、qSGR7-3与qSGR7-4位于7号染色体的RM21201-RM5711区间,控制死叶率表型贡献率为17.36%的qDLRs8-1与控制死苗率表型贡献率为18.66%的qDLRs8-2同时位于8号染色体的RM404-RM547区间,这些位于同一染色体上同一标记区间的QTL有可能为相同的QTL、也有可能这些QTL间存在着紧密连锁、也可能为部分区域重叠,或者为一因多效,由此导致各性状间的相关性。另外,RM404-RM547区间的距离为10.6cM, RM515-RM210区间的距离为18.5cM,因同时检测到表型贡献率相对较大的耐盐及耐碱的QTL。因此,这两区间可在今后以分子标记辅助选择培育耐盐碱的水稻品种过程中加以利用。 3、检测到16对与水稻发芽期盐胁迫下耐盐性状相关的上位性QTL,其中6对与发芽势相对盐害率相关,10对与发芽期综合相对盐害率相关。检测到5对与盐胁迫下死叶率相关,5对与盐胁迫下死苗率相关的QTL。检测到15对与水稻发芽期碱胁迫下耐碱性状相关的上位性QTL,其中1对与碱胁迫下发芽势相对碱害率相关,12对与碱胁迫下发芽率相对碱害率相关,2对与碱胁迫下发芽期综合相对碱害率相关。检测到与水稻幼苗前期碱胁迫下耐碱性状相关的上位性QTL29对,其中12对与碱胁迫下幼苗前期苗高相对碱害率相关,1对与幼苗前期根长相对碱害率相关,14对与幼苗前期根数相对碱害率相关,2对与幼苗前期综合相对碱害率相关。说明加性上位互作QTL与水稻耐盐碱性具有十分密切的关系。 4、在盐胁迫下前期关于死叶率的QTL主要是以加性QTL为主,在后期则是以上位性QTL为主,而与死苗率相关的QTL情况则刚好与死叶率的相反。碱胁迫下从总的表型贡献率来看在第10,20,30,45天与死叶率相关的QTL主要以上位性QTL为主,而在35、55天关于死叶率的QTL主要是以加性QTL为主。 5、控制盐胁迫下发芽率相对盐害率的qSGR7-3、芽期综合相对盐害率的qSEGS7-4与碱胁迫下55天控制死叶率的qDLRa7-1同位于7号染色体的RM21201-RM5711区间;控制盐胁迫下发芽势相对盐害率的qSGE12-1、发芽期综合相对盐害率的qSEGS12-2与碱胁迫下30天控制死叶率的qDLRa12-1同位于12号染色体的RM7558-RM3739区间。这些控制耐盐和耐碱性相关性状的QTL位于同一染色体的同一区间,这些QTL可能有部分重叠的区域或者存在着紧密的连锁或者是一因多效,从而导致水稻耐盐性与耐碱性的相关性。 6、耐盐碱性的增效等位基因既可来源于耐盐碱性强的“宜矮1号”,也可来源于耐盐碱性弱的“丽水糯”说明优异基因资源即可来源于表型好的种质中也可来源于表型差的种质中,故决不能因某品种的表现型较差而予以淘汰。

关键词：水稻盐胁迫碱胁迫数量性状位点（QTL）简单重复序列（SSR）

栉孔扇贝（Chlamys farreri）BAC未端序列中ssr和SNP分子标记的开发及初步应用研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

栉孔扇贝（Chlamys farreri）BAC未端序列中SSR和SNP分子标记的开...

作者：张秀英中国科学院研究生院（海洋研究所）

学位级别：硕士

栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国重要的经济养殖贝类，具有抗逆及快速生长性状群体的选育是栉孔扇贝养殖业得以持续发展的基础。目前迅速发展的分子标记辅助育种技术为优良品种的快速选育提供了有力支撑。本研究以栉孔扇贝为主要研究... 详细信息

栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国重要的经济养殖贝类，具有抗逆及快速生长性状群体的选育是栉孔扇贝养殖业得以持续发展的基础。目前迅速发展的分子标记辅助育种技术为优良品种的快速选育提供了有力支撑。本研究以栉孔扇贝为主要研究材料，探讨研究了栉孔扇贝BAC末端序列中ssr和SNP分子标记的开发检测及初步应用。利用本实验室所构建的栉孔扇贝两个BAC文库，随机挑取10,237个BAC克隆进行末端测序并对得到的序列进行生物信息学分析。得到的BAC末端序列(BAC-ended sequences, BESs)经base-calling，去除载体序列、大肠杆菌E. coli基因组等污染序列后，共得到17,447条BESs(cut-off value=Q20)，平均读长为446bp，测序总长度为7,773,272bp，可覆盖0.63%栉孔扇贝基因组序列。其中14,628条BESs(83.84%)是7,314个BAC克隆双末端均测序成功的结果。分析显示，栉孔扇贝基因组中(A+T)含量为63.45%，(G+C)含量为36.55%，AT含量明显高于GC含量，可见栉孔扇贝基因组序列中AT分布丰富。经Tandemrepeats finder软件分析显示，8,550条BESs含有串联重复序列，占测得序列的49.0％，其中含有的串联重复序列共计17,785个。重复单元为1-6bp的简单重复序列(ssr序列)，≥12bp重复中，以六核苷酸重复为主，五、四核苷酸重复次之，三核苷酸重复最少。经RepeatMasker软件分析，发现了大量的反转录重复元件，其中LTR/Gypsy和LINE/CR1最为丰富，占整个基因组序列的1.87%和1.22%。将栉孔扇贝BESs与Nr、Nt及EST数据库进行blast比对，分别有2,083、1,375和1,901条BESs序列与相应的数据库比对上，其中446(2.56%)条比对上栉孔扇贝相关基因序列。与已完成基因组测序的10种无脊椎动物，以及2种脊椎动物的比较基因组学分析中发现，栉孔扇贝可能与紫色球海胆(Strongylocentrotus purpuratus)亲缘关系最近。利用栉孔扇贝BESs进行了微卫星标记的开发，选择其中14个微卫星标记对大连和青岛两个地理群体进行遗传多样性研究，分析其遗传结构和分化水平。14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143，平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891，平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204，平均期望杂合度He为0.9156和0.9450，多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879，遗传距离为0.7177，平均基因分化指数Fst为0.0243，基因流Nm为10.0179，显示群体间遗传分化程度较弱，遗传变异主要来自于群体内个体之间，经Hardy-Weinberg平衡检验，两群体普遍存在杂合子缺失现象。本研究表明，所开发的BES-ssr是高度多态位点，用于群体遗传多样性分析效果很好，显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。基于栉孔扇贝BESs及本实验室所保存的2005年作图亲本DNA，分别采用PCR扩增后直接测序和基因组测序比对两种策略进行SNP分子标记的开发及检测。第一种策略是根据栉孔扇贝BESs利用BatchPrimer3.0批量设计引物，共合成PCR引物370对，其中260对引物能够在亲本中有效扩增，扩增效率为70.27%。将亲本的PCR扩增产物分别测序，得到的序列利用Sequencer5.0Demo软件进行比对，共开发出候选SNP位点342个，分布在112个BAC克隆上。其中符合拟测交策略的SNP有154个，分布在76个BAC克隆上。利用该方法也开发出19个Indel标记，分布在13个BAC克隆上。这些SNP及Indel标记经分型及连锁分析后可用于遗传图谱的构建。第二种策略是通过基因组高通量测序，获得亲本各约10倍覆盖的Solexa00bpE测序数据，利用ssahaSNP软件进行SNP的筛选，其中比对的参考序列是栉孔扇贝17,447条BESs。设置参数match、identity和map值分别为80、92和2时，得到候选SNP位点222,182个，候选Indel位点41,250个;当这些参数值分别提高到90、95和5时，显示得到53,398个候选SNP位点，7,092个候选Indel位点。为验证这些SNP，选择32个SNP位点设计引物进行验证，32个位点扩增效率为84.38%，测序成功率为77.78%，在可分析数据中验证SNP正确率为76.19%，其中可用于遗传作图的SNP比例为56.25%。研究结果初步证实以BESs为参考序列通过基因组测序后大规模比对筛选SNP的策略是可行的，是进行大规模SNP开发以及构建高密度遗传连锁

关键词：栉孔扇贝（Chlamys farreri） BAC末端序列（BESs）分子标记简单重复序列（SSR）单核苷酸多态性（SNP）

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

缢蛏EST-ssr分布特征及引物开发利用

缢蛏EST-SSR分布特征及引物开发利用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...

