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生物医学大数据专业课程设置现状与思考

中国卫生统计 2023年第6期40卷 946-949页

作者：柯巧陆梦依陈峰赵杨尤东方南京医科大学医院发展管理处、临床提升战略办公室 211166 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系

目的了解我国现阶段高等院校及其附属医院生物医学大数据专业课程设置,为加强相关人才培养提供支持。方法本研究采用在线问卷调查的方式,邀请我国各高校及其附属医院为调查对象,调查内容包括所在学校或附属医院基本信息、总体生物医学... 详细信息

目的了解我国现阶段高等院校及其附属医院生物医学大数据专业课程设置,为加强相关人才培养提供支持。方法本研究采用在线问卷调查的方式,邀请我国各高校及其附属医院为调查对象,调查内容包括所在学校或附属医院基本信息、总体生物医学大数据相关课程、已开设课程和未来课程计划。结果我们对22所高校进行分析,发现目前课程设置存在不够完整,不能完全契合产业发展对生物医学大数据人才的新的能力要求等不足。结论生物医学大数据是一个相对较新的领域,其课程建设工作还需不断地发展与完善。我国高等院校正加快生物医学大数据相关课程的建设,但在课程体系、教学教材、教学平台等方面差异较大且存在不足。我国生物医学大数据课程的设置应在满足社会现实需求和保持课程内容相对稳定的基础上,形成独具特色的课程体系和教学内容,以促进生物医学大数据的人才培养。

关键词：生物医学大数据课程体系人才培养

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面向生物医学大数据的数据组织存储与检索

面向生物医学大数据的数据组织存储与检索

作者：卜训松宁夏大学

学位级别：硕士

在语义Web中,资源描述框架(Resource Description Framework,RDF)已经成为网络资源的标准表示。RDF数据由主语,谓词和宾语组成的三元组组成。根据W3C研究团队在2016年底发布的统计数据,RDF数据集中的三元组数量在互联网上已经达到520亿... 详细信息

在语义Web中,资源描述框架(Resource Description Framework,RDF)已经成为网络资源的标准表示。RDF数据由主语,谓词和宾语组成的三元组组成。根据W3C研究团队在2016年底发布的统计数据,RDF数据集中的三元组数量在互联网上已经达到520亿条,其中生物医学领域的核心数据集有42个,包含了超过300亿个RDF三元组,这些数据目前正在以指数级的速度在互联网上日益增长,这些大量与医学相关的数据也催生出了如Uniprot、DrugBank等很多医学领域RDF知识库。本文通过分析目前国内外专家学者对医学领域的RDF大数据研究的总体概况,梳理、总结了相关文献,结合本课题的实际情况,探讨了分布式系统下的数据存储和RDF查询技术。对RDF大数据分布式存储和查询两个问题的研究将为医学RDF大数据的高效分析和理解奠定基础。本文研究并实现了面向生物医学数据的存储和查询系统。系统分为三大模块,分别为:字典模块、基本操作模块和可视化模块。通过对分布式架构的研究,在CentOS系统上部署Hadoop与HBase,在Windows系统上以Java EE架构为基础,完成针对客户端请求的服务,后台通过字典对比将获取的前台数据转成字典类型的数据,然后去服务器进行相应的操作。系统基本操作模块包括:插入数据模块、删除数据模块、修改数据模块:可视化模块主要为:查询模块和查询结果图转换模块。系统实现了数据在HBase中的存储,通过windows客户端对数据的查询及更新操作以及查询结果的可视化展示。

关键词：生物医学大数据分布式存储分布式查询 RDF数据

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本体:生物医学大数据与精准医学研究的基础

生物信息学 2018年第1期16卷 7-14页

作者： HE Yongqun 余红杨啸林邵晨周伟朱彦王海河刘清平谢江安 ZHENG Jie 朱伟民中国医学科学院基础医学研究所北京100005 University of Michigan Medical School Ann ArborMI48109 USA 贵州大学医学院贵州省人民医院贵阳550002 国家人口与健康科学数据共享服务平台北京100700 中国中医科学院中医药信息研究所北京100700 哈尔滨医科大学大庆校区黑龙江大庆163319 广州中医药大学广州510000 重庆邮电大学重庆400065 University of PennsylvaniaPerelman School of Medicine PA19104 USA 国家蛋白质科学中心北京凤凰中心北京102206

