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高良姜及其混淆品rdna ITS序列的分析与鉴别

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华南理工大学学报（自然科学版） 2009年第6期37卷 63-68页

作者：庞启华严萍赵树进华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006 广州军区广州总医院广东广州510010

用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体dna内转录间隔区(rdnaITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种... 详细信息

用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体dna内转录间隔区(rdnaITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种内序列同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,且广西样品杂合位点的两个碱基所占的比例与其它地方样品的不同.高良姜及其混淆品经测序、比对、排序得到的812 bp序列中有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2区中的11个位点在高良姜及其混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜及其混淆品.同时发现,基于dna序列的高良姜及其混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步研究探讨.

关键词：高良姜混淆品核糖体dna内转录间隔区序列分析鉴别

基于rdna ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

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华南理工大学学报（自然科学版） 2009年第6期37卷 74-78,83页

作者：郑传进赵树进赵振华呙军华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510006 广州军区广州总医院广东广州510010

对何首乌及其常见混淆品的核糖体dna内转录间隔区（rdnaITS）序列进行了测序分析．结果表明：何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6．91％、18．10％和42．20％，ITS2区的差异率分别为10．00％、19．40％和43... 详细信息

对何首乌及其常见混淆品的核糖体dna内转录间隔区（rdnaITS）序列进行了测序分析．结果表明：何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6．91％、18．10％和42．20％，ITS2区的差异率分别为10．00％、19．40％和43．90％；而何首乌种内各居群间ITS1和ITS2区的差异率分别为0．00％～2．13％和0．00％～1．03％．基于何首乌及其混淆品的rdnaITS序列的差异，找出一个位于ITS2间隔区的何首乌特征性M6I酶切位点，用M6I酶对何首乌rdnaITS序列扩增产物酶切后得到含约531bp和109bp的两片段的聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）图谱，而其混淆品的rdnaITS序列扩增产物不能被NsbI酶切，故图谱呈单一条带．利用建立的PCR．RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品．

关键词：何首乌分子鉴别核糖体dna内转录间隔区 PCR—RFLP

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北京地区一种菘蓝白粉病病原菌的鉴定

中国现代中药 2022年第12期24卷 2438-2442页

作者：王纾琪刘燕敏王蓉丁万隆李勇中国医学科学院、北京协和医学院、药用植物研究所北京100193

目的:明确北京地区菘蓝白粉病病原菌的种类及分类地位。方法:通过田间调查了解病害发生情况及为害特征;通过显微镜观察病原菌菌丝形态、产孢结构、分生孢子及其着生方式等;采用特异性引物ITS1/PM6扩增病原菌核糖体脱氧核糖核苷酸-内部... 详细信息

目的:明确北京地区菘蓝白粉病病原菌的种类及分类地位。方法:通过田间调查了解病害发生情况及为害特征;通过显微镜观察病原菌菌丝形态、产孢结构、分生孢子及其着生方式等;采用特异性引物ITS1/PM6扩增病原菌核糖体脱氧核糖核苷酸-内部转录间隔区,病原菌扩增序列及其高度同源序列用MegaX软件中的邻接法构建系统发育进化树。结果:菘蓝白粉病病原菌菌丝直或略弯,上有浅裂叶状附着胞;分生孢子梗直立或微弯,不分枝;顶端串生分生孢子,长椭圆形或近圆柱形;芽管在分生孢子近端处萌发,直或弯曲,芽管顶端有吸器。根据显微形态特征初步推测,该病原菌属于白粉菌目(Erysiphales)白粉菌科(Erysiphaceae)白粉菌属(Erysiphe)。核酸序列比对结果表明,其与十字花科白粉菌Erysiphe cruciferarum核酸序列(MT309701、MK341128、MF192845、KY660929)一致性均为100%。该病菌与十字花科白粉菌聚为一枝,与其他白粉菌亲缘关系较远。结论:综合形态学特征及分子鉴定结果,该菘蓝白粉病病原菌为十字花科白粉菌。

