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即时定量PCR法和等位基因特异性寡核苷酸PCR法检测肺腺癌EGFR基因第21号外显子L858R突变的对比性研究

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中华病理学杂志 2011年第5期40卷 338-340页

作者：董丹丹刘卫平唐源邹艳曹梅李芳华四川大学华西医院病理科成都610041 四川省人民医院病理科

自从Lynch等和Paez等发现肺癌细胞中上皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶编码区基因突变以来，研究证明具有EGFR基因第19号外显子（del746-A750）缺失突变或第21号外显子L858R错义突变的肺癌患者使用酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼进行分子... 详细信息

自从Lynch等和Paez等发现肺癌细胞中上皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶编码区基因突变以来，研究证明具有EGFR基因第19号外显子（del746-A750）缺失突变或第21号外显子L858R错义突变的肺癌患者使用酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼进行分子靶向治疗的有效率高达80％以上，而对于缺乏EGFR突变的患者采用上述治疗则基本无效。

关键词： EGFR基因定量PCR法基因突变等位基因特异性外显子寡核苷酸酪氨酸激酶抑制剂肺腺癌

鸡白痢沙门菌等位基因特异性PCR检测方法的建立与应用

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中国家禽 2013年第5期35卷 13-17页

作者：姚远张帆郗正林黄忠阳周涛匡伟王冰心何宗亮王润之南京市畜牧家禽科学研究所江苏南京210036 南京出入境检验检疫局江苏南京210006

参照GenBank公布的鸡白痢沙门菌与鸡伤寒沙门菌fimH基因序列,根据两者在第37和第544位碱基的不同,设计了一对等位基因特异性引物,建立了一种鸡白痢沙门菌等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测方法,并应用该方法对鸡白痢沙门菌临床样品进行了... 详细信息

参照GenBank公布的鸡白痢沙门菌与鸡伤寒沙门菌fimH基因序列,根据两者在第37和第544位碱基的不同,设计了一对等位基因特异性引物,建立了一种鸡白痢沙门菌等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测方法,并应用该方法对鸡白痢沙门菌临床样品进行了检测。结果表明,该AS-PCR的扩增产物大小为543bp,核酸检出限为12.6pg/μL,菌液检出限为2.3×104cfu/mL,适用于鸡泄殖腔拭子、鲜蛋、饲料和饮水中鸡白痢沙门菌的检测。该AS-PCR检测方法具有简便、快速、特异性强、敏感度高等特点,可应用于鸡白痢沙门菌的快速检测。

关键词：鸡白痢沙门菌等位基因特异性 PCR fimH基因

平行等位基因特异性序列分析技术检测HIV-1感染者体内微量耐药病毒

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中华预防医学杂志 2011年第11期45卷 1036-1039页

作者：黄洋刘佳吴云徐维四刘玉磊欧阳雅博马杰高峰邵一鸣马丽英中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心病毒免疫室传染病预防控制国家重点实验室北京102206 北京大学医学部病原生物学系北京青元盛康生物医药科技有限公司美国杜克大学

高效抗病毒治疗（HAART）是目前治疗HIV感染者的首选方法，然而病毒准种中耐药突变的聚集最终会导致治疗的失败。在我国，由于大规模的抗病毒治疗也导致了耐药的发生，并存在较高的逆转录酶抑制剂交叉耐药现象，

关键词：高效抗病毒治疗 HIV-1感染者耐药突变等位基因特异性技术检测序列分析逆转录酶抑制剂体内

经典HLAI类分子等位基因特异性实时定量PCR方法的建立

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经典HLAI类分子等位基因特异性实时定量PCR方法的建立

HLA-A等位基因特异性定量PCR方法的建立

第十届全国免疫学学术大会

作者：潘宁王文君南大航吴士超孙杭缪凤琴陆森姜伟张建琼东南大学医学院南京医科大学第一附属医院

目的 :改变自身经典HLA I分子表达水平是肿瘤细胞、病毒感染细胞常见的免疫逃逸方式。由于HLA I类基因具有高度多态性且共显性表达,绝大多数个体的HLA-A、B、C位点均同时表达两种不同的等位基因。现已明确,不同等位基因产物在调节免疫... 详细信息