在最近兴起的生物医学大数据和精准医学研究中,本体正发挥着不可替代的作用。但一大部分人对本体的定义、类型与应用比较混淆。这篇综述对这些问题进行了回答。具体而言,本体使用人和计算机都可以理解的术语及关系集来表述各种实体/概... 详细信息

在最近兴起的生物医学大数据和精准医学研究中,本体正发挥着不可替代的作用。但一大部分人对本体的定义、类型与应用比较混淆。这篇综述对这些问题进行了回答。具体而言,本体使用人和计算机都可以理解的术语及关系集来表述各种实体/概念以及它们之间关系。根据本体的作用,本体可分为三类:具有多关系模型的增强版控制术语集,反映某知识域的本体知识系统,和对元数据在语义上的约束与标准化的元数据本体。基于这些作用,本体被广泛地应用于生物医学数据的标准化、整合、检索与分析,已经知识的挖掘。当代本体学的研究发展迅速,我国刚刚起步,机遇与挑战并存。广泛地开展国内与国际有关本体的合作研究,将促进国内生物医学本体领域研究水平的整体提升,提高生物与临床科研大数据整合与精准医学研究的能力。

关键词：可控词表本体基因本体生物医学大数据精准医学本体中国

联盟学习在生物医学大数据隐私保护中的原理与应用

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医学信息学杂志 2020年第5期41卷 2-10页

作者：窦佐超陈峰邓杰仁陈如梵郑灏孙琪谢康沈百荣王爽四川大学华西医学院系统遗传研究所成都610041 杭州锘崴信息科技有限公司杭州310053 昆士兰大学医学院澳大利亚昆士兰州布里斯班4006 中华人民共和国公安部第三研究所信息网络安全国家重点实验室上海200041 美国印第安纳大学信息计算和工程学院美国印第安纳州伯明顿47495 同济大学上海普陀区人民医院上海200060

结合2020年初新型冠状病毒疫情探讨数据分享与联合分析的必要性和紧迫性,系统介绍联盟学习技术原理和适用范围,根据不同数据类型特点详细阐述当前联盟学习技术在生物医疗大数据隐私保护中的应用及其与深度学习技术的结合。

关键词：生物医学大数据隐私保护联盟学习隐私计算新型冠状病毒

四川大学华西生物医学大数据研究院科研超算平台的建设与管理实践

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华西医学 2024年第12期39卷 1928-1932页

作者：李春漾应志野曾筱茜四川大学华西生物医学大数据研究院成都610041 四川大学“医学+信息”中心成都610041

在信息化和数字化的时代背景下,医学大数据已成为推动医学研究和科技创新的关键,对大数据科研超算平台的建设与运行提出了前所未有的挑战。该文系统阐述了四川大学华西生物医学大数据研究院科研超算平台的建设方案以及支撑数据科研的管... 详细信息

在信息化和数字化的时代背景下,医学大数据已成为推动医学研究和科技创新的关键,对大数据科研超算平台的建设与运行提出了前所未有的挑战。该文系统阐述了四川大学华西生物医学大数据研究院科研超算平台的建设方案以及支撑数据科研的管理及服务模式,并与国内外已建成的科研超算平台规模及运行情况进行了比较,为其他机构医学大数据科研超算平台的建设及管理提供参考。

关键词：生物医学大数据科研超算平台管理经验

同方期刊数据库

前沿信息技术在生物医学大数据中的应用及展望探讨

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科学与信息化 2023年第15期 56-58页

作者：张闻瀚邹梨金慧玲杭州力文所生物科技有限公司浙江杭州 310000

信息时代背景下,生物医学研究利用信息技术,获得了诸多令人惊喜的研究成果.其中,生物医学大数据的维度高、层次多样的特点,促使研究人员采取数据密集型科研新范式,保证大数据技术的应用优势可以得到有效发挥.前沿信息技术在生物医学大... 详细信息

信息时代背景下,生物医学研究利用信息技术,获得了诸多令人惊喜的研究成果.其中,生物医学大数据的维度高、层次多样的特点,促使研究人员采取数据密集型科研新范式,保证大数据技术的应用优势可以得到有效发挥.前沿信息技术在生物医学大数据的应用中,还包括云计算技术、区块链技术和人工智能技术.这些前沿信息技术为生物医学大数据的研究提供了技术支持,因此,研究人员在研究过程中需要充分发挥前沿信息技术优势.

