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KI多瘤病毒全基因组序列测定和种系分析

中国病毒病杂志 2015年第2期5卷 130-135页

作者：修文琼郑奎城刘光华康育兰吴冰珊陈炜福建省疾病预防控制中心福建福州350001 福建省人兽共患病研究重点实验室福建福州350001 福建医科大学教学医院福建省妇幼保健院福建福州350001

目的了解KI多瘤病毒（karolinska institutet polyomavirus,KIPyV）在我国福州儿童呼吸道感染中的检出情况及与呼吸道疾病的关系,并对毒株进行全基因组序列测定和种系分析。方法收集2007年11月~2014年3月在福建省福州市妇幼保健院因呼... 详细信息

目的了解KI多瘤病毒（karolinska institutet polyomavirus,KIPyV）在我国福州儿童呼吸道感染中的检出情况及与呼吸道疾病的关系,并对毒株进行全基因组序列测定和种系分析。方法收集2007年11月~2014年3月在福建省福州市妇幼保健院因呼吸道感染住院的重症监护病房（PICU）的235例小儿鼻咽抽取物样本,通过巢式PCR扩增法用2对特异引物对KIPyV的VP1基因片段进行检测。对检测出的1株KIPyV（FZ52）用4对全基因序列引物进行扩增和拼接,获得该株病毒的全基因组序列,上传GenBank并与基因库中国外其他8株KIPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对,并做种系分析。结果从中发现1例KIPyV感染阳性病例,检测阳性率为0.4%,没有检测出KIPyV与其他呼吸道病毒的混合感染,如甲、乙型流感病毒（influenza type A or B virus,Flu A or B）、呼吸道合胞病毒（respiratory syncytial virus,RSV）、人偏肺病毒（human metapnumovirus,HMPV）、人博卡病毒（human bocavirus,HBoV）、WU多瘤病毒（WU polyomavirus,WUPyV）等。与参考株斯德哥尔摩的S60相比,有8个核苷酸不同,推导出的氨基酸序列有3处不同。同时,也将该序列与国内毒株的部分核苷酸序列进行比对分析。FZ52株与斯德哥尔摩的S380株关系较近,FZ52株、S380株与聚成一簇的S350株和布里斯班的B003株关系较近。结论种系分析显示中国福建福州的FZ52株与瑞典的S380株关系最近。

关键词： KI多瘤病毒全基因组序列测定种系分析

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2株WU多瘤病毒全基因组序列测定和分析

病毒学报 2011年第2期27卷 165-169页

作者：修文琼沈晓娜刘光华谢剑锋康育兰王美爱张文清翁其珠严延生福建省疾病预防控制中心病毒科福州350001 福建省妇幼保健院小儿科福州350001

WU多瘤病毒(WUPyV)是多瘤病毒科多瘤病毒属的新成员,近来发现与人呼吸道感染等有关。本研究对2株WUPyV进行全基因组序列测定和拼接,获得这2株病毒全基因组序列,并与已上传到GenBank的国内外几株WUPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比... 详细信息

WU多瘤病毒(WUPyV)是多瘤病毒科多瘤病毒属的新成员,近来发现与人呼吸道感染等有关。本研究对2株WUPyV进行全基因组序列测定和拼接,获得这2株病毒全基因组序列,并与已上传到GenBank的国内外几株WUPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对和系统进化分析。这2株WUPyV是环状、双链DNA病毒,基因组全长5 228bp,比GenBank已知WUPyV全序列少1bp。缺失的一对碱基位于位点4 536处,属于大T抗原的非编码区。病毒全基因组编码5个蛋白,分别是3个衣壳蛋白VP2、VP3、VP1与大T抗原和小T抗原。系统进化分析显示相对中国福建福州的FZ18株,另一株FZTF株与参考株-澳大利亚的B0株关系较近。

关键词： WU多瘤病毒基因种系分析

2010年福建省手足口病患者中柯萨奇B5病毒的序列分析

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中国人兽共患病学报 2011年第12期27卷 1086-1089页

作者：翁育伟周朝晖陈炜郑奎城严延生福建医科大学福州350001 福建省疾病预防控制中心福州350001

目的了解福建省手足口病患者中CVB5(Coxsackie virus B5)病毒的变异及进化特征。方法采集2010年福建省手足口病例呼吸道标本,经RD细胞分离肠道病毒。病毒分离上清用于RNA提取并经RT-PCR法鉴定病毒型别。对鉴定为其他肠道病毒(非EV71或CV... 详细信息

目的了解福建省手足口病患者中CVB5(Coxsackie virus B5)病毒的变异及进化特征。方法采集2010年福建省手足口病例呼吸道标本,经RD细胞分离肠道病毒。病毒分离上清用于RNA提取并经RT-PCR法鉴定病毒型别。对鉴定为其他肠道病毒(非EV71或CVA16)的病毒,扩增病毒完整VP1区,扩增产物经克隆、筛选后测序。应用Mega软件对病毒VP1序列进行比较和种系进化分析。结果从2010年福建省手足口病患者中扩增得到6株完整的VP1区序列,序列比对证实有4株CVB5病毒,其他2株为Echo9病毒。序列差异比较表明,分离自福建省的CVB5病毒一致性程度较高,在种系进化上处于独立的进化分支,而与国内其他省份或其他国家的CVB5病毒分离株比较则有较大差异。结论 2010年福建省手足口病患者中存在CVB5病毒的感染,病毒与既往其它省份分离株有较大差异,提示CVB5病毒在福建省具有独特的传播链。

关键词：手足口病柯萨奇B5 种系分析

人冠状病毒HKU1 N和S蛋白基因序列及进化分析

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中国人兽共患病学报 2018年第6期34卷 527-531页