目的 :改变自身经典HLA I分子表达水平是肿瘤细胞、病毒感染细胞常见的免疫逃逸方式。由于HLA I类基因具有高度多态性且共显性表达,绝大多数个体的HLA-A、B、C位点均同时表达两种不同的等位基因。现已明确,不同等位基因产物在调节免疫效应细胞功能中发挥着不同的作用。因此,区别检测同一基因位点的不同等位基因表达水平对于理解体内的免疫调节机制非常必要。目前尚无抗体可以区分大量等位基因所编码的蛋白,而以往的定量PCR方法仅能区分不同基因位点,不能区分同一位点两条等位基因的m RNA。因此,本文的目的为建立等位基因特异性定量PCR方法,在汉族人群中检测HLA-A、-B、-C位点每条等位基因的m RNA表达水平。方法 :构建基于HLA I类基因外显子2和3的等位基因数据库,利用Beacon Designer 8.02软件设计等位基因特异性系列引物;在NCBI和HLA数据库中从理论上对引物特异性进行验证;按照基因型频率从高到低从835例汉族人群中选取标本进行扩增,优化PCR方法并检测扩增效率;同时针对每例标本的每条等位基因逐一设立阴性对照,验证方法特异性。结果 :共设计了80对等位基因特异性引物,其中52对引物(HLA-A位点11对,HLA-B位点21对,HLA-C位点20对)通过了理论和实验验证。这些引物仅能扩增该位点的目的等位基因而不扩增另一条等位基因,且扩增效率在90%-110%之间。系列引物覆盖了汉族人群的绝大多数个体(HLA-A引物覆盖了出现频率大于1.8%的所有个体,HLA-B引物覆盖了出现频率大于0.65%的所有个体,HLA-C引物覆盖了出现频率大于0.96%的所有个体)。结论:建立了HLA-A、-B、-C位点等位基因特异性定量PCR方法,在HLA表达相关的病毒免疫、肿瘤免疫、自身免疫等领域研究中具有应用价值。

关键词： HLA I类分子实时定量PCR 等位基因特异性

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HLA-A等位基因特异性定量PCR方法的建立

应用等位基因特异性多重聚合酶链反应同步检测结核分枝杆菌的耐药性

第八届全国免疫学学术大会

作者：潘宁孙杭南大航缪凤琴张建琼东南大学医学院发育与疾病相关基因教育部重点实验室

目的:经典人类主要组织相容性复合体HLA(Human leucocyte antigen)I类分子同时参与调节CTL和NK细胞的杀伤活性,且不同等位基因在调节二者活性中发挥了不同的作用。由于HLAI类分子具有高度多态性,绝大多数个体的HLAI类位点都是杂合子。... 详细信息

目的:经典人类主要组织相容性复合体HLA(Human leucocyte antigen)I类分子同时参与调节CTL和NK细胞的杀伤活性,且不同等位基因在调节二者活性中发挥了不同的作用。由于HLAI类分子具有高度多态性,绝大多数个体的HLAI类位点都是杂合子。目前仅有报道检测同一个体来自父母的两条HLA等位基因表达的总体水平,无法对两条等位基因的表达分别进行定量检测。本实验的目标为设计HLA-A等位基因特异性引物,建立用于区分HLA-A位点不同等位基因mRNA表达水平的实时定量PCR方法,以便分别分析同一个体两条HLA-A等位基因的表达水平。方法:首先构建基于HLAI类基因外显子2和3的等位基因数据库,从中寻找特异性碱基位点,作为引物结合的3’末端碱基,利用Beacon Designer软件进行引物设计;然后对得到的引物分别在BLAST-Primer数据库和IMGT/HLA数据库进行生物信息学筛选;最后采用筛选出的引物,选取已经明确HLAI类基因分型的标本作为阳性参照和阴性参照,建立实时定量PCR方法。结果:设计、筛选出符合实时荧光定量PCR条件的一系列HLA-A等位基因特异性引物。针对每对引物,从本实验室已有的一千余例已知HLAI类等位基因型别的标本中选取适宜的阳性和阴性标本,建立实时定量PCR方法并进行PCR反应效率测定。实验结果符合预期。经过实验验证的引物能够覆盖理论上人群中分布频率大于3%的所有HLA-A等位基因。此项研究为HLA-A位点等位基因表达的定量定性分析提供了方法,在与HLA表达相关的病毒免疫、肿瘤免疫、自身免疫等各个免疫学领域中具有应用价值。结论:建立了用于区分HLA-A位点不同等位基因mRNA表达水平的实时定量PCR方法。

