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基于DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶的物种鉴定

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食品安全质量检测学报 2023年第14期14卷 236-244页

作者：叶晓康李艳芬董慧王树启温小波林帆汕头大学海洋科学研究院广东省海洋生物技术重点实验室汕头515063 汕头市鱼胶海味协会汕头515063 汕头市颐膳美食品有限公司汕头515031 华南农业大学海洋学院广州510642

目的运用DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶进行物种鉴定。方法通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome c oxidase,COI)基因、测序,用生命条形码数据(barcode ... 详细信息

目的运用DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶进行物种鉴定。方法通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome c oxidase,COI)基因、测序,用生命条形码数据(barcode of life data,BOLD)物种鉴定系统,与数据库中已有鱼类序列进行比对分析,鉴定出各鱼胶的物种;根据Kimura双参数模型计算样品序列遗传距离,并将所得序列使用邻接法(neighbor-joining,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树,进行聚类分析。结果26份鱼胶样品通过鉴定引物“Fish-F”“Fish-R”均可实现扩增,条带清晰,扩增和测序成功率均为100%;BOLD鉴定结果显示,26份鱼胶样品中23份能够确定物种来源(相似性达98%以上),包括石首鱼科12属15种鱼类,且多数为外来物种,另外3份鱼胶可推测其近缘物种。此外,系统发育树聚类分析结果与物种鉴定结果一致。结论目前石首鱼类鱼胶来源物种较多,且多为外来基原鱼种。DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合,可对大部分鱼胶进行准确的物种鉴定。

关键词：鱼胶 DNA条形码 COI基因物种鉴定石首鱼科

石首鱼科受γ射线辐射损伤生理响应及对放射性核素富集的研究

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石首鱼科受γ射线辐射损伤生理响应及对放射性核素富集的研究

作者：杨青川厦门大学

学位级别：硕士

随着近二十年来我国滨海核电的大力发展,沿海生态环境面临的放射性污染风险增加,同时受苏联切尔诺贝利核电站事故和日本福岛核电站事故的影响,国际社会愈加重视核辐射对地球大生态系统中非人类物种可能造成的影响,其中对海洋非人类物种... 详细信息