关键词：前沿信息技术生物医学大数据生物医学

来源：博看期刊评论

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博看期刊

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大数据时代的转化生物医学信息学

医学信息学杂志 2018年第1期39卷 1-7页

作者：白晋伟夏开建钱福良姜智朱斐沈百荣苏州大学图书馆数字化部苏州215006 苏州大学附属常熟医院常熟215500 苏州大学系统生物学研究中心苏州215006

转化生物医学信息学是生物信息学、医学信息学与转化医学多学科融合的新型学科,讨论该学科的兴起、学科生态,指出充分的数据共享是基础、完备的基因型-临床表型数据是核心、解决复杂疾病的精准预测问题是关键,深入分析该学科的内涵及大... 详细信息

转化生物医学信息学是生物信息学、医学信息学与转化医学多学科融合的新型学科,讨论该学科的兴起、学科生态,指出充分的数据共享是基础、完备的基因型-临床表型数据是核心、解决复杂疾病的精准预测问题是关键,深入分析该学科的内涵及大数据背景下发展趋势。

关键词：生物信息学医学信息学转化医学生物医学大数据

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FAIR准则与生物医学数据标准应用服务

中国医学伦理学 2020年第2期33卷 153-159页

作者：杨啸林杨晟潘虹洁王哲王志刚何勇群中国医学科学院基础医学研究所北京100005 密歇根大学医学院密歇根州48109

2016年,科学数据管理的指导原则——FAIR准则被提出,即科学数据应具有可查询(Findable)、可获取(Accessible)、可互操作(Interoperable)并且可重利用(Reusable)等性质。自从该准则提出以来,受到国际广泛认可。通过FAIR准则的实施,将提... 详细信息

2016年,科学数据管理的指导原则——FAIR准则被提出,即科学数据应具有可查询(Findable)、可获取(Accessible)、可互操作(Interoperable)并且可重利用(Reusable)等性质。自从该准则提出以来,受到国际广泛认可。通过FAIR准则的实施,将提升机器自动化发现和使用数据的能力,并提升其重利用的可能。在数据建设过程中,需要有完善的数据标准系统、数据标准实施工具与资源以及数据质量评价准则作为实现FAIR准则的支撑。

关键词：生物医学大数据可查询可获取可互操作可重利用元数据

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抗微生物肽机器学习预测算法综述

电子科技大学学报 2022年第6期51卷 830-840页

作者：刘明友刘红美张招方朱映雪黄健贵州医科大学生物与工程学院贵阳550025 电子科技大学生命科学与技术学院成都610041 泰禾云工程咨询有限公司贵阳550081

传统抗微生物肽识别分析主要通过实验手段进行,效率低,耗费较多人力物力。最新的抗微生物肽识别方法是将计算机技术和生物信息学相结合,通过机器学习方法进行大数据挖掘分析,从大量的多肽序列数据里面预测抗微生物肽,从而加快抗微生物... 详细信息

传统抗微生物肽识别分析主要通过实验手段进行,效率低,耗费较多人力物力。最新的抗微生物肽识别方法是将计算机技术和生物信息学相结合,通过机器学习方法进行大数据挖掘分析,从大量的多肽序列数据里面预测抗微生物肽,从而加快抗微生物肽的识别。收集并分类整理了近10年来计算机辅助抗微生物肽识别的研究文献,从中梳理出抗微生物肽的主要数据资源、抗微生物肽识别的特征工程、抗微生物肽的机器学习预测算法和抗微生物肽的回归分析方法。同时,进一步对机器学习算法的模型性能评估方法进行综述,总结其中存在的不足并展望了未来的发展方向。

关键词：抗微生物肽生物信息学生物医学大数据机器学习