作者：刘博邵艳卿滕爽爽柴雪良肖国强浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室

本文利用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏(Sinonovacula constricta)ESTs序列进行了拼接、去冗得到非冗余序列3453条,发掘出含有ssr位点的EST序列267条,共307个ssr位点,候选ssr位点出现频率为8.89%,平均每6.83kb出现1个ssr位点。二核苷酸... 详细信息

本文利用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏(Sinonovacula constricta)ESTs序列进行了拼接、去冗得到非冗余序列3453条,发掘出含有ssr位点的EST序列267条,共307个ssr位点,候选ssr位点出现频率为8.89%,平均每6.83kb出现1个ssr位点。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。设计了40对EST-ssr引物并进行PCR扩增,发现29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物对40个乐清湾缢蛏进行了遗传多样性分析,共检测到等位基因数(N)61个,每个位点的等位基因数变化从2～12个。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(H)、期望杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。

关键词：缢蛏表达序列标签（EST）简单重复序列（SSR）

芸薹属A基因组单一基因微卫星分布及其通用性研究

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

芸薹属A基因组单一基因微卫星分布及其通用性研究

中国园艺学会2010年学术年会

作者：梁翠葛宇曹睿王哲黎瑞源孟金陵朴钟云沈阳农业大学园艺学院华中农业大学

单一基因微卫星(UGMS)标记有别于EST-ssr标记,具有染色体位点单一的优点,适用于分析和评价基因的变异。一套高效的、可转移的、通用UGMS核心引物的筛选对于芸薹属A基因组种质资源的鉴定、杂种优势群划分、遗传多样性分析、品种DNA指纹... 详细信息

单一基因微卫星(UGMS)标记有别于EST-ssr标记,具有染色体位点单一的优点,适用于分析和评价基因的变异。一套高效的、可转移的、通用UGMS核心引物的筛选对于芸薹属A基因组种质资源的鉴定、杂种优势群划分、遗传多样性分析、品种DNA指纹数据库构建等研究具有重要的价值。以2008年11月从NCBI下载的182703条芸薹属A基因组EST序列为来源,利用Seqclean,ESTtrimmerRepeatmasker和CAP3去除冗余后解析出单一基因。利用MISA搜索包含ssr的单一基因,即

关键词：芸薹属单一基因简单重复序列（SSR）单一基因微卫星（UGMS）通用性

利用ssr标记研究桃及近缘种资源的遗传结构、分化与进化

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

利用SSR标记研究桃及近缘种资源的遗传结构、分化与进化

中国园艺学会桃分会成立暨学术研讨会

作者：陈昌文王力荣朱更瑞方伟超曹珂陈巍中国农业科学院郑州果树研究所

采用筛选的14对ssr引物,对桃及其近缘种共12个种223份材料进行了遗传多样性分析。在地方品种(类群1)与近缘种的扩增中共扩增出333条带,多态性百分比为99.7%;在包括一些地方品种(类群2)、育成品种的扩增中共扩增出252条片段,多态位点百... 详细信息

采用筛选的14对ssr引物,对桃及其近缘种共12个种223份材料进行了遗传多样性分析。在地方品种(类群1)与近缘种的扩增中共扩增出333条带,多态性百分比为99.7%;在包括一些地方品种(类群2)、育成品种的扩增中共扩增出252条片段,多态位点百分比为95.6%。经POPGENE软件分析发现,类群1与类群2平均Nei’s基因多样度分别为0.142、0.21;Shannon遗传多样性表型指数分别为0.224、0.334;基因分化系数分别为0.218、0.145,与AMOVA分析结果0.116、0.1288相近。UPGMA聚类分析结果表明,构桃子、光核桃、山桃(不包括白山碧桃)、甘肃桃、白山碧桃、扁桃和新疆桃与普通桃组成一个大分支,并且亲缘关系由远及近,新疆桃在进化分支上与桃为平行进化。榆叶梅、垂枝梅、梅杏、郁李、珍珠梅、美人梅组成的另一个大分支与桃及其部分近缘种组成的大分支也有平行进化的关系。辽梅与桃的亲缘关系最远。普通桃与蟠桃、碧桃与寿星桃亲缘关系都很近。地方品种群间的关系可能是西南衍生了西北品种群、西北又衍生了华北品种群,而华北品种群则分别衍生了东北和长江品种群。中国与东亚的育成品种关系最近,而北美与欧洲的育成品种与亚洲的育成品种关系较远。

关键词：桃简单重复序列（SSR）遗传结构分化与进化