随着近二十年来我国滨海核电的大力发展,沿海生态环境面临的放射性污染风险增加,同时受苏联切尔诺贝利核电站事故和日本福岛核电站事故的影响,国际社会愈加重视核辐射对地球大生态系统中非人类物种可能造成的影响,其中对海洋非人类物种的电离辐射生物效应已成为国内外学者研究的热点领域之一。研究表明,一定剂量的电离辐射,可能对生物体生长发育、繁殖、遗传等生物学特征造成影响。相比于国外已开展的研究,我国在水生生物特别是海洋生物的辐射效应研究方面起步较晚,可参考的生物物种基础数据不足,难以进一步开展核辐射对海洋生态系统造成的放射性风险评估研究。本论文针对海洋经济鱼类开展相关的辐射生物效应研究,以闽东某核电站周边海域中主要经济鱼类石首科鱼类为研究对象,通过室内模拟和现场调查的方式开展了大黄鱼（Pseydosciaenaa crocea）受γ射线外照射后产生的生理响应以及黄姑鱼（Nibea albiflora）对放射性核素富集的研究,获得大黄鱼幼鱼在死亡率、摄食率、抗辐射氧化损伤、消化等生理特性方面的辐射损伤情况以及黄姑鱼成鱼的不同组织、器官的富集放射性核素的活度水平。本研究的开展,期望为海洋鱼类的辐射影响研究提供数据支撑,为滨海核电周边海域环境放射性安全评估提供科学依据,为我国开展海洋非人类物种的电离辐射生物学效应研究提供思路。研究结果包括:1.通过对大黄鱼幼鱼使用不同剂量（0、4、8、16、32 Gy）的60Coγ射线外照射,分别从死亡率、体重体长、抗氧化能力和消化能力等指标,观察分析了大黄鱼幼鱼生长的γ射线辐射损伤情况。结果表明大黄鱼幼鱼在不同剂量的Y射线照射条件下:（1）对体重、体长和器官指数等的影响不显著;（2）死亡率随着剂量的增大而升高;（3）摄食率随剂量的增大而下降;（4）对肝脏的抗氧化能力及肠道的消化能力的刺激或抑制作用表现不同,其中,低剂量辐照组在照射后前期有显著促进作用,表现为除丙二醛（Maleic Dialdehyde,MDA）外超氧化物歧化酶（Superoxide Dismutase,SOD）、总抗氧化能力（Total Antioxidant Capacity,T-AOC）、淀粉酶、胰蛋白酶的活性以及谷胱甘肽（Glutathione,GSH）含量均升高,但随时间增加趋于正常,中、高剂量辐照组在养殖周期内均呈抑制状态,内脏器官相应生理生化指标等呈下降趋势并造成幼鱼不可逆的损伤。2.通过现场采集闽东某核电站周边海域水产养殖基地中的黄姑鱼成鱼,比较分析了其不同组织、器官中富集人工和天然核素的放射性核素活度水平。结果显示:（1）黄姑鱼四种组织器官（肌肉、骨、内脏、鳃）对不同放射性核素的富集能力明显不同,在人工放射性核素富集能力方面,对137Cs由高到低依次为肌肉＞内脏＞骨和鳃,对90Sr 由高到低依次为肌肉＞骨＞鳃＞内脏;在天然放射性核素富集能力方面,对40K由高到低依次为肌肉＞内脏＞鳃＞骨,对232Th由高到低依次为肌肉＞骨＞内脏＞鳃,对210Po由高到低依次为内脏＞鳃＞骨＞肌,对226Ra的富集规律不明显但鱼骨的累积量最大;（2）由于210Po在生物体内富集系数高且富集量大,对生物体造成的辐射剂量贡献率高,本论文将现场采集的其他8种生物包括大弹涂鱼（Boleophthalmus pectinirostris）、龙头鱼（Harpadon nnehereus）、牡蛎（ostrea gigas tnunb）、藤壶（Balanus）、螠蛏（Sinonovacula constricta）、毛蚶（Scapharca subcrenata）、日本蟳（Charybdis japonica）、虾姑（Oratosquilla oratoria）等可食部分中的210Po 比活度进行了比较分析,结果显示210Po在不同种类生物体内的平均比活度由高到低依次为贝类＞甲壳类＞鱼类,黄姑鱼肌肉中210Po 比活度为3.48 Bq·Kg-1 鲜,低于我国现行国标海产品中210Po限制浓度（15 Bq·Kg-1）;（3）结合国家标准《放射性核素摄入量及内照射剂量估算规范》（GB/T 16148-2009）,估算了沿海居民食入黄姑鱼肌肉所致放射性核素的待积有效剂量为76.63 μSv.a-1,这一结果明显低于我国现行国标中规定的放射性核素年摄入量限值;（4）经估算食入9种海产品所致210Po摄入量,上述单一海产品导致的210Po年摄入总量均低于现行国标中210Po的年摄入量限值（2200 Bq·a-1）。本论文首先基于生物学和毒理学的研究方法,对我国海洋经济物种石首鱼科中大黄鱼电离辐射损伤生理响应进行了研究,可为我国海洋经济鱼类辐射生物效应的研究提供基础数据;其次,基于生物核素富集的研究方法,对我国闽东某核电附近海域中海洋经济物种石首鱼科中黄姑鱼各组织器官核素富集状况进行了研究,同时评估了同一海区中9种主要海产品富集210Po的活度水平,该部分的研究可为我国沿海

关键词：石首鱼科辐射损伤生理响应核素富集

基于线粒体CO1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

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海洋与湖沼 2010年第2期41卷 223-232页

作者：柳淑芳陈亮亮戴芳群庄志猛中国水产科学研究院黄海水产研究所山东省渔业资源与生态环境重点实验室青岛266071 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),... 详细信息

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。

关键词：石首鱼科 CO1基因 DNA条形码分子系统分类

基于RAG1基因的中国近海13种石首鱼科鱼类系统进化关系

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水产学报 2012年第1期36卷 9-16页

作者：马春艳马凌波倪勇沈盎绿张永中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室

为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化... 详细信息

为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化树。将所得的分子数据与形态学分类进行比较,推论如下:(1)中国近海石首鱼类分为两个类群。(2)叫姑鱼亚科与石首鱼亚科以极高的置信度(90%)聚类,并处于系统进化树的基部,支持了形态学上二者是原始种类的分类观点。(3)分子系统树显示黄姑鱼属比银姑鱼属更为原始,但二者在形态分类上归为一个亚科的观点有待进一步商榷。(4)支持尖头黄鳍牙与银牙置于同一牙亚科的不同属的观点。(5)支持了形态学上黄鱼亚科分化最晚的结论。

