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中华血液学杂志 2009年第12期30卷 848-849页

作者：周代锋鲍时翔蔡望伟海南医学院生物化学教研室海口571101 中国热带农业科学院生物技术研究所

目前全世界已报道的β-地中海贫血（地贫）基因突变类型达200多种[人类血红蛋白变异和地贫突变的在线数据库（http：／／***）]，在中国人中至少已发现36种，其中最常见的突变为CD4142（-C3TF）、IVSⅡ654（C→T）、CD17（A→T）、TATA... 详细信息

目前全世界已报道的β-地中海贫血（地贫）基因突变类型达200多种[人类血红蛋白变异和地贫突变的在线数据库（http：／／***）]，在中国人中至少已发现36种，其中最常见的突变为CD4142（-C3TF）、IVSⅡ654（C→T）、CD17（A→T）、TATA盒nt-28（A→G）、CD71—72（＋A）和CD26（G→A），约占我国β-地贫基因突变总数的93％左右。

关键词：贫血病实时荧光等位基因特异 PCR 检测 β-珠蛋白基因

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利用三代测序技术识别小鼠早期胚胎等位基因特异的转录本和剪切事件

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生物技术通讯 2020年第6期31卷 659-669页

作者：袁杰李敏黄诗圣舒文杰任超军事医学研究院辐射医学研究所北京100850 广州大学生命科学学院精准基因编辑工程中心广东广州510006 上海科技大学生命科学与技术学院上海201210

目的:探究三代测序技术在研究小鼠早期胚胎发育过程中等位基因特异的转录组和可变剪切中的优势。方法:收集已发表文献中小鼠早期胚胎的测序数据,用这些数据识别等位基因特异的转录本和可变剪切事件以及差异可变剪切事件,比较二代测序数... 详细信息

目的:探究三代测序技术在研究小鼠早期胚胎发育过程中等位基因特异的转录组和可变剪切中的优势。方法:收集已发表文献中小鼠早期胚胎的测序数据,用这些数据识别等位基因特异的转录本和可变剪切事件以及差异可变剪切事件,比较二代测序数据和三代测序数据识别的结果。结果:小鼠早期胚胎7个阶段的三代测序数据中分别识别出1288、759、734、955、976、953和834个等位基因特异的转录本,值得注意的是50%~94%的等位基因特异的转录本无法被二代测序数据所识别。与二代测序技术相比,三代测序在鉴别可变剪切事件方面具有更高的潜力,并且三代数据可以鉴别出大量准确且特异的剪切结。另外,在每个阶段平均鉴定出650个等位基因特异的可变剪切事件和26个差异可变剪切事件。结论:三代测序技术有助于发现新的等位基因特异的转录本和可变剪切事件以及差异可变剪切事件,从而为早期胚胎发育研究领域提供宝贵的注释资源。

关键词：三代测序技术等位基因特异可变剪切早期胚胎

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基于“三+二”测序的小鼠早期胚胎转录组构建

基于“三+二”测序的小鼠早期胚胎转录组构建

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作者：袁杰军事科学院

学位级别：硕士

本文的目的是证明与传统的二代短读长测序技术相比,使用三代长读长测序与二代短读长测序技术的结合在小鼠早期胚胎转录组学研究方面的优势。基于这种优势识别先前未被注释的基因、同源异构体、可变剪接以及等位基因特异的转录本和可变剪... 详细信息