关键词： HLA-A 等位基因特异性表达荧光定量PCR

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中华传染病杂志 2005年第3期23卷 146-149页

作者：金嘉琳张文宏胡忠义陈澍翁心华复旦大学上海医学院附属华山医院传染科上海200040 上海市肺科医院

目的建立可同步检测结核分枝杆菌katG和ropoB基因突变的等位基因特异性多重聚合酶链反应(MASPCR)的方法,以快速检测结核分枝杆菌对利福平(RFP)和异烟肼(INH)的耐药性。方法根据结核分枝杆菌katG和rpoB基因序列,分别设计特异性寡聚核苷... 详细信息

目的建立可同步检测结核分枝杆菌katG和ropoB基因突变的等位基因特异性多重聚合酶链反应(MASPCR)的方法,以快速检测结核分枝杆菌对利福平(RFP)和异烟肼(INH)的耐药性。方法根据结核分枝杆菌katG和rpoB基因序列,分别设计特异性寡聚核苷酸引物,采用MASPCR技术,分别检测katG基因315位点和rpoB基因中531、526和516三个最常见的突变位点。结果19株INH敏感株中均未发现katG基因315位点的突变,耐药株中发现有79.2%(61/77)的菌株存在突变;15株RFP敏感株中未发现rpoB基因突变。MASPCR方法可检测出81.5%(66/81)的利福平耐药株。结论MASPCR方法对katG和rpoB基因的同步检测有较高的敏感性和特异性,有望用于耐药结核分枝杆菌的快速检测。

关键词：分枝杆菌,结核异烟肼利福平抗药性,微生物点突变聚合酶链反应耐药结核分枝杆菌等位基因特异性多重聚合酶链反应同步检测

科学家研究解析苹果转座子插入调控等位基因特异性表达

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农业科技与信息 2023年第2期 13-13页

中国农业科学院果树研究所苹果资源与育种创新团队联合国内外科研机构,从全基因组层面上阐释了苹果转座子(TE)在调控等位基因特异性表达(ASE)方面的重要作用。相关研究成果发表在《植物生物技术杂志》。

关键词：中国农业科学院植物生物技术科研机构果树研究所等位基因特异性研究解析转座子育种创新

应用等位基因特异性PCR检测胆固醇酯转运蛋白基因突变

维普期刊数据库评论

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海南医学院学报 2009年第7期15卷 693-697,701页

作者：周代锋蔡望伟云美玲张勇习隽丽王镇海南医学院生物化学教研室海南海口571101 海南医学院附属医院心内科海南海口570102 海南省老年病医院海南海口571100

目的:建立检测胆固醇酯转运蛋白(cholesterol ester transfer protein,CETP)基因6种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对CETP基因TaqIB(G→A)、I405V(A→G)、D442G(A→G)、R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)这6种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中CETP基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定。结果:在海南汉、黎族人群中,TaqIB(G→A)突变位点可检测出GG、GA、AA3种基因型,I405V(A→G)突变位点可检测出AA、AG、GG3种基因型,D442G(A→G)突变位点可检测出AA、AG2种基因型,但在海南汉、黎族人群中未检测到R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)3种突变类型,用等位基因特异性PCR鉴定的CETP基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合。结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定CETP基因突变类型的可行方法。

关键词：胆固醇酯转运蛋白基因等位基因特异性聚合酶链反应基因分型

应用等位基因特异性PCR检测血管紧张素原基因突变

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海南医学院学报 2010年第10期16卷 1253-1255,1258页

作者：周代锋张云霞张勇陈少华李林江习隽丽王镇海南医学院生物化学教研室海南海口571101 海南省老年病医院海南海口571100 海南医学院

目的:建立检测血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因2种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对AGT基因T174M和M235T这2种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中AGT基因突变类型进行了检测,同时... 详细信息

目的:建立检测血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因2种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对AGT基因T174M和M235T这2种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中AGT基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定。结果:在海南汉、黎族人群中,T174M突变位点可检测出TT、TM、MM 3种基因型,M235T突变位点可检测出MM、MT、TT 3种基因型,用等位基因特异性PCR鉴定的AGT基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合。结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定AGT基因突变类型的可行方法。

关键词：血管紧张素原基因等位基因特异性聚合酶链反应(PCR) 基因分型