关键词：石首鱼科 RAG1基因系统进化

大黄鱼微卫星标记引物在石首鱼科几个近缘种中的通用性研究

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中国水产科学 2008年第2期15卷 237-243页

作者：林能锋苏永全丁少雄王军厦门大学海洋与环境学院海洋学系厦门大学海洋与环境学院海洋学系福建厦门361005福建省农业科学院生物技术研究所福建福州350003

本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄... 详细信息

本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙(Otolithes argenteus)中得到6个可扩增位点(PC1C4,PC4H12,PC7A2,PC7H4,PC10F10,PC10G6),在鮸状黄姑鱼(Nibea miichthioides)、丁氏(Wak tingi)和眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)中各得到5个可扩增位点,在浅色黄姑鱼(N.Chui)和尖头黄鳍牙(Chrysochir aureus)中各得到4个可扩增位点,在皮氏叫姑鱼(Johnius belengerii)中得到3个可扩增位点(PC7H4,PC10F10,PC10G6)。位点PC10F10和PC10G6引物在10个种中都可得到清晰的扩增产物,可作为10种石首鱼的通用标记。引物PC5E11和PC8F5只在黄鱼亚科中得到扩增产物,为黄鱼亚科特异性标记。

关键词：大黄鱼微卫星标记石首鱼科通用性

中国近海石首鱼科鱼类DNA条形码及分子系统学研究

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中国近海石首鱼科鱼类DNA条形码及分子系统学研究

作者：吕金磊暨南大学

学位级别：硕士

石首鱼科(Sciaenidae)鱼类简称石首鱼类,在中国海洋渔业中占有重要的地位,其中大黄鱼(Larimichthys crocea)和小黄鱼(L.polyactis)位列中国的四大海产,黄唇鱼(Bahaba taipingensis)、褐毛鲿(Megalonibea fusca)等价值不菲,但近年来海洋捕捞、环境污染等问题使石首鱼科的一些种类数量剧减,甚至有些濒临灭绝。迄今已报道的中国石首鱼类约有18属35种,因外部形态极为相似,且传统的分类鉴定多依据内部解剖特征,导致物种鉴定困难,目前系统发育关系仍存争议。本文分析了中国近海石首鱼科18属34种269个体标准DNA条形码线粒体COI基因序列,并将测序的17种鱼的COI、Cytb和ND2基因全长序列与GenBank下载的24种石首鱼的同源序列结合进行系统发育分析,旨在丰富中国石首鱼类DNA条形码数据库,探讨部分属种的有效性和系统发育关系,结果如下:基于DNA条形码序列的系统树与ABGD分析一致分为32个分支,基于K2P模型的分支间平均遗传距离为0.239(0.0376～0.399),均大于2%阈值;分支内平均遗产距离为0.0026(0～0.014),均小于2%阈值;分支间平均遗传距离约为分支内的92倍,形成明显的DNA条形码间隙。除单一序列物种形成的单种支外,其它28分支中有18个为单种支(64%),由多个物种混杂而成的分支占25%,而同一物种被分到不同分支(该物种布及的所有分支)达到25%;表明DNA条形码分析结果与传统形态分类存在一定差异,石首鱼类的形态分类较为混乱。研究结果支持黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)与棘头梅童鱼(C.lucidus)分为2个种的分类处理。双棘原黄姑鱼(Protonibea diacanthus)可能经历了近期辐射进化或存在较高的多样性;褐毛鲿、斑点翼牙?(Pterotolithus maculatus)可能存在杂交现象、不完全谱系分选或人为错鉴;浅色黄姑鱼(Nibea coibor)与黑缘黄姑鱼(N.soldado)的关系还需进一步研究;DNA条形码未能有效鉴定日本银身?(Argyrosomus japonicus)和厦门银身?(A.amoyensis);叫姑鱼属(Johnius)可能普遍存在鉴定问题。不同分子标记的系统发育分析存在一定差异,但整体而言,黄鱼属、叫姑鱼属、梅童鱼属、黄姑鱼属均为单系;支持现双棘原黄姑鱼的分类地位;白姑鱼(Pennahia argentatus)、大头白姑鱼(P.macrocephalus)和斑鳍白姑鱼(P.pawak)为单系;叫姑鱼属与其它各属的亲缘关系较远。亚科水平,除叫姑鱼亚科(Johniinae)可能为单系外,其它各亚科无明显单系性,表明基于形态特征的石首鱼科的系统发育关系需要进一步研究。