关键词：菘蓝白粉病十字花科白粉菌形态特征核糖体dna内转录间隔区

基于rdna-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系

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江苏农业学报 2015年第1期31卷 62-67页

作者：卢松茂陈振东林秀香郑少缘余智城福建省热带作物科学研究所福建漳州363001

芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进... 详细信息

芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树。系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在I组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.asparagi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.asparagi的系统学关系最远。

关键词：天门冬拟茎点霉拟茎点霉属核糖体dna内转录间隔区分子系统学

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

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蚕业科学 2012年第1期38卷 2-7页

作者：陈仁芳陈祥平范小敏陈家元刘泽听虞志伟西南大学生物技术学院农业部蚕桑学重点开放实验室重庆400716 四川省丝绸科学研究院四川省丝绸工程技术研究中心成都610031

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+... 详细信息

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。

关键词：核糖体dna内转录间隔区桑属云南光叶桑钦州长果桑亲缘关系分歧年代

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5种乳白蚁ITS序列及系统发育关系分析

广东农业科学 2012年第19期39卷 138-141,150页

作者：张卫东廖力王岚许彩芸权永兵徐淼锋迟远丽珠海出入境检验检疫局技术中心广东珠海519015

对我国口岸截获的5种乳白蚁及黄胸散白蚁的ITS区基因序列进行克隆并测序,进行序列分析和构建系统发育树,探讨其系统发育关系。研究结果表明:乳白蚁rdna-ITS基因序列长度约900 bp,CG碱基含量为62.3%,明显高于AT含量(37.7%)。同巢群3种不... 详细信息

对我国口岸截获的5种乳白蚁及黄胸散白蚁的ITS区基因序列进行克隆并测序,进行序列分析和构建系统发育树,探讨其系统发育关系。研究结果表明:乳白蚁rdna-ITS基因序列长度约900 bp,CG碱基含量为62.3%,明显高于AT含量(37.7%)。同巢群3种不同品级的乳白蚁(工蚁、兵蚁、有翅成虫)ITS序列没有遗传分歧。乳白蚁属内不同种间的同源性为94.3%～98.7%,同种不同地理种群之间的同源性均大于99%。大家白蚁C.curvignathus和塞庞乳白蚁C.sepangensis关系最近,婆罗乳白蚁C.travians与其他种进化距离最远。

关键词：乳白蚁核糖体dna内转录间隔区系统发育

蕺菜rdna ITS序列分析的正交试验条件的初步研究

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药物生物技术 2009年第6期16卷 535-539页

作者：赵欢吴卫西华师范大学生命科学学院四川南充637002 四川农业大学农学院四川雅安625014

以蕺菜dna为模板,采用正交试验设计,对影响蕺菜rdna ITS区扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立蕺菜rdna ITS扩增反应的优化体系。结果表明,最优蕺菜ITS-PCR的反应体系为25μl反应体系中含Taq酶0.75 U、Mg^(2+)+(1 mmol/L)1.0μl、dNT... 详细信息

以蕺菜dna为模板,采用正交试验设计,对影响蕺菜rdna ITS区扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立蕺菜rdna ITS扩增反应的优化体系。结果表明,最优蕺菜ITS-PCR的反应体系为25μl反应体系中含Taq酶0.75 U、Mg^(2+)+(1 mmol/L)1.0μl、dNTP(0.15 mmol/L)1.5μl、引物对(0.6μmol/L)1.2μl、模板dna(10 ng/μl)2.0μl、10×buffer(不含Mg^(2+))2.5μl。这一体系的建立为利用蕺菜rdna ITS区研究蕺菜种质资源的系统进化提供了标准化程序。