本文的目的是证明与传统的二代短读长测序技术相比,使用三代长读长测序与二代短读长测序技术的结合在小鼠早期胚胎转录组学研究方面的优势。基于这种优势识别先前未被注释的基因、同源异构体、可变剪接以及等位基因特异的转录本和可变剪接,生成一个更加全面的小鼠早期胚胎高分辨率的转录组注释。同时探索新注释的资源在早期胚胎各个阶段的动态变化,研究这种变化背后相关的功能元件与调控机理,为深入的探究小鼠早期胚胎发育机制奠定基础。我们收集了小鼠早期胚胎七个阶段（精子、卵母、1细胞、2细胞、4细胞、8细胞和囊胚）的样本,并分别使用二代和三代测序技术对其进行了RNA-seq测序,随后对这两个数据集进行了生物信息学分析。我们利用Pac Bio平台的Iso-seq3流程在三代测序数据上识别了全长转录本,并且使用Cuffcompare与GENCODE注释进行比较,得到先前未被注释的新基因和同源异构体。随后使用blastp和hummer将新识别蛋白编码转录本与数据库进行比对,对其进行同源性分析,并使用big Wig Average Over Bed计算新识别的非编码转录本的phylo P和phast Cons分数。使用salmon等工具完成了二代测序数据对长读长转录本的定量。同时我们使用PCR扩增和Sanger测序对新识别的基因和转录本进行了实验验证。我们使用SUPPA2在分别两个数据集上识别了可变剪接事件和差异可变剪接事件。借助SNPsplit和GMAP以及STAR等工具识别了等位基因特异的转录本。利用大量生物信息学工具和我们自己编写的python和R脚本的组合,完成了小鼠早期胚胎二代与三代转录组测序数据的分析。我们使用二代测序（Illunima）与三代测序（Pac Bio）技术的结合揭示了小鼠早期胚胎转录组的复杂性与新颖性,在先前未被注释的区域识别了2280个新转录本,并且在注释基因区域识别了6289个新的同源异构体。随后使用二代测序数据分别对注释的和新识别的全长转录本进行定量,同时也描绘了全长转录本在七个阶段的动态表达趋势,我们发现注释的和新识别的全长转录本都在早期胚胎中大量表达,且具有相似的表达规律。通过对新识别的蛋白编码的转录本进行同源性分析发现绝大部分的转录本能在数据库中找到其对应的同源产物。我们还对新识别的非编码的转录本进行了保守性分析,结果表明大量的转录本在物种间具有高度的保守性。接着利用已发表的H3K4me3（histone H3 lysine 4 trimethylation）数据和CAGE（cap analysis of gene expression）数据对新识别的转录本进行了验证,进一步得到了高置信度的转录本的数据集。我们还比较了仅使用二代数据和二代数据结合三代数据在识别新转录本方面的潜力和转录本定量方面的差异,结果表明,二代数据加三代数据的结果明显优于仅使用二代数据。并且由于三代数据的测序深度低于二代数据,二代数据也能识别出一部分三代数据所不能识别的转录本。随后利用二代与三代测序数据识别了可变剪接与差异可变剪接事件,结果显示,与二代测序技术相比,三代测序数据能够识别更高比例的未被注释的新可变剪接事件。接着探讨了可变剪接与差异可变剪接在早期胚胎各个阶段的动态变化,发现七种类型的可变剪接与差异可变剪接事件的变化都非常剧烈,从而使得转录本也急剧变化。我们识别出一个属于Kdm4dl基因的新同源异构体,和一个命名为XLOC＿004958的新的非编码基因,借助实验的方法发现Kdm4dl的新同源异构体具有改良的m RNA阅读框,并且Kdm4dl或XLOC＿004958的缺失会导致囊胚发育异常。通过比较二代测序数据与三代测序数据识别的等位基因特异的转录本,发现在七个阶段中有50-94%的等位基因特异的转录本仅能被三代数据识别而不能被二代数据识别。我们也在等位基因特异的转录本的基础上识别了等位基因特异的可变剪接事件和差异可变剪接事件,平均每个阶段能鉴别出230个等位基因特异的可变剪接事件和26个差异可变剪接事件。我们的分析证明,与仅使用二代测序数据相比,三代测序结合二代测序能够识别更多的新转录本、可变剪接事件以及等位基因特异的转录本和可变剪接,且其能更加精准的对转录组进行定量。利用三代测序结合二代测序的优势,我们提供了一个包含等位基因特异的转录本和剪接事件在内的高分辨率、更高精度的转录组,为更深入探究小鼠早期胚胎发育机制奠定了基础。此外,早期胚胎的转录组存在剧烈的动态变化,这一现象能为后续深入研究早期胚胎调控机理提供潜在的方向。

关键词：三代测序技术早期胚胎同源异构体可变剪接等位基因特异

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毛细管电泳在点突变筛选中的应用

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麦类文摘 1998年第5期 1-6页

作者： KeithR.Mitchelson 籍越孙治强

DNA 突变检测在许多领域(分子生物学、生态学、系统发育学和药物学)中十分重要,并已成为致病基因的特性鉴定和人类遗传疾病诊断的中心工作。已有几篇很好的综述性文章对点突变检测方法进行了详细的描述(Prosser,P.,1993;Hayashi,K.,1992... 详细信息

DNA 突变检测在许多领域(分子生物学、生态学、系统发育学和药物学)中十分重要,并已成为致病基因的特性鉴定和人类遗传疾病诊断的中心工作。已有几篇很好的综述性文章对点突变检测方法进行了详细的描述(Prosser,P.,1993;Hayashi,K.,1992;Smooker,P M.等,1993;Mitchelson,K.R.等,1995)。这些方法可大致分为两类:(1)检测已知突变的方法;(2)检测未知突变的方法。检测已知突变的方法(Hayashi.K.,1992)包括:等位基因特异的寡聚核苷酸杂交、等位基因特异扩增(ASA)。

关键词：毛细管电泳分辨率突变筛选突变检测方法点突变快速分析琼脂糖凝胶电泳等位基因特异片段突变分析

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