作者：修文琼郑奎城吴冰珊谢剑锋黄萌康育兰刘光华福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350001 福建医科大学教学医院福建省妇幼保健院福州350001

目的了解人冠状病毒HCoV-HKU1在我国福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染情况以及病毒N基因和S基因的系统进化特征。方法通过RT-PCR法对2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的266例小儿鼻咽抽取物标本进行4种... 详细信息

目的了解人冠状病毒HCoV-HKU1在我国福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染情况以及病毒N基因和S基因的系统进化特征。方法通过RT-PCR法对2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的266例小儿鼻咽抽取物标本进行4种人冠状病毒的检测和人冠状病毒HCoV-HKU1的确认检测,测序并BLAST比对分析8份人冠状病毒阳性产物。结果在266例标本中检出2例HCoV-HKU1感染阳性病例,检出率为0.75%(2/266)。这两例患儿一例诊断为支气管炎、一例诊断为急性重症肺炎。通过检测都发现混合感染了人副流感病毒3型(HPIV-3)。对这两株病毒FZ90和FZ96的N和S蛋白基因进行序列测定、拼接和系统进化分析;结果表明这2株HCoV-HKU1都属于HKU1基因型A。结论人冠状病毒HCoV-HKU1可能是儿童下呼吸道感染中较为重要的一种病原,混合感染导致儿童病情加重。

关键词：呼吸道感染人冠状病毒HCoV-HKU1 基因序列测定种系分析

龙岩市手足口病病原体柯萨奇B5病毒基因特征分析

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中国病原生物学杂志 2014年第11期9卷 987-991页

作者：廖琳虹何云陈前进曹春远吴水新张彦锋何春荣龙岩市疾病预防控制中心福建医科大学龙岩市疾病预防控制中心教学点福建龙岩364000

目的了解龙岩市手足口病病原体柯萨奇B5病毒（Coxsackie virus B5,CVB5）VP1区基因特征及变异情况。方法对2011年采自确诊手足口病患者的Real-time RT-PCR法检测肠道病毒通用引物阳性而肠道病毒71型（enterovirus 71,EV 71）和柯萨奇病... 详细信息

目的了解龙岩市手足口病病原体柯萨奇B5病毒（Coxsackie virus B5,CVB5）VP1区基因特征及变异情况。方法对2011年采自确诊手足口病患者的Real-time RT-PCR法检测肠道病毒通用引物阳性而肠道病毒71型（enterovirus 71,EV 71）和柯萨奇病毒A 16型（Coxsackie virus A 16,CVA16）阴性未分型样品,经RD细胞分离肠道病毒。从培养上清中提取RNA核酸,经RT-PCR法初步鉴定病毒型别。应用187/222引物对扩增病毒株的VP1区,回收产物经克隆、筛选后测序。采用ClustalX、Mega5.0进行核苷酸及氨基酸序列同源性分析和进化树构建。结果 104份未分型样品中分离到3株CVB5。3株CVB5分离株VP1区长度为330-357个核苷酸,编码110-119个氨基酸。3株间的核苷酸同源性为97%-99%,氨基酸同源性为84%-99%。比较推导的氨基酸序列,FJLY2011126h株VP1与另外2株龙岩分离株相比有18个位点差异,核苷酸序列287-288位发生插入突变,第290、291、338、339位发生颠换,与2010年长春株JN695051的同源性最高（核苷酸同源性95%-98%,氨基酸同源性84%-99%）。结论 2011年福建省龙岩市手足口病患者中存在CVB5感染,病毒与2005年法国株和国内山东、长春、昆明、浙江病毒株属同一型别。

关键词：手足口病柯萨奇病毒B5 VPl区种系分析

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

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中国病原生物学杂志 2014年第4期9卷 327-330页

作者：廖亦红陈前进曹春远何云张彦锋李美华郭贞钻福建省龙岩市疾病预防控制中心福建龙岩364000 福建医科大学龙岩市疾病预防控制中心教学点福建龙岩364000

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VP... 详细信息

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组16型 VPl基因种系分析

2009年龙岩市人肠道病毒71型VPl基因特征分析

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海峡预防医学杂志 2011年第2期17卷 15-18页

作者：陈前进罗招福李新文曹春远何云廖亦红林露凌龙岩市疾病预防控制中心福建364000 福建医科大学龙岩市疾病预防控制中心教学点龙岩364000 南方医科大学公共卫生与热带医学学院广州510515

目的分析2009年龙岩市流行的人肠道病毒71(EV71)分离株的分子生物学特征。方法从手足口病例的153份咽拭标本中分离EV71病毒株,选取其中3株,用RT-PCR扩增VP1基因片段,并进行测序和病毒种系进化等分析。结果 3株EV71均为C4基因亚型,与其... 详细信息

目的分析2009年龙岩市流行的人肠道病毒71(EV71)分离株的分子生物学特征。方法从手足口病例的153份咽拭标本中分离EV71病毒株,选取其中3株,用RT-PCR扩增VP1基因片段,并进行测序和病毒种系进化等分析。结果 3株EV71均为C4基因亚型,与其他省份C4亚型分离株的同源性为94.8%～99.0%;其中EV71/FJ-LY241/09和EV71/FJLY299/09具有更高的同源性,而另1株EV71/FJLY231/09与其他2株距离稍远。氨基酸序列分析表明,3株病毒的VP1具有3个氨基酸位点差异。结论 2009年龙岩市流行的EV71为C4基因亚型,与目前国内其他省份流行的毒株无显著差别,但不同分离株有一定差异,其原因需进一步监测和研究。

关键词：手足口病肠道病毒71型 VP1基因种系分析