关键词：石首鱼科 DNA条形码分子系统发育线粒体COI 中国近海

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西北非石首鱼科鱼类及其渔业

现代渔业信息 1990年第6期5卷 10-16页

作者：邓思明中国水产科学研究院东海水产研究所

石首鱼类是西非沿海国家传统渔业对象之一,也是我国西非捕捞船队的主要渔获对象。自1985年3月,我国首批远洋捕捞船队进入西非海区生产以来,目前已得到稳步发展,但有关鱼种识别,主要鱼种的生活习性、分布和资源利用等情况,尚欠了解。为此... 详细信息

石首鱼类是西非沿海国家传统渔业对象之一,也是我国西非捕捞船队的主要渔获对象。自1985年3月,我国首批远洋捕捞船队进入西非海区生产以来,目前已得到稳步发展,但有关鱼种识别,主要鱼种的生活习性、分布和资源利用等情况,尚欠了解。为此,本文依各鱼种的主要鉴别特征。对现存的16个种进行了分类检索。而有关的习性、分布以及西北非石首鱼渔业等。也尽可能地作了介绍.

关键词：鱼类石首鱼科种类渔业西北非

基于CO Ⅰ基因的DNA条形码技术在石首鱼科鱼类系统分类中的应用

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渔业研究 2019年第5期41卷 359-365页

作者：徐春燕刘勇马超庄之栋沈长春蔡建堤福建省水产研究所福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室

为探讨DNA条形码技术在石首鱼科鱼类物种鉴定中的有效性,本研究扩增测序7个物种的石首鱼科CO Ⅰ基因序列,并从GenBank下载同源序列,最终获得石首鱼科14属23种65个个体的CO Ⅰ基因进行序列分析和系统进化研究。结果表明,石首鱼科CO Ⅰ基... 详细信息

为探讨DNA条形码技术在石首鱼科鱼类物种鉴定中的有效性,本研究扩增测序7个物种的石首鱼科CO Ⅰ基因序列,并从GenBank下载同源序列,最终获得石首鱼科14属23种65个个体的CO Ⅰ基因进行序列分析和系统进化研究。结果表明,石首鱼科CO Ⅰ基因序列中A+T含量高于G+C含量,且第1个密码子位点G+C含量显著高于第2和第3密码子位点。石首鱼科种内遗传距离为0~0.014,平均种内遗传距离为0.004,种间遗传距离为0.050~0.368,平均种间遗传距离为0.202,是种内遗传距离的50.5倍。在系统进化树上,除仅有单一序列的物种外,其他种类的不同个体分别聚为独立的一支;黄鱼属、梅童鱼属有明显的单系性,而白姑鱼属、黄姑鱼属、叫姑鱼属没有呈现明显的单系性。以上结果表明,线粒体CO Ⅰ基因可以实现石首鱼科鱼类的有效鉴定,并且可以用来进行属、种水平的系统进化分析。

关键词： CO Ⅰ基因 DNA条形码技术石首鱼科系统分类

石首鱼科鱼肌肉胆碱酯酶对有机磷化合物反应灵敏度的研究

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Zoological Research 1994年第1期15卷 65-69页

作者：董之海屈部华北京防化研究院

胆碱酯酶对有机磷化合物的反应灵敏度高，特异性强，但不同来源的生物材料的胆碱酯酶在灵敏度上差异甚大。鲈形目石首鱼科的小黄鱼、大黄鱼、白姑鱼、和黄姑鱼肌肉胆碱酯酶对沙林和ＶＸ均相当敏感，两种化合物对它们的胆碱酯酶抑制的Ｐ... 详细信息

胆碱酯酶对有机磷化合物的反应灵敏度高，特异性强，但不同来源的生物材料的胆碱酯酶在灵敏度上差异甚大。鲈形目石首鱼科的小黄鱼、大黄鱼、白姑鱼、和黄姑鱼肌肉胆碱酯酶对沙林和ＶＸ均相当敏感，两种化合物对它们的胆碱酯酶抑制的ＰＩ＿（５０）值几乎均在７．０以上。进一步研究，这些胆碱酯酶可能成为分折有机磷化合物和农药的有效生物试剂，对筛选生物活性物质有一定的指导意义。

关键词：胆碱酯酶鱼肌肉石首鱼科有机磷