关键词：蕺菜聚合酶链式反应核糖体dna内转录间隔区正交试验

恒河猴毕氏肠微孢子虫基因分型及人畜共患性分析

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恒河猴毕氏肠微孢子虫基因分型及人畜共患性分析

作者：刘学四川农业大学

学位级别：硕士

毕氏肠微孢子虫作为一种人畜共患性的机会性致病体,目前尚无安全有效的防治手段,其流行机制也知之甚少。我国恒河猴种群数量众多,其栖息地环境复杂多样,分析不同生活条件下的恒河猴毕氏肠微孢子虫感染情况,不仅可以了解其健康状态,从而... 详细信息

毕氏肠微孢子虫作为一种人畜共患性的机会性致病体,目前尚无安全有效的防治手段,其流行机制也知之甚少。我国恒河猴种群数量众多,其栖息地环境复杂多样,分析不同生活条件下的恒河猴毕氏肠微孢子虫感染情况,不仅可以了解其健康状态,从而进行及时的疫病防控,还可为深入研究毕氏肠微孢子虫的感染流行机制提供一定的基础数据。然而目前国内有关恒河猴毕氏肠微孢子虫感染情况的报道较少,已被调查了解的恒河猴种群数量也较少,且范围较窄,难以对其流行机制做出有效的分析。本研究在我国的11个圈养恒河猴种群、7个野生、3个半野生种群中共采集了522个粪便样品,以核糖体dna内转录间隔区（ITS）序列为分子标记,进行了毕氏肠微孢子虫的流行情况调查、基因分型和人畜共患性分析,主要结果如下:（1）21个恒河猴种群中,17个种群检测出毕氏肠微孢子虫的存在,种群内平均感染率为12.5%,表明我国恒河猴种群中毕氏肠微孢子虫的流行较为普遍。17个恒河猴种群中个体感染率最高可达56.5%,但大都处于4%-17%之间。比较不同种群的感染差异发现,恒河猴的毕氏肠微孢子虫感染率可能与该种群和潜在传播源的接触程度相关,良好的饲养管理与卫生标准能有效降低毕氏肠微孢子虫的感染率。（2）ITS序列分型发现共检测到17个基因型,其中13个为本研究首次发现的新基因型（命名为Mul1-Mul13）,4个（D、CM1、EbpC、SCC2）为已报道的基因型。已知基因型中,D、EbpC已被证实具有人畜共患能力,CM1与SCC2目前尚未在人类感染中发现。另外,本研究首次发现SCC2在恒河猴中也有感染。（3）17个被感染恒河猴种群中,毕氏肠微孢子虫基因型D在13个种群中发现,而基因型CM1只在圈养恒河猴中发现,基因型EbpC则只在野生和半野生恒河猴中发现,其它基因型则只出现在个别种群中,表明不同环境下恒河猴毕氏肠微孢子虫的感染类型存在一定的特异性,但基因型D在我国恒河猴中分布较普遍。（4）系统发生关系显示13个新发现基因型中有11个与具有人畜共患能力的D、EbpC等基因型聚为一支（Group1）,表明这些基因型可能具有潜在的人畜共患能力。同时也表明,恒河猴是人畜共患性毕氏肠微孢子虫的重要携带者,可能造成一定的公共卫生隐患。

关键词：毕氏肠微孢子虫恒河猴基因分型核糖体dna内转录间隔区

硬软蒺藜rdna-ITS基因序列的测定和比较

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天然产物研究与开发 2006年第5期18卷 792-795页

作者：张素军瞿伟菁李进华东师范大学生命科学学院上海200062

用CTAB法提取总dna,合成位于18 S rdna和26 S rdna上的两条各20 bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestrisL.)和软蒺藜(Atriplex centralasiaticaIljin)的核糖体RNA基因—rdna内转录间隔区(ribosomal dna internal transcribed spacer,rdna-ITS)的序列643 bp和607bp,其碱基总差异率为36.16%,其中,ITS1的碱基差异率为55.81%;5.8 S的碱基差异率为6.59%;ITS2的碱基差异率为56.77%。这种差异,以及基因序列本身,为硬软蒺藜的区别和种质资源鉴定提供了分子依据。

关键词：硬蒺藜软蒺藜核糖体dna内转录间隔区 PCR扩增